基因Page:ST3GAL6

概括?
基因ID 10402
Symbol ST3GAL6
同义词 SIAT10|ST3GALVI
描述 ST3β-半乳糖苷Alpha-2,3-SiAlyLtransferase 6
参考 MIM:607156|HGNC:HGNC:18080|Ensembl:ENSG00000064225|HPRD:06195|
基因type protein-coding
地图位置 3q12.1
Pascal P值 0.362
Sherlock P值 0.075
TADA p-value 6.87E-4
DMG 1（＃研究）
eGene 迈尔斯的顺式和跨性别

数据源中的基因
基因集名称 基因组方法 描述 Info
简历：PGCNP Genome-wide Association Study GWAS
DMG:Wockner_2014 Genome-wide DNA methylation analysis This dataset includes 4641 differentially methylated probes corresponding to 2929 unique genes between schizophrenia patients (n=24) and controls (n=24). 1
DNM:Gulsuner_2013 Whole Exome Sequencing analysis 155 DNMs identified by exome sequencing of quads or trios of schizophrenia individuals and their parents.
GSMA_IIA 基因组扫描荟萃分析（所有样品） Psr: 0.04047
GSMA_IIE 基因组扫描荟萃分析（欧洲官方样品） Psr: 0.04359

第一节遗传学和表观遗传学注释

@DNM table

基因 Chromosome Position Ref Alt Transcript AA change Mutation type Sift CG46 Trait Study
ST3GAL6 chr3 98510770 A NN NM_001271142
NM_001271145
NM_001271146
NM_001271147
NM_001271148
NM_006100		 .
.
.
.
.
.		 边框
边框
边框
边框
边框
边框		 精神分裂症 DNM:Gulsuner_2013

@Differentially methylated gene

探测 Chromosome Position Nearest gene P (dis) beta（dis） FDR (dis) Study
cg07390647 3 98453086 ST3GAL6 4.903E-4 0.701 0.047 DMG:Wockner_2014

@eQTL annotation

SNP ID Chromosome Position eGene 基因Entrez ID pvalue qvalue TSS distance eQTL type
rs9647493 chr4 67315872 ST3GAL6 10402 0.16 trans
rs1512949 chr4 67317061 ST3GAL6 10402 0.13 trans

Section II. Transcriptome annotation

基因ral gene expression (GTEx)

Not available

基因expression of temporal and spatial changes (BrainSpan)

脚注：
SC: sub-cortical regions; SM: sensory-motor regions; FC: frontal cortex; and TP: temporal-parietal cortex
ST1: fetal (13 - 26 postconception weeks), ST2: early infancy to late childhood (4 months to 11 years), and ST3: adolescence to adulthood (13 - 23 years)
The bar shown representes the lower 25% and upper 25% of the expression distribution.

Top co-expressed genes in brain regions

Top 10 positively co-expressed genes
基因 Pearson's Correlation Spearman's Correlation
UFD1L 0.83 0.87
RPS7 0.83 0.89
PFDN5 0.82 0.89
MRPL11 0.81 0.83
PSMB1 0.81 0.83
POLR2G 0.81 0.86
RPL35 0.81 0.86
PMF1 0.81 0.82
SCNM1 0.80 0.86
RPL39L 0.80 0.81
Top 10 negatively co-expressed genes
基因 Pearson's Correlation Spearman's Correlation
SYNM -0.59 -0.67
MUC5B -0.58 -0.73
myh14 -0.58 -0.71
EPAS1 -0.57 -0.71
BCL2L2 -0.57 -0.66
SLC6A12 -0.57 -0.68
AL132868.3 -0.57 -0.65
ZBTB7B -0.56 -0.66
TNS1 -0.55 -0.68
ZBTB47 -0.55 -0.60

Section III. Gene Ontology annotation

Molecular function 去的术语 Evidence Neuro keywords PubMed ID
去：0008373 sialyltransferase activity 塔斯 10206952
Biological process 去的术语 Evidence Neuro keywords PubMed ID
GO:0006486 protein amino acid glycosylation IEA -
GO:0006040 amino sugar metabolic process 塔斯 10206952
GO:0009249 protein lipoylation 塔斯 10206952
GO:0006664 glycolipid metabolic process 塔斯 10206952
细胞分量 去的术语 Evidence Neuro keywords PubMed ID
去：0000139 高尔基膜 IEA -
GO:0005794 Golgi apparatus IEA -
GO:0016020 膜 IEA -
GO:0016021 integral to membrane 塔斯 10206952
GO:0030173 integral to Golgi membrane IEA -

V.途径注释

Pathway name Pathway size ＃szgr 2.0基因 Info
KEGG GLYCOSPHINGOLIPID BIOSYNTHESIS LACTO AND NEOLACTO SERIES 26 19 该途径中的所有SZGR 2.0基因
REACTOME PRE NOTCH EXPRESSION AND PROCESSING 44 24 该途径中的所有SZGR 2.0基因
REACTOME PRE NOTCH PROCESSING IN GOLGI 16 10 该途径中的所有SZGR 2.0基因
REACTOME KERATAN SULFATE BIOSYNTHESIS 26 18 该途径中的所有SZGR 2.0基因
REACTOME KERATAN SULFATE KERATIN METABOLISM 30 21 该途径中的所有SZGR 2.0基因
Reactome糖胺聚糖代谢 111 69 该途径中的所有SZGR 2.0基因
REACTOME团体NALING BY NOTCH 103 64 该途径中的所有SZGR 2.0基因
REACTOME METABOLISM OF CARBOHYDRATES 247 154 该途径中的所有SZGR 2.0基因
Onken紫菜叶黑色素瘤DN 526 357 该途径中的所有SZGR 2.0基因
SCHUETZ BREAST CANCER DUCTAL INVASIVE UP 351 230 该途径中的所有SZGR 2.0基因
TURASHVILI BREAST NORMAL DUCTAL VS LOBULAR UP 68 40 该途径中的所有SZGR 2.0基因
TURASHVILI BREAST DUCTAL CARCINOMA VS DUCTAL NORMAL DN 198 110 该途径中的所有SZGR 2.0基因
Fulcher炎症反应凝集素与LPS 579 346 该途径中的所有SZGR 2.0基因
thum收缩性心力衰竭 423 283 该途径中的所有SZGR 2.0基因
Basaki YBX1靶向DN 384 230 该途径中的所有SZGR 2.0基因
vecchi胃癌早期DN 367 220 该途径中的所有SZGR 2.0基因
Landis乳腺癌进展DN 70 43 该途径中的所有SZGR 2.0基因
LANDIS ERBB2 BREAST PRENEOPLASTIC DN 55 33 该途径中的所有SZGR 2.0基因
GAUSSMANN MLL AF4 FUSION TARGETS A UP 191 128 该途径中的所有SZGR 2.0基因
LANDIS ERBB2 BREAST TUMORS 324 DN 149 93 该途径中的所有SZGR 2.0基因
WANG HCP PROSTATE CANCER 111 69 该途径中的所有SZGR 2.0基因
YANG BREAST CANCER ESR1 LASER DN 50 38 该途径中的所有SZGR 2.0基因
NUYTTEN NIPP1 TARGETS UP 769 437 该途径中的所有SZGR 2.0基因
NUYTTEN EZH2 TARGETS UP 1037 673 该途径中的所有SZGR 2.0基因
BUYTAERT PHOTODYNAMIC THERAPY STRESS UP 811 508 该途径中的所有SZGR 2.0基因
BENPORATH SUZ12 TARGETS 1038 678 该途径中的所有SZGR 2.0基因
PETRETTO CARDIAC HYPERTROPHY 34 26 该途径中的所有SZGR 2.0基因
GEORGES TARGETS OF MIR192 AND MIR215 893 528 该途径中的所有SZGR 2.0基因
Mori小型BII淋巴细胞DN 76 52 该途径中的所有SZGR 2.0基因
ROSS AML WITH PML RARA FUSION 77 62 该途径中的所有SZGR 2.0基因
BROCKE APOPTOSIS REVERSED BY IL6 144 98 该途径中的所有SZGR 2.0基因
松本自然杀手差分 475 313 该途径中的所有SZGR 2.0基因
BASSO CD40 SIGNALING DN 68 44 该途径中的所有SZGR 2.0基因
LI WILMS TUMOR VS FETAL KIDNEY 1 UP 182 119 该途径中的所有SZGR 2.0基因
IVANOVA HEMATOPOIESIS MATURE CELL 293 160 该途径中的所有SZGR 2.0基因
RAMALHO STEMNESS DN 74 55 该途径中的所有SZGR 2.0基因
CUI TCF21 TARGETS 2 DN 830 547 该途径中的所有SZGR 2.0基因
BAELDE DIABETIC NEPHROPATHY DN 434 302 该途径中的所有SZGR 2.0基因
Gavin Foxp3目标集群P4 100 62 该途径中的所有SZGR 2.0基因
Gavin Foxp3目标集群P7 90 52 该途径中的所有SZGR 2.0基因
KONDO EZH2 TARGETS 245 148 该途径中的所有SZGR 2.0基因
Heller HDAC靶向DN 292 189 该途径中的所有SZGR 2.0基因
Heller HDAC靶向由甲基化DN沉默 281 179 该途径中的所有SZGR 2.0基因
SMID BREAST CANCER BASAL UP 648 398 该途径中的所有SZGR 2.0基因
WEST ADRENOCORTICAL TUMOR DN 546 362 该途径中的所有SZGR 2.0基因
Lin肿瘤从免疫攻击中逃脱 18 12 该途径中的所有SZGR 2.0基因
Goldrath抗原反应 346 192 该途径中的所有SZGR 2.0基因
RUTELLA RESPONSE TO CSF2RB AND IL4 UP 338 225 该途径中的所有SZGR 2.0基因
RUTELLA RESPONSE TO HGF UP 418 282 该途径中的所有SZGR 2.0基因
RUTELLA RESPONSE TO HGF VS CSF2RB AND IL4 DN 245 150 该途径中的所有SZGR 2.0基因
霍夫曼（Hoffmann 75 61 该途径中的所有SZGR 2.0基因
Han Satb1靶向 395 249 该途径中的所有SZGR 2.0基因
HAN SATB1 TARGETS DN 442 275 该途径中的所有SZGR 2.0基因
BOYAULT LIVER CANCER SUBCLASS G123 DN 51 30 该途径中的所有SZGR 2.0基因
CHIANG LIVER CANCER SUBCLASS PROLIFERATION DN 179 97 该途径中的所有SZGR 2.0基因
Hoshida肝癌晚期复发DN 69 48 该途径中的所有SZGR 2.0基因
Yagi AML与11q23重新排列 351 238 该途径中的所有SZGR 2.0基因
开罗肝母细胞瘤DN 267 160 该途径中的所有SZGR 2.0基因
YAO TEMPORAL RESPONSE TO PROGESTERONE CLUSTER 15 35 23 该途径中的所有SZGR 2.0基因
LI INDUCED T TO NATURAL KILLER UP 307 182 该途径中的所有SZGR 2.0基因
BRUINS UVC RESPONSE LATE 1137 655 该途径中的所有SZGR 2.0基因
KATSANOU ELAVL1 TARGETS DN 148 88 该途径中的所有SZGR 2.0基因
KOHOUTEK CCNT2 TARGETS 58 35 该途径中的所有SZGR 2.0基因
WAKABAYASHI ADIPOGENESIS PPARG BOUND 8D 658 397 该途径中的所有SZGR 2.0基因
HUANG GATA2 TARGETS DN 72 52 该途径中的所有SZGR 2.0基因
ACEVEDO FGFR1 TARGETS IN PROSTATE CANCER MODEL UP 289 184 该途径中的所有SZGR 2.0基因

Section VI. microRNA annotation

miRNA family Target position mirna id miRNA seq
UTR开始 UTR end Match method
miR-27 147 153 1A hsa-miR-27a脑 UUCACAGUGGCUAAGUUCCGC
hsa-miR-27b脑 UUCACAGUGGCUAAGUUCUGC