基因页:CDH15
概括?
基因 | 1013 |
象征 | CDH15 |
同义词 | CDH14 | CDH3 | CDHM | MCAD | MRD3 |
描述 | 钙粘蛋白15 |
参考 | MIM:114019|HGNC:HGNC:1754|Ensembl:ENSG00000129910|HPRD:00225|Vega:Otthumg00000138045 |
基因类型 | 蛋白质编码 |
地图位置 | 16Q24.3 |
Pascal P值 | 0.002 |
胎儿β | -0.015 |
主持人 | 小脑 迈尔斯的顺式和跨性别 |
支持 | 细胞粘附和透射信号传导 |
数据源中的基因
基因集名称 | 基因组方法 | 描述 | 信息 |
---|---|---|---|
简历:PGCNP | 全基因组协会研究 | GWAS | |
PMID:cooccur | 高通量文献搜索 | PubMed中的系统搜索与SCZ关键字共发生的基因。总共包括3027个基因。 | |
文学 | 高通量文献搜索 | 与精神分裂症关键词共同存在:精神分裂症,精神分裂症 | 点击显示详细信息 |
第一节遗传学和表观遗传学注释
EQTL注释
SNP ID | 染色体 | 位置 | 主持人 | Gene Entrez ID | PVALUE | QVALUE | TSS距离 | EQTL类型 |
---|---|---|---|---|---|---|---|---|
RS17392743 | CHR1 | 54764240 | CDH15 | 1013 | 0.15 | 反式 | ||
RS2502827 | CHR1 | 176044216 | CDH15 | 1013 | 0.12 | 反式 | ||
RS12405921 | CHR1 | 206695730 | CDH15 | 1013 | 0.07 | 反式 | ||
RS17572651 | CHR1 | 218943612 | CDH15 | 1013 | 0 | 反式 | ||
RS16829545 | CHR2 | 151977407 | CDH15 | 1013 | 3.942e-21 | 反式 | ||
RS16841750 | CHR2 | 158288461 | CDH15 | 1013 | 0.15 | 反式 | ||
RS3845734 | CHR2 | 171125572 | CDH15 | 1013 | 1.978E-4 | 反式 | ||
RS7584986 | CHR2 | 184111432 | CDH15 | 1013 | 2.859E-10 | 反式 | ||
RS2183142 | CHR4 | 159232695 | CDH15 | 1013 | 0.02 | 反式 | ||
RS1396222 | CHR4 | 173279496 | CDH15 | 1013 | 0.14 | 反式 | ||
RS335980 | CHR4 | 173329784 | CDH15 | 1013 | 0.07 | 反式 | ||
RS337984 | CHR4 | 173411662 | CDH15 | 1013 | 0.15 | 反式 | ||
RS17762315 | CHR5 | 76807576 | CDH15 | 1013 | 5.54e-4 | 反式 | ||
RS7729096 | CHR5 | 76835927 | CDH15 | 1013 | 0.16 | 反式 | ||
RS9461864 | CHR6 | 33481468 | CDH15 | 1013 | 0.06 | 反式 | ||
RS3118341 | Chr9 | 25185518 | CDH15 | 1013 | 0.05 | 反式 | ||
RS11139334 | Chr9 | 84209393 | CDH15 | 1013 | 0.01 | 反式 | ||
RS2393316 | Chr10 | 59333070 | CDH15 | 1013 | 0 | 反式 | ||
RS1526959 | CHR12 | 79753789 | CDH15 | 1013 | 0.11 | 反式 | ||
RS16955618 | CHR15 | 29937543 | CDH15 | 1013 | 3.157E-33 | 反式 | ||
RS16945437 | CHR17 | 11797650 | CDH15 | 1013 | 0.18 | 反式 | ||
RS11873184 | CHR18 | 1584081 | CDH15 | 1013 | 0.09 | 反式 | ||
RS1041786 | CHR21 | 22617710 | CDH15 | 1013 | 1.155E-5 | 反式 | ||
RS16986332 | Chrx | 10958354 | CDH15 | 1013 | 0.06 | 反式 |
第二节。转录组注释
一般基因表达(GTEX)
![无法使用](http://www.tjghsg.com/bioinfo/SZGR/GeneImg/CDH15_DE_GTEx.png)
Devlopment期间的基因表达(BrainCloud)
脚注:
总共绘制了269个时间点,n = 38个胎儿样品(x = 1:38)。每个三角形代表一个时间点。
时间变化的基因表达(brainspan)
脚注:
SC:亚皮质区域;SM:感觉运动区域;FC:额叶皮层;和TP:颞顶皮层
ST1:胎儿(13-26个概念后周),ST2:婴儿早期至童年(4个月至11年)和ST3:青春期至成年期(13-23年)
所示的栏表示表达分布的较低25%和上层25%。
大脑区域没有共表达基因
V.途径注释
路径名 | 路径大小 | #szgr 2.0基因 | 信息 |
---|---|---|---|
kegg细胞粘附分子凸轮 | 134 | 93 | 该途径中的所有SZGR 2.0基因 |
Reactome发育生物学 | 396 | 292 | 该途径中的所有SZGR 2.0基因 |
Reactome细胞通信 | 120 | 77 | 该途径中的所有SZGR 2.0基因 |
Reactome Adherens连接相互作用 | 27 | 20 | 该途径中的所有SZGR 2.0基因 |
Reactome细胞连接组织 | 56 | 31 | 该途径中的所有SZGR 2.0基因 |
Reactome细胞连接组织 | 78 | 43 | 该途径中的所有SZGR 2.0基因 |
反应组肌发生 | 28 | 20 | 该途径中的所有SZGR 2.0基因 |
周的炎症反应生活 | 485 | 293 | 该途径中的所有SZGR 2.0基因 |
周炎性反应lps up | 431 | 237 | 该途径中的所有SZGR 2.0基因 |
洛佩兹MBD目标 | 957 | 597 | 该途径中的所有SZGR 2.0基因 |
Nikolsky乳腺癌16q24 Amplicon | 53 | 38 | 该途径中的所有SZGR 2.0基因 |
Jechlinger上皮到间充质转变 | 71 | 51 | 该途径中的所有SZGR 2.0基因 |
tarte浆细胞与Plasmablast向上 | 398 | 262 | 该途径中的所有SZGR 2.0基因 |
牙槽横纹肌肉瘤 | 98 | 64 | 该途径中的所有SZGR 2.0基因 |
HU遗传毒性损伤24小时 | 35 | 22 | 该途径中的所有SZGR 2.0基因 |
伊万诺娃造血细胞和祖细胞 | 681 | 420 | 该途径中的所有SZGR 2.0基因 |
Yoshioka肝癌早期复发DN | 65 | 31 | 该途径中的所有SZGR 2.0基因 |
Mikkelsen ES ICP与H3K4Me3 | 718 | 401 | 该途径中的所有SZGR 2.0基因 |