基因页:SLC19A2
概括?
基因 | 10560 |
象征 | SLC19A2 |
同义词 | tc1 | thmd1 | tht1 | thtr1 | trma |
描述 | Solute Carrier家族19成员2 |
参考 | MIM:603941|HGNC:HGNC:10938|Ensembl:ENSG00000117479|HPRD:04897|Vega:Otthumg0000000035452 |
基因类型 | 蛋白质编码 |
地图位置 | 1q23.3 |
胎儿β | 1.132 |
DMG | 1(#研究) |
支持 | COMPOSITESET |
数据源中的基因
基因集名称 | 基因组方法 | 描述 | 信息 |
---|---|---|---|
简历:PGCNP | 全基因组协会研究 | GWAS | |
DMG:Wockner_2014 | 全基因组DNA甲基化分析 | 该数据集包括4641个差异甲基化探针,对应于精神分裂症患者(n = 24)和对照组(n = 24)之间的2929个独特基因。 | 1 |
DNM:XU_2012 | 整个外显子组测序分析 | 在这项研究中,通过795个样品的外显子组测序鉴定了4个基因的从头突变 |
第一节遗传学和表观遗传学注释
DNM表
基因 | 染色体 | 位置 | 参考 | alt | 成绩单 | AA更改 | 突变类型 | 筛 | CG46 | 特征 | 学习 |
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
SLC19A2 | CHR1 | 169439252 | C | t | NM_006996 | p.327r> h | 错过 | 精神分裂症 | DNM:XU_2012 |
差异甲基化基因
探测 | 染色体 | 位置 | 最近的基因 | p(dis) | beta(dis) | fdr(dis) | 学习 |
---|---|---|---|---|---|---|---|
CG17046044 | 1 | 169455132 | SLC19A2 | 8.6e-5 | -0.356 | 0.026 | DMG:Wockner_2014 |
第二节。转录组注释
一般基因表达(GTEX)
![无法使用](http://www.tjghsg.com/bioinfo/SZGR/GeneImg/SLC19A2_DE_GTEx.png)
Devlopment期间的基因表达(BrainCloud)
脚注:
总共绘制了269个时间点,n = 38个胎儿样品(x = 1:38)。每个三角形代表一个时间点。
时间变化的基因表达(brainspan)
脚注:
SC:亚皮质区域;SM:感觉运动区域;FC:额叶皮层;和TP:颞顶皮层
ST1:胎儿(13-26个概念后周),ST2:婴儿早期至童年(4个月至11年)和ST3:青春期至成年期(13-23年)
所示的栏表示表达分布的较低25%和上层25%。
大脑区域的顶级共表达基因
前10个积极共表达的基因 | ||
基因 | 皮尔逊的相关性 | 斯皮尔曼的相关性 |
prkce | 0.88 | 0.91 |
snap91 | 0.88 | 0.89 |
MAPRE2 | 0.88 | 0.87 |
SLC23A2 | 0.87 | 0.88 |
马德 | 0.87 | 0.87 |
ASTN1 | 0.87 | 0.88 |
DLG3 | 0.87 | 0.87 |
inpp4a | 0.87 | 0.87 |
KIAA1467 | 0.86 | 0.88 |
DOCK3 | 0.86 | 0.89 |
前10个负共表达基因 | ||
基因 | 皮尔逊的相关性 | 斯皮尔曼的相关性 |
AF347015.21 | -0.64 | -0.56 |
C1orf54 | -0.61 | -0.64 |
MT-CO2 | -0.61 | -0.56 |
higd1b | -0.60 | -0.56 |
AF347015.31 | -0.60 | -0.55 |
GNG11 | -0.60 | -0.58 |
AP002478.3 | -0.60 | -0.59 |
FXYD1 | -0.60 | -0.53 |
AC021016.1 | -0.58 | -0.54 |
AF347015.8 | -0.58 | -0.53 |
V.途径注释
路径名 | 路径大小 | #szgr 2.0基因 | 信息 |
---|---|---|---|
维生素和辅因子的反应组代谢 | 51 | 36 | 该途径中的所有SZGR 2.0基因 |
Schuetz乳腺癌导管侵入性DN | 84 | 53 | 该途径中的所有SZGR 2.0基因 |
Doane对雄激素的反应 | 184 | 125 | 该途径中的所有SZGR 2.0基因 |
Gargalovic对氧化磷脂的反应蓝色 | 136 | 80 | 该途径中的所有SZGR 2.0基因 |
Tien肠益生菌6小时DN | 167 | 100 | 该途径中的所有SZGR 2.0基因 |
Gozgit ESR1靶向DN | 781 | 465 | 该途径中的所有SZGR 2.0基因 |
阿霉素的Graessmann凋亡 | 1142 | 669 | 该途径中的所有SZGR 2.0基因 |
Graessmann对MC和阿霉素的反应 | 612 | 367 | 该途径中的所有SZGR 2.0基因 |
农民乳腺癌根源与基础 | 330 | 217 | 该途径中的所有SZGR 2.0基因 |
农民乳腺癌基础与仙女 | 330 | 215 | 该途径中的所有SZGR 2.0基因 |
8p缺失DN的Seitz肿瘤转化 | 30 | 25 | 该途径中的所有SZGR 2.0基因 |
Martoriati MDM4靶向神经上皮 | 176 | 111 | 该途径中的所有SZGR 2.0基因 |
Martoriati MDM4靶向胎儿肝 | 227 | 137 | 该途径中的所有SZGR 2.0基因 |
Kim Myc放大靶向 | 201 | 127 | 该途径中的所有SZGR 2.0基因 |
通过ELK3 UP总缺氧 | 209 | 139 | 该途径中的所有SZGR 2.0基因 |
Schaeffer前列腺开发48小时DN | 428 | 306 | 该途径中的所有SZGR 2.0基因 |
Mir192和Mir215的Georges目标 | 893 | 528 | 该途径中的所有SZGR 2.0基因 |
Krige对Tosedostat 6小时DN的响应 | 911 | 527 | 该途径中的所有SZGR 2.0基因 |
Krige对Tosedostat 24小时DN的反应 | 1011 | 592 | 该途径中的所有SZGR 2.0基因 |
Creighton内分泌疗法抗性4 | 307 | 185 | 该途径中的所有SZGR 2.0基因 |
脑DN中的乳腺癌复发 | 85 | 58 | 该途径中的所有SZGR 2.0基因 |
骨骼中的Smid乳腺癌复发 | 97 | 61 | 该途径中的所有SZGR 2.0基因 |
SMID乳腺癌腔内B | 172 | 109 | 该途径中的所有SZGR 2.0基因 |
Smid乳腺癌基础DN | 701 | 446 | 该途径中的所有SZGR 2.0基因 |
Bonome卵巢癌的生存最佳逃亡 | 246 | 152 | 该途径中的所有SZGR 2.0基因 |
Matzuk精子 | 24 | 17 | 该途径中的所有SZGR 2.0基因 |
Boquest干细胞培养与新鲜 | 425 | 298 | 该途径中的所有SZGR 2.0基因 |
张TLX目标36hr | 221 | 150 | 该途径中的所有SZGR 2.0基因 |
张TLX目标60小时 | 293 | 203 | 该途径中的所有SZGR 2.0基因 |
张TLX目标 | 108 | 78 | 该途径中的所有SZGR 2.0基因 |
MILI假足趋化性DN | 457 | 302 | 该途径中的所有SZGR 2.0基因 |
米利假足型haptotaxis dn | 668 | 419 | 该途径中的所有SZGR 2.0基因 |
li诱导了自然杀手 | 307 | 182 | 该途径中的所有SZGR 2.0基因 |
Qi缺氧 | 140 | 96 | 该途径中的所有SZGR 2.0基因 |
Dutertre雌二醇反应6小时 | 229 | 149 | 该途径中的所有SZGR 2.0基因 |
Acosta增殖独立MYC靶向 | 84 | 51 | 该途径中的所有SZGR 2.0基因 |
wakabayashi脂肪生成PPARG RXRA绑定8D | 882 | 506 | 该途径中的所有SZGR 2.0基因 |
Fortschegger PHF8靶向 | 279 | 155 | 该途径中的所有SZGR 2.0基因 |
Zwang 1类由EGF瞬时诱导 | 516 | 308 | 该途径中的所有SZGR 2.0基因 |