Gene Page:G3BP1

概括?
基因 10146
象征 G3BP1
Synonyms G3BP|HDH-VIII
Description G3BP应力颗粒组装因子1
Reference MIM:608431|HGNC:HGNC:30292|Ensembl:ENSG00000145907|HPRD:06569|Vega:OTTHUMG00000130123
Gene type protein-coding
Map location 5q33.1
Pascal p-value 0.488
Sherlock p-value 0.547
Fetal beta 1.57
DMG 1 (# studies)

数据源中的基因
Gene set name Method of gene set Description Info
CV:PGCnp Genome-wide Association Study GWAS
DMG:Wockner_2014 Genome-wide DNA methylation analysis This dataset includes 4641 differentially methylated probes corresponding to 2929 unique genes between schizophrenia patients (n=24) and controls (n=24). 1
GSMA_I Genome scan meta-analysis Psr: 0.0032
GSMA_IIA Genome scan meta-analysis (All samples) PSR：0.00459
GSMA_IIE 基因组扫描荟萃分析（欧洲官方样品） Psr: 0.01718

第一节遗传学和表观遗传学注释

@Differentially methylated gene

Probe Chromosome Position Nearest gene P (dis) Beta (dis) FDR (dis) Study
CG15345415 5 151150903 G3BP1 9.58e-6 -0.43 0.013 DMG:Wockner_2014


Section II. Transcriptome annotation

General gene expression (GTEx)

Not available

Gene expression during devlopment (BrainCloud)

脚注：
A total of 269 time points ploted, with n=38 fetal samples (x=1:38). Each triangle represents one time point.

Gene expression of temporal and spatial changes (BrainSpan)

脚注：
SC: sub-cortical regions; SM: sensory-motor regions; FC: frontal cortex; and TP: temporal-parietal cortex
死神:胎儿(13 - 26 postconception weeks), ST2: early infancy to late childhood (4 months to 11 years), and ST3: adolescence to adulthood (13 - 23 years)
The bar shown representes the lower 25% and upper 25% of the expression distribution.

No co-expressed genes in brain regions


Section III. Gene Ontology annotation

Molecular function 去的术语 Evidence Neuro keywords PubMed ID
GO:0000166 nucleotide binding IEA -
GO:0003676 nucleic acid binding IEA -
GO:0003677 DNA binding IEA -
GO:0003723 RNA binding IEA -
GO:0004003 依赖ATP的DNA解旋酶活性 TAS 9889278
GO:0004004 ATP-dependent RNA helicase activity TAS 9889278
GO:0005515 protein binding 新闻学会 8649363
GO:0005524 ATP binding IEA -
GO:0004519 endonuclease activity IEA -
GO:0004386 helicase activity IEA -
GO:0016787 hydrolase activity IEA -
生物过程 去的术语 Evidence Neuro keywords PubMed ID
GO:0007265 Ras protein signal transduction TAS 8649363
GO:0006810 运输 IEA -
Cellular component 去的术语 Evidence Neuro keywords PubMed ID
GO:0005622 intracellular IEA -
GO:0005634 nucleus TAS 9889278
GO:0005737 细胞质 IEA -
GO:0005886 plasma membrane IEA -

Section V. Pathway annotation

Pathway name Pathway size # SZGR 2.0 genes in pathway Info
通过CD40 UP的Hollmann凋亡 201 125 该途径中的所有SZGR 2.0基因
SENGUPTA NASOPHARYNGEAL CARCINOMA UP 294 178 该途径中的所有SZGR 2.0基因
igarashi atf4靶向dn 90 65 该途径中的所有SZGR 2.0基因
Chandran转移Top50上升 38 27 该途径中的所有SZGR 2.0基因
CHANDRAN METASTASIS TOP50 DN 45 26 该途径中的所有SZGR 2.0基因
FULCHER INFLAMMATORY RESPONSE LECTIN VS LPS UP 579 346 该途径中的所有SZGR 2.0基因
CASORELLI ACUTE PROMYELOCYTIC LEUKEMIA DN 663 425 该途径中的所有SZGR 2.0基因
DIAZ CHRONIC MEYLOGENOUS LEUKEMIA UP 1382 904 该途径中的所有SZGR 2.0基因
BORCZUK MALIGNANT MESOTHELIOMA UP 305 185 该途径中的所有SZGR 2.0基因
ODONNELL TFRC TARGETS DN 139 76 该途径中的所有SZGR 2.0基因
ODONNELL TARGETS OF MYC AND TFRC DN 45 25 该途径中的所有SZGR 2.0基因
TIEN INTESTINE PROBIOTICS 24HR UP 557 331 该途径中的所有SZGR 2.0基因
KINSEY TARGETS OF EWSR1 FLII FUSION UP 1278 748 该途径中的所有SZGR 2.0基因
BIDUS METASTASIS UP 214 134 该途径中的所有SZGR 2.0基因
DODD NASOPHARYNGEAL CARCINOMA DN 1375 806 该途径中的所有SZGR 2.0基因
ENK UV RESPONSE KERATINOCYTE DN 485 334 该途径中的所有SZGR 2.0基因
GRAESSMANN APOPTOSIS BY DOXORUBICIN UP 1142 669 该途径中的所有SZGR 2.0基因
GRAESSMANN RESPONSE TO MC AND DOXORUBICIN UP 612 367 该途径中的所有SZGR 2.0基因
MATTIOLI MGUS VS PCL 116 62 该途径中的所有SZGR 2.0基因
PATIL LIVER CANCER 747 453 该途径中的所有SZGR 2.0基因
GRUETZMANN PANCREATIC CANCER UP 358 245 该途径中的所有SZGR 2.0基因
SPIELMAN LYMPHOBLAST EUROPEAN VS ASIAN UP 479 299 该途径中的所有SZGR 2.0基因
PUJANA BRCA1 PCC NETWORK 1652 1023 该途径中的所有SZGR 2.0基因
PUJANA ATM PCC NETWORK 1442 892 该途径中的所有SZGR 2.0基因
PUJANA CHEK2 PCC NETWORK 779 480 该途径中的所有SZGR 2.0基因
GROSS HYPOXIA VIA HIF1A UP 77 49 该途径中的所有SZGR 2.0基因
GROSS HYPOXIA VIA ELK3 AND HIF1A DN 103 71 该途径中的所有SZGR 2.0基因
WEI MYCN TARGETS WITH E BOX 795 478 该途径中的所有SZGR 2.0基因
BENPORATH ES 1 379 235 该途径中的所有SZGR 2.0基因
BENPORATH SOX2 TARGETS 734 436 该途径中的所有SZGR 2.0基因
BENPORATH CYCLING GENES 648 385 该途径中的所有SZGR 2.0基因
Onder CDH1目标1 DN 169 102 该途径中的所有SZGR 2.0基因
BYSTRYKH HEMATOPOIESIS STEM CELL QTL TRANS 882 572 该途径中的所有SZGR 2.0基因
PENG GLUCOSE DEPRIVATION DN 169 112 该途径中的所有SZGR 2.0基因
FLECHNER BIOPSY KIDNEY TRANSPLANT REJECTED VS OK DN 546 351 该途径中的所有SZGR 2.0基因
NING CHRONIC OBSTRUCTIVE PULMONARY DISEASE UP 157 105 该途径中的所有SZGR 2.0基因
PENG GLUTAMINE DEPRIVATION DN 337 230 该途径中的所有SZGR 2.0基因
FLECHNER BIOPSY KIDNEY TRANSPLANT OK VS DONOR UP 555 346 该途径中的所有SZGR 2.0基因
MOREAUX B LYMPHOCYTE MATURATION BY TACI DN 73 45 该途径中的所有SZGR 2.0基因
TACI DN的Moreaux多发性骨髓瘤 172 107 该途径中的所有SZGR 2.0基因
IVANOVA HEMATOPOIESIS EARLY PROGENITOR 532 309 该途径中的所有SZGR 2.0基因
罗德斯癌元签名 64 47 该途径中的所有SZGR 2.0基因
Kayo衰老的肌肉 244 165 该途径中的所有SZGR 2.0基因
YAMAZAKI TCEB3 TARGETS DN 215 132 该途径中的所有SZGR 2.0基因
IVANOVA HEMATOPOIESIS INTERMEDIATE PROGENITOR 149 84 该途径中的所有SZGR 2.0基因
XU GH1 AUTOCRINE TARGETS UP 268 157 该途径中的所有SZGR 2.0基因
KRIGE RESPONSE TO TOSEDOSTAT 6HR DN 911 527 该途径中的所有SZGR 2.0基因
KRIGE RESPONSE TO TOSEDOSTAT 24HR DN 1011 592 该途径中的所有SZGR 2.0基因
POS HISTAMINE RESPONSE NETWORK 32 22 该途径中的所有SZGR 2.0基因
Han Satb1靶向DN 442 275 该途径中的所有SZGR 2.0基因
肌肉中的罗马胰岛素靶标 442 263 该途径中的所有SZGR 2.0基因
WONG EMBRYONIC STEM CELL CORE 335 193 该途径中的所有SZGR 2.0基因
CHANDRAN METASTASIS UP 221 135 该途径中的所有SZGR 2.0基因
WHITFIELD CELL CYCLE M G1 148 95 该途径中的所有SZGR 2.0基因
PILON KLF1 TARGETS DN 1972 1213 该途径中的所有SZGR 2.0基因
LEE BMP2 TARGETS DN 882 538 该途径中的所有SZGR 2.0基因

Section VI. microRNA annotation

miRNA family Target position miRNA ID miRNA seq
UTR start UTR end Match method
miR-124/506 796 802 m8 hsa-miR-506 UAAGGCACCCUUCUGAGUAGA
hsa-miR-124brain UAAGGCACGCGGUGAAUGCC
mir-135 1150 1156 1A hsa-miR-135a UAUGGCUUUUUAUUCCUAUGUGA
hsa-miR-135b Uauggcuuuucauuccuaugug
miR-151 658 664 1A hsa-miR-151brain ACUAGACUGAAGCUCCUUGAGG
mir-495 1172 1178 1A hsa-miR-495brain AAACAAACAUGGUGCACUUCUUU