单击图标以快速搜索
关于CSEA-DB（细胞类型特异性富集分析数据库）
- CSEA-DB是系统探索人类复杂性状和细胞类型关联的综合。以前，我们开发了一种算法Det（R包）来解码组织特异性并构建了组织特异性富集分析数据库（TSEA-DB）。在这项工作中，我们利用了由多个国际财团（例如人类细胞景观，人肺细胞图集）和文献资源生成的人体组织的快速增长的单细胞转录组分析和文献资源来进行细胞类型特异性富集分析（CSEA）从dets修改。目前，CSEA-DB在752个组织细胞类型中特异性表达的细胞类型维持了13,756组特征相关基因（TAG）的CSEA结果。总体而言，我们确定了至少一个Bonferroni校正了至少一种Bonferroni的GWAS特征的598（5120）特征的11.68％，至少与一种组织细胞类型（TC）校正了显着关联，总计460（61.17％）TC的TC具有至少有一个Bonferroni纠正了至少一种GWAS疾病或性状的显着关联。有趣的是，我们确定了与相同组织细胞类型相关的多种特征，表明这些特征的潜在合并症和共享遗传基础。另一方面，可以发现一个组织中的多个细胞与相同的表型相关，表明同一组织中的这些细胞将协同起作用，从而有助于表型。用户可以浏览和搜索特征和单细胞组织面板信息。用户还可以过滤，优先级和比较来自一个或多个组织的细胞类型的CSEA结果。CSEA-DB还可以作为人类复杂疾病和特质信息的呼吸和人类SINLGE细胞转录组数据源。总体而言，CSEA-DB对细胞分辨率处的遗传信号进行了详细介绍，并阐明了人类复杂性状和疾病的潜在机制。有关此数据库使用的详细信息，请参阅文档。
数据集面板
- 多特征收藏（MTC）：432 GWAS摘要统计数据数据集针对200多种人类复杂性状和疾病，这些疾病和疾病适用于其他策展人。（（数据源）更多的...
- 英国生物银行（UKBB）：4372 GWAS摘要统计数据，改编自Ben Neale的实验室。（（数据源）更多的..
- 扩展的特征集（等）：316 GWAS摘要统计数据，该统计数据由GWAS目录和文献策划。更多的...
- 单细胞转录组：71个在所有11个器官系统中的人体组织数据集适用于人类细胞景观，，，，人类细胞地图集，，，，单细胞表达地图集和文献，具有独特的注释〜100个细胞类型和总体752个组织细胞类型。Uberon和细胞本体论进一步注释组织和细胞类型。更多的...
开发人员
- Ruifeng Hu（作者，网站维护者）
- Yulin Dai（数据源维护者作者）
- Astrid Manuel（GWAS数据源策展人作者）
- Andi Liu（作者，单细胞表达数据源策展人）
- Peilin Jia（作者，网站维护者）
- Zhongming Zhao（作者，网站维护者）
引用：
- Yulin Dai†，Ruifeng Hu†，Astrid M. Manual，Andi Liu，Peilin Jia*，Zhongming Zhao*，CSEA-DB：人类复杂性状和细胞类型关联的综合，核酸研究，GKAA1064，beplay苹果手机能用吗https://doi.org/10.1093/nar/gkaa1064。
快速搜索
浏览
消息
-
2020年10月15日
文档的次要更新
-
2020年8月13日
CSEA-DB V1.0发布！
-
2020年7月26日
细胞本体学注释饰面。
-
2020年7月15日
从单细胞表达地图集收集了更多的人体组织单细胞数据。
-
2020年7月5日
Uberon注释完成。
-
2020年6月29日
正在建设更高级的功能，包括比较多种性状之间的富集细胞类型。
-
2020年6月28日
基本功能已在网站上部署进行测试。
-
2020年6月15日
在534种组织细胞类型中，CSEA> 5000个特征。
-
2020年5月20日
策划并预处理组织单细胞转录组。
-
2020年5月18日
GWAS摘要统计信息更新被冷冻并开始预处理。
-
2020年2月3日
GWAS摘要统计信息开始了。
-
2019年11月25日
通过使用岩浆的更新管道计算与性状相关的基因集计算。