Gene Page:CHEK1

概括?
GeneID 1111
Symbol CHEK1
Synonyms CHK1
Description checkpoint kinase 1
Reference MIM:603078|HGNC:HGNC:1925|ENSEMBL：ENSG00000149554|HPRD:04356|Vega:OTTHUMG00000165853
Gene type protein-coding
Map location 11q24.2
Pascal p-value 0.014
eGene Caudate basal ganglia
Putamen basal ganglia

数据源中的基因
Gene set name Method of gene set Description Info
CV：GWASDB Genome-wide Association Studies GWASdb records for schizophrenia
CV:PGCnp Genome-wide Association Study GWAS
PMID:cooccur High-throughput literature-search Systematic search in PubMed for genes co-occurring with SCZ keywords. A total of 3027 genes were included.
文学 High-throughput literature-search 与精神分裂症关键词共同存在：精神分裂症，精神分裂症 Click to show details
Network 人蛋白蛋白质相互作用网络中核心基因的最短路径距离 Contribution to shortest path in PPI network: 0.0238

第一节遗传学和表观遗传学注释

@eQTL annotation

SNP ID Chromosome Position eGene Gene Entrez ID pvalue qvalue TSS distance eQTL type
rs7110899 11 125642222 CHEK1 ENSG00000149554.8 1.77565E-8 0 146098 gtex_brain_putamen_basal
RS929978 11 125642489 CHEK1 ENSG00000149554.8 3.15941E-8 0 146365 gtex_brain_putamen_basal
RS929977 11 125642490 CHEK1 ENSG00000149554.8 4.3768E-8 0 146366 gtex_brain_putamen_basal

Section II. Transcriptome annotation

General gene expression (GTEx)

Not available

Gene expression of temporal and spatial changes (BrainSpan)

脚注：
SC: sub-cortical regions; SM: sensory-motor regions; FC: frontal cortex; and TP: temporal-parietal cortex
ST1: fetal (13 - 26 postconception weeks), ST2: early infancy to late childhood (4 months to 11 years), and ST3: adolescence to adulthood (13 - 23 years)
The bar shown representes the lower 25% and upper 25% of the expression distribution.

Top co-expressed genes in brain regions

Top 10 positively co-expressed genes
Gene Pearson's Correlation Spearman's Correlation
DONSON 0.79 0.80
C11orf61 0.78 0.85
NR2C1 0.77 0.82
ZNF334 0.77 0.83
NEK1 0.77 0.81
PEX1 0.77 0.81
WDR75 0.76 0.77
OSBPL9 0.76 0.80
LASS5 0.76 0.76
B4GALT4 0.76 0.79
Top 10 negatively co-expressed genes
Gene Pearson's Correlation Spearman's Correlation
AF347015.31 -0.64 -0.73
MT-CO2 -0.63 -0.73
AF347015.27 -0.63 -0.71
MT-CYB -0.60 -0.70
AF347015.21 -0.59 -0.71
AF347015.8 -0.59 -0.71
IFI27 -0.59 -0.67
AF347015.33 -0.59 -0.69
HIGD1B -0.56 -0.64
AF347015.15 -0.56 -0.69

Section III. Gene Ontology annotation

Molecular function 去的术语 Evidence Neuro keywords PubMed ID
GO:0000166 nucleotide binding IEA -
GO:0005515 protein binding 新闻学会 16330544|16963448|17157788
|17292828
GO:0005524 ATP binding IEA -
GO:0004674 蛋白质丝氨酸/苏氨酸激酶活性 EXP 9278512
GO:0004674 蛋白质丝氨酸/苏氨酸激酶活性 IEA -
GO:0016740 transferase activity IEA -
Biological process 去的术语 Evidence Neuro keywords PubMed ID
GO:0000077 DNA damage checkpoint TAS 9278511
GO:0000079 regulation of cyclin-dependent protein kinase activity TAS 9278511
GO:0000086 G2/M transition of mitotic cell cycle IEA -
GO:0007131 reciprocal meiotic recombination TAS 9278511
GO:0006468 protein amino acid phosphorylation IEA -
GO:0006281 DNA repair IEA -
GO:0006260 DNA replication EXP 12791985
GO:0007049 cell cycle IEA -
GO:0008285 negative regulation of cell proliferation TAS 9278511
GO:0007276 gamete generation TAS 9382850
Cellular component 去的术语 Evidence Neuro keywords PubMed ID
GO:0000794 condensed nuclear chromosome TAS 9382850
GO:0005634 nucleus IEA -
GO:0005654 nucleoplasm EXP 9278512|12399544
GO:0005657 replication fork IEA -
GO:0005737 细胞质 IEA -

第四节。蛋白质蛋白相互作用注释

Interactors Aliases B Official full name B Experimental 资源 PubMed ID
ATM AT1 | ATA | ATC | ATD | ATDC | ATE | DKFZp781A0353 | MGC74674 | TEL1 | TELO1 ataxia telangiectasia mutated Protein-peptide BioGRID 10608806
ATR FRP1 | MEC1 | SCKL | SCKL1 ataxia telangiectasia and Rad3 related Protein-peptide BioGRID 10608806
ATR FRP1 | MEC1 | SCKL | SCKL1 ataxia telangiectasia and Rad3 related ATR与CHEK1（CHK1）相互作用。 BIND 15775976
BLM BS | MGC126616 | MGC131618 | MGC131620 | RECQ2 | RECQL2 | RECQL3 Bloom syndrome Affinity Capture-Western
Co-localization		 BioGRID 15364958
CDC25A CDC25A2 cell division cycle 25 homolog A (S. pombe) Chk1 phosphorylates Cdc25A-b. This interaction was modeled on a demonstrated interaction between human Chk1 and Cdc25A from an unspecified species. BIND 15311285
CDC25A CDC25A2 cell division cycle 25 homolog A (S. pombe) Chk1 phosphorylates Cdc25A-a. This interaction was modeled on a demonstrated interaction between human Chk1 and Cdc25A from an unspecified species. BIND 15311285
CDC25A CDC25A2 cell division cycle 25 homolog A (S. pombe) - HPRD,BioGRID 12399544
CDC25B - cell division cycle 25 homolog B (S. pombe) - HPRD,BioGRID 9278511
CDC25C CDC25 cell division cycle 25 homolog C (S. pombe) CHEK1 (Chk1) phosphorylates an unspecified isoform of CDC25C. BIND 15735702
CDC25C CDC25 cell division cycle 25 homolog C (S. pombe) - HPRD,BioGRID 9278511
CDKN1A CAP20 | CDKN1 | CIP1 | MDA-6 | P21 | SDI1 | WAF1 | p21CIP1 cyclin-dependent kinase inhibitor 1A (p21, Cip1) Affinity Capture-Western BioGRID 11896572
CLSPN CLASPIN | MGC131612 | MGC131613 | MGC131615 claspin homolog (Xenopus laevis) - HPRD,BioGRID 12766152
CSNK2A1 CK2A1 |CKII casein kinase 2, alpha 1 polypeptide Affinity Capture-Western
Reconstituted Complex		 BioGRID 12902976|15225637
E2F1 E2F-1 | RBAP1 | RBBP3 | RBP3 E2F transcription factor 1 E2F1 interacts with the Chk1 promoter. BIND 11799067
E2F4 E2F-4 E2F transcription factor 4, p107/p130-binding E2F4 interacts with the Chk1 promoter region. BIND 11799067
MSH2 COCA1 | FCC1 | HNPCC | HNPCC1 | LCFS2 mutS homolog 2, colon cancer, nonpolyposis type 1 (E. coli) Affinity Capture-Western BioGRID 15647386
PRKDC DNA-PKcs | DNAPK | DNPK1 | HYRC | HYRC1 | XRCC7 | p350 蛋白激酶，DNA激活，催化多肽 Protein-peptide
Reconstituted Complex		 BioGRID 10608806|12756247
RAD51 BRCC5 | HRAD51 | HsRad51 | HsT16930 | RAD51A | RECA RAD51同源物（RECA同源物，大肠杆菌）（S. cerevisiae） Chk1 interacts with RAD51. BIND 15665856
RELA MGC131774 | NFKB3 | p65 v-rel reticuloendotheliosis viral oncogene homolog A (avian) RELA interacts with CHEK1. This interaction was modeled on a demonstrated interaction between human RELA, and CHEK1 from an unspecified species. BIND 15775976
SFN YWHAS stratifin Affinity Capture-Western BioGRID 11896572
TIMELESS FLJ12640 | FLJ20714 | TIM | TIM1 | hTIM timeless homolog (Drosophila) Affinity Capture-Western BioGRID 15798197
TP53 FLJ92943 |LFS1 |trp53 |p53 tumor protein p53 - HPRD,BioGRID 11896572
TP53BP1 53BP1 | FLJ41424 | MGC138366 | p202 肿瘤蛋白p53结合蛋白1 Co-localization BioGRID 15364958
XIAP API3 | BIRC4 | ILP1 | MIHA | XLP2 X-linked inhibitor of apoptosis Reconstituted Complex BioGRID 14759516
XRCC5 FLJ39089 | KARP-1 | KARP1 | KU80 | KUB2 | Ku86 | NFIV X-ray repair complementing defective repair in Chinese hamster cells 5 (double-strand-break rejoining) Affinity Capture-Western BioGRID 12756247
XRCC6 CTC75 | CTCBF | G22P1 | KU70 | ML8 | TLAA X-ray repair complementing defective repair in Chinese hamster cells 6 - HPRD,BioGRID 12756247


V.途径注释

Pathway name Pathway size # SZGR 2.0 genes in pathway Info
KEGG CELL CYCLE 128 84 该途径中的所有SZGR 2.0基因
KEGG P53 SIGNALING PATHWAY 69 45 该途径中的所有SZGR 2.0基因
BIOCARTA ATM PATHWAY 20 16 该途径中的所有SZGR 2.0基因
BIOCARTA G2 PATHWAY 24 20 该途径中的所有SZGR 2.0基因
BIOCARTA RB PATHWAY 13 11 该途径中的所有SZGR 2.0基因
BIOCARTA ATRBRCA PATHWAY 21 12 该途径中的所有SZGR 2.0基因
SA G2 AND M PHASES 8 7 该途径中的所有SZGR 2.0基因
PID FANCONI PATHWAY 47 28 该途径中的所有SZGR 2.0基因
PID P73PATHWAY 79 59 该途径中的所有SZGR 2.0基因
PID ATR PATHWAY 39 25 该途径中的所有SZGR 2.0基因
PID CIRCADIAN PATHWAY 16 15 该途径中的所有SZGR 2.0基因
PID P53 REGULATION PATHWAY 59 50 该途径中的所有SZGR 2.0基因
REACTOME SIGNALING BY SCF KIT 78 59 该途径中的所有SZGR 2.0基因
REACTOME CELL CYCLE 421 253 该途径中的所有SZGR 2.0基因
REACTOME P53 INDEPENDENT G1 S DNA DAMAGE CHECKPOINT 51 31 该途径中的所有SZGR 2.0基因
REACTOME CELL CYCLE CHECKPOINTS 124 70 该途径中的所有SZGR 2.0基因
REACTOME ACTIVATION OF ATR IN RESPONSE TO REPLICATION STRESS 38 18 该途径中的所有SZGR 2.0基因
REACTOME G2 M CHECKPOINTS 45 23 该途径中的所有SZGR 2.0基因
REACTOME G2 M DNA DAMAGE CHECKPOINT 12 8 该途径中的所有SZGR 2.0基因
SENGUPTA NASOPHARYNGEAL CARCINOMA UP 294 178 该途径中的所有SZGR 2.0基因
SOTIRIOU BREAST CANCER GRADE 1 VS 3 UP 151 84 该途径中的所有SZGR 2.0基因
CASORELLI ACUTE PROMYELOCYTIC LEUKEMIA DN 663 425 该途径中的所有SZGR 2.0基因
BASAKI YBX1 TARGETS UP 290 177 该途径中的所有SZGR 2.0基因
VECCHI GASTRIC CANCER EARLY UP 430 232 该途径中的所有SZGR 2.0基因
Ginestier乳腺癌20Q13扩增DN 180 101 该途径中的所有SZGR 2.0基因
OSWALD HEMATOPOIETIC STEM CELL IN COLLAGEN GEL UP 233 161 该途径中的所有SZGR 2.0基因
RHEIN ALL GLUCOCORTICOID THERAPY DN 362 238 该途径中的所有SZGR 2.0基因
KINSEY TARGETS OF EWSR1 FLII FUSION UP 1278 748 该途径中的所有SZGR 2.0基因
Graham CML静止与正常静止 87 45 该途径中的所有SZGR 2.0基因
GRAHAM CML DIVIDING VS NORMAL QUIESCENT UP 181 101 该途径中的所有SZGR 2.0基因
GRAHAM NORMAL QUIESCENT VS NORMAL DIVIDING DN 87 49 该途径中的所有SZGR 2.0基因
BIDUS METASTASIS UP 214 134 该途径中的所有SZGR 2.0基因
DODD NASOPHARYNGEAL CARCINOMA DN 1375 806 该途径中的所有SZGR 2.0基因
RODRIGUES THYROID CARCINOMA POORLY DIFFERENTIATED UP 633 376 该途径中的所有SZGR 2.0基因
RODRIGUES THYROID CARCINOMA ANAPLASTIC UP 722 443 该途径中的所有SZGR 2.0基因
LANDIS ERBB2 BREAST PRENEOPLASTIC UP 20 10 该途径中的所有SZGR 2.0基因
GRAESSMANN APOPTOSIS BY DOXORUBICIN DN 1781 1082 该途径中的所有SZGR 2.0基因
LANDIS ERBB2 BREAST TUMORS 324 UP 150 93 该途径中的所有SZGR 2.0基因
BERENJENO TRANSFORMED BY RHOA UP 536 340 该途径中的所有SZGR 2.0基因
MISSIAGLIA REGULATED BY METHYLATION DN 122 67 该途径中的所有SZGR 2.0基因
LASTOWSKA NEUROBLASTOMA COPY NUMBER DN 800 473 该途径中的所有SZGR 2.0基因
WAKASUGI HAVE ZNF143 BINDING SITES 58 33 该途径中的所有SZGR 2.0基因
FARMER BREAST CANCER BASAL VS LULMINAL 330 215 该途径中的所有SZGR 2.0基因
ROSTY CERVICAL CANCER PROLIFERATION CLUSTER 140 73 该途径中的所有SZGR 2.0基因
PATIL LIVER CANCER 747 453 该途径中的所有SZGR 2.0基因
PUJANA BREAST CANCER LIT INT NETWORK 101 73 该途径中的所有SZGR 2.0基因
PUJANA BRCA1 PCC NETWORK 1652 1023 该途径中的所有SZGR 2.0基因
PUJANA BRCA2 PCC NETWORK 423 265 该途径中的所有SZGR 2.0基因
PUJANA CHEK2 PCC NETWORK 779 480 该途径中的所有SZGR 2.0基因
KAUFFMANN MELANOMA RELAPSE UP 61 25 该途径中的所有SZGR 2.0基因
FERREIRA EWINGS SARCOMA UNSTABLE VS STABLE UP 167 92 该途径中的所有SZGR 2.0基因
WEI MYCN TARGETS WITH E BOX 795 478 该途径中的所有SZGR 2.0基因
GARCIA TARGETS OF FLI1 AND DAX1 DN 176 104 该途径中的所有SZGR 2.0基因
GOTZMANN EPITHELIAL TO MESENCHYMAL TRANSITION UP 69 55 该途径中的所有SZGR 2.0基因
BENPORATH ES 1 379 235 该途径中的所有SZGR 2.0基因
SHIN B CELL LYMPHOMA CLUSTER 8 36 28 该途径中的所有SZGR 2.0基因
MORI IMMATURE B LYMPHOCYTE DN 90 55 该途径中的所有SZGR 2.0基因
KAUFFMANN DNA REPAIR GENES 230 137 该途径中的所有SZGR 2.0基因
REN BOUND BY E2F 61 40 该途径中的所有SZGR 2.0基因
MOREAUX B LYMPHOCYTE MATURATION BY TACI DN 73 45 该途径中的所有SZGR 2.0基因
Nemeth炎症反应LPS DN 32 25 该途径中的所有SZGR 2.0基因
ALCALAY AML BY NPM1 LOCALIZATION DN 184 132 该途径中的所有SZGR 2.0基因
MOREAUX MULTIPLE MYELOMA BY TACI DN 172 107 该途径中的所有SZGR 2.0基因
DEBIASI APOPTOSIS BY REOVIRUS INFECTION UP 314 201 该途径中的所有SZGR 2.0基因
CHUANG OXIDATIVE STRESS RESPONSE DN 11 9 该途径中的所有SZGR 2.0基因
JACKSON DNMT1 TARGETS UP 77 57 该途径中的所有SZGR 2.0基因
HEDENFALK BREAST CANCER BRCA1 VS BRCA2 163 113 该途径中的所有SZGR 2.0基因
DOUGLAS BMI1 TARGETS UP 566 371 该途径中的所有SZGR 2.0基因
DOUGLAS BMI1 TARGETS DN 314 188 该途径中的所有SZGR 2.0基因
MARSON BOUND BY FOXP3 STIMULATED 1022 619 该途径中的所有SZGR 2.0基因
由Foxp3绑定的Marson未刺激 1229 713 该途径中的所有SZGR 2.0基因
MARSON BOUND BY E2F4 UNSTIMULATED 728 415 该途径中的所有SZGR 2.0基因
FINETTI BREAST CANCER KINOME RED 16 11 该途径中的所有SZGR 2.0基因
RIZKI TUMOR INVASIVENESS 3D DN 270 181 该途径中的所有SZGR 2.0基因
FUJII YBX1 TARGETS DN 202 132 该途径中的所有SZGR 2.0基因
SMID BREAST CANCER BASAL UP 648 398 该途径中的所有SZGR 2.0基因
ZHANG BREAST CANCER PROGENITORS UP 425 253 该途径中的所有SZGR 2.0基因
LABBE WNT3A TARGETS DN 97 53 该途径中的所有SZGR 2.0基因
BLUM RESPONSE TO SALIRASIB DN 342 220 该途径中的所有SZGR 2.0基因
MUELLER PLURINET 299 189 该途径中的所有SZGR 2.0基因
FIRESTEIN PROLIFERATION 175 125 该途径中的所有SZGR 2.0基因
GOLDRATH ANTIGEN RESPONSE 346 192 该途径中的所有SZGR 2.0基因
CHANG CORE SERUM RESPONSE UP 212 128 该途径中的所有SZGR 2.0基因
SHEDDEN LUNG CANCER POOR SURVIVAL A6 456 285 该途径中的所有SZGR 2.0基因
ZHANG TLX TARGETS 36HR DN 185 116 该途径中的所有SZGR 2.0基因
ZHANG TLX TARGETS 60HR DN 277 166 该途径中的所有SZGR 2.0基因
ZHANG TLX TARGETS DN 89 50 该途径中的所有SZGR 2.0基因
MILI PSEUDOPODIA HAPTOTAXIS UP 518 299 该途径中的所有SZGR 2.0基因
CROONQUIST IL6 DEPRIVATION DN 98 69 该途径中的所有SZGR 2.0基因
CROONQUIST NRAS SIGNALING DN 72 47 该途径中的所有SZGR 2.0基因
开罗肝母细胞瘤上课 605 377 该途径中的所有SZGR 2.0基因
WINNEPENNINCKX MELANOMA METASTASIS UP 162 86 该途径中的所有SZGR 2.0基因
KYNG WERNER SYNDROM AND NORMAL AGING UP 93 62 该途径中的所有SZGR 2.0基因
WONG EMBRYONIC STEM CELL CORE 335 193 该途径中的所有SZGR 2.0基因
WU APOPTOSIS BY CDKN1A VIA TP53 55 31 该途径中的所有SZGR 2.0基因
DUTERTRE ESTRADIOL RESPONSE 6HR UP 229 149 该途径中的所有SZGR 2.0基因
DUTERTRE ESTRADIOL RESPONSE 24HR UP 324 193 该途径中的所有SZGR 2.0基因
PILON KLF1 TARGETS DN 1972 1213 该途径中的所有SZGR 2.0基因
LINSLEY MIR16 TARGETS 206 127 该途径中的所有SZGR 2.0基因
LEE BMP2 TARGETS DN 882 538 该途径中的所有SZGR 2.0基因
KIM TIAL1 TARGETS 32 22 该途径中的所有SZGR 2.0基因
FEVR CTNNB1 TARGETS DN 553 343 该途径中的所有SZGR 2.0基因
GOBERT OLIGODENDROCYTE DIFFERENTIATION UP 570 339 该途径中的所有SZGR 2.0基因
YU BAP1 TARGETS 29 21 该途径中的所有SZGR 2.0基因
ROESSLER LIVER CANCER METASTASIS UP 107 72 该途径中的所有SZGR 2.0基因

Section VI. microRNA annotation

miRNA family Target position mirna id miRNA seq
UTR start UTR end Match method
mir-15/16/195/424/497 38 45 1A,m8 hsa-miR-15abrain UAGCAGCACAUAAUGGUUUGUG
hsa-miR-16brain uagcagcacguaaauauuggcg
hsa-miR-15bbrain UAGCAGCACAUCAUGGUUUACA
hsa-miR-195SZ UAGCAGCACAGAAAUAUUGGC
hsa-miR-424 CAGCAGCAAUUCAUGUUUUGAA
hsa-miR-497 CAGCAGCACACUGUGGUUUGU
miR-452 84 90 m8 hsa-miR-452 UguuugcaggaaacugagaC