SZGR2 - Beplay体育中心

概括?

基因ID	10010
Symbol	TANK
同义词	i-traf \| itraf \| traf2
描述	TRAF family member associated NFKB activator
参考	MIM: 603893\|HGNC:HGNC:11562\|ENSEMBL：ENSG00000136560\|HPRD:04870\|Vega：Otthumg00000132037
基因type	protein-coding
地图位置	2q24.2
Pascal P值	0.168
Sherlock P值	0.783
Fetal beta	1.111
DMG	2（＃研究）
eGene	迈尔斯的顺式和跨性别

数据源中的基因

基因set name	基因组方法	描述	Info
简历：PGCNP	全基因组协会研究	GWAS
DMG:Jaffe_2016	Genome-wide DNA methylation analysis	This dataset includes 2,104 probes/CpGs associated with SZ patients (n=108) compared to 136 controls at Bonferroni-adjusted P < 0.05.	2
DMG:Wockner_2014	Genome-wide DNA methylation analysis	This dataset includes 4641 differentially methylated probes corresponding to 2929 unique genes between schizophrenia patients (n=24) and controls (n=24).	2
PMID:cooccur	高通量文献搜索	Systematic search in PubMed for genes co-occurring with SCZ keywords. A total of 3027 genes were included.
GSMA_IIA	基因组扫描荟萃分析（所有样品）	Psr: 0.02395
文学	高通量文献搜索	与精神分裂症Co-occurance关键words: schizophrenia,schizophrenic,schizophrenias	Click to show details
网络	人蛋白蛋白质相互作用网络中核心基因的最短路径距离	Contribution to shortest path in PPI network: 0.0193

第一节遗传学和表观遗传学注释

差异甲基化基因

探测	Chromosome	Position	最近的基因	P (dis)	beta（dis）	FDR (dis)	Study
cg19914919	2	161992878	TANK	5.023E-4	-0.392	0.047	DMG:Wockner_2014
CG19889017	2	162095095	TANK	6.67E-10	-0.022	9.63E-7	DMG:Jaffe_2016

EQTL注释

SNP ID	Chromosome	Position	eGene	基因Entrez ID	PVALUE	qvalue	TSS distance	eQTL type
RS2271480	chr12	26223437	TANK	10010		0.1		trans
rs2669565	chr12	26227858	TANK	10010		0.13		trans

Section II. Transcriptome annotation

基因ral gene expression (GTEx)

基因expression during devlopment (BrainCloud)

脚注：
总共绘制了269个时间点，n = 38个胎儿样品（x = 1：38）。每个三角形代表一个时间点。

基因expression of temporal and spatial changes (BrainSpan)

脚注：
SC: sub-cortical regions; SM: sensory-motor regions; FC: frontal cortex; and TP: temporal-parietal cortex
ST1: fetal (13 - 26 postconception weeks), ST2: early infancy to late childhood (4 months to 11 years), and ST3: adolescence to adulthood (13 - 23 years)
The bar shown representes the lower 25% and upper 25% of the expression distribution.

Top co-expressed genes in brain regions

Top 10 positively co-expressed genes
基因	皮尔逊的相关性	Spearman's Correlation
MTA2	0.97	0.95
DBN1	0.96	0.97
PATZ1	0.96	0.91
ACTG1	0.96	0.96
SMARCB1	0.95	0.94
NUP62	0.95	0.94
PCIF1	0.95	0.95
双子座4	0.95	0.95
EIF4A1	0.95	0.94
H1FX	0.95	0.94

前10个负共表达基因
基因	皮尔逊的相关性	Spearman's Correlation
C5orf53	-0.73	-0.79
HLA-F	-0.71	-0.78
AF347015.27	-0.71	-0.92
AF347015.31	-0.70	-0.90
AIFM3	-0.70	-0.76
AF347015.33	-0.69	-0.92
S100B	-0.69	-0.86
MT-CO2	-0.69	-0.91
MT-CYB	-0.67	-0.89
aldoc	-0.67	-0.69

Section III. Gene Ontology annotation

Molecular function	GO term	Evidence	Neuro keywords	PubMed ID
GO:0005515	protein binding	新闻学会		12005438
去：0008270	zinc ion binding	IEA		-
GO:0046872	金属离子结合	IEA		-
Biological process	GO term	Evidence	Neuro keywords	PubMed ID
去：0007165	signal transduction	塔斯		8710854
细胞分量	GO term	Evidence	Neuro keywords	PubMed ID
GO:0005737	细胞质	IEA		-

第四节。蛋白质蛋白相互作用注释

Interactors	Aliases B	Official full name B	Experimental	资源	PubMed ID
CHUK	IKBKA \| IKK-alpha \| IKK1 \| IKKA \| NFKBIKA \| TCF16	conserved helix-loop-helix ubiquitous kinase	IKK-alpha interacts with TANK.	BIND	12133833
CHUK	IKBKA \| IKK-alpha \| IKK1 \| IKKA \| NFKBIKA \| TCF16	conserved helix-loop-helix ubiquitous kinase	Affinity Capture-Western	BioGRID	12133833
CHUK	IKBKA \| IKK-alpha \| IKK1 \| IKKA \| NFKBIKA \| TCF16	conserved helix-loop-helix ubiquitous kinase	TANK interacts with IKK-alpha.	BIND	12133833
HNRNPM	DKFZp547H118 \| HNRNPM4 \| HNRPM \| HNRPM4 \| HTGR1 \| NAGR1	异质核核糖核蛋白M	-	HPRD	14743216
HSPA8	HSC54 \| HSC70 \| HSC71 \| HSP71 \| HSP73 \| HSPA10 \| LAP1 \| MGC131511 \| MGC29929 \| NIP71	heat shock 70kDa protein 8	-	HPRD	14743216
IKBKB	FLJ40509 \|ikk-beta \|ikk2 \|ikkb \|MGC131801 \|nfkbikb	inhibitor of kappa light polypeptide gene enhancer in B-cells, kinase beta	-	HPRD	12133833
IKBKE	ikk-i \|ikke \|ikki \|KIAA0151 \|MGC125294 \|MGC125295 \|MGC125297	inhibitor of kappa light polypeptide gene enhancer in B-cells, kinase epsilon	-	HPRD，Biogrid	10759890
IKBKE	ikk-i \|ikke \|ikki \|KIAA0151 \|MGC125294 \|MGC125295 \|MGC125297	inhibitor of kappa light polypeptide gene enhancer in B-cells, kinase epsilon	IKK-epsilon interacts with TANK.	BIND	12133833
IKBKG	AMCBX1 \|FIP-3 \|fip3 \|fip3p \|ikk-gamma \|IP \|IP1 \|IP2 \|IPD2 \|Nemo	inhibitor of kappa light polypeptide gene enhancer in B-cells, kinase gamma	-	HPRD，Biogrid	12133833
IKBKG	AMCBX1 \|FIP-3 \|fip3 \|fip3p \|ikk-gamma \|IP \|IP1 \|IP2 \|IPD2 \|Nemo	inhibitor of kappa light polypeptide gene enhancer in B-cells, kinase gamma	IKK-gamma interacts with TANK.	BIND	12133833
ITGB1BP1	DKFZP686K08158 \|ICAP-1A \|ICAP-1B \|ICAP-1Alpha \|ICAP1 \|ICAP1A \|ICAP1B	整合素β1结合蛋白1	Affinity Capture-Western	BioGRID	8710854
MAP4K5	GCKR \|KHS \|KHS1 \|MAPKKKK5	mitogen-activated protein kinase kinase kinase kinase 5	-	HPRD	10490605
TBK1	FLJ11330 \|nak \|T2K	储罐结合激酶1	-	HPRD，Biogrid	10581243
TRAF1	EBI6 \| MGC:10353	TNF受体相关因子1	-	HPRD，Biogrid	8710854
TRAF2	MGC:45012 \| TRAP \| TRAP3	TNF受体相关因子2	-	HPRD，Biogrid	8710854\|10581243
TRAF3	CAP-1 \| CD40bp \| CRAF1 \| LAP1	TNF受体相关因子3	-	HPRD，Biogrid	8710854
TUBA3C	tuba2 \|BA408E5.3	微管蛋白，α3C	-	HPRD	14743216
USP7	hausp \|tef1	泛素特异性肽酶7（疱疹病毒相关）	-	HPRD，Biogrid	11279055
ZC3H12A	FLJ23231 \| MCPIP \| MCPIP1 \| RP3-423B22.1 \| dJ423B22.1	zinc finger CCCH-type containing 12A	两个杂交	BioGRID	16189514

V.途径注释

Pathway name	Pathway size	＃szgr 2.0基因	Info
kegg钻机我喜欢受体信号通路	71	51	该途径中的所有SZGR 2.0基因
BIOCARTA STRESS PATHWAY	25	18	该途径中的所有SZGR 2.0基因
Biocarta TNFR2途径	18	15	该途径中的所有SZGR 2.0基因
Reactome Traf6介导的IRF7激活	30	26	该途径中的所有SZGR 2.0基因
REACTOME RIG I MDA5 MEDIATED INDUCTION OF IFN ALPHA BETA PATHWAYS	73	57	该途径中的所有SZGR 2.0基因
REACTOME INNATE IMMUNE SYSTEM	279	178	该途径中的所有SZGR 2.0基因
Reactome免疫系统	933	616	该途径中的所有SZGR 2.0基因
家长mtor信号向上	567	375	该途径中的所有SZGR 2.0基因
Gary CD5目标DN	431	263	该途径中的所有SZGR 2.0基因
thum收缩性心力衰竭	423	283	该途径中的所有SZGR 2.0基因
CASORELLI ACUTE PROMYELOCYTIC LEUKEMIA UP	177	110	该途径中的所有SZGR 2.0基因
RODRIGUES DCC TARGETS DN	121	84	该途径中的所有SZGR 2.0基因
MULLIGHAN NPM1 MUTATED SIGNATURE 1 UP	276	165	该途径中的所有SZGR 2.0基因
Mullighan NPM1突变签名2向上	139	83	该途径中的所有SZGR 2.0基因
Mullighan mll签名1	380	236	该途径中的所有SZGR 2.0基因
MULLIGHAN NPM1 SIGNATURE 3 UP	341	197	该途径中的所有SZGR 2.0基因
TIEN INTESTINE PROBIOTICS 24HR DN	214	133	该途径中的所有SZGR 2.0基因
DODD NASOPHARYNGEAL CARCINOMA DN	1375	806	该途径中的所有SZGR 2.0基因
罗德里格甲状腺癌的分化不佳	633	376	该途径中的所有SZGR 2.0基因
RODRIGUES THYROID CARCINOMA ANAPLASTIC UP	722	443	该途径中的所有SZGR 2.0基因
KOKKINAKIS METHIONINE DEPRIVATION 48HR UP	128	95	该途径中的所有SZGR 2.0基因
kokkinakis甲硫氨酸剥夺96小时	117	84	该途径中的所有SZGR 2.0基因
Scheidereit IKK相互作用蛋白	58	45	该途径中的所有SZGR 2.0基因
DACOSTA UV RESPONSE VIA ERCC3 DN	855	609	该途径中的所有SZGR 2.0基因
AMUNDSON RESPONSE TO ARSENITE	217	143	该途径中的所有SZGR 2.0基因
GRUETZMANN PANCREATIC CANCER UP	358	245	该途径中的所有SZGR 2.0基因
TSAI对电离辐射的响应	149	101	该途径中的所有SZGR 2.0基因
PUJANA ATM PCC NETWORK	1442	892	该途径中的所有SZGR 2.0基因
NUYTTEN NIPP1 TARGETS UP	769	437	该途径中的所有SZGR 2.0基因
NUYTTEN EZH2 TARGETS UP	1037	673	该途径中的所有SZGR 2.0基因
buytaert光动力疗法压力	811	508	该途径中的所有SZGR 2.0基因
SHEN SMARCA2 TARGETS UP	424	268	该途径中的所有SZGR 2.0基因
张对IKK抑制剂和TNF的反应	223	140	该途径中的所有SZGR 2.0基因
MORI PRE BI LYMPHOCYTE DN	77	49	该途径中的所有SZGR 2.0基因
FLECHNER BIOPSY KIDNEY TRANSPLANT OK VS DONOR UP	555	346	该途径中的所有SZGR 2.0基因
ALCALAY AML BY NPM1 LOCALIZATION UP	140	83	该途径中的所有SZGR 2.0基因
THEILGAARD NEUTROPHIL AT SKIN WOUND UP	77	52	该途径中的所有SZGR 2.0基因
Petrova内皮淋巴与血液DN	162	102	该途径中的所有SZGR 2.0基因
PETROVA PROX1 TARGETS DN	64	38	该途径中的所有SZGR 2.0基因
TAVOR CEBPA TARGETS UP	48	36	该途径中的所有SZGR 2.0基因
IGLESIAS E2F TARGETS UP	151	103	该途径中的所有SZGR 2.0基因
WEIGEL OXIDATIVE STRESS BY HNE AND H2O2	39	29	该途径中的所有SZGR 2.0基因
Hedenfalk乳腺癌bracx	20	14	该途径中的所有SZGR 2.0基因
王顺铂反应和XPC DN	228	146	该途径中的所有SZGR 2.0基因
YIH RESPONSE TO ARSENITE C2	18	15	该途径中的所有SZGR 2.0基因
kayo卡路里限制肌肉	95	64	该途径中的所有SZGR 2.0基因
BURTON ADIPOGENESIS 6	189	112	该途径中的所有SZGR 2.0基因
KRIGE RESPONSE TO TOSEDOSTAT 6HR UP	953	554	该途径中的所有SZGR 2.0基因
Krige对Tosedostat的反应24小时	783	442	该途径中的所有SZGR 2.0基因
Creighton内分泌疗法抗性3	720	440	该途径中的所有SZGR 2.0基因
FOSTER TOLERANT MACROPHAGE UP	156	92	该途径中的所有SZGR 2.0基因
HELLER SILENCED BY METHYLATION UP	282	183	该途径中的所有SZGR 2.0基因
Chen Hoxa5靶向9小时	223	132	该途径中的所有SZGR 2.0基因
甜肺癌克拉斯	491	316	该途径中的所有SZGR 2.0基因
SWEET KRAS ONCOGENIC SIGNATURE	89	56	该途径中的所有SZGR 2.0基因
MILI PSEUDOPODIA HAPTOTAXIS UP	518	299	该途径中的所有SZGR 2.0基因
WORSCHECH TUMOR EVASION AND TOLEROGENICITY DN	14	11	该途径中的所有SZGR 2.0基因
YAO TEMPORAL RESPONSE TO PROGESTERONE CLUSTER 14	143	86	该途径中的所有SZGR 2.0基因
BRUINS UVC RESPONSE LATE	1137	655	该途径中的所有SZGR 2.0基因
LEE BMP2 TARGETS DN	882	538	该途径中的所有SZGR 2.0基因
wakabayashi脂肪生成PPARG RXRA绑定8D	882	506	该途径中的所有SZGR 2.0基因
wakabayashi脂肪形成PPARG RXRA与H4K20me1标记结合	145	82	该途径中的所有SZGR 2.0基因
PHONG TNF RESPONSE VIA P38 PARTIAL	160	106	该途径中的所有SZGR 2.0基因
PHONG TNF RESPONSE NOT VIA P38	337	236	该途径中的所有SZGR 2.0基因
ZWANG TRANSIENTLY UP BY 1ST EGF PULSE ONLY	1839年	928	该途径中的所有SZGR 2.0基因

基因页：TANK