基因页：CDH13

概括？
基因 1012
象征 CDH13
同义词 CDHH | P105
描述 钙粘蛋白13
参考 MIM：601364|HGNC：HGNC：1753|ENSEMBL：ENSG00000140945|HPRD：03219|Vega：Otthumg00000176635
基因类型 蛋白质编码
地图位置 16Q23.3
胎儿β -1.819
DMG 1（＃研究）
主持人 迈尔斯的顺式和跨性别
元
支持 细胞粘附和透射信号传导
G2CDB.HUMAN_BAYES-COLLINS-HUMAN-PSD-CONSESUS
G2CDB.HUMAN_BAYES-COLLINS-HUMAN-PSD-FULL
G2CDB.HUMAN_BAYES-COLLINS-MOUSE-PSD-CONSUS
COMPOSITESET

数据源中的基因
基因集名称 基因组方法 描述 信息
简历：Gwascat 全基因组关联研究 该数据集包括与精神分裂症相关的560个SNP。总共将486个基因映射到50kb内的这些SNP。
CV：GWASDB 全基因组关联研究 精神分裂症的GWASDB记录
简历：PGCNP 全基因组协会研究 GWAS
DMG：JAFFE_2016 全基因组DNA甲基化分析 该数据集包括与SZ患者相关的2,104个探针/CPG（n = 108），而在Bonferroni调整后的P <0.05时，其中136个对照。 1
PMID：cooccur 高通量文献搜索 PubMed中的系统搜索与SCZ关键字共发生的基因。总共包括3027个基因。
文学 高通量文献搜索 与精神分裂症关键词共同存在：精神分裂症，精神分裂症 点击显示详细信息
go_annotation 将与神经相关的关键字映射到基因本体论注释 与神经相关的关键字的命中：1

第一节遗传学和表观遗传学注释

@差异甲基化基因

探测 染色体 位置 最近的基因 p（dis） beta（dis） fdr（dis） 学习
CG05949171 16 82660596 CDH13 4.32e-10 -0.036 7.89e-7 DMG：JAFFE_2016

@EQTL注释

SNP ID 染色体 位置 主持人 Gene Entrez ID PVALUE QVALUE TSS距离 EQTL类型
RS12201810 CHR6 51409683 CDH13 1012 0.14 反式

第二节。转录组注释

一般基因表达（GTEX）

无法使用

Devlopment期间的基因表达（BrainCloud）

脚注：
总共绘制了269个时间点，n = 38个胎儿样品（x = 1：38）。每个三角形代表一个时间点。

时间变化的基因表达（brainspan）

脚注：
SC：亚皮质区域；SM：感觉运动区域；FC：额叶皮层；和TP：颞顶皮层
ST1：胎儿（13-26个概念后周），ST2：婴儿早期至童年（4个月至11年）和ST3：青春期至成年期（13-23年）
所示的栏表示表达分布的较低25％和上层25％。

大脑区域的顶级共表达基因

前10个积极共表达的基因
基因 皮尔逊的相关性 斯皮尔曼的相关性
NCAPH 0.98 0.66
DTL 0.97 0.69
GTSE1 0.97 0.70
NUSAP1 0.97 0.71
永恒 0.97 0.63
kif2c 0.97 0.70
CDC45L 0.97 0.68
ORC1L 0.97 0.63
MCM10 0.97 0.71
TACC3 0.97 0.66
前10个负共表达基因
基因 皮尔逊的相关性 斯皮尔曼的相关性
FBXO2 -0.40 -0.55
C5orf53 -0.40 -0.57
asphd1 -0.39 -0.54
HLA-F -0.38 -0.50
SLC9A3R2 -0.38 -0.39
CCNI2 -0.38 -0.59
ADAP1 -0.38 -0.43
LHPP -0.37 -0.48
pth1r -0.37 -0.45
CA4 -0.37 -0.57

第三节。基因本体论注释

分子功能 去学期 证据 神经关键字 PubMed ID
去：0005509 钙离子结合 IEA -
GO：0042803 蛋白质同构化活性 IEA -
去：0030169 低密度脂蛋白结合 艾达 16013438
GO：0045296 钙粘蛋白结合 艾达 10601632
GO：0055100 脂联素结合 IEA -
生物过程 去学期 证据 神经关键字 PubMed ID
去：0002040 发芽血管生成 艾达 16873731
去：0001938 内皮细胞增殖的阳性调节 小鬼 15364621
去：0001954 细胞矩阵粘附的阳性调节 小鬼 17573778
去：0030100 调节内吞作用 小鬼 17573778
去：0007162 细胞粘附的负调控 艾达 14729458
去：0007156 同粒细胞粘附 IEA -
去：0007266 RHO蛋白信号转导 小鬼 15703273
去：0008285 细胞增殖的阴性调节 艾达 10737605
GO：0016601 RAC蛋白信号转导 小鬼 15703273
GO：0016339 钙依赖性细胞 - 细胞粘附 艾达 10601632
GO：0050927 阳性趋化性的阳性调节 艾达 16013438
GO：0042058 调节表皮生长因子受体信号通路 小鬼 17573778
去：0030335 细胞迁移的阳性调节 艾达 14729458
去：0030032 层状生物发生 艾达 15703273
GO：0045885 生存基因产物表达的阳性调节 小鬼 16099944
GO：0050850 钙介导的信号传导的阳性调节 艾达 16013438
GO：0043542 内皮细胞迁移 艾达 14729458
GO：0043616 角质形成细胞增殖 艾达 15816843
GO：0048661 平滑肌细胞增殖的阳性调节 小鬼 15364621
去：0055096 低密度脂蛋白介导的信号传导 艾达 16013438
GO：0051668 在膜内定位 小鬼 17573778
细胞分量 去学期 证据 神经关键字 PubMed ID
去：0043005 神经元投影 艾达 神经元，轴突，神经突，树突（GO期限：5） 10737605
去：0005615 细胞外空间 艾达 16873731
去：0005737 细胞质 艾达 10737605
去：0009897 质膜的外侧 IEA -
去：0005901 小屋 艾达 9650591
去：0005886 质膜 IEA -
GO：0031225 锚定在膜上 IEA -

V.途径注释

路径名 路径大小 ＃szgr 2.0基因 信息
Reactome细胞通信 120 77 该途径中的所有SZGR 2.0基因
Reactome Adherens连接相互作用 27 20 该途径中的所有SZGR 2.0基因
Reactome细胞连接组织 56 31 该途径中的所有SZGR 2.0基因
Reactome细胞连接组织 78 43 该途径中的所有SZGR 2.0基因
Davicioni分子臂与ERMS 332 228 该途径中的所有SZGR 2.0基因
乳腺癌腔与基础DN 455 304 该途径中的所有SZGR 2.0基因
Horiuchi WTAP靶向 306 188 该途径中的所有SZGR 2.0基因
Senese HDAC1靶向DN 260 143 该途径中的所有SZGR 2.0基因
甲状腺癌的甲状腺癌间变性 722 443 该途径中的所有SZGR 2.0基因
ENK UV响应角质形成细胞DN 485 334 该途径中的所有SZGR 2.0基因
下巴乳腺癌拷贝编号DN 16 10 该途径中的所有SZGR 2.0基因
Mahadevan GIST形态开关 15 11 该途径中的所有SZGR 2.0基因
由EWS FLT1融合绑定的Siligan 47 34 该途径中的所有SZGR 2.0基因
Dairkee Tert目标 380 213 该途径中的所有SZGR 2.0基因
Hatada甲基化在肺癌中 390 236 该途径中的所有SZGR 2.0基因
Schlesinger甲基化的癌症 88 64 该途径中的所有SZGR 2.0基因
Schaeffer前列腺开发48小时 487 286 该途径中的所有SZGR 2.0基因
Benporath Suz12目标 1038 678 该途径中的所有SZGR 2.0基因
陈神经母细胞瘤副本编号收益 50 35 该途径中的所有SZGR 2.0基因
阿尔茨海默氏病dn 1237 837 该途径中的所有SZGR 2.0基因
Traynor Rett综合征DN 19 14 该途径中的所有SZGR 2.0基因
Browne HCMV感染24小时DN 148 102 该途径中的所有SZGR 2.0基因
Browne HCMV感染14小时DN 298 200 该途径中的所有SZGR 2.0基因
Kayo衰老肌肉DN 123 76 该途径中的所有SZGR 2.0基因
Kaab心脏中心与心室DN 261 183 该途径中的所有SZGR 2.0基因
McClung Creb1靶向 100 72 该途径中的所有SZGR 2.0基因
麦克道尔急性肺损伤DN 48 33 该途径中的所有SZGR 2.0基因
马丁尼trabectedin抗性DN 49 34 该途径中的所有SZGR 2.0基因
肝癌DN中的阿塞维多甲基化 940 425 该途径中的所有SZGR 2.0基因
癌症中的甲基化 56 45 该途径中的所有SZGR 2.0基因
Bonome卵巢癌的生存次优秀 510 309 该途径中的所有SZGR 2.0基因
张TLX目标36hr 221 150 该途径中的所有SZGR 2.0基因
张TLX目标60小时 293 203 该途径中的所有SZGR 2.0基因
张TLX目标 108 78 该途径中的所有SZGR 2.0基因
Mikkelsen部分重编程为多能 10 6 该途径中的所有SZGR 2.0基因
Meissner Brain HCP带有H3K4ME3和H3K27ME3 1069 729 该途径中的所有SZGR 2.0基因
Hoshida肝癌后期复发 62 42 该途径中的所有SZGR 2.0基因
Li前列腺癌表观遗传 30 22 该途径中的所有SZGR 2.0基因
中村脂肪形成晚期 104 67 该途径中的所有SZGR 2.0基因
Browne HCMV感染30分钟DN 150 99 该途径中的所有SZGR 2.0基因
STAT3的Azare肿瘤转化 121 70 该途径中的所有SZGR 2.0基因
Lee BMP2目标 745 475 该途径中的所有SZGR 2.0基因
Smad2或Smad3的Koinuma目标 824 528 该途径中的所有SZGR 2.0基因
ikeda mir30目标dn 27 24 该途径中的所有SZGR 2.0基因
wakabayashi脂肪形成PPARG绑定8D 658 397 该途径中的所有SZGR 2.0基因
Pedrioli mir31靶向DN 418 245 该途径中的所有SZGR 2.0基因
Roessler肝癌转移 107 72 该途径中的所有SZGR 2.0基因
林乳腺干细胞向上 489 314 该途径中的所有SZGR 2.0基因

第六节。microRNA注释

mirna家族 目标位置 mirna id mirna seq
UTR开始 UTR结束 匹配方法
mir-181 224 230 M8 HSA-MIR-181A脑 aacauucaacgcugucggugagu
HSA-MIR-181BSZ aacauucauugcugucggggg
HSA-MIR-181C脑 aacauucaaccugucggugagu
HSA-MIR-181D脑 aacauucauuguugucggggguggguu
mir-30-5p 83 89 1a HSA-MIR-30A-5P uguaaaacauccuccugagaag
HSA-MIR-30C脑 uguaaacauccuacucucucucucagc
HSA-MIR-30DSZ uguaaacauccccgacuggaag
HSA-MIR-30BSZ uguaaacauccuaccucucagcu
HSA-MIR-30E-5P uguaaacauccuugacugga
mir-370 265 271 1a HSA-MIR-370脑 gccugggggguggaaccugg
mir-493-5p 873 880 1A，M8 HSA-MIR-493-5p uuguacaugguaggcuuucauu
mir-495 993 999 M8 HSA-MIR-495脑 Aaacaaacauggugcacuuuuu
mir-543 225 231 M8 HSA-MIR-543 aaacauucgcggugcacuucu