基因页:FRS3
概括?
基因 | 10817 |
象征 | FRS3 |
同义词 | frs2-beta | frs2b | frs2beta | snt-2 | snt2 |
描述 | 成纤维细胞生长因子受体底物3 |
参考 | MIM:607744|HGNC:HGNC:16970|ENSEMBL:ENSG00000137218|HPRD:06373|Vega:Otthumg0000000014686 |
基因类型 | 蛋白质编码 |
地图位置 | 6p21.1 |
Pascal P值 | 0.09 |
Sherlock P值 | 0.569 |
胎儿β | -0.11 |
DMG | 1(#研究) |
主持人 | 小脑半球 小脑 |
数据源中的基因
基因集名称 | 基因组方法 | 描述 | 信息 |
---|---|---|---|
简历:PGCNP | 全基因组协会研究 | GWAS | |
DMG:JAFFE_2016 | 全基因组DNA甲基化分析 | 该数据集包括与SZ患者相关的2,104个探针/CPG(n = 108),而在Bonferroni调整后的P <0.05时,其中136个对照。 | 1 |
GSMA_I | 基因组扫描荟萃分析 | PSR:0.033 | |
gsma_iie | 基因组扫描荟萃分析(欧洲官方样品) | PSR:0.04433 |
第一节遗传学和表观遗传学注释
差异甲基化基因
探测 | 染色体 | 位置 | 最近的基因 | p(dis) | beta(dis) | fdr(dis) | 学习 |
---|---|---|---|---|---|---|---|
CG07967643 | 6 | 41747785 | FRS3 | 2.76E-9 | -0.012 | 1.97E-6 | DMG:JAFFE_2016 |
第二节。转录组注释
一般基因表达(GTEX)
![无法使用](http://www.tjghsg.com/bioinfo/SZGR/GeneImg/FRS3_DE_GTEx.png)
Devlopment期间的基因表达(BrainCloud)
脚注:
总共绘制了269个时间点,n = 38个胎儿样品(x = 1:38)。每个三角形代表一个时间点。
时间变化的基因表达(brainspan)
脚注:
SC:亚皮质区域;SM:感觉运动区域;FC:额叶皮层;和TP:颞顶皮层
ST1:胎儿(13-26个概念后周),ST2:婴儿早期至童年(4个月至11年)和ST3:青春期至成年期(13-23年)
所示的栏表示表达分布的较低25%和上层25%。
大脑区域的顶级共表达基因
前10个积极共表达的基因 | ||
基因 | 皮尔逊的相关性 | 斯皮尔曼的相关性 |
LSMD1 | 0.93 | 0.81 |
NDUFA2 | 0.92 | 0.84 |
NDUFB7 | 0.91 | 0.83 |
Znhit1 | 0.90 | 0.77 |
C19orf70 | 0.90 | 0.78 |
guk1 | 0.89 | 0.74 |
MRPL54 | 0.89 | 0.76 |
timm8b | 0.89 | 0.72 |
NDUFA13 | 0.89 | 0.83 |
C7orf59 | 0.89 | 0.73 |
前10个负共表达基因 | ||
基因 | 皮尔逊的相关性 | 斯皮尔曼的相关性 |
KIF16B | -0.52 | -0.62 |
FNBP1 | -0.50 | -0.60 |
UPF2 | -0.50 | -0.49 |
Golgb1 | -0.50 | -0.55 |
SOS2 | -0.49 | -0.54 |
dync1li2 | -0.49 | -0.42 |
AC005035.1 | -0.49 | -0.59 |
ZC3H13 | -0.49 | -0.53 |
Golga4 | -0.49 | -0.55 |
MDN1 | -0.48 | -0.52 |
第三节。基因本体论注释
分子功能 | 去学期 | 证据 | 神经关键字 | PubMed ID |
---|---|---|---|---|
去:0005158 | 胰岛素受体结合 | IEA | - | |
生物过程 | 去学期 | 证据 | 神经关键字 | PubMed ID |
去:0007165 | 信号转导 | 塔斯 | 8761293 | |
去:0008543 | 成纤维细胞生长因子受体信号通路 | 塔斯 | 8761293 | |
细胞分量 | 去学期 | 证据 | 神经关键字 | PubMed ID |
去:0016020 | 膜 | IEA | - |
V.途径注释
路径名 | 路径大小 | #szgr 2.0基因 | 信息 |
---|---|---|---|
PID SHP2途径 | 58 | 46 | 该途径中的所有SZGR 2.0基因 |
PID TRKR途径 | 62 | 48 | 该途径中的所有SZGR 2.0基因 |
FGFR在疾病中的反应组信号传导 | 127 | 88 | 该途径中的所有SZGR 2.0基因 |
Reactome FRS2介导的级联 | 36 | 27 | 该途径中的所有SZGR 2.0基因 |
Reactome的下游信号传导激活的FGFR | 100 | 74 | 该途径中的所有SZGR 2.0基因 |
FGFR的Reactome信号传导 | 112 | 80 | 该途径中的所有SZGR 2.0基因 |
阿霉素DN的Graessmann凋亡 | 1781年 | 1082 | 该途径中的所有SZGR 2.0基因 |
阿塞维多肝癌 | 973 | 570 | 该途径中的所有SZGR 2.0基因 |
阿塞维多肝肿瘤与正常的相邻组织向上 | 863 | 514 | 该途径中的所有SZGR 2.0基因 |
VART KSHV感染血管生成标记DN | 138 | 92 | 该途径中的所有SZGR 2.0基因 |
Rattenbacher由Celf1绑定 | 467 | 251 | 该途径中的所有SZGR 2.0基因 |
第六节。microRNA注释
mirna家族 | 目标位置 | mirna id | mirna seq | ||
---|---|---|---|---|---|
UTR开始 | UTR结束 | 匹配方法 | |||
mir-128 | 239 | 245 | 1a | HSA-MIR-128A | ucacagugaaccggucuuuu |
HSA-MIR-128B | ucacagugaaccggucuuc | ||||
mir-27 | 239 | 246 | 1A,M8 | HSA-MIR-27A脑 | uucacaguggcuaaguuccgc |
HSA-MIR-27B脑 | uucacaguggcuaaguucugc | ||||
mir-544 | 101 | 107 | M8 | HSA-MIR-544 | auucugcauuuuuuagcaagu |