基因页:fut9
Summary?
基因ID | 10690 |
象征 | fut9 |
同义词 | fuc-tix |
描述 | fucosyltransferase 9 (alpha (1,3) fucosyltransferase) |
参考 | MIM:606865|HGNC:HGNC:4020|ENSEMBL:ENSG00000172461|HPRD:06036|Vega:OTTHUMG00000015236 |
基因类型 | 蛋白质编码 |
地图位置 | 6Q16 |
Pascal P值 | 0.001 |
胎儿β | 0.463 |
主持人 | 小脑半球 小脑 |
基因in Data Sources
基因集名称 | 基因组方法 | 描述 | 信息 |
---|---|---|---|
简历:Gwascat | 全基因组关联研究 | 这个数据集包含560个snp与sc有关hizophrenia. A total of 486 genes were mapped to these SNPs within 50kb. | |
CV:GWASDB | 全基因组关联研究 | 精神分裂症的GWASDB记录 | |
简历:PGC128 | 全基因组协会研究 | 多达36,989例和113,075个对照的多阶段精神分裂症GWA。由PGC的精神分裂症工作组报告。128个跨越108个基因座的独立协会 | |
简历:PGCNP | 全基因组协会研究 | GWAS |
第一节遗传学和表观遗传学注释
简历:PGC128
SNP ID | 染色体 | 位置 | 等位基因 | p | 功能 | 基因 | 向上/向下距离 |
---|---|---|---|---|---|---|---|
RS117074560 | CHR6 | 96459651 | TC | 1.661E-8 | 基因间 | Manea,FUT9 | dist = 402323; dist = 4194 |
第二节。转录组注释
一般基因表达(GTEX)
![无法使用](http://www.tjghsg.com/bioinfo/SZGR/GeneImg/FUT9_DE_GTEx.png)
Devlopment期间的基因表达(BrainCloud)
脚注:
总共绘制了269个时间点,n = 38个胎儿样品(x = 1:38)。每个三角形代表一个时间点。
时间变化的基因表达(brainspan)
脚注:
SC:亚皮质区域;SM:感觉运动区域;FC:额叶皮层;和TP:颞顶皮层
ST1:胎儿(13-26个概念后周),ST2:婴儿早期至童年(4个月至11年)和ST3:青春期至成年期(13-23年)
所示的栏表示表达分布的较低25%和上层25%。
大脑区域的顶级共表达基因
前10个积极共表达的基因 | ||
基因 | 皮尔逊的相关性 | 斯皮尔曼的相关性 |
FAM38A | 0.78 | 0.75 |
奥普拉 | 0.78 | 0.78 |
kif1c | 0.75 | 0.73 |
GPT | 0.75 | 0.66 |
GATA2 | 0.74 | 0.69 |
Trim56 | 0.73 | 0.76 |
Caskin2 | 0.73 | 0.75 |
RGL3 | 0.73 | 0.65 |
TBX2 | 0.73 | 0.70 |
FGFRL1 | 0.73 | 0.76 |
前10个负共表达基因 | ||
基因 | 皮尔逊的相关性 | 斯皮尔曼的相关性 |
TAF9 | -0.64 | -0.63 |
ACTR10 | -0.62 | -0.57 |
ube2d2 | -0.61 | -0.55 |
VPS29 | -0.61 | -0.62 |
法尔斯布 | -0.61 | -0.57 |
GGPS1 | -0.61 | -0.56 |
FAM92A1 | -0.61 | -0.59 |
PPP2R3C | -0.61 | -0.65 |
spata7 | -0.60 | -0.57 |
mtx2 | -0.60 | -0.53 |
第三节。基因本体论注释
分子功能 | 去学期 | 证据 | 神经关键字 | PubMed ID |
---|---|---|---|---|
GO:0016757 | transferase activity, transferring glycosyl groups | IEA | - | |
去:0046920 | α(1,3) - 葡萄糖基转移酶活性 | 塔斯 | 11698403 | |
生物过程 | 去学期 | 证据 | 神经关键字 | PubMed ID |
去:0006486 | 蛋白氨基酸糖基化 | 塔斯 | 11698403 | |
去:0005975 | 碳水化合物代谢过程 | 塔斯 | 10386598 | |
GO:0042355 | L-核分解代谢过程 | nas | 11698403 | |
细胞分量 | 去学期 | 证据 | 神经关键字 | PubMed ID |
去:0005794 | 高尔基体 | 塔斯 | 11698403 | |
GO:0016020 | 膜 | IEA | - | |
GO:0016021 | 膜不可或缺 | IEA | - |
V.途径注释
第六节。microRNA注释
mirna家族 | 目标位置 | mirna id | mirna seq | ||
---|---|---|---|---|---|
UTR开始 | UTR结束 | 匹配方法 | |||
mir-130/301 | 9247 | 9254 | 1A,M8 | HSA-MIR-130A脑 | cagugcaauguaaaaggggau |
HSA-MIR-301 | cagugcaauaugucaaagc | ||||
HSA-MIR-130b脑 | CAGUGCAAUGAUGAAAGGGCAU | ||||
HSA-MIR-454-3P | uagugcaauauugcuuauaggguuu | ||||
miR-135 | 10928 | 10934 | M8 | HSA-MIR-135A | Uauggcuuuuuuuuccuauga |
HSA-MIR-135B | UAUGGCUUUUCAUUCCUAUGUG | ||||
mir-182 | 9303 | 9309 | 1a | HSA-MIR-182 | uuuggcaaugguagaacucaca |
mir-183 | 8838 | 8844 | 1a | HSA-MIR-183 | uauggcacugguagaauucacug |
mir-19 | 9246 | 9252 | M8 | HSA-MIR-19A | ugugcaaauaugauaugaaaacuga |
HSA-MIR-19B | ugugcaaauccaugcaaaacuga | ||||
mir-199 | 11275 | 11281 | 1a | HSA-MIR-199A | cccaguucagacuaccuguuc |
HSA-MIR-199B | cccaguguuuagacuaucuuc | ||||
mir-218 | 9433 | 9439 | M8 | HSA-MIR-218脑 | uugugcuugaucuaaccaugu |
mir-22 | 10905 | 10912 | 1A,M8 | HSA-MIR-22脑 | Aagcugccaguugaagaacugu |
mir-23 | 3131 | 3138 | 1A,M8 | HSA-MIR-23A脑 | aucacauugccagggauucc |
HSA-MIR-23B脑 | aucacauugccagggauuacc | ||||
mir-26 | 9529 | 9535 | 1a | HSA-MIR-26A脑 | Uucaaguaauccaggauaggc |
HSA-MIR-26BSZ | UUCAAGUAAUUCAGGAUAGGUU | ||||
mir-323 | 3131 | 3137 | 1a | HSA-MIR-323脑 | gcacauuacggucgaccucu |
mir-34/449 | 9709 | 9716 | 1A,M8 | HSA-MIR-34A脑 | uggcaguguuaguguguuuu |
HSA-MIR-34C | Aggcaguguaguagcugauugc | ||||
HSA-MIR-449 | uggcaguguauuguagcuggu | ||||
HSA-MIR-449B | Aggcaguguauuguuagcuggc | ||||
HSA-MIR-34A脑 | uggcaguguuaguguguuuu | ||||
HSA-MIR-34C | Aggcaguguaguagcugauugc | ||||
HSA-MIR-449 | uggcaguguauuguagcuggu | ||||
HSA-MIR-449B | Aggcaguguauuguuagcuggc | ||||
HSA-MIR-34A脑 | uggcaguguuaguguguuuu | ||||
HSA-MIR-34C | Aggcaguguaguagcugauugc | ||||
HSA-MIR-449 | uggcaguguauuguagcuggu | ||||
HSA-MIR-449B | Aggcaguguauuguuagcuggc | ||||
mir-493-5p | 9309 | 9315 | M8 | HSA-MIR-493-5p | uuguacaugguaggcuuucauu |
miR-96 | 9303 | 9309 | 1a | HSA-MIR-96脑 | uuuggcacuagcacauuuuugc |