基因页面:PPARGC1A
总结吗?
| GeneID | 10891年 |
| 象征 | PPARGC1A |
| 同义词 | LEM6 | PGC-1(α)| PGC-1alpha | PGC-1v | PGC1 | PGC1A | PPARGC1 |
| 描述 | PPARG共激活剂1α |
| 参考 | MIM: 604517|HGNC: HGNC: 9237|运用:ENSG00000109819|HPRD: 05155|织女:OTTHUMG00000097747 |
| 基因型 | 蛋白质编码 |
| 地图上的位置 | 4 p15.1 |
| 帕斯卡假定值 | 0.011 |
| 夏洛克假定值 | 0.004 |
| 胎儿β | -2.1 |
| DMG | 1(#研究) |
| 支持 | CompositeSet 达内尔FMRP目标 |
基因数据来源
| 基因集名称 | 基因的方法设置 | 描述 | 信息 |
|---|---|---|---|
| 简历:PGCnp | 全基因组关联研究 | GWAS | |
| DMG: Jaffe_2016 | 全基因组DNA甲基化分析 | 这个数据集包括2104探针/论文认定与深圳病人(n = 108)比136年控制在Bonferroni-adjusted P < 0.05。 | 1 |
| PMID: cooccur | 高通量文献检索 | 系统搜索PubMed的基因共病SCZ关键词。总共有3027个基因包括在内。 | |
| 文学 | 高通量文献检索 | 与精神分裂症Co-occurance关键词:精神分裂症、神经 | 点击显示详细信息 |
部分即遗传学和表观遗传学注释
不同甲基化基因
不同甲基化基因| 探针 | 染色体 | 位置 | 最近的基因 | P (dis) | β(dis) | 罗斯福(dis) | 研究 |
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| cg08811082 | 4 | 24474861 | PPARGC1A | 4.48 e-8 | -0.007 | 1.23 e-5 | DMG: Jaffe_2016 |
第二部分。转录组注释
通用基因表达(GTEx)
基因表达在发展脉络(BrainCloud)
补充说明:
共有269个时间点秘密策划,n = 38胎儿样本(x = 1) 38分到来。每个三角形代表一个时间点。
基因表达的时空变化(BrainSpan)
补充说明:
SC:分皮质区域;SM:感觉运动区域;FC:额叶皮层;和TP:颞顶部皮层
某胎儿(13 - 26 postconception周),ST2:婴儿早期到晚期的童年(4个月到11年),和ST3:青春期到成年(13 - 23年)
代表低25%,显示的栏上25%的表达分布。
没有大脑中的基因区域
第三部分。基因本体论注释
| 分子功能 | 去的术语 | 证据 | 神经的关键词 | PubMed ID |
|---|---|---|---|---|
| 去:0000166 | 核苷酸绑定 | 国际能源机构 | - - - - - - | |
| 去:0003677 | DNA结合 | 助教 | 10713165 | |
| 去:0003723 | 核糖核酸绑定 | 助教 | 12588810 | |
| 去:0008134 | 转录因子结合 | 助教 | 12588810 | |
| 去:0016455 | RNA聚合酶II转录中介活动 | 助教 | 14636573 | |
| 去:0030374 | ligand-dependent核受体转录辅激活活动 | 助教 | 12588810 | |
| 去:0050681 | 雄激素受体结合 | NAS | 15572661 | |
| 生物过程 | 去的术语 | 证据 | 神经的关键词 | PubMed ID |
| 去:0001659 | 温度内稳态 | 助教 | 1258810 | |
| 去:0001678 | 细胞葡萄糖稳态 | NAS | 11854298 | |
| 去:0006367 | 从RNA聚合酶II启动子转录起始 | 助教 | 14636573 | |
| 去:0006397 | 信使rna加工 | 助教 | 12588810 | |
| 去:0008380 | RNA拼接 | 助教 | 12588810 | |
| 去:0006461 | 蛋白质复合体组装 | 助教 | 14636573 | |
| 去:0007586 | 消化 | 助教 | 10585775 | |
| 去:0007005 | 线粒体的组织 | NAS | 11854298 | |
| 去:0042594 | 应对饥饿 | NAS | 11854298 | |
| 去:0050821 | 蛋白质的稳定 | 助教 | 14636573 | |
| 去:0050873 | 棕色脂肪细胞分化 | 助教 | 12588810 | |
| 去:0035066 | 积极的调节组蛋白乙酰化作用 | 助教 | 14636573 | |
| 去:0030521 | 雄激素受体信号通路 | NAS | 15572661 | |
| 去:0045333 | 细胞呼吸 | 助教 | 11551810 | |
| 去:0045944 | 积极的监管RNA聚合酶II启动子的转录 | 国际能源机构 | - - - - - - | |
| 去:0045722 | 积极的监管糖质新生 | 助教 | 12588810 | |
| 去:0046321 | 积极的监管脂肪酸氧化 | 助教 | 12588810 | |
| 蜂窝组件 | 去的术语 | 证据 | 神经的关键词 | PubMed ID |
| 去:0005634 | 核 | 助教 | 12588810 | |
| 去:0005665 | DNA-directed RNA聚合酶II,核心复杂 | 助教 | 12588810 |
第四部分,注释蛋白质间交互作用
| 扶少团团员 | 别名B | 官方全名B | 实验 | 源 | PubMed ID |
|---|---|---|---|---|---|
| ESR1 | ER DKFZp686N23123 | | ESR |将有关| |时代NR3A1 | 雌激素受体1 | - - - - - - | HPRD, BioGRID | 10748020 |
| ESRRG | DKFZp781L1617 | ERR3 | FLJ16023 | KIAA0832 | NR3B3 | estrogen-related受体γ | - - - - - - | HPRD, BioGRID | 12470660 |
| HCFC1 | CFF | HCF-1 | HCF1 | HFC1 | MGC70925 | VCAF | 宿主细胞因子C1 (VP16-accessory蛋白质) | - - - - - - | HPRD, BioGRID | 11733490 |
| MED1 | CRSP1 | CRSP200 | DRIP205 | DRIP230 | MGC71488 | PBP | PPARBP | PPARGBP | RB18A | TRAP220 | TRIP2 | 中介复杂的亚基1 | - - - - - - | HPRD, BioGRID | 14636573 |
| MED12基因 | CAGH45 | HOPA | KIAA0192 | OPA1 | TNRC11 | TRAP230 | 中介复杂单元12 | 亲和力Capture-Western 重新组成复杂 |
BioGRID | 14636573 |
| MED14 | CRSP150 | CRSP2 | CSRP | CXorf4 | DRIP150 | EXLM1 | MGC104513 | RGR1 | TRAP170 | 中介复杂的亚基14 | 亲和力Capture-Western 重新组成复杂 |
BioGRID | 14636573 |
| MED16 | DRIP92 | THRAP5 | TRAP95 | 中介复杂单元16 | 亲和力Capture-Western | BioGRID | 14636573 |
| MED17 | CRSP6 | CRSP77 | DRIP80 | FLJ10812 | TRAP80 | 中介复杂单元17 | 亲和力Capture-Western 重新组成复杂 |
BioGRID | 14636573 |
| MED20 | DKFZp586D2223 | MGC29869 | PRO0213 | TRFP | 中介复杂单元20 | 亲和力Capture-Western | BioGRID | 14636573 |
| MED21 | SRB7 | SURB7 | 中介复杂单元21 | 亲和力Capture-Western | BioGRID | 14636573 |
| NCL | C23 | FLJ45706 | nucleolin | - - - - - - | HPRD | 10983978 |
| NCOA1 | F-SRC-1 | KAT13A | MGC129719 | MGC129720 | NCoA-1 | RIP160 | SRC-1 | SRC1 | bHLHe42 | 核受体共激活剂1 | - - - - - - | HPRD, BioGRID | 10558993 |
| NR1H4 | 酒吧| FXR | HRR-1 | HRR1 | MGC163445 | RIP14 | 核受体亚科1 H组的成员4 | - - - - - - | HPRD, BioGRID | 14729567 |
| NR1I3 | 汽车| CAR1 | MB67 | MGC150433 | MGC97144 | MGC97209 | 核受体亚科1,组我,成员3 | 汽车与PGC-1交互。 | 绑定 | 15572376 |
| NR3C1 | GCCR | GCR | GR | GRL | 核受体亚科3 C组,成员1(糖皮质激素受体) | - - - - - - | HPRD, BioGRID | 10713165 |
| NRF1 | ALPHA-PAL | 核呼吸因子1 | - - - - - - | HPRD, BioGRID | 10412986|11943463 |
| PPARA | MGC2237 | MGC2452 | NR1C1 | PPAR | hPPAR | 过氧物酶体proliferator-activated受体α | - - - - - - | HPRD, BioGRID | 10669761 |
| PPARG | NR1C3 | PPARG1 | PPARG2 | PPARgamma | 过氧物酶体proliferator-activated受体γ | - - - - - - | HPRD | 12502716 |
| PPARG | NR1C3 | PPARG1 | PPARG2 | PPARgamma | 过氧物酶体proliferator-activated受体γ | 重新组成复杂 | BioGRID | 14636573 |
| RXRA | FLJ00280 | FLJ00318 | FLJ16020 | FLJ16733 | MGC102720 | NR2B1 | 类维生素a X受体α | - - - - - - | HPRD, BioGRID | 11714715 |
| SFRS2 | PR264 | SC-35 | SC35 | SFRS2A | SRp30b | 剪接因子,精氨酸/ serine-rich 2 | 亲和力Capture-Western | BioGRID | 10983978 |
| SFRS4 | SRP75 | 剪接因子,精氨酸/ serine-rich 4 | 亲和力Capture-Western | BioGRID | 10983978 |
| SFRS5 | 小时| SRP40 | 剪接因子,精氨酸/ serine-rich 5 | 亲和力Capture-Western | BioGRID | 10983978 |
| SFRS6 | B52 | FLJ08061 | MGC5045 | SRP55 | 剪接因子,精氨酸/ serine-rich 6 | 亲和力Capture-Western | BioGRID | 10983978 |
| THRB | ERBA-BETA | ERBA2 | GRTH | MGC126109 | MGC126110 | NR1A2 | PRTH | THR1 | THRB1 | THRB2 | 甲状腺激素受体β(erythroblastic白血病病毒(v-erb-a)致癌基因同族体2,鸟类) | - - - - - - | HPRD, BioGRID | 11751919 |
| USF2 | 工厂检验计划| bHLHb12 | 上游转录因子2,c-fos交互 | - - - - - - | HPRD | 12611894 |
部分诉通路注释
| 路径名称 | 通道尺寸 | # SZGR 2.0基因通路 | 信息 |
|---|---|---|---|
| KEGG胰岛素信号通路 | 137年 | 103年 | 所有SZGR 2.0基因通路 |
| KEGG ADIPOCYTOKINE信号通路 | 67年 | 57 | 所有SZGR 2.0基因通路 |
| KEGG亨廷顿疾病 | 185年 | 109年 | 所有SZGR 2.0基因通路 |
| BIOCARTA CARM ER通路 | 35 | 27 | 所有SZGR 2.0基因通路 |
| BIOCARTA PPARA通路 | 58 | 43 | 所有SZGR 2.0基因通路 |
| BIOCARTA PGC1A通路 | 26 | 20. | 所有SZGR 2.0基因通路 |
| PID HDAC CLASSIII通路 | 25 | 20. | 所有SZGR 2.0基因通路 |
| PID MTOR 4通道 | 69年 | 55 | 所有SZGR 2.0基因通路 |
| PID ATF2通路 | 59 | 43 | 所有SZGR 2.0基因通路 |
| PID P38αβ下游通路 | 38 | 29日 | 所有SZGR 2.0基因通路 |
| REACTOME发育生物学 | 396年 | 292年 | 所有SZGR 2.0基因通路 |
| REACTOME BMAL1时钟NPAS2激活生理表现 | 36 | 27 | 所有SZGR 2.0基因通路 |
| REACTOME PPARA激活基因表达 | 104年 | 72年 | 所有SZGR 2.0基因通路 |
| REACTOME RORA基因激活生理表现 | 24 | 17 | 所有SZGR 2.0基因通路 |
| REACTOME昼夜镇压ERBA牧师的表达式 | 23 | 16 | 所有SZGR 2.0基因通路 |
| REACTOME代谢脂质和脂蛋白 | 478年 | 302年 | 所有SZGR 2.0基因通路 |
| REACTOME脂肪酸三酰甘油和酮体代谢 | 168年 | 115年 | 所有SZGR 2.0基因通路 |
| REACTOME生物钟 | 53 | 40 | 所有SZGR 2.0基因通路 |
| REACTOME转录调控的白色脂肪细胞的分化 | 72年 | 53 | 所有SZGR 2.0基因通路 |
| MULLIGHAN NPM1突变签名1 | 276年 | 165年 | 所有SZGR 2.0基因通路 |
| MULLIGHAN NPM1突变特征2 | 139年 | 83年 | 所有SZGR 2.0基因通路 |
| MULLIGHAN NPM1签名3 | 341年 | 197年 | 所有SZGR 2.0基因通路 |
| 通过小道HAMAI细胞凋亡 | 584年 | 356年 | 所有SZGR 2.0基因通路 |
| 松田自然杀伤细胞分化 | 475年 | 313年 | 所有SZGR 2.0基因通路 |
| 海勒通过甲基化沉默DN | 105年 | 67年 | 所有SZGR 2.0基因通路 |
| 华莱士前列腺癌竞赛 | 299年 | 167年 | 所有SZGR 2.0基因通路 |
| ACEVEDO肝癌DN | 540年 | 340年 | 所有SZGR 2.0基因通路 |
| ACEVEDO肝脏肿瘤与邻近正常组织DN | 274年 | 165年 | 所有SZGR 2.0基因通路 |
| MITSIADES APLIDIN反应 | 439年 | 257年 | 所有SZGR 2.0基因通路 |
| DN CADWELL ATG16L1目标 | 70年 | 43 | 所有SZGR 2.0基因通路 |
| 山下先生肝癌干细胞的DN | 76年 | 51 | 所有SZGR 2.0基因通路 |
| BOYLAN多发性骨髓瘤PCA3 | 80年 | 54 | 所有SZGR 2.0基因通路 |
| 开罗肝母细胞癌DN | 267年 | 160年 | 所有SZGR 2.0基因通路 |
| 米凯尔森人大与H3K4ME3 ICP | 445年 | 257年 | 所有SZGR 2.0基因通路 |
| 杨BCL3目标了 | 364年 | 236年 | 所有SZGR 2.0基因通路 |
| 郭IRS1和IRS2的目标 | 98年 | 67年 | 所有SZGR 2.0基因通路 |
| ACEVEDO FGFR1在前列腺癌模型的目标 | 289年 | 184年 | 所有SZGR 2.0基因通路 |
| VS联盟CHEMELLO比目鱼肌肌纤维 | 35 | 16 | 所有SZGR 2.0基因通路 |
部分VI. microRNA注释
| microrna的家庭 | 目标位置 | microrna的ID | microrna的seq | ||
|---|---|---|---|---|---|
| UTR开始 | UTR结束 | 匹配方法 | |||
| let-7/98 | 38 | 44 | 1 | hsa-let-7a大脑 | UGAGGUAGUAGGUUGUAUAGUU |
| hsa-let-7b大脑 | UGAGGUAGUAGGUUGUGUGGUU | ||||
| hsa-let-7c大脑 | UGAGGUAGUAGGUUGUAUGGUU | ||||
| hsa-let-7d大脑 | AGAGGUAGUAGGUUGCAUAGU | ||||
| hsa-let-7e大脑 | UGAGGUAGGAGGUUGUAUAGU | ||||
| hsa-let-7f大脑 | UGAGGUAGUAGAUUGUAUAGUU | ||||
| hsa - mir - 98大脑 | UGAGGUAGUAAGUUGUAUUGUU | ||||
| hsa-let-7g深圳 | UGAGGUAGUAGUUUGUACAGU | ||||
| hsa-let-7i大脑 | UGAGGUAGUAGUUUGUGCUGU | ||||
| mir - 136 | 1092年 | 1098年 | m8 | hsa - mir - 136 | ACUCCAUUUGUUUUGAUGAUGGA |
| mir - 137 | 2656年 | 2662年 | 1 | hsa - mir - 137 | UAUUGCUUAAGAAUACGCGUAG |
| hsa - mir - 137 | UAUUGCUUAAGAAUACGCGUAG | ||||
| mir - 138 | 2360年 | 2367年 | 1、m8 | hsa - mir - 138大脑 | AGCUGGUGUUGUGAAUC |
| mir - 139 | 3453年 | 3459年 | m8 | hsa - mir - 139大脑 | UCUACAGUGCACGUGUCU |
| miR-148/152 | 1152年 | 1158年 | m8 | hsa - mir - 148 a | UCAGUGCACUACAGAACUUUGU |
| hsa - mir - 152大脑 | UCAGUGCAUGACAGAACUUGGG | ||||
| hsa - mir - 148 b | UCAGUGCAUCACAGAACUUUGU | ||||
| mir - 150 | 805年 | 811年 | 1 | hsa - mir - 150 | UCUCCCAACCCUUGUACCAGUG |
| mir - 153 | 1149年 | 1155年 | m8 | hsa - mir - 153 | UUGCAUAGUCACAAAAGUGA |
| mir - 193 | 1754年 | 1760年 | 1 | hsa - mir - 193 a | AACUGGCCUACAAAGUCCCAG |
| hsa - mir - 193 b | AACUGGCCCUCAAAGUCCCGCUUU | ||||
| mir - 194 | 1141年 | 1147年 | 1 | hsa - mir - 194 | UGUAACAGCAACUCCAUGUGGA |
| mir - 199 | 1485年 | 1492年 | 1、m8 | hsa - mir - 199 a | CCCAGUGUUCAGACUACCUGUUC |
| hsa - mir - 199 b | CCCAGUGUUUAGACUAUCUGUUC | ||||
| miR-204/211 | 3776年 | 3783年 | 1、m8 | hsa - mir - 204大脑 | UUCCCUUUGUCAUCCUAUGCCU |
| hsa - mir - 211 | UUCCCUUUGUCAUCCUUCGCCU | ||||
| mir - 214 | 194年 | 200年 | 1 | hsa - mir - 214大脑 | ACAGCAGGCACAGACAGGCAG |
| mir - 217 | 3746年 | 3752年 | 1 | hsa - mir - 217 | UACUGCAUCAGGAACUGAUUGGAU |
| mir - 218 | 229年 | 235年 | m8 | hsa - mir - 218大脑 | UUGUGCUUGAUCUAACCAUGU |
| mir - 219 | 698年 | 704年 | m8 | hsa - mir - 219大脑 | UGAUUGUCCAAACGCAAUUCU |
| miR-22 | 2329年 | 2335年 | 1 | hsa-miR-22大脑 | AAGCUGCCAGUUGAAGAACUGU |
| miR-221/222 | 3222年 | 3229年 | 1、m8 | hsa - mir - 221大脑 | AGCUACAUUGUCUGCUGGGUUUC |
| hsa - mir - 222大脑 | AGCUACAUCUGGCUACUGGGUCUC | ||||
| miR-23 | 3504年 | 3510年 | m8 | hsa-miR-23a大脑 | AUCACAUUGCCAGGGAUUUCC |
| hsa-miR-23b大脑 | AUCACAUUGCCAGGGAUUACC | ||||
| hsa-miR-23a大脑 | AUCACAUUGCCAGGGAUUUCC | ||||
| hsa-miR-23b大脑 | AUCACAUUGCCAGGGAUUACC | ||||
| miR-29 | 3181年 | 3187年 | m8 | hsa-miR-29a深圳 | UAGCACCAUCUGAAAUCGGUU |
| hsa-miR-29b深圳 | UAGCACCAUUUGAAAUCAGUGUU | ||||
| hsa-miR-29c深圳 | UAGCACCAUUUGAAAUCGGU | ||||
| miR-30-5p | 1850年 | 1856年 | m8 | hsa-miR-30a-5p | UGUAAACAUCCUCGACUGGAAG |
| hsa-miR-30c大脑 | UGUAAACAUCCUACACUCUCAGC | ||||
| hsa-miR-30d深圳 | UGUAAACAUCCCCGACUGGAAG | ||||
| hsa-miR-30b深圳 | UGUAAACAUCCUACACUCAGCU | ||||
| hsa-miR-30e-5p | UGUAAACAUCCUUGACUGGA | ||||
| hsa-miR-30a-5p | UGUAAACAUCCUCGACUGGAAG | ||||
| hsa-miR-30c大脑 | UGUAAACAUCCUACACUCUCAGC | ||||
| hsa-miR-30d深圳 | UGUAAACAUCCCCGACUGGAAG | ||||
| hsa-miR-30b深圳 | UGUAAACAUCCUACACUCAGCU | ||||
| hsa-miR-30e-5p | UGUAAACAUCCUUGACUGGA | ||||
| hsa-miR-30a-5p | UGUAAACAUCCUCGACUGGAAG | ||||
| hsa-miR-30c大脑 | UGUAAACAUCCUACACUCUCAGC | ||||
| hsa-miR-30d深圳 | UGUAAACAUCCCCGACUGGAAG | ||||
| hsa-miR-30b深圳 | UGUAAACAUCCUACACUCAGCU | ||||
| hsa-miR-30e-5p | UGUAAACAUCCUUGACUGGA | ||||
| mir - 320 | 253年 | 259年 | m8 | hsa - mir - 320 | AAAAGCUGGGUUGAGAGGGCGAA |
| mir - 323 | 3549年 | 3556年 | 1、m8 | hsa - mir - 323大脑 | GCACAUUACACGGUCGACCUCU |
| hsa - mir - 323大脑 | GCACAUUACACGGUCGACCUCU | ||||
| miR-33 | 2325年 | 2331年 | m8 | hsa-miR-33 | GUGCAUUGUAGUUGCAUUG |
| hsa-miR-33b | GUGCAUUGCUGUUGCAUUGCA | ||||
| mir - 369 - 3 - p | 1893年 | 1899年 | 1 | hsa - mir - 369 - 3 - p | AAUAAUACAUGGUUGAUCUUU |
| mir - 374 | 1893年 | 1900年 | 1、m8 | hsa - mir - 374 | UUAUAAUACAACCUGAUAAGUG |
| mir - 410 | 1275年 | 1281年 | 1 | hsa - mir - 410 | AAUAUAACACAGAUGGCCUGU |
| mir - 433 - 3 - p | 1540年 | 1546年 | m8 | hsa - mir - 433大脑 | AUCAUGAUGGGCUCCUCGGUGU |
| mir - 485 - 3 - p | 3714年 | 3721年 | 1、m8 | hsa - mir - 485 - 3 - p | GUCAUACACGGCUCUCCUCUCU |
| mir - 485 - 5 - p | 3758年 | 3765年 | 1、m8 | hsa - mir - 485 - 5 - p | AGAGGCUGGCCGUGAUGAAUUC |
| mir - 494 | 3788年 | 3795年 | 1、m8 | hsa - mir - 494大脑 | UGAAACAUACACGGGAAACCUCUU |
| mir - 495 | 1139年 | 1145年 | 1 | hsa - mir - 495大脑 | AAACAAACAUGGUGCACUUCUUU |
| hsa - mir - 495大脑 | AAACAAACAUGGUGCACUUCUUU | ||||
| mir - 496 | 1551年 | 1557年 | 1 | hsa - mir - 496 | AUUACAUGGCCAAUCUC |
| mir - 539 | 93年 | 99年 | m8 | hsa - mir - 539 | GGAGAAAUUAUCCUUGGUGUGU |
| hsa - mir - 539 | GGAGAAAUUAUCCUUGGUGUGU | ||||
| mir - 543 | 3786年 | 3792年 | m8 | hsa - mir - 543 | AAACAUUCGCGGUGCACUUCU |
| miR-7 | 911年 | 917年 | 1 | hsa-miR-7深圳 | UGGAAGACUAGUGAUUUUGUUG |