基因页：CDK4

概括?
基因 1019
象征 CDK4
同义词 CMM3|PSK-J3
描述 细胞周期蛋白依赖性激酶4
参考 MIM:123829|HGNC:HGNC:1773|ENSEMBL：ENSG00000135446|HPRD：00447|Vega：Otthumg00000170382
基因type protein-coding
地图位置 12Q14
Pascal P值 0.601
Sherlock P值 0.833
Fetal beta 1.769
DMG 1（＃研究）

数据源中的基因
基因set name 基因组方法 描述 Info
简历：PGCNP 全基因组协会研究 GWAS
DMG:Jaffe_2016 Genome-wide DNA methylation analysis 该数据集包括与SZ患者相关的2,104个探针/CPG（n = 108），而在Bonferroni调整后的P <0.05时，其中136个对照。 1
PMID:cooccur 高通量文献搜索 Systematic search in PubMed for genes co-occurring with SCZ keywords. A total of 3027 genes were included.
文学 高通量文献搜索 与精神分裂症关键词共同存在：精神分裂症，精神分裂症 点击to show details
go_annotation Mapping neuro-related keywords to Gene Ontology annotations 与神经相关的关键字的命中：1
网络 人蛋白蛋白质相互作用网络中核心基因的最短路径距离 PPI网络中最短路径的贡献：0.1875

第一节遗传学和表观遗传学注释

@差异甲基化基因

探测 Chromosome Position 最近的基因 P (dis) beta（dis） FDR (dis) Study
CG22715954 12 58146426 CDK4 9.25E-9 -0.022 4.15e-6 DMG:Jaffe_2016


Section II. Transcriptome annotation

基因ral gene expression (GTEx)

无法使用

Devlopment期间的基因表达（BrainCloud）

脚注：
总共绘制了269个时间点，n = 38个胎儿样品（x = 1：38）。每个三角形代表一个时间点。

基因expression of temporal and spatial changes (BrainSpan)

脚注：
SC：亚皮质区域；SM：感觉运动区域；FC：额叶皮层；和TP：颞顶皮层
ST1：胎儿（13-26个概念后周），ST2：婴儿早期至童年（4个月至11年）和ST3：青春期至成年期（13-23年）
The bar shown representes the lower 25% and upper 25% of the expression distribution.

Top co-expressed genes in brain regions

前10个积极共表达的基因
基因 皮尔逊的相关性 斯皮尔曼的相关性
TUBGCP6 0.92 0.94
WDR59 0.90 0.91
RHOT2 0.89 0.88
LZTR1 0.89 0.91
SH2B1 0.88 0.91
NDST2 0.88 0.90
COG7 0.88 0.90
ZSWIM1 0.88 0.89
anks3 0.88 0.90
ABCC10 0.87 0.91
前10个负共表达基因
基因 皮尔逊的相关性 斯皮尔曼的相关性
AF347015.21 -0.72 -0.78
AF347015.31 -0.71 -0.73
AF347015.27 -0.70 -0.72
MT-CO2 -0.69 -0.71
AF347015.8 -0.68 -0.70
MT-CYB -0.67 -0.68
AF347015.33 -0.65 -0.66
AF347015.15 -0.64 -0.66
MT-ATP8 -0.62 -0.73
AF347015.2 -0.62 -0.64

Section III. Gene Ontology annotation

分子功能 去的术语 Evidence Neuro keywords PubMed ID
GO:0004693 细胞周期蛋白依赖性蛋白激酶活性 IEA neuron (GO term level: 8) -
GO:0000166 核苷酸结合 IEA -
GO:0005515 protein binding 新闻学会 9106657|11896535|15232106
|15558030|16169070
|17274640|17353931
|17909018
GO:0005524 ATP结合 IEA -
GO:0004672 protein kinase activity IEA -
GO:0016740 转移酶活性 IEA -
生物过程 去的术语 Evidence Neuro keywords PubMed ID
GO:0000082 G1/S transition of mitotic cell cycle 小鬼 7603984
去：0006468 蛋白氨基酸磷酸化 IEA -
去：0007165 信号转导 IEA -
去：0010468 基因表达的调节 小鬼 17420273
GO:0051301 细胞分裂 IEA -
GO:0048146 成纤维细胞增殖的阳性调节 小鬼 17420273
GO:0051726 细胞周期调节 IEA -
细胞分量 去的术语 Evidence Neuro keywords PubMed ID
去：0000307 cyclin-dependent protein kinase holoenzyme complex IEA -
去：0005829 cytosol 经验 9106657
GO:0005634 核 艾达 16109376
GO:0005654 核质 经验 9190208|16782892
GO:0005667 transcription factor complex IEA -

第四节。蛋白质蛋白相互作用注释

Interactors Aliases B Official full name B Experimental 资源 PubMed ID
ACTR3B ARP11 | ARP3BETA | DKFZp686O24114 ARP3肌动蛋白相关蛋白3同源物B（酵母） 亲和力捕获ms BioGRID 17353931
BAT3 BAG-6 | BAG6 | D6S52E | G3 HLA-B相关的成绩单3 两个杂交 BioGRID 16169070
Birc5 API4 |EPR-1 细菌病毒IAP重复含量5 - HPRD，Biogrid 10713676
BRCA1 BRCAI | BRCC1 | IRIS | PSCP | RNF53 乳腺癌1，早发 - HPRD，Biogrid 9244350
BRCA1 BRCAI | BRCC1 | IRIS | PSCP | RNF53 乳腺癌1，早发 BRCA1associates with CDK4 BIND 9244350
CAPNS1 30k |calpain4 |canp |canps |CAPN4 |CDPS 钙蛋白酶，小亚基1 两个杂交 BioGRID 16169070
CCND1 BCL1 | D11S287E | PRAD1 | U21B31 Cyclin D1 - HPRD 9150368|9837900
CCND1 BCL1 | D11S287E | PRAD1 | U21B31 Cyclin D1 CDK4 interacts with Cyclin D1. This interaction was modelled on a demonstrated interaction between human CDK4 and Cyclin D1 from an unspecified species. BIND 9228064
CCND1 BCL1 | D11S287E | PRAD1 | U21B31 Cyclin D1 CCND1（Cyclin D1）与CDK4相互作用。 BIND 8662825
CCND1 BCL1 | D11S287E | PRAD1 | U21B31 Cyclin D1 Affinity Capture-Western
Reconstituted Complex		 BioGRID 8259215|9837900
|10580009|11360184
CCND2 KIAK0002 | MGC102758 细胞周期蛋白D2 CCND2interacts with CDK4 BIND 11291051
CCND2 KIAK0002 | MGC102758 细胞周期蛋白D2 - HPRD，Biogrid 11358847
CCND3 - Cyclin D3 - HPRD，Biogrid 10342870
CDC37 P50CDC37 细胞分裂周期37同源物（S. cerevisiae） - HPRD，Biogrid 8666233|8703009
CDC7 cdc7l1 |HSCDC7 |HSK1 |MGC117361 |MGC126237 |MGC126238 |HUCDC7 细胞分裂cycle 7 homolog (S. cerevisiae) - HPRD 15232106
CDKN1A CAP20 | CDKN1 | CIP1 | MDA-6 | P21 | SDI1 | WAF1 | p21CIP1 cyclin-dependent kinase inhibitor 1A (p21, Cip1) CDK4与P21相互作用。 BIND 8999999
CDKN1B CDKN4 | KIP1 | MEN1B | MEN4 | P27KIP1 细胞周期蛋白依赖性激酶抑制剂1B（P27，KIP1） - HPRD，Biogrid 10908655
CDKN2A arf |cdk4i |CDKN2 |CMM2 |ink4 |ink4a |MLM |MTS1 |TP16 |P14 | p14ARF | p16 | p16INK4 | p16INK4a | p19 细胞周期蛋白依赖性激酶抑制剂2a（黑色素瘤，p16，抑制CDK4） P16与CDK4相互作用。这种相互作用是基于未指定物种的人类p16和CDK4之间的相互作用进行建模的。 BIND 9482104
CDKN2A arf |cdk4i |CDKN2 |CMM2 |ink4 |ink4a |MLM |MTS1 |TP16 |P14 | p14ARF | p16 | p16INK4 | p16INK4a | p19 细胞周期蛋白依赖性激酶抑制剂2a（黑色素瘤，p16，抑制CDK4） CDKN2A与CDK4相互作用 BIND 11556834
CDKN2A arf |cdk4i |CDKN2 |CMM2 |ink4 |ink4a |MLM |MTS1 |TP16 |P14 | p14ARF | p16 | p16INK4 | p16INK4a | p19 细胞周期蛋白依赖性激酶抑制剂2a（黑色素瘤，p16，抑制CDK4） - HPRD，Biogrid 9228064
CDKN2A arf |cdk4i |CDKN2 |CMM2 |ink4 |ink4a |MLM |MTS1 |TP16 |P14 | p14ARF | p16 | p16INK4 | p16INK4a | p19 细胞周期蛋白依赖性激酶抑制剂2a（黑色素瘤，p16，抑制CDK4） - HPRD 9228064|15232106
CDKN2A arf |cdk4i |CDKN2 |CMM2 |ink4 |ink4a |MLM |MTS1 |TP16 |P14 | p14ARF | p16 | p16INK4 | p16INK4a | p19 细胞周期蛋白依赖性激酶抑制剂2a（黑色素瘤，p16，抑制CDK4） P16与CDK4相互作用。这种相互作用是基于未指定物种的人类p16和CDK4之间的相互作用进行建模的。 BIND 10491434
CDKN2A arf |cdk4i |CDKN2 |CMM2 |ink4 |ink4a |MLM |MTS1 |TP16 |P14 | p14ARF | p16 | p16INK4 | p16INK4a | p19 细胞周期蛋白依赖性激酶抑制剂2a（黑色素瘤，p16，抑制CDK4） P16与CDK4相互作用。 BIND 8805225
CDKN2B cdk4i |ink4b |mts2 |P15 |TP15 |p15ink4b 细胞周期蛋白依赖性激酶抑制剂2B（P15，抑制CDK4） - HPRD 7478582|9111314
|9163429
CDKN2B cdk4i |ink4b |mts2 |P15 |TP15 |p15ink4b 细胞周期蛋白依赖性激酶抑制剂2B（P15，抑制CDK4） in vitro
体内
两个杂交		 BioGRID 9163429|16169070
|16189514
CDKN2C ink4c |P18 |p18-ink4c 细胞周期蛋白依赖性激酶抑制剂2C（P18，抑制CDK4） - HPRD，Biogrid 8001816
CDKN2C ink4c |P18 |p18-ink4c 细胞周期蛋白依赖性激酶抑制剂2C（P18，抑制CDK4） p18的未指定同工型与CDK4相互作用。这种相互作用是基于未指定物种的人P18和CDK4之间的相互作用进行建模的。 BIND 9482104
CDKN2D ink4d |P19 |p19-ink4d cyclin-dependent kinase inhibitor 2D (p19, inhibits CDK4) 两个杂交 BioGRID 16189514
宿雾 C/EBP-alpha | CEBP CCAAT/enhancer binding protein (C/EBP), alpha - HPRD，Biogrid 11684017
CNOT7 CAF1 | hCAF-1 CCR4不转录复合物，亚基7 - HPRD，Biogrid 10602502
DBNL ABP1 | HIP-55 | SH3P7 drebrin-like 亲和力捕获ms BioGRID 17353931
双子座4 DKFZp434B131 | DKFZp434D174 | HC56 | HCAP1 | HHRF-1 | p97 宝石（核管细胞器）相关蛋白4 亲和力捕获ms BioGRID 17353931
ifi27 FAM14D | ISG12 | ISG12A | P27 干扰素，α-诱导蛋白27 - HPRD 9837900
LYN FLJ26625 |JTK8 v-yes-1 Yamaguchi sarcoma viral related oncogene homolog 亲和力捕获ms BioGRID 17353931
MYC bHLHe39 | c-Myc v-myc myelocytomatosis viral oncogene homolog (avian) MYC（C-MYC）与CDK4启动子相互作用。 BIND 12857727
myod1 myf3 |Myod |PUM |BHLHC1 肌源分化1 - HPRD，Biogrid 10022835|10601020
ORC3L LAT | LATHEO | ORC3 origin recognition complex, subunit 3-like (yeast) - HPRD 15232106
PCNA MGC8367 proliferating cell nuclear antigen Affinity Capture-Western BioGRID 8259215
PSMD10 DJ889N15.2 |P28 蛋白酶体（Prosome，大蛋白）26S亚基，非ATPase，10 - HPRD，Biogrid 11779854
PTMA MGC104802 |TMSA 螺赛蛋白，α - HPRD 11310559
RB1 OSRC | RB | p105-Rb | pRb | pp110 视网膜细胞瘤1 CDK4磷酸化RB羧基末端。这种相互作用是在人Rb和小鼠CDK4之间的相互作用上建模的。 BIND 15241418
RFC1 A1 |MGC51786 |MHCBFB |po-ga |recc1 |RFC |RFC140 复制因子C（激活剂1）1，145KDA - HPRD，Biogrid 10353443
RPRM FLJ90327 |谴责 谴责，TP53依赖的G2逮捕调解员候选人 亲和力捕获ms BioGRID 17353931
Sertad1 SEI1 | TRIP-Br1 包含1的serta域 - HPRD，Biogrid 10580009|15065884
setDB1 eset |kg1t |KIAA0067 |KMT1E SET domain, bifurcated 1 两个杂交 BioGRID 16169070
Smad2 JV18 |JV18-1 |madh2 |Madr2 |MGC22139 |MGC34440 |HMAD-2 |HSMAD2 SMADfamily member 2 CDK4 phosphorylates Smad2. This interaction was modelled on a demonstrated interaction between Smad2 from an unspecified species and mouse CDK4. BIND 15241418
Smad3 DKFZP586N0721 |DKFZP686J10186 |HSPC193 |HST17436 |JV15-2 |madh3 |MGC60396 SMAD家庭成员3 CDK4在THR8，THR179，SER204，SER208和SER213上磷酸化Smad3。这种相互作用是在未指定物种和小鼠CDK4的SMAD3之间的相互作用上建模的。 BIND 15241418
SMC1A CDLS2 | DKFZp686L19178 | DXS423E | KIAA0178 | MGC138332 | SB1.8 | SMC1 | SMC1L1 | SMC1alpha | SMCB 染色体的结构维护1a 亲和力捕获ms BioGRID 17353931
SMC3 bam |BMH |CDLS3 |CSPG6 |HCAP |SMC3L1 染色体的结构维护3 亲和力捕获ms BioGRID 17353931
UBXN1 2B28 |UBXD10 UBX域蛋白1 亲和力捕获ms BioGRID 17353931
VTA1 C6orf55 |DRG-1 |DRG1 |FLJ27228 |HSPC228 |lip5 |MY012 |SBP1 VPS20相关1同源物（S. cerevisiae） 两个杂交 BioGRID 16189514


V.途径注释

Pathway name Pathway size ＃szgr 2.0基因 Info
KEGG CELL CYCLE 128 84 该途径中的所有SZGR 2.0基因
KEGG P53 SIGNALING PATHWAY 69 45 该途径中的所有SZGR 2.0基因
kegg thright连接点 134 86 该途径中的所有SZGR 2.0基因
kegg t细胞受体信号通路 108 89 该途径中的所有SZGR 2.0基因
KEGG PATHWAYS IN CANCER 328 259 该途径中的所有SZGR 2.0基因
kegg胰腺癌 70 56 该途径中的所有SZGR 2.0基因
Kegg神经胶质瘤 65 56 该途径中的所有SZGR 2.0基因
Kegg黑色素瘤 71 57 该途径中的所有SZGR 2.0基因
KEGG BLADDER CANCER 42 33 该途径中的所有SZGR 2.0基因
KEGG CHRONIC MYELOID LEUKEMIA 73 59 该途径中的所有SZGR 2.0基因
小细胞肺癌 84 67 该途径中的所有SZGR 2.0基因
KEGG非小细胞肺癌 54 47 该途径中的所有SZGR 2.0基因
Biocarta G1途径 28 21 该途径中的所有SZGR 2.0基因
生物卡塔尔细胞途径 23 15 该途径中的所有SZGR 2.0基因
Biocarta RaccyCD途径 26 23 该途径中的所有SZGR 2.0基因
Biocarta P53途径 16 13 该途径中的所有SZGR 2.0基因
BIOCARTA RB PATHWAY 13 11 该途径中的所有SZGR 2.0基因
SA G1 AND S PHASES 15 10 该途径中的所有SZGR 2.0基因
SA Reg Cyclin Expr的级联 13 7 该途径中的所有SZGR 2.0基因
PID SMAD2 3NUCLEAR PATHWAY 82 63 该途径中的所有SZGR 2.0基因
PID NFAT TFPATHWAY 47 39 该途径中的所有SZGR 2.0基因
PID MYC活动途径 79 62 该途径中的所有SZGR 2.0基因
PID ATF2途径 59 43 该途径中的所有SZGR 2.0基因
PID FOXM1途径 40 30 该途径中的所有SZGR 2.0基因
PID RB 1 Pathway 65 46 该途径中的所有SZGR 2.0基因
Reactome发育生物学 396 292 该途径中的所有SZGR 2.0基因
REACTOME MEIOSIS 116 81 该途径中的所有SZGR 2.0基因
REACTOME CELL CYCLE 421 253 该途径中的所有SZGR 2.0基因
Reactome细胞周期有丝分裂 325 185 该途径中的所有SZGR 2.0基因
REACTOME G1 PHASE 38 23 该途径中的所有SZGR 2.0基因
REACTOME MITOTIC G1 G1 S PHASES 137 79 该途径中的所有SZGR 2.0基因
REACTOME TRANSCRIPTIONAL REGULATION OF WHITE ADIPOCYTE DIFFERENTIATION 72 53 该途径中的所有SZGR 2.0基因
Reactome减数分裂重组 86 62 该途径中的所有SZGR 2.0基因
Reactome s阶段 109 66 该途径中的所有SZGR 2.0基因
Borczuk恶性间皮瘤 305 185 该途径中的所有SZGR 2.0基因
RHEIN ALL GLUCOCORTICOID THERAPY DN 362 238 该途径中的所有SZGR 2.0基因
JAATINEN HEMATOPOIETIC STEM CELL UP 316 190 该途径中的所有SZGR 2.0基因
多德鼻咽癌DN 1375 806 该途径中的所有SZGR 2.0基因
阿霉素DN的Graessmann凋亡 1781年 1082 该途径中的所有SZGR 2.0基因
开罗PML的目标是由Myc Up绑定 23 17 该途径中的所有SZGR 2.0基因
JOHANSSON GLIOMAGENESIS BY PDGFB UP 58 44 该途径中的所有SZGR 2.0基因
Nunoda对dasatinib imatinib的反应 29 20 该途径中的所有SZGR 2.0基因
Rashi对电离辐射1的响应1 45 27 该途径中的所有SZGR 2.0基因
MYLLYKANGAS AMPLIFICATION HOT SPOT 21 9 5 该途径中的所有SZGR 2.0基因
海登布拉德在软组织癌中扩增 13 7 该途径中的所有SZGR 2.0基因
patil肝癌 747 453 该途径中的所有SZGR 2.0基因
PUJANA BREAST CANCER LIT INT NETWORK 101 73 该途径中的所有SZGR 2.0基因
PUJANA BRCA1 PCC NETWORK 1652 1023 该途径中的所有SZGR 2.0基因
PUJANA CHEK2 PCC NETWORK 779 480 该途径中的所有SZGR 2.0基因
洛克伍德在肺癌中放大 214 139 该途径中的所有SZGR 2.0基因
Schaeffer前列腺开发6小时DN 514 330 该途径中的所有SZGR 2.0基因
BENPORATH MYC TARGETS WITH EBOX 230 156 该途径中的所有SZGR 2.0基因
Shin B细胞淋巴瘤簇5 18 11 该途径中的所有SZGR 2.0基因
NIKOLSKY BREAST CANCER 12Q13 Q21 AMPLICON 46 21 该途径中的所有SZGR 2.0基因
TCGA GLIOBLASTOMA COPY NUMBER UP 75 36 该途径中的所有SZGR 2.0基因
史密斯·泰特（Smith Tert） 145 91 该途径中的所有SZGR 2.0基因
Menssen MYC目标 53 35 该途径中的所有SZGR 2.0基因
Schuhmacher MYC的目标 80 57 该途径中的所有SZGR 2.0基因
PENG RAPAMYCIN RESPONSE DN 245 154 该途径中的所有SZGR 2.0基因
松本自然杀手差分 475 313 该途径中的所有SZGR 2.0基因
HOFMANN CELL LYMPHOMA UP 50 35 该途径中的所有SZGR 2.0基因
LEI MYB目标 318 215 该途径中的所有SZGR 2.0基因
棕色髓样细胞发育DN 129 86 该途径中的所有SZGR 2.0基因
亚伯拉罕ALPC与多发性骨髓瘤DN 19 14 该途径中的所有SZGR 2.0基因
IVANOVA HEMATOPOIESIS EARLY PROGENITOR 532 309 该途径中的所有SZGR 2.0基因
Hedenfalk乳腺癌遗传与零星 50 32 该途径中的所有SZGR 2.0基因
约瑟夫对丁酸钠DN的反应 64 45 该途径中的所有SZGR 2.0基因
PAL PRMT5 TARGETS UP 203 135 该途径中的所有SZGR 2.0基因
WU HBX TARGETS 3 UP 18 11 该途径中的所有SZGR 2.0基因
Maclachlan BRCA1靶向 21 16 该途径中的所有SZGR 2.0基因
GERHOLD ADIPOGENESIS DN 64 44 该途径中的所有SZGR 2.0基因
张对Cantharidin DN的反应 69 46 该途径中的所有SZGR 2.0基因
李小脑老化 84 58 该途径中的所有SZGR 2.0基因
莫迪海马产前 42 33 该途径中的所有SZGR 2.0基因
Lee Calorie限制新皮层DN 88 58 该途径中的所有SZGR 2.0基因
HEDENFALK BREAST CANCER BRCA1 VS BRCA2 163 113 该途径中的所有SZGR 2.0基因
老化老式的DN 56 35 该途径中的所有SZGR 2.0基因
WELCSH BRCA1 TARGETS DN 141 92 该途径中的所有SZGR 2.0基因
BURTON ADIPOGENESIS 9 92 59 该途径中的所有SZGR 2.0基因
BILD MYC ONCOGENIC SIGNATURE 206 117 该途径中的所有SZGR 2.0基因
Creighton内分泌疗法抗性1 528 324 该途径中的所有SZGR 2.0基因
MARSON BOUND BY FOXP3 STIMULATED 1022 619 该途径中的所有SZGR 2.0基因
SANSOM APC TARGETS REQUIRE MYC 210 123 该途径中的所有SZGR 2.0基因
Mir34b和Mir34C的丰田目标 463 262 该途径中的所有SZGR 2.0基因
Matzuk中央女性生育 29 25 该途径中的所有SZGR 2.0基因
MATZUK LUTEAL GENES 8 5 该途径中的所有SZGR 2.0基因
WHITEFORD PEDIATRIC CANCER MARKERS 116 63 该途径中的所有SZGR 2.0基因
GRESHOCK CANCER COPY NUMBER UP 323 240 该途径中的所有SZGR 2.0基因
Lee Liver Cancer生存DN 175 103 该途径中的所有SZGR 2.0基因
Zhan变量早期分化基因DN 30 19 该途径中的所有SZGR 2.0基因
清肝癌亚类未注释的DN 193 112 该途径中的所有SZGR 2.0基因
CAIRO HEPATOBLASTOMA UP 207 143 该途径中的所有SZGR 2.0基因
开罗肝母细胞瘤上课 605 377 该途径中的所有SZGR 2.0基因
dang myc的目标 143 100 该途径中的所有SZGR 2.0基因
DANG BOUND BY MYC 1103 714 该途径中的所有SZGR 2.0基因
黄胚胎干细胞核心 335 193 该途径中的所有SZGR 2.0基因
YAO TEMPORAL RESPONSE TO PROGESTERONE CLUSTER 14 143 86 该途径中的所有SZGR 2.0基因
YAO TEMPORAL RESPONSE TO PROGESTERONE CLUSTER 17 181 101 该途径中的所有SZGR 2.0基因
Pilon KLF1靶向DN 1972年 1213 该途径中的所有SZGR 2.0基因
LE NEURONAL DIFFERENTIATION DN 19 16 该途径中的所有SZGR 2.0基因

第六节。microRNA注释

mirna家族 目标位置 mirna id miRNA seq
UTR start UTR end Match method
miR-124.1 131 138 1a,m8 HSA-MIR-124A UUAAGGCACGCGGUGAAUGCCA
mir-486 258 264 1a hsa-miR-486 UCCUGUACUGAGCUGCCCCGAG