Gene Page:EHMT2
Summary？
| 基因 | 10919 |
| 象征 | EHMT2 |
| Synonyms | bat8 | c6orf30 | g9a | gat8 | kmt1c | ng36 |
| Description | 正式组蛋白 - 赖氨酸N-甲基转移酶2 |
| Reference | MIM:604599|HGNC：HGNC：14129|Ensembl：ENSG00000204371|HPRD：06854|Vega：Otthumg00000031180 |
| 基因类型 | 蛋白质编码 |
| Map location | 6p21.31 |
| Pascal p-value | 1E-12 |
| Sherlock p-value | 0.2 |
| 胎儿β | 0.836 |
| DMG | 2（＃研究） |
| 主持人 | Myers' cis & trans |
| Support | G2CDB.HUMANNRC g2cdb.humanpsd G2CDB.HUMANPSP CompositeSet Darnell FMRP目标 染色质重塑基因 |
Gene in Data Sources
| 基因集名称 | Method of gene set | Description | 信息 |
|---|---|---|---|
| CV:PGCnp | 全基因组协会研究 | GWAS | |
| DMG：Vaneijk_2014 | 全基因组DNA甲基化分析 | 该数据集包括432个差异甲基化的CpG位点，对应于精神分裂症患者（n = 260）和未受影响的对照（n = 250）之间的391个独特的转录本。 | 2 |
| DMG：Wockner_2014 | 全基因组DNA甲基化分析 | 该数据集包括4641个差异甲基化探针，对应于精神分裂症患者（n = 24）和对照组（n = 24）之间的2929个独特基因。 | 2 |
| PMID：cooccur | High-throughput literature-search | PubMed中的系统搜索与SCZ关键字共发生的基因。总共包括3027个基因。 | |
| GSMA_I | Genome scan meta-analysis | Psr: 0.033 | |
| Literature | High-throughput literature-search | 与精神分裂症关键词共同存在：精神分裂症，精神分裂症，精神分裂症 | 点击显示详细信息 |
| go_annotation | 将与神经相关的关键字映射到基因本体论注释 | 与神经相关的关键字的命中：1 |
Section I. Genetics and epigenetics annotation
差异甲基化基因
差异甲基化基因| Probe | 染色体 | 位置 | 最近的基因 | p（dis） | Beta (dis) | fdr（dis） | 学习 |
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| CG11203797 | 6 | 31856381 | EHMT2 | 1.824E-4 | 0.481 | 0.034 | DMG：Wockner_2014 |
| CG18424091 | 6 | 31781814 | EHMT2 | 3.26E-6 | 4.451 | DMG：Vaneijk_2014 |
EQTL注释
| SNP ID | 染色体 | 位置 | 主持人 | Gene Entrez ID | pvalue | QVALUE | TSS距离 | EQTL类型 |
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| RS10891023 | Chr11 | 109738358 | EHMT2 | 10919 | 0.15 | 反式 |
第二节。转录组注释
一般基因表达（GTEX）
Devlopment期间的基因表达（BrainCloud）
Footnote:
A total of 269 time points ploted, with n=38 fetal samples (x=1:38). Each triangle represents one time point.
时间变化的基因表达（brainspan）
Footnote:
SC：亚皮质区域；SM：感觉运动区域；FC：额叶皮层；和TP：颞顶皮层
ST1：胎儿（13-26个概念后周），ST2：婴儿早期至童年（4个月至11年）和ST3：青春期至成年期（13-23年）
所示的栏表示表达分布的较低25％和上层25％。
大脑区域的顶级共表达基因
| 前10个积极共表达的基因 | ||
| Gene | 皮尔森的相关性 | 斯皮尔曼的相关性 |
| RCBTB2 | 0.75 | 0.76 |
| CBFB | 0.72 | 0.76 |
| CTPS2 | 0.71 | 0.75 |
| TP53RK | 0.70 | 0.73 |
| ZNF20 | 0.70 | 0.72 |
| SFRS3 | 0.70 | 0.78 |
| MAPRE1 | 0.69 | 0.77 |
| ZNF16 | 0.69 | 0.75 |
| C10orf119 | 0.69 | 0.78 |
| RYK | 0.69 | 0.74 |
| 前10名negatively co-expressed genes | ||
| Gene | 皮尔森的相关性 | 斯皮尔曼的相关性 |
| AF347015.33 | -0.54 | -0.75 |
| MT-CO2 | -0.54 | -0.75 |
| HLA-F | -0.53 | -0.68 |
| tinagl1 | -0.53 | -0.68 |
| FXYD1 | -0.53 | -0.72 |
| AIFM3 | -0.52 | -0.66 |
| mt-cyb | -0.52 | -0.73 |
| AF347015.8 | -0.52 | -0.73 |
| pth1r | -0.52 | -0.66 |
| ZNF385A | -0.51 | -0.64 |
第三节。基因本体论注释
| 分子功能 | 去学期 | 证据 | 神经关键字 | PubMed ID |
|---|---|---|---|---|
| 去：0005515 | 蛋白质结合 | nas | 8457211 | |
| GO：0016740 | 转移酶活性 | IEA | - | |
| 去：0008270 | 锌离子结合 | IEA | - | |
| GO:0008168 | 甲基转移酶活性 | IEA | - | |
| GO：0018024 | histone-lysine N-methyltransferase activity | IEA | - | |
| GO：0046872 | metal ion binding | IEA | - | |
| 生物过程 | 去学期 | 证据 | 神经关键字 | PubMed ID |
| 去：0007130 | 突发型复合体组件 | IEA | 突触（GO期限：11） | - |
| GO:0000122 | RNA聚合酶II启动子的转录负调控 | IEA | - | |
| GO:0000239 | Pachytene | IEA | - | |
| GO:0007286 | 精子发育 | IEA | - | |
| GO:0007281 | germ cell development | IEA | - | |
| 去：0008150 | biological_process | nd | - | |
| 去：0009566 | 受精 | IEA | - | |
| GO：0016568 | chromatin modification | IEA | - | |
| GO：0035265 | organ growth | IEA | - | |
| GO：0051567 | 组蛋白H3-K9甲基化 | IEA | - | |
| Cellular component | 去学期 | 证据 | 神经关键字 | PubMed ID |
| 去：0005575 | cellular_component | nd | - | |
| 去：0005634 | nucleus | IEA | - |
Section IV. Protein-protein interaction annotation
| 互动者 | 别名b | 官方全名b | 实验 | Source | PubMed ID |
|---|---|---|---|---|---|
| ard1a | ard1 |DXS707 |MGC71248 |TE2 | ARD1 homolog A, N-acetyltransferase (S. cerevisiae) | Two-hybrid | Biogrid | 16189514 |
| BAT2L | DKFZP781F05101 |DKFZP781K12107 |KIAA0515 |LQFBS-1 |MGC10526 | HLA-B相关笔录2类 | 亲和力捕获 - 韦斯特恩 Two-hybrid |
Biogrid | 16189514 |
| C10orf12 | DKFZp564P1916 | FLJ13022 | 染色体10开放阅读框12 | Two-hybrid | Biogrid | 16189514 |
| CCDC33 | FLJ23168 |FLJ32855 |MGC34145 | coiled-coil domain containing 33 | Two-hybrid | Biogrid | 16189514 |
| E4F1 | e4f |MGC99614 | E4F转录因子1 | Two-hybrid | Biogrid | 16189514 |
| H3F3B | H3.3B | H3F3A | H3组蛋白，家庭3B（H3.3b） | Two-hybrid | Biogrid | 16189514 |
| HGS | HRS |ZFYVE8 | 肝细胞生长因子调节的酪氨酸激酶底物 | Two-hybrid | Biogrid | 16189514 |
| KLF12 | AP-2REP |ap2rep |HSPC122 | Kruppel-like factor 12 | Two-hybrid | Biogrid | 16189514 |
| KLF6 | BCD1 |COPEB |CPBP |DKFZP686N0199 |GBF |PAC1 |ST12 |ZF9 | 类似克鲁诗的因子6 | Two-hybrid | Biogrid | 16189514 |
| lims1 | PINCH | PINCH1 | LIM和衰老细胞抗原样结构域1 | Two-hybrid | Biogrid | 16189514 |
| LMO2 | rbtn2 |rbtnl1 |Rhom2 |TTG2 | LIM domain only 2 (rhombotin-like 1) | Two-hybrid | Biogrid | 16189514 |
| LNX1 | LNX | MPDZ | PDZRN2 | ligand of numb-protein X 1 | Two-hybrid | Biogrid | 16189514 |
| PLOD3 | LH3 | procollagen-lysine, 2-oxoglutarate 5-dioxygenase 3 | Two-hybrid | Biogrid | 16189514 |
| REST | NRSF |XBR | RE1沉默转录因子 | NRSF与G9A相互作用。 | 绑定 | 15200951 |
| thap7 | MGC10963 | 包含7个域 | Two-hybrid | Biogrid | 16189514 |
| XAGE2 | gaged3 |XAGE-2 | X antigen family, member 2 | Two-hybrid | Biogrid | 16189514 |
Section V. Pathway annotation
第六节。microRNA注释
| mirna家族 | 目标位置 | miRNA ID | mirna seq | ||
|---|---|---|---|---|---|
| UTR开始 | UTR结束 | 匹配方法 | |||
| mir-326 | 177 | 183 | M8 | hsa-miR-326 | CCUCUGGGCCCUUCCUCCAG |