SZGR2 - Beplay体育中心

概括?

基因ID	10128
Symbol	LRPPRC
同义词	克隆- 23970 \| GP130\|LRP130\|LSFC
描述	富含亮氨酸的五肽重复
参考	MIM:607544\|HGNC:HGNC:15714\|Ensembl:ENSG00000138095\|HPRD:06343\|Vega：Otthumg00000152782
基因type	protein-coding
地图位置	2p21
Pascal P值	0.99
Sherlock P值	0.167
Fetal beta	0.032
DMG	2（＃研究）
eGene	前扣带回皮层BA24 尾状基底神经节小脑半球 Cerebellum Cortex 额叶皮质BA9 Hippocampus 下丘脑 Nucleus accumbens basal ganglia 梭子基底神经节 Meta
支持	g2cdb.humanpsd G2Cdb.humanPSP COMPOSITESET

数据源中的基因

基因set name	基因组方法	描述	Info
简历：PGCNP	全基因组协会研究	GWAS
DMG:Jaffe_2016	Genome-wide DNA methylation analysis	This dataset includes 2,104 probes/CpGs associated with SZ patients (n=108) compared to 136 controls at Bonferroni-adjusted P < 0.05.	2
DMG:Nishioka_2013	Genome-wide DNA methylation analysis	The authors investigated the methylation profiles of DNA in peripheral blood cells from 18 patients with first-episode schizophrenia (FESZ) and from 15 normal controls.	2
网络	人蛋白蛋白质相互作用网络中核心基因的最短路径距离	PPI网络中最短路径的贡献：0.0113

第一节遗传学和表观遗传学注释

差异甲基化基因

探测	Chromosome	Position	Nearest gene	P (dis)	beta（dis）	FDR (dis)	Study
cg26538116	2	44223328	LRPPRC		-0.02	0.85	DMG:Nishioka_2013
cg01913188	2	44223249	LRPPRC	5.68e-8	-0.009	1.46E-5	DMG:Jaffe_2016

EQTL注释

SNP ID	Chromosome	Position	eGene	基因Entrez ID	PVALUE	qvalue	TSS distance	eQTL type
RS6720846	2	44123073	LRPPRC	ENSG00000138095.14	7.419E-7	0.02	100071	gtex_brain_ba24
RS201507883	2	44123356	LRPPRC	ENSG00000138095.14	6.232E-7	0.02	99788	gtex_brain_ba24
rs3839036	2	44123672	LRPPRC	ENSG00000138095.14	9.063e-7	0.02	99472	gtex_brain_ba24
rs4953032	2	44128912	LRPPRC	ENSG00000138095.14	1.03E-6	0.02	94232	gtex_brain_ba24
rs397870554	2	44135775	LRPPRC	ENSG00000138095.14	2.164E-6	0.02	87369	gtex_brain_ba24
RS13384238	2	44155986	LRPPRC	ENSG00000138095.14	1.069E-6	0.02	67158	gtex_brain_ba24
RS4507144	2	44164481	LRPPRC	ENSG00000138095.14	1.172E-6	0.02	58663	gtex_brain_ba24
RS9309111	2	44165733	LRPPRC	ENSG00000138095.14	1.301E-6	0.02	57411	gtex_brain_ba24
RS28394191	2	44172444	LRPPRC	ENSG00000138095.14	1.948E-6	0.02	50700	gtex_brain_ba24
RS9309111	2	44165733	LRPPRC	ENSG00000138095.14	1.647E-6	0	57411	gtex_brain_putamen_basal
rs7594526	2	44173422	LRPPRC	ENSG00000138095.14	1.244E-6	0	49722	gtex_brain_putamen_basal
rs200897097	2	44209046	LRPPRC	ENSG00000138095.14	1.775E-6	0	14098	gtex_brain_putamen_basal
RS6752841	2	44209048	LRPPRC	ENSG00000138095.14	1.464E-7	0	14096	gtex_brain_putamen_basal
rs6753293	2	44235472	LRPPRC	ENSG00000138095.14	5.928E-7	0	-12328	gtex_brain_putamen_basal
RS6544735	2	44235780	LRPPRC	ENSG00000138095.14	8.664E-7	0	-12636	gtex_brain_putamen_basal
RS6544736	2	44236967	LRPPRC	ENSG00000138095.14	7.778E-7	0	-13823	gtex_brain_putamen_basal
rs9678931	2	44237335	LRPPRC	ENSG00000138095.14	5.261E-7	0	-14191	gtex_brain_putamen_basal
rs4131367	2	44237874	LRPPRC	ENSG00000138095.14	3.108E-7	0	-14730	gtex_brain_putamen_basal
rs10203839	2	44239095	LRPPRC	ENSG00000138095.14	2.966E-7	0	-15951	gtex_brain_putamen_basal
rs10186873	2	44241147	LRPPRC	ENSG00000138095.14	2.522E-6	0	-18003	gtex_brain_putamen_basal
RS11687002	2	44248383	LRPPRC	ENSG00000138095.14	2.429E-6	0	-25239	gtex_brain_putamen_basal
rs11683522	2	44249687	LRPPRC	ENSG00000138095.14	3.02E-6	0	-26543	gtex_brain_putamen_basal
rs11683574	2	44249811	LRPPRC	ENSG00000138095.14	9.302E-7	0	-26667	gtex_brain_putamen_basal
rs11684838	2	44250155	LRPPRC	ENSG00000138095.14	1.685E-6	0	-27011	gtex_brain_putamen_basal
rs11688286	2	44252765	LRPPRC	ENSG00000138095.14	2.024E-6	0	-29621	gtex_brain_putamen_basal
RS13007140	2	44258817	LRPPRC	ENSG00000138095.14	4.28E-7	0	-35673	gtex_brain_putamen_basal
RS7598793	2	44259490	LRPPRC	ENSG00000138095.14	1.928E-6	0	-36346	gtex_brain_putamen_basal
rs7598912	2	44259626	LRPPRC	ENSG00000138095.14	1.077E-6	0	-36482	gtex_brain_putamen_basal
rs6744602	2	44261185	LRPPRC	ENSG00000138095.14	2.652E-6	0	-38041	gtex_brain_putamen_basal
rs3853704	2	44261528	LRPPRC	ENSG00000138095.14	1.308E-6	0	-38384	gtex_brain_putamen_basal

Section II. Transcriptome annotation

基因ral gene expression (GTEx)

基因expression during devlopment (BrainCloud)

脚注：
总共绘制了269个时间点，n = 38个胎儿样品（x = 1：38）。每个三角形代表一个时间点。

基因expression of temporal and spatial changes (BrainSpan)

脚注：
SC: sub-cortical regions; SM: sensory-motor regions; FC: frontal cortex; and TP: temporal-parietal cortex
ST1: fetal (13 - 26 postconception weeks), ST2: early infancy to late childhood (4 months to 11 years), and ST3: adolescence to adulthood (13 - 23 years)
The bar shown representes the lower 25% and upper 25% of the expression distribution.

Top co-expressed genes in brain regions

Top 10 positively co-expressed genes
基因	皮尔逊的相关性	Spearman's Correlation
PHF6	0.97	0.94
PRPF40A	0.97	0.96
FAM76B	0.97	0.95
MSH6	0.96	0.96
PDCL	0.96	0.93
NUP205	0.96	0.95
PHF16	0.96	0.93
SMC3	0.96	0.96
DHX9	0.96	0.94
SP3	0.96	0.95

前10个负共表达基因
基因	皮尔逊的相关性	Spearman's Correlation
HLA-F	-0.68	-0.77
C5orf53	-0.67	-0.73
PTH1R	-0.66	-0.75
AIFM3	-0.66	-0.74
TNFSF12	-0.66	-0.68
AF347015.31	-0.66	-0.86
AF347015.27	-0.65	-0.84
FBXO2	-0.65	-0.66
FXYD1	-0.65	-0.86
MT-CO2	-0.65	-0.87

Section III. Gene Ontology annotation

Molecular function	去的术语	Evidence	Neuro keywords	PubMed ID
GO:0003677	DNA binding	IEA		-
去：0003723	RNA binding	NAS		12832482
GO:0005515	protein binding	新闻学会		17050673\|17353931
去：0008017	microtubule binding	塔斯		12762840
GO:0051015	actin filament binding	艾达		12762840
GO:0048487	beta-tubulin binding	艾达		12762840
Biological process	去的术语	Evidence	Neuro keywords	PubMed ID
GO:0006355	regulation of transcription, DNA-dependent	IEA		-
GO:0006350	transcription	IEA		-
去：0006810	transport	IEA		-
GO:0051028	mRNA transport	IEA		-
GO:0047497	线粒体沿着微管	塔斯		12762840
细胞分量	去的术语	Evidence	Neuro keywords	PubMed ID
去：0000794	condensed nuclear chromosome	艾达		12762840
GO:0005856	cytoskeleton	艾达		12762840
GO:0005634	核	艾达		12832482
GO:0005637	nuclear inner membrane	IEA		-
GO:0005640	nuclear outer membrane	IEA		-
GO:0005739	线粒体	艾达		12832482
GO:0016020	膜	IEA		-
GO:0048471	perinuclear region of cytoplasm	艾达		12762840

第四节。蛋白质蛋白相互作用注释

Interactors	Aliases B	Official full name B	Experimental	资源	PubMed ID
ARF6	DKFZp564M0264	ADP-核糖基化因子6	亲和力捕获ms	BioGRID	17353931
CECR2	KIAA1740	猫眼综合征染色体区域，候选2	-	HPRD，Biogrid	11827465
GABARAPL2	ATG8 \| GATE-16 \| GATE16 \| GEF-2 \| GEF2	GABA(A) receptor-associated protein-like 2	亲和力捕获ms	BioGRID	17353931
GSTK1	GST13	glutathione S-transferase kappa 1	亲和力捕获ms	BioGRID	17353931
HEBP2	C6ORF34B \| C6orf34 \| KIAA1244 \| PP23 \| SOUL	heme binding protein 2	-	HPRD，Biogrid	11827465
IKBKE	IKK-i \| IKKE \| IKKI \| KIAA0151 \| MGC125294 \| MGC125295 \| MGC125297	inhibitor of kappa light polypeptide gene enhancer in B-cells, kinase epsilon	亲和力捕获ms	BioGRID	17353931
MAGEA6	Mage-3b \|mage3b \|mage6 \|MGC52297	melanoma antigen family A, 6	亲和力捕获ms	BioGRID	17353931
MAGED1	DLXIN-1 \| NRAGE	黑色素瘤抗原家族D，1	亲和力捕获ms	BioGRID	17353931
MAP1S	bpy2ip1 \|C19orf5 \|FLJ10669 \|MAP8 \|MGC133087 \|VCY2IP-1 \|VCY2IP1	微管相关蛋白1s	-	HPRD，Biogrid	11827465
NEK6	SID6-1512	NIMA (never in mitosis gene a)-related kinase 6	亲和力捕获ms	BioGRID	17353931
PHLDA3	TIH1	pleckstrin homology-like domain, family A, member 3	亲和力捕获ms	BioGRID	17353931
PTP4A3	prl-3 \|prl-r \|PRL3	protein tyrosine phosphatase type IVA, member 3	亲和力捕获ms	BioGRID	17353931
TNFRSF10D	CD264 \|dcr2 \|TRAILR4 \|特伦德	tumor necrosis factor receptor superfamily, member 10d, decoy with truncated death domain	亲和力捕获ms	BioGRID	17353931
UXT	ART-27	普遍表达的转录本	-	HPRD，Biogrid	11827465
WDR8	FLJ20430 \|MGC99569	WD repeat domain 8	亲和力捕获ms	BioGRID	17353931

V.途径注释

Pathway name	Pathway size	＃szgr 2.0基因	Info
RHEIN ALL GLUCOCORTICOID THERAPY DN	362	238	该途径中的所有SZGR 2.0基因
TIEN INTESTINE PROBIOTICS 2HR DN	88	53	该途径中的所有SZGR 2.0基因
TIEN INTESTINE PROBIOTICS 6HR DN	167	100	该途径中的所有SZGR 2.0基因
tien肠益生菌24小时	557	331	该途径中的所有SZGR 2.0基因
DODD NASOPHARYNGEAL CARCINOMA DN	1375	806	该途径中的所有SZGR 2.0基因
罗德里格甲状腺癌的分化不佳	633	376	该途径中的所有SZGR 2.0基因
OUELLET卵巢癌侵入性与LMP UP	117	85	该途径中的所有SZGR 2.0基因
DACOSTA UV RESPONSE VIA ERCC3 DN	855	609	该途径中的所有SZGR 2.0基因
DACOSTA UV RESPONSE VIA ERCC3 COMMON DN	483	336	该途径中的所有SZGR 2.0基因
KIM MYC AMPLIFICATION TARGETS UP	201	127	该途径中的所有SZGR 2.0基因
LIAO METASTASIS	539	324	该途径中的所有SZGR 2.0基因
SHIPP DLBCL CURED VS FATAL DN	45	30	该途径中的所有SZGR 2.0基因
FLECHNER BIOPSY KIDNEY TRANSPLANT REJECTED VS OK DN	546	351	该途径中的所有SZGR 2.0基因
BLALOCK ALZHEIMERS DISEASE DN	1237	837	该途径中的所有SZGR 2.0基因
RODWELL AGING KIDNEY NO BLOOD DN	150	93	该途径中的所有SZGR 2.0基因
RODWELL AGING KIDNEY DN	145	88	该途径中的所有SZGR 2.0基因
BACOLOD RESISTANCE TO ALKYLATING AGENTS DN	60	45	该途径中的所有SZGR 2.0基因
KRIGE RESPONSE TO TOSEDOSTAT 6HR UP	953	554	该途径中的所有SZGR 2.0基因
KRIGE RESPONSE TO TOSEDOSTAT 6HR DN	911	527	该途径中的所有SZGR 2.0基因
KRIGE RESPONSE TO TOSEDOSTAT 24HR DN	1011	592	该途径中的所有SZGR 2.0基因
WONG MITOCHONDRIA GENE MODULE	217	122	该途径中的所有SZGR 2.0基因
Bochkis foxa2目标	425	261	该途径中的所有SZGR 2.0基因
MOOTHA PGC	420	269	该途径中的所有SZGR 2.0基因
LEE RECENT THYMIC EMIGRANT	227	128	该途径中的所有SZGR 2.0基因
Shedden肺癌的生存率差A6	456	285	该途径中的所有SZGR 2.0基因
开罗肝母细胞瘤上课	605	377	该途径中的所有SZGR 2.0基因
KIM ALL DISORDERS CALB1 CORR UP	548	370	该途径中的所有SZGR 2.0基因
LEE BMP2 TARGETS DN	882	538	该途径中的所有SZGR 2.0基因
Roessler肝癌转移DN	53	29	该途径中的所有SZGR 2.0基因

基因页：LRPPRC