Gene Page:NUDT21

概括?
GeneID 11051
Symbol NUDT21
同义词 CFIM25 | CPSF5
描述 nudix hydrolase 21
参考 MIM:604978|HGNC:HGNC:13870|Ensembl:ENSG00000167005|HPRD:05400|Vega:OTTHUMG00000133240
Gene type protein-coding
Map location 16q12.2
Pascal p-value 0.11
Sherlock P值 0.767
Fetal beta 0.158
DMG 1（＃研究）
eGene 迈尔斯的顺式和跨性别

数据源中的基因
基因集名称 Method of gene set 描述 Info
CV:PGCnp Genome-wide Association Study GWAS
DMG:Nishioka_2013 Genome-wide DNA methylation analysis The authors investigated the methylation profiles of DNA in peripheral blood cells from 18 patients with first-episode schizophrenia (FESZ) and from 15 normal controls. 1
Network 人蛋白蛋白质相互作用网络中核心基因的最短路径距离 Contribution to shortest path in PPI network: 0.0813

第一节遗传学和表观遗传学注释

@Differentially methylated gene

Probe Chromosome Position Nearest gene P (dis) beta（dis） FDR (dis) Study
cg03619472 16 56486263 NUDT21 -0.024 0.25 DMG:Nishioka_2013

@eQTL annotation

SNP ID Chromosome Position eGene Gene Entrez ID pvalue qvalue TSS distance eQTL type
RS9880715 chr3 71081864 NUDT21 11051 0.02 trans

Section II. Transcriptome annotation

General gene expression (GTEx)

Not available

Gene expression during devlopment (BrainCloud)

脚注：
总共绘制了269个时间点，n = 38个胎儿样品（x = 1：38）。每个三角形代表一个时间点。

Gene expression of temporal and spatial changes (BrainSpan)

脚注：
SC: sub-cortical regions; SM: sensory-motor regions; FC: frontal cortex; and TP: temporal-parietal cortex
ST1: fetal (13 - 26 postconception weeks), ST2: early infancy to late childhood (4 months to 11 years), and ST3: adolescence to adulthood (13 - 23 years)
The bar shown representes the lower 25% and upper 25% of the expression distribution.

Top co-expressed genes in brain regions

Top 10 positively co-expressed genes
Gene Pearson's Correlation Spearman's Correlation
NAGS 0.95 0.23
ZIC4 0.94 0.57
ZIC2 0.93 0.64
ZIC1 0.92 0.64
PROX1 0.91 0.40
GBX2 0.88 0.26
KITLG 0.88 0.20
CD247 0.87 0.20
KRT18P19 0.86 0.07
LHX9 0.85 0.14
Top 10 negatively co-expressed genes
Gene Pearson's Correlation Spearman's Correlation
SLC26A4 -0.17 -0.20
C11orf51 -0.16 -0.38
GTDC1 -0.16 -0.14
MTIF3 -0.15 -0.40
KIAA1614 -0.15 0.08
C20orf39 -0.14 0.09
GRIA3 -0.14 -0.00
克里姆 -0.14 -0.20
THYN1 -0.14 -0.22
CACNG3 -0.13 0.01

Section III. Gene Ontology annotation

Molecular function 去的术语 Evidence Neuro keywords PubMed ID
GO:0003723 RNA binding IDA 8626397
GO:0005515 protein binding 新闻学会 11716503|14561889|15169763
GO:0016787 hydrolase activity IEA -
Biological process 去的术语 Evidence Neuro keywords PubMed ID
GO:0000398 nuclear mRNA splicing, via spliceosome EXP 12226669
细胞分量 去的术语 Evidence Neuro keywords PubMed ID
去：0005813 centrosome IDA 11256614
GO:0005634 核 IEA -
GO:0042382 paraspeckles IDA 15169763

第四节。蛋白质蛋白相互作用注释

Interactors Aliases B Official full name B Experimental 资源 PubMed ID
C7orf64 DKFZP564O0523 | DKFZp686D1651 | HSPC304 chromosome 7 open reading frame 64 两个杂交 BioGRID 16169070
CD2BP2 FWP010 | LIN1 | Snu40 | U5-52K CD2 (cytoplasmic tail) binding protein 2 亲和力捕获ms BioGRID 17353931
CPSF6 CFIM |CFIM68 |HPBRII-4 |HPBRII-7 cleavage and polyadenylation specific factor 6, 68kDa 两个杂交 BioGRID 16189514
EXOSC6 EAP4 | MTR3 | Mtr3p | hMtr3p | p11 外泌体组件6 - HPRD，Biogrid 15231747
FLJ12529 FLJ39024 | MGC9315 pre-mRNA cleavage factor I, 59 kDa subunit 两个杂交 BioGRID 16189514
KIAA1377 - KIAA1377 两个杂交 BioGRID 16169070
MAP3K7 tak1 |TGF1A mitogen-activated protein kinase kinase kinase 7 - HPRD 14743216
MYL6 ESMLC | LC17-GI | LC17-NM | LC17A | LC17B | MLC1SM | MLC3NM | MLC3SM 肌球蛋白，轻链6，碱，平滑肌和非肌肉 两个杂交 BioGRID 16189514
NIF3L1 ALS2CR1 | CALS-7 | MDS015 NIF3 NGG1 interacting factor 3-like 1 (S. pombe) 两个杂交 BioGRID 16189514
NUDT21 CFIM25 | CPSF5 | DKFZp686H1588 nudix (nucleoside diphosphate linked moiety X)-type motif 21 两个杂交 BioGRID 16189514
PSMF1 PI31 proteasome (prosome, macropain) inhibitor subunit 1 (PI31) 两个杂交 BioGRID 16189514
RNPS1 E5.1 | MGC117332 RNA结合蛋白S1，富含丝氨酸的结构域 亲和力捕获ms BioGRID 17353931
RPLP1 FLJ27448 | MGC5215 | P1 | RPP1 ribosomal protein, large, P1 两个杂交 BioGRID 16169070
SNRNP70 RNPU1Z | RPU1 | SNRP70 | U170K | U1AP | U1RNP small nuclear ribonucleoprotein 70kDa (U1) Reconstituted Complex BioGRID 14561889


V.途径注释

Pathway name Pathway size ＃szgr 2.0基因 Info
REACTOME PROCESSING OF INTRONLESS PRE MRNAS 14 6 该途径中的所有SZGR 2.0基因
REACTOME PROCESSING OF CAPPED INTRON CONTAINING PRE MRNA 140 77 该途径中的所有SZGR 2.0基因
Reactome RNA Pol II转录 105 54 该途径中的所有SZGR 2.0基因
REACTOME MRNA PROCESSING 161 86 该途径中的所有SZGR 2.0基因
REACTOME MRNA SPLICING 111 58 该途径中的所有SZGR 2.0基因
REACTOME PROCESSING OF CAPPED INTRONLESS PRE MRNA 23 10 该途径中的所有SZGR 2.0基因
REACTOME TRANSCRIPTION 210 127 该途径中的所有SZGR 2.0基因
REACTOME MRNA 3 END PROCESSING 35 18 该途径中的所有SZGR 2.0基因
反应组在终止区域增长的转录本的裂解 44 22 该途径中的所有SZGR 2.0基因
Onken紫菜叶黑色素瘤DN 526 357 该途径中的所有SZGR 2.0基因
DIAZ CHRONIC MEYLOGENOUS LEUKEMIA UP 1382 904 该途径中的所有SZGR 2.0基因
WANG LMO4 TARGETS UP 372 227 该途径中的所有SZGR 2.0基因
SENESE HDAC3 TARGETS DN 536 332 该途径中的所有SZGR 2.0基因
EWSR1 FLII融合的Kinsey目标 1278 748 该途径中的所有SZGR 2.0基因
罗德里格甲状腺癌的分化不佳 633 376 该途径中的所有SZGR 2.0基因
RODRIGUES THYROID CARCINOMA ANAPLASTIC UP 722 443 该途径中的所有SZGR 2.0基因
GRAESSMANN APOPTOSIS BY DOXORUBICIN DN 1781年 1082 该途径中的所有SZGR 2.0基因
Roversi Glioma副本编号DN 54 37 该途径中的所有SZGR 2.0基因
Martoriati MDM4靶向神经上皮DN 164 111 该途径中的所有SZGR 2.0基因
JAZAG TGFB1 SIGNALING UP 108 69 该途径中的所有SZGR 2.0基因
PUJANA BRCA1 PCC NETWORK 1652 1023 该途径中的所有SZGR 2.0基因
PUJANA BRCA2 PCC NETWORK 423 265 该途径中的所有SZGR 2.0基因
Nuytten Nipp1靶向DN 848 527 该途径中的所有SZGR 2.0基因
Nuytten EZH2靶向DN 1024 594 该途径中的所有SZGR 2.0基因
LOPEZ MBD TARGETS 957 597 该途径中的所有SZGR 2.0基因
BENPORATH ES 1 379 235 该途径中的所有SZGR 2.0基因
STARK PREFRONTAL CORTEX 22Q11 DELETION DN 517 309 该途径中的所有SZGR 2.0基因
SHEN SMARCA2 TARGETS UP 424 268 该途径中的所有SZGR 2.0基因
ZHAN MULTIPLE MYELOMA CD1 AND CD2 UP 89 51 该途径中的所有SZGR 2.0基因
lu衰老的脑dn 153 120 该途径中的所有SZGR 2.0基因
XU GH1 AUTOCRINE TARGETS UP 268 157 该途径中的所有SZGR 2.0基因
DURCHDEWALD SKIN CARCINOGENESIS UP 88 47 该途径中的所有SZGR 2.0基因
Creighton内分泌疗法抗性1 528 324 该途径中的所有SZGR 2.0基因
WANG TUMOR INVASIVENESS DN 210 128 该途径中的所有SZGR 2.0基因
BOYLAN MULTIPLE MYELOMA C D UP 139 95 该途径中的所有SZGR 2.0基因
MELLMAN TUT1 TARGETS DN 47 29 该途径中的所有SZGR 2.0基因
肌肉中的罗马胰岛素靶标 442 263 该途径中的所有SZGR 2.0基因
CHIANG LIVER CANCER SUBCLASS UNANNOTATED DN 193 112 该途径中的所有SZGR 2.0基因
Kyng Werner综合征和正常衰老 93 62 该途径中的所有SZGR 2.0基因
YAO TEMPORAL RESPONSE TO PROGESTERONE CLUSTER 12 79 54 该途径中的所有SZGR 2.0基因
CHICAS RB1 TARGETS SENESCENT 572 352 该途径中的所有SZGR 2.0基因
FIGUEROA AML METHYLATION CLUSTER 5 DN 50 31 该途径中的所有SZGR 2.0基因
JOHNSTONE PARVB TARGETS 2 DN 336 211 该途径中的所有SZGR 2.0基因
JOHNSTONE PARVB TARGETS 3 DN 918 550 该途径中的所有SZGR 2.0基因
BRUINS UVC RESPONSE LATE 1137 655 该途径中的所有SZGR 2.0基因
BILANGES RAPAMYCIN SENSITIVE VIA TSC1 AND TSC2 73 37 该途径中的所有SZGR 2.0基因
PURBEY TARGETS OF CTBP1 NOT SATB1 DN 448 282 该途径中的所有SZGR 2.0基因
WAKABAYASHI ADIPOGENESIS PPARG BOUND 8D 658 397 该途径中的所有SZGR 2.0基因
ACEVEDO FGFR1 TARGETS IN PROSTATE CANCER MODEL UP 289 184 该途径中的所有SZGR 2.0基因