基因页:SRCAP
概括?
基因 | 10847 |
象征 | SRCAP |
同义词 | domo1 | eaf1 | flhs | swr1 |
描述 | 与SNF2相关的CREBBP激活蛋白 |
参考 | MIM:611421|HGNC:HGNC:16974|ENSEMBL:ENSG00000080603|HPRD:18103|Vega:Otthumg00000132393 |
基因类型 | 蛋白质编码 |
地图位置 | 16p11.2 |
Pascal P值 | 0.041 |
主持人 | 迈尔斯的顺式和跨性别 |
支持 | 染色质重塑基因 |
数据源中的基因
基因集名称 | 基因组方法 | 描述 | 信息 |
---|---|---|---|
简历:PGCNP | 全基因组协会研究 | GWAS | |
gsma_iie | 基因组扫描荟萃分析(欧洲官方样品) | PSR:0.01775 |
第一节遗传学和表观遗传学注释
EQTL注释
SNP ID | 染色体 | 位置 | 主持人 | Gene Entrez ID | PVALUE | QVALUE | TSS距离 | EQTL类型 |
---|---|---|---|---|---|---|---|---|
SNP_A-2162733 | 0 | SRCAP | 10847 | 0.14 | 反式 | |||
RS9933246 | CHR16 | 7497701 | SRCAP | 10847 | 0.15 | 反式 | ||
RS9935962 | CHR16 | 7504669 | SRCAP | 10847 | 0.19 | 反式 |
第二节。转录组注释
一般基因表达(GTEX)
![无法使用](http://www.tjghsg.com/bioinfo/SZGR/GeneImg/SRCAP_DE_GTEx.png)
时间变化的基因表达(brainspan)
脚注:
SC:亚皮质区域;SM:感觉运动区域;FC:额叶皮层;和TP:颞顶皮层
ST1:胎儿(13-26个概念后周),ST2:婴儿早期至童年(4个月至11年)和ST3:青春期至成年期(13-23年)
所示的栏表示表达分布的较低25%和上层25%。
大脑区域的顶级共表达基因
前10个积极共表达的基因 | ||
基因 | 皮尔逊的相关性 | 斯皮尔曼的相关性 |
RGS6 | 0.45 | 0.43 |
LRRTM4 | 0.44 | 0.44 |
PDE1A | 0.44 | 0.43 |
galnt13 | 0.43 | 0.36 |
KCNJ6 | 0.43 | 0.38 |
布拉夫 | 0.42 | 0.43 |
SH3GL2 | 0.42 | 0.42 |
DOK6 | 0.42 | 0.40 |
C6orf142 | 0.42 | 0.43 |
itga11 | 0.42 | 0.42 |
前10个负共表达基因 | ||
基因 | 皮尔逊的相关性 | 斯皮尔曼的相关性 |
VEGFB | -0.35 | -0.32 |
Rhoc | -0.34 | -0.40 |
EFEMP2 | -0.33 | -0.28 |
Rab34 | -0.30 | -0.32 |
GATSL3 | -0.30 | -0.31 |
C19orf36 | -0.29 | -0.30 |
serpinb6 | -0.29 | -0.33 |
S100A16 | -0.28 | -0.34 |
slc2a4rg | -0.28 | -0.30 |
nudt8 | -0.28 | -0.27 |
第三节。基因本体论注释
分子功能 | 去学期 | 证据 | 神经关键字 | PubMed ID |
---|---|---|---|---|
去:0000166 | 核苷酸结合 | IEA | - | |
去:0003677 | DNA结合 | IEA | - | |
去:0003713 | 转录共激活因子活性 | 塔斯 | 10347196 | |
去:0005524 | ATP结合 | IEA | - | |
去:0004386 | 解旋酶活性 | IEA | - | |
去:0004402 | 组蛋白乙酰转移酶活性 | 塔斯 | 10347196 | |
GO:0016787 | 水解酶活性 | IEA | - | |
生物过程 | 去学期 | 证据 | 神经关键字 | PubMed ID |
去:0006357 | 调节RNA聚合酶II启动子的转录 | 塔斯 | 10347196 | |
去:0006350 | 转录 | IEA | - | |
GO:0016568 | 染色质修饰 | IEA | - | |
GO:0044419 | 生物之间的种间相互作用 | IEA | - | |
细胞分量 | 去学期 | 证据 | 神经关键字 | PubMed ID |
去:0005634 | 核 | IEA | - |
V.途径注释
路径名 | 路径大小 | #szgr 2.0基因 | 信息 |
---|---|---|---|
早期的粉刺开发 | 21 | 19 | 该途径中的所有SZGR 2.0基因 |
Ginestier乳腺癌Znf217扩增DN | 335 | 193 | 该途径中的所有SZGR 2.0基因 |
埃尔维奇缺氧 | 171 | 112 | 该途径中的所有SZGR 2.0基因 |
冷吉非替尼抵抗DN | 230 | 115 | 该途径中的所有SZGR 2.0基因 |
ENK UV响应角质形成细胞 | 530 | 342 | 该途径中的所有SZGR 2.0基因 |
jazag tgfb1发出信号 | 108 | 69 | 该途径中的所有SZGR 2.0基因 |
Jazag TGFB1通过SMAD4向上信号传导 | 108 | 66 | 该途径中的所有SZGR 2.0基因 |
张对IKK抑制剂和TNF的反应 | 223 | 140 | 该途径中的所有SZGR 2.0基因 |
Onder CDH1目标2 DN | 464 | 276 | 该途径中的所有SZGR 2.0基因 |
西葫芦转移 | 43 | 24 | 该途径中的所有SZGR 2.0基因 |
阿尔茨海默氏症疾病 | 1691年 | 1088 | 该途径中的所有SZGR 2.0基因 |
Browne HCMV感染12小时 | 111 | 68 | 该途径中的所有SZGR 2.0基因 |
在胰腺癌中被甲基化沉默的Sato 1 | 419 | 273 | 该途径中的所有SZGR 2.0基因 |
Browne HCMV感染24小时 | 148 | 96 | 该途径中的所有SZGR 2.0基因 |
Sansom APC目标 | 212 | 121 | 该途径中的所有SZGR 2.0基因 |
Smid乳腺癌基础DN | 701 | 446 | 该途径中的所有SZGR 2.0基因 |
Browne HCMV感染2小时 | 39 | 30 | 该途径中的所有SZGR 2.0基因 |
Gobert少突胶质细胞分化DN | 1080 | 713 | 该途径中的所有SZGR 2.0基因 |
ERBB2同工型的Pedersen转移7 | 403 | 240 | 该途径中的所有SZGR 2.0基因 |
ERBB2的611CTF同工型的PEDERSEN目标 | 76 | 45 | 该途径中的所有SZGR 2.0基因 |
phong tnf响应不是通过p38 | 337 | 236 | 该途径中的所有SZGR 2.0基因 |
第六节。microRNA注释
mirna家族 | 目标位置 | mirna id | mirna seq | ||
---|---|---|---|---|---|
UTR开始 | UTR结束 | 匹配方法 | |||
mir-141/200a | 217 | 224 | 1A,M8 | HSA-MIR-141 | uaacacugucugugugugugaugg |
HSA-MIR-200A | uaacacugucuguguguguaaacgaugu | ||||
mir-26 | 74 | 81 | 1A,M8 | HSA-MIR-26A脑 | Uucaaguaauccaggauaggc |
HSA-MIR-26BSZ | uucaaguaauucaggauagguu | ||||
HSA-MIR-26A脑 | Uucaaguaauccaggauaggc | ||||
HSA-MIR-26BSZ | uucaaguaauucaggauagguu | ||||
mir-324-3p | 215 | 221 | M8 | HSA-MIR-324-3P | ccacugccccaggugcugcugg |
mir-491 | 246 | 252 | M8 | HSA-MIR-491脑 | aguggggaacccuuccaugga |
mir-9 | 135 | 141 | M8 | HSA-MIR-9SZ | ucuuuguuaucuagcuguauga |