Gene Page:SORBS1
Summary？
| 基因 | 10580 |
| 象征 | SORBS1 |
| Synonyms | cap | flaf2 | r85fl | sh3d5 | sh3p12 | sorb1 |
| Description | 索尔宾和SH3域，包含1个 |
| Reference | MIM：605264|HGNC：HGNC：14565|Ensembl：ENSG0000000095637|HPRD：05587|Vega:OTTHUMG00000018812 |
| 基因类型 | 蛋白质编码 |
| Map location | 10q23.33 |
| Pascal p-value | 0.057 |
| Sherlock p-value | 0.219 |
| 胎儿β | 1.714 |
| DMG | 1(# studies) |
| Support | 蛋白质聚类 G2Cdb.human_BAYES-COLLINS-HUMAN-PSD-CONSENSUS G2CDB.HUMAN_BAYES-COLLINS-HUMAN-PSD-FULL G2CDB.HUMAN_BAYES-COLLINS-MOUSE-PSD-CONSUS g2cdb.humanpsd G2CDB.HUMANPSP |
Gene in Data Sources
| 基因集名称 | Method of gene set | Description | 信息 |
|---|---|---|---|
| CV:PGCnp | Genome-wide Association Study | GWAS | |
| DMG：Wockner_2014 | 全基因组DNA甲基化分析 | 该数据集包括4641个差异甲基化探针，对应于精神分裂症患者（n = 24）和对照组（n = 24）之间的2929个独特基因。 | 1 |
Section I. Genetics and epigenetics annotation
差异甲基化基因
差异甲基化基因| Probe | 染色体 | 位置 | 最近的基因 | p（dis） | Beta (dis) | fdr（dis） | 学习 |
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| CG07044749 | 10 | 97310310 | SORBS1 | 5.462E-4 | 0.541 | 0.049 | DMG：Wockner_2014 |
第二节。转录组注释
一般基因表达（GTEX）
Devlopment期间的基因表达（BrainCloud）
Footnote:
A total of 269 time points ploted, with n=38 fetal samples (x=1:38). Each triangle represents one time point.
时间变化的基因表达（brainspan）
Footnote:
SC：亚皮质区域；SM：感觉运动区域；FC：额叶皮层；和TP：颞顶皮层
ST1：胎儿（13-26个概念后周），ST2：婴儿早期至童年（4个月至11年）和ST3：青春期至成年期（13-23年）
所示的栏表示表达分布的较低25％和上层25％。
大脑区域的顶级共表达基因
| 前10个积极共表达的基因 | ||
| Gene | Pearson's Correlation | 斯皮尔曼的相关性 |
| RFPL3S | 0.71 | 0.67 |
| PDIA2 | 0.60 | 0.61 |
| HSF4 | 0.60 | 0.63 |
| RFPL2 | 0.60 | 0.56 |
| noxa1 | 0.59 | 0.58 |
| NFKBID | 0.59 | 0.58 |
| SLC25A28 | 0.59 | 0.64 |
| AL008723.6 | 0.57 | 0.54 |
| GALT | 0.56 | 0.59 |
| AL117190.4 | 0.56 | 0.70 |
| Top 10 negatively co-expressed genes | ||
| Gene | Pearson's Correlation | 斯皮尔曼的相关性 |
| CD248 | -0.32 | -0.38 |
| SLC38A5 | -0.30 | -0.33 |
| KDR | -0.29 | -0.29 |
| CD93 | -0.29 | -0.32 |
| IPMK | -0.28 | -0.18 |
| C10orf47 | -0.28 | -0.30 |
| Stra6 | -0.28 | -0.28 |
| KBTBD6 | -0.28 | -0.16 |
| CTDSPL2 | -0.28 | -0.16 |
| serbp1 | -0.27 | -0.18 |
第三节。基因本体论注释
| 分子功能 | 去学期 | 证据 | 神经关键字 | PubMed ID |
|---|---|---|---|---|
| GO:0003779 | actin binding | TAS | 10085297 | |
| 去：0005158 | 胰岛素受体结合 | 艾达 | 11374898 | |
| 生物过程 | 去学期 | 证据 | 神经关键字 | PubMed ID |
| GO:0008286 | 胰岛素受体信号通路 | ISS | - | |
| GO：0048041 | focal adhesion formation | ISS | - | |
| GO:0015758 | 葡萄糖转运 | ISS | - | |
| GO:0006810 | 运输 | IEA | - | |
| GO:0043149 | 压力纤维形成 | ISS | - | |
| Cellular component | 去学期 | 证据 | 神经关键字 | PubMed ID |
| GO:0001725 | 压力纤维 | ISS | - | |
| 去：0005856 | 细胞骨架 | IEA | - | |
| 去：0005634 | nucleus | 艾达 | 11371513 | |
| 去：0005737 | cytoplasm | IEA | - | |
| GO:0005915 | Zonula粘附器 | TAS | 10085297 | |
| GO:0005924 | cell-substrate adherens junction | ISS | - | |
| 去：0005886 | plasma membrane | IEA | - | |
| GO:0030054 | cell junction | IEA | - | |
| GO:0045121 | 膜筏 | ISS | - |
Section IV. Protein-protein interaction annotation
| 互动者 | 别名b | 官方全名b | 实验 | Source | PubMed ID |
|---|---|---|---|---|---|
| ABL1 | ABL |JTK7 |BCR/ABL |c-abl |P150 |V-ABL | C-ABL癌基因1，受体酪氨酸激酶 | - | HPRD,BioGRID | 11374898 |
| CBL | C-CBL | CBL2 | RNF55 | CAS-BR-M（鼠）生态逆转录病毒转化序列 | - | HPRD | 11001060 |
| CBL | C-CBL | CBL2 | RNF55 | CAS-BR-M（鼠）生态逆转录病毒转化序列 | 亲和力捕获 - 韦斯特恩 | Biogrid | 12504111|15128873 |
| CBL | C-CBL | CBL2 | RNF55 | CAS-BR-M（鼠）生态逆转录病毒转化序列 | CAP的未指定同工型与CBL相互作用。这种相互作用是在未指定物种和人CBL的CAP之间的相互作用上建模的。 | 绑定 | 15128873 |
| EFNB1 | CFND | CFNS | EFL3 | EPLG2 | Elk-L | LERK2 | MGC8782 | ephrin-B1 | - | HPRD | 11557983 |
| EIF6 | 2 | CAB | EIF3A | ITGB4BP | b | b(2)gcn | gcn | p27BBP | 真核翻译引发因子6 | Affinity Capture-MS | Biogrid | 17353931 |
| FLOT1 | - | 鞭毛素1 | CAP interacts with flotillin-1. This interaction was modeled on a demonstrated interaction between CAP and flotillin-1 both from an unspecified species. | 绑定 | 15128873 |
| FLOT1 | - | 鞭毛素1 | - | HPRD,BioGRID | 11481476 |
| INPPL1 | Ship2 | 肌醇聚磷酸磷酸酶样1 | - | HPRD,BioGRID | 12504111 |
| INSM1 | IA-1 |IA1 | insulinoma-associated 1 | - | HPRD,BioGRID | 12079283 |
| insr | CD220 |HHF5 | 胰岛素受体 | - | HPRD,BioGRID | 11374898 |
| mllt4 | AF-6 |AF6 |Afadin |FLJ34371 |RP3-431P23.3 | 髓样/淋巴样或混合细胞白血病（果蝇Trithorax同源物）；易位为4 | - | HPRD,BioGRID | 10085297|10583506 |
| PTK2 | FADK | FAK | FAK1 | pp125FAK | PTK2protein tyrosine kinase 2 | - | HPRD | 9461600 |
| PTK2B | Cadtk |cakb |fadk2 |fak2 |frnk |PKB |PTK |pyk2 |筏 | PTK2B protein tyrosine kinase 2 beta | 亲和力捕获 - 韦斯特恩 | Biogrid | 15128873 |
| VCL | CMD1W |MVCL | Vinculin | - | HPRD,BioGRID | 10085297 |
Section V. Pathway annotation
第六节。microRNA注释
| mirna家族 | Target position | miRNA ID | mirna seq | ||
|---|---|---|---|---|---|
| UTR开始 | UTR结束 | 匹配方法 | |||
| miR-142-5p | 3264 | 3270 | M8 | HSA-MIR-142-5P | cauaaaguagaaagcacuac |
| mir-205 | 2839 | 2846 | 1A，M8 | hsa-miR-205 | UCCUUCAUUCCACCGGAGUCUG |
| mir-216 | 18 | 24 | 1a | hsa-miR-216 | uaaucucagcuggcaacugug |
| mir-218 | 2875 | 2881 | 1a | hsa-miR-218brain | UUGUGCUUGAUCUAACCAUGU |
| miR-381 | 2759 | 2766 | 1A，M8 | HSA-MIR-381 | uauacaagggcaagcucucugu |
| mir-433-3p | 50 | 56 | 1a | hsa-miR-433brain | aucaugauggggcuccucggugu |