基因页：sema3a

Summary？
基因 10371
象征 sema3a
同义词 coll1 | hh16 | hsema-i | hsema-iii | sema1 | semad | semaiii | semal | semd | semd | coll-1
Description Semaphorin 3A
Reference MIM：603961|HGNC:HGNC:10723|Ensembl：ENSG00000075213|HPRD：04908|Vega：Otthumg0000000023443
基因类型 蛋白质编码
地图位置 7p12.1
Pascal P值 0.002
胎儿β 2.459
主持人 Myers' cis & trans

基因in Data Sources
基因集名称 基因组方法 Description 信息
简历：Gwascat Genome-wide Association Studies 该数据集包括与精神分裂症相关的560个SNP。总共将486个基因映射到50kb内的这些SNP。
CV:GWASdb Genome-wide Association Studies 精神分裂症的GWASDB记录
简历：PGCNP 全基因组协会研究 GWAS
PMID：cooccur High-throughput literature-search PubMed中的系统搜索与SCZ关键字共发生的基因。总共包括3027个基因。
Literature High-throughput literature-search 与精神分裂症关键词共同存在：精神分裂症，精神分裂症，精神分裂症 点击显示详细信息
go_annotation 将与神经相关的关键字映射到基因本体论注释 与神经相关的关键字的命中：1

Section I. Genetics and epigenetics annotation

@EQTL注释

SNP ID 染色体 位置 主持人 Gene Entrez ID PVALUE QVALUE TSS距离 EQTL类型
RS4887786 CHR16 74857551 sema3a 10371 0.12 反式

第二节。转录组注释

一般基因表达（GTEX）

无法使用

Devlopment期间的基因表达（BrainCloud）

Footnote:
总共绘制了269个时间点，n = 38个胎儿样品（x = 1：38）。每个三角形代表一个时间点。

时间变化的基因表达（brainspan）

Footnote:
SC：亚皮质区域；SM：感觉运动区域；FC：额叶皮层；和TP：颞顶皮层
ST1：胎儿（13-26个概念后周），ST2：婴儿早期至童年（4个月至11年）和ST3：青春期至成年期（13-23年）
所示的栏表示表达分布的较低25％和上层25％。

大脑区域的顶级共表达基因

前10个积极共表达的基因
基因 皮尔逊的相关性 斯皮尔曼的相关性
Rac3 0.92 0.90
NT5DC2 0.91 0.88
tubb3 0.88 0.86
tuba1a 0.88 0.87
VPS37D 0.88 0.87
fkbp1b 0.88 0.86
fbl 0.87 0.84
VAT1 0.87 0.81
DTD1 0.87 0.84
HN1 0.87 0.87
前10个负共表达基因
基因 皮尔逊的相关性 斯皮尔曼的相关性
HLA-F -0.66 -0.73
AF347015.27 -0.64 -0.79
tinagl1 -0.62 -0.73
AF347015.33 -0.62 -0.77
MT-CO2 -0.61 -0.76
C5orf53 -0.61 -0.62
AF347015.31 -0.61 -0.75
CA4 -0.61 -0.68
AIFM3 -0.61 -0.65
aldoc -0.60 -0.60

第三节。基因本体论注释

分子功能 去学期 证据 神经关键字 PubMed ID
GO:0004872 受体活性 IEA -
生物过程 去学期 证据 神经关键字 PubMed ID
去：0007399 nervous system development IEA 神经突（GO期限：5） -
去：0007275 多细胞生物发育 IEA -
去：0030154 细胞分化 IEA -
Cellular component 去学期 证据 神经关键字 PubMed ID
去：0005576 细胞外区域 TAS 8269517
去：0016020 membrane IEA -

Section V. Pathway annotation

路径名 路径大小 # SZGR 2.0 genes in pathway 信息
KEGG轴突指导 129 103 All SZGR 2.0 genes in this pathway
Reactome发育生物学 396 292 All SZGR 2.0 genes in this pathway
Reactome Axon指导 251 188 All SZGR 2.0 genes in this pathway
SEMA3A信号中的Reactome CRMP 14 14 All SZGR 2.0 genes in this pathway
REACTOME SEMA3A PAK DEPENDENT AXON REPULSION 15 14 All SZGR 2.0 genes in this pathway
Reactome Smaphorin相互作用 68 53 All SZGR 2.0 genes in this pathway
INHI REACTOME SEMA3A PLEXIN排斥信号BITING INTEGRIN ADHESION 13 9 All SZGR 2.0 genes in this pathway
PARENT MTOR SIGNALING UP 567 375 All SZGR 2.0 genes in this pathway
乳腺癌腔与间充质DN 460 312 All SZGR 2.0 genes in this pathway
乳腺癌基础与间充质DN 50 36 All SZGR 2.0 genes in this pathway
Dittmer PTHLH靶向DN 73 51 All SZGR 2.0 genes in this pathway
甲状腺癌的甲状腺癌间变性 722 443 All SZGR 2.0 genes in this pathway
受甲基化DN调节的Missiaglia 122 67 All SZGR 2.0 genes in this pathway
Seitz肿瘤转化通过8p删除 73 47 All SZGR 2.0 genes in this pathway
Nuytten EZH2靶向 1037 673 All SZGR 2.0 genes in this pathway
Stark前额叶皮层22Q11删除DN 517 309 All SZGR 2.0 genes in this pathway
Onder CDH1目标2 DN 464 276 All SZGR 2.0 genes in this pathway
Browne HCMV感染16小时DN 86 62 All SZGR 2.0 genes in this pathway
BACOLOD RESISTANCE TO ALKYLATING AGENTS UP 26 17 All SZGR 2.0 genes in this pathway
道格拉斯BMI1靶向DN 314 188 All SZGR 2.0 genes in this pathway
Zhang GATA6靶向DN 64 46 All SZGR 2.0 genes in this pathway
Zheng胶质母细胞瘤可塑性 250 168 All SZGR 2.0 genes in this pathway
YOSHIMURA MAPK8 TARGETS UP 1305 895 All SZGR 2.0 genes in this pathway
Shedden肺癌的生存率差A6 456 285 All SZGR 2.0 genes in this pathway
CAIRO LIVER DEVELOPMENT UP 166 105 All SZGR 2.0 genes in this pathway
Mikkelsen ES ICP与H3K4Me3 718 401 All SZGR 2.0 genes in this pathway
Mikkelsen NPC ICP带有H3K4Me3 445 257 All SZGR 2.0 genes in this pathway
Bruins通过TP53组D的UVC响应 280 158 All SZGR 2.0 genes in this pathway
ikeda mir30目标 116 87 All SZGR 2.0 genes in this pathway
PLASARI TGFB1 TARGETS 10HR DN 244 157 All SZGR 2.0 genes in this pathway
Zwang 3类由EGF瞬时诱导 222 159 All SZGR 2.0 genes in this pathway
NABA ECM有关联 171 89 All SZGR 2.0 genes in this pathway
NABA女性相关 753 411 All SZGR 2.0 genes in this pathway
NABA MATRISOME 1028 559 All SZGR 2.0 genes in this pathway

第六节。microRNA注释

mirna家族 目标位置 miRNA ID mirna seq
UTR开始 UTR结束 匹配方法
miR-145 2940 2946 M8 HSA-MIR-145 guccaguuucccaggaaucccuu
HSA-MIR-145 guccaguuucccaggaaucccuu
miR-15/16/195/424/497 2966 2972 M8 HSA-MIR-15Abrain uagcagcacauaugguugug
hsa-miR-16brain UAGCAGCACGUAAAUAUUGGCG
HSA-MIR-15Bbrain uagcagcacaucaugguuaca
HSA-MIR-195SZ uagcagaaaaauauuggc
hsa-miR-424 Cagcagcaauucauguuuugaa
HSA-MIR-497 cagcagcacacuguguuugu
HSA-MIR-15Abrain uagcagcacauaugguugug
hsa-miR-16brain UAGCAGCACGUAAAUAUUGGCG
HSA-MIR-15Bbrain uagcagcacaucaugguuaca
HSA-MIR-195SZ uagcagaaaaauauuggc
hsa-miR-424 Cagcagcaauucauguuuugaa
HSA-MIR-497 cagcagcacacuguguuugu
miR-196 2672 2678 1a HSA-MIR-196A uagguaguucauguugugug
HSA-MIR-196B uagguaguucuuguugg
mir-203.1 3013 3019 M8 hsa-miR-203 ugaaauguuuaggaccacuag
hsa-miR-203 ugaaauguuuaggaccacuag
mir-21 693 699 1a hsa-miR-21brain UAGCUUAUCAGACUGAUGUUGA
hsa-miR-590 gagcuuauucauaaaaagugcag
mir-217 669 676 1A，M8 hsa-miR-217 uacugcaucagaacugauuggau
mir-25/32/92/363/367 66 72 1a hsa-miR-25brain Cauugcacuugucucggucuga
HSA-MIR-32 uauugcacauacuaaguugc
HSA-MIR-92 uauugcacuugucccgcgcug
HSA-MIR-367 Aauugcacuuuagcaaugga
HSA-MIR-92BSZ uauugcacucgucccgcgcuc
mir-30-5p 104 111 1A，M8 HSA-MIR-30A-5P uguaaaacauccuccugagaag
hsa-miR-30cbrain UGUAAACAUCCUACACUCUCAGC
hsa-miR-30dSZ UGUAAACAUCCCCGACUGGAAG
hsa-miR-30bSZ uguaaacauccuaccucucagcu
hsa-miR-30e-5p UGUAAACAUCCUUGACUGGA
mir-320 610 616 M8 HSA-MIR-320 aaaagcugggugagaggggcgaa
mir-33 64 70 1a HSA-MIR-33 Gugcauuguuguugcauug
HSA-MIR-33b GUGCAUUGCUGUUGCAUUGCA
mir-330 612 618 1a HSA-MIR-330brain GCAAAGCACACGGCCUGCAGAGA
miR-362 436 443 1A，M8 HSA-MIR-362 aauccuuggaaccuaggugugugugugugagu
miR-365 91 97 1a HSA-MIR-365 UAAUGCCCCUAAAAAUCCUUAU
miR-379 450 456 M8 HSA-MIR-379brain UGGUAGACUAUGGAACGUA