Gene Page:OLFM1

概括?
基因 10439
象征 OLFM1
Synonyms AMY|NOE1|NOELIN1|OlfA
Description olfactomedin 1
Reference MIM:605366|HGNC:HGNC:17187|Ensembl:ENSG00000130558|HPRD:09249|Vega:OTTHUMG00000020897
Gene type protein-coding
Map location 9q34.3
Pascal p-value 0.424
Sherlock p-value 0.756
度p-value 度:Maycox_2009:CC_BA10_fold_change=-1.16:CC_BA10_disease_P=0.0212:HBB_BA9_fold_change=-1.18:HBB_BA9_disease_P=0.0222
Fetal beta -2.459
eGene Myers' cis & trans
Support G2Cdb.human_BAYES-COLLINS-HUMAN-PSD-FULL
G2Cdb.human_BAYES-COLLINS-MOUSE-PSD-CONSENSUS
G2Cdb.humanPSD
G2Cdb.humanPSP
COMPOSITESET
Darnell FMRP targets

数据源中的基因
Gene set name Method of gene set Description Info
CV:PGCnp Genome-wide Association Study GWAS
度:Maycox_2009 Microarray to determine the expression of over 30000 mRNA transcripts in post-mortem tissue We included 51 genes whose expression changes are common between two schizophrenia cohorts.
GO_Annotation Mapping neuro-related keywords to Gene Ontology annotations 与神经相关的关键字的命中：1

第一节遗传学和表观遗传学注释

@eQTL annotation

SNP ID Chromosome Position eGene Gene Entrez ID pvalue qvalue TSS distance eQTL type
rs2809658 chr1 43050395 OLFM1 10439 0.1 trans

Section II. Transcriptome annotation

General gene expression (GTEx)

Not available

Gene expression during devlopment (BrainCloud)

脚注：
A total of 269 time points ploted, with n=38 fetal samples (x=1:38). Each triangle represents one time point.

Gene expression of temporal and spatial changes (BrainSpan)

脚注：
SC: sub-cortical regions; SM: sensory-motor regions; FC: frontal cortex; and TP: temporal-parietal cortex
ST1: fetal (13 - 26 postconception weeks), ST2: early infancy to late childhood (4 months to 11 years), and ST3: adolescence to adulthood (13 - 23 years)
The bar shown representes the lower 25% and upper 25% of the expression distribution.

Top co-expressed genes in brain regions

Top 10 positively co-expressed genes
Gene Pearson's Correlation Spearman's Correlation
HOXB2 0.95 0.07
IRX2 0.89 0.13
IRX1 0.73 0.13
WFIKKN2 0.57 0.04
NRP1 0.56 0.08
ROBO3 0.54 0.22
PRDM6 0.52 0.29
TMC5 0.40 0.28
RAB42 0.38 0.05
MXRA5 0.35 0.16
Top 10 negatively co-expressed genes
Gene Pearson's Correlation Spearman's Correlation
BAG1 -0.07 -0.08
ZNF771 -0.07 0.12
LGI4 -0.07 0.16
GDF1 -0.07 0.05
C1orf151 -0.07 0.21
LHPP -0.07 0.26
ZNF444 -0.07 0.04
MRPL41 -0.07 0.15
DUSP28 -0.07 -0.03
WFIKKN1 -0.06 -0.01

Section III. Gene Ontology annotation

Molecular function 去的术语 Evidence Neuro keywords PubMed ID
GO:0005515 protein binding 新闻学会 17043677
生物过程 去的术语 Evidence Neuro keywords PubMed ID
GO:0007399 神经系统的发展 TAS neurite (GO term level: 5) 9039501
GO:0007275 multicellular organismal development IEA -
Cellular component 去的术语 Evidence Neuro keywords PubMed ID
GO:0005788 endoplasmic reticulum lumen IEA -
GO:0005783 endoplasmic reticulum IEA -
去：0016020 membrane IEA -

V.途径注释

Pathway name Pathway size # SZGR 2.0 genes in pathway Info
ONKEN UVEAL MELANOMA UP 783 507 该途径中的所有SZGR 2.0基因
SENESE HDAC3 TARGETS UP 501 327 该途径中的所有SZGR 2.0基因
DODD NASOPHARYNGEAL CARCINOMA DN 1375 806 该途径中的所有SZGR 2.0基因
GOZGIT ESR1 TARGETS DN 781 465 该途径中的所有SZGR 2.0基因
冷吉非替尼抵抗 85 57 该途径中的所有SZGR 2.0基因
HAMAI APOPTOSIS VIA TRAIL UP 584 356 该途径中的所有SZGR 2.0基因
WONG ENDMETRIUM CANCER DN 82 53 该途径中的所有SZGR 2.0基因
MARTORIATI MDM4 TARGETS FETAL LIVER DN 514 319 该途径中的所有SZGR 2.0基因
DAIRKEE TERT TARGETS DN 124 79 该途径中的所有SZGR 2.0基因
Hatada甲基化在肺癌中 390 236 该途径中的所有SZGR 2.0基因
WILLIAMS ESR1 TARGETS UP 26 16 该途径中的所有SZGR 2.0基因
SCHAEFFER PROSTATE DEVELOPMENT 12HR DN 57 45 该途径中的所有SZGR 2.0基因
Schaeffer Sox9在前列腺发展中的目标DN 45 33 该途径中的所有SZGR 2.0基因
里克曼头颈癌 100 63 该途径中的所有SZGR 2.0基因
BENPORATH ES 1 379 235 该途径中的所有SZGR 2.0基因
STARK PREFRONTAL CORTEX 22Q11 DELETION UP 195 138 该途径中的所有SZGR 2.0基因
POMEROY MEDULLOBLASTOMA DESMOPLASIC VS CLASSIC UP 62 38 该途径中的所有SZGR 2.0基因
ZHANG TARGETS OF EWSR1 FLI1 FUSION 88 68 该途径中的所有SZGR 2.0基因
YU MYC TARGETS DN 55 38 该途径中的所有SZGR 2.0基因
staege ewing家庭肿瘤 33 22 该途径中的所有SZGR 2.0基因
KUMAR TARGETS OF MLL AF9 FUSION 405 264 该途径中的所有SZGR 2.0基因
BROWNE HCMV INFECTION 16HR UP 225 139 该途径中的所有SZGR 2.0基因
BLALOCK ALZHEIMERS DISEASE DN 1237 837 该途径中的所有SZGR 2.0基因
MCCLUNG DELTA FOSB TARGETS 2WK 48 36 该途径中的所有SZGR 2.0基因
MCCLUNG CREB1 TARGETS UP 100 72 该途径中的所有SZGR 2.0基因
BROWNE HCMV INFECTION 12HR UP 111 68 该途径中的所有SZGR 2.0基因
XU GH1 AUTOCRINE TARGETS DN 142 94 该途径中的所有SZGR 2.0基因
BROWNE HCMV INFECTION 24HR UP 148 96 该途径中的所有SZGR 2.0基因
KRASNOSELSKAYA ILF3 TARGETS DN 46 38 该途径中的所有SZGR 2.0基因
DOUGLAS BMI1 TARGETS UP 566 371 该途径中的所有SZGR 2.0基因
Creighton内分泌疗法抗性1 528 324 该途径中的所有SZGR 2.0基因
Creighton内分泌疗法抗性4 307 185 该途径中的所有SZGR 2.0基因
STEIN ESRRA TARGETS RESPONSIVE TO ESTROGEN DN 41 26 该途径中的所有SZGR 2.0基因
MASSARWEH TAMOXIFEN RESISTANCE DN 258 160 该途径中的所有SZGR 2.0基因
MASSARWEH RESPONSE TO ESTRADIOL 61 47 该途径中的所有SZGR 2.0基因
RIZKI TUMOR INVASIVENESS 3D DN 270 181 该途径中的所有SZGR 2.0基因
HANN RESISTANCE TO BCL2 INHIBITOR UP 36 24 该途径中的所有SZGR 2.0基因
BOYLAN MULTIPLE MYELOMA C D DN 252 155 该途径中的所有SZGR 2.0基因
Yoshimura mapk8靶向 1305 895 该途径中的所有SZGR 2.0基因
ZHANG TLX TARGETS 36HR UP 221 150 该途径中的所有SZGR 2.0基因
ZHANG TLX TARGETS 60HR UP 293 203 该途径中的所有SZGR 2.0基因
ZHANG TLX TARGETS UP 108 78 该途径中的所有SZGR 2.0基因
CROONQUIST STROMAL STIMULATION UP 60 42 该途径中的所有SZGR 2.0基因
MEISSNER NPC HCP WITH H3K4ME2 491 319 该途径中的所有SZGR 2.0基因
STEIN ESR1 TARGETS 85 55 该途径中的所有SZGR 2.0基因
STEIN ESTROGEN RESPONSE NOT VIA ESRRA 18 12 该途径中的所有SZGR 2.0基因
Nakayama软组织肿瘤PCA1 DN 74 47 该途径中的所有SZGR 2.0基因
YAO TEMPORAL RESPONSE TO PROGESTERONE CLUSTER 11 103 68 该途径中的所有SZGR 2.0基因
NIELSEN SYNOVIAL SARCOMA UP 18 14 该途径中的所有SZGR 2.0基因
MARTENS TRETINOIN RESPONSE UP 857 456 该途径中的所有SZGR 2.0基因
金所有障碍OLIGODENDROCYTE NUMBER CORR UP 756 494 该途径中的所有SZGR 2.0基因
Dutertre雌二醇反应6小时 229 149 该途径中的所有SZGR 2.0基因
PANGAS TUMOR SUPPRESSION BY SMAD1 AND SMAD5 DN 157 106 该途径中的所有SZGR 2.0基因
ZWANG TRANSIENTLY UP BY 2ND EGF PULSE ONLY 1725 838 该途径中的所有SZGR 2.0基因

Section VI. microRNA annotation

miRNA family Target position miRNA ID miRNA seq
UTR start UTR end Match method
miR-132/212 298 304 m8 hsa-miR-212SZ UAACAGUCUCCAGUCACGGCC
hsa-miR-132brain uaacagucuacccaugggg
miR-141/200a 751 757 m8 hsa-miR-141 uaacacugucugugugugugaugg
HSA-MIR-200A UAACACUGUCUGGUAACGAUGU