Gene Page:SYNCRIP
Summary？
| 基因 | 10492 |
| 象征 | SYNCRIP |
| Synonyms | GRY-RBP|GRYRBP|HNRNPQ|HNRPQ1|NSAP1|PP68|hnRNP-Q |
| Description | Synaptotagmin结合，细胞质RNA相互作用蛋白 |
| Reference | MIM:616686|HGNC：HGNC：16918|Ensembl:ENSG00000135316|HPRD：06734|Vega：Otthumg0000000015141 |
| 基因类型 | 蛋白质编码 |
| Map location | 6q14-q15 |
| Pascal p-value | 1.459E-4 |
| Sherlock p-value | 0.467 |
| 主持人 | Cerebellar Hemisphere |
Gene in Data Sources
| 基因集名称 | Method of gene set | Description | 信息 |
|---|---|---|---|
| CV:PGCnp | Genome-wide Association Study | GWAS |
Section I. Genetics and epigenetics annotation
第二节。转录组注释
一般基因表达（GTEX）
时间变化的基因表达（brainspan）
Footnote:
SC:分皮质区域;SM:感觉运动区域s; FC: frontal cortex; and TP: temporal-parietal cortex
ST1：胎儿（13-26个概念后周），ST2：婴儿早期至童年（4个月至11年）和ST3：青春期至成年期（13-23年）
所示的栏表示表达分布的较低25％和上层25％。
No co-expressed genes in brain regions
第三节。基因本体论注释
| 分子功能 | 去学期 | 证据 | 神经关键字 | PubMed ID |
|---|---|---|---|---|
| 去：0000166 | nucleotide binding | IEA | - | |
| GO:0003723 | RNA结合 | TAS | 9847309 | |
| 去：0005515 | 蛋白质结合 | IPI | 12674497|17353931 | |
| GO:0008143 | 聚（a）结合 | IEA | - | |
| 生物过程 | 去学期 | 证据 | 神经关键字 | PubMed ID |
| GO:0006397 | mRNA processing | IEA | - | |
| GO:0008380 | RNA剪接 | TAS | 9847309 | |
| GO:0044419 | interspecies interaction between organisms | IEA | - | |
| Cellular component | 去学期 | 证据 | 神经关键字 | PubMed ID |
| 去：0005792 | microsome | IEA | - | |
| 去：0005634 | nucleus | TAS | 9847309 | |
| 去：0005681 | 剪接体 | IEA | - | |
| 去：0005737 | cytoplasm | IEA | - | |
| 去：0005783 | 内质网 | IEA | - |
Section IV. Protein-protein interaction annotation
| 互动者 | 别名b | 官方全名b | 实验 | Source | PubMed ID |
|---|---|---|---|---|---|
| A1CF | ACF |ACF64 |ACF65 |apobec1cf |ASP |MGC163391 |RP11-564C4.2 | APOBEC1 complementation factor | - | HPRD,BioGRID | 11134005|11352648 |
| APOBEC1 | apobec-1 |床|CDAR1 |HEPR | apolipoprotein B mRNA editing enzyme, catalytic polypeptide 1 | 重构的复合物 Two-hybrid |
Biogrid | 11352648 |
| CNBP | CNBP1 |DM2 |FLJ11631 |Promm |RNF163 |ZCCHC22 |Znf9 | CCHC型锌指，核酸结合蛋白 | Affinity Capture-MS | Biogrid | 17353931 |
| EPRS | dkfzp313b047 |耳朵|gluprors |pars |Pig32 |QARS |QPRS | glutamyl-prolyl-tRNA synthetase | NSAP-1 interacts with GluProRS. | 绑定 | 15479637 |
| gapdh | G3PD | GAPD | MGC88685 | 3-磷酸甘油醛脱氢酶 | NSAP-1 interacts with GAPDH. | 绑定 | 15479637 |
| GRB2 | 灰烬|EGFRBP-GRB2 |Grb3-3 |MST084 |MSTP084 | 生长因子受体结合蛋白2 | 重构的复合物 | Biogrid | 9341187 |
| hnrnpab | ABBP1 |FLJ40338 |hnrpab | 异质核核糖核蛋白A/B | - | HPRD | 11352648 |
| INSR | CD220 |HHF5 | 胰岛素受体 | - | HPRD,BioGRID | 11994298 |
| MGC34774 | - | 核糖体蛋白L13A假基因 | NSAP-1与L13A相互作用。 | 绑定 | 15479637 |
| PLCG1 | PLC-II |PLC1 |PLC148 |Plcgamma1 | 磷脂酶C，伽马1 | 重构的复合物 | Biogrid | 9341187 |
| PRKRA | DYT16 | HSD14 | PACT | RAX | 蛋白激酶，干扰素诱导的双链RNA依赖性激活剂 | Affinity Capture-MS | Biogrid | 17353931 |
| PRMT1 | ANM1 |HCP1 |HRMT1L2 |IR1B4 | 蛋白精氨酸甲基转移酶1 | 生化活动 | Biogrid | 12183049 |
| PTPN11 | bptp3 |CFC |MGC14433 |NS1 |PTP-1D |PTP2C |SH-PTP2 |sh-ptp3 |SHP2 | protein tyrosine phosphatase, non-receptor type 11 | Two-hybrid | Biogrid | 9847309 |
| PUF60 | FIR | FLJ31379 | RoBPI | SIAHBP1 | poly-U结合剪接因子60kDa | Affinity Capture-MS | Biogrid | 17353931 |
| SMN1 | BCD541 |SMA |sma1 |sma2 |sma3 |sma4 |sma@ |SMN |SMNT |T-BCD541 | survival of motor neuron 1, telomeric | - | HPRD | 11773003 |
| STK24 | MST-3 |mst3 |mst3b |Ste20 |STK3 | serine/threonine kinase 24 (STE20 homolog, yeast) | Affinity Capture-MS | Biogrid | 17353931 |
| Syt1 | DKFZP781D2042 |p65 |SVP65 |Syt | synaptotagmin I | - | HPRD,BioGRID | 10734137 |
| SYT11 | DKFZP781D015 |KIAA0080 |MGC10881 |MGC17226 |SYT12 | Synaptotagmin XI | - | HPRD | 10734137 |
| Syt2 | Sytii | synaptotagmin II | - | HPRD,BioGRID | 10734137 |
| Syt3 | DKFZP761O132 |Sytiii | Synaptotagmin III | 重构的复合物 | Biogrid | 10734137 |
| Syt4 | HST1192 |KIAA1342 | synaptotagmin IV | - | HPRD,BioGRID | 10734137 |
| Syt5 | - | Synaptotagmin v | - | HPRD | 10734137 |
| Syt7 | IPCA-7 | MGC150517 | PCANAP7 | SYT-VII | Synaptotagmin VII | - | HPRD,BioGRID | 10734137 |
| Syt8 | DKFZp434K0322 | Synaptotagmin VIII | 亲和力捕获 - 韦斯特恩 重构的复合物 |
Biogrid | 10734137 |
| Syt9 | FLJ45896 | synaptotagmin IX | - | HPRD,BioGRID | 10734137 |
Section V. Pathway annotation
第六节。microRNA注释
| mirna家族 | Target position | miRNA ID | mirna seq | ||
|---|---|---|---|---|---|
| UTR开始 | UTR结束 | 匹配方法 | |||
| miR-375 | 139 | 146 | 1A，M8 | HSA-MIR-375 | UUUGUUCGUUCGGCUCGCGUGA |
| miR-381 | 365 | 371 | M8 | HSA-MIR-381 | uauacaagggcaagcucucugu |
| HSA-MIR-381 | uauacaagggcaagcucucugu | ||||
| miR-382 | 393 | 399 | 1a | HSA-MIR-382brain | Gaaguuucgugguggauucg |