基因页：chn2

Summary？
基因 1124
象征 chn2
同义词 arhgap3 | bch | chn2-3 | rhogap3
描述 chimerin 2
参考 MIM：602857|HGNC：HGNC：1944|ENSEMBL：ENSG00000106069|HPRD：04173|Vega:OTTHUMG00000023063
基因类型 蛋白质编码
地图位置 7p15.3
Pascal P值 0.33
Sherlock P值 0.282
DMG 1(# studies)
主持人 Myers' cis & trans
支持 CompositeSet
Darnell FMRP目标

基因in Data Sources
基因集名称 基因组方法 描述 信息
简历：PGCNP 全基因组协会研究 GWAS
DMG：Wockner_2014 全基因组DNA甲基化分析 该数据集包括4641个差异甲基化探针，对应于精神分裂症患者（n = 24）和对照组（n = 24）之间的2929个独特基因。 2
PMID：cooccur 高通量文献搜索 PubMed中的系统搜索与SCZ关键字共发生的基因。总共包括3027个基因。
协会 组合的优势比方法（Sun等。2008), association studies 1 链接到Szgene
Literature 高通量文献搜索 Co-occurance with Schizophrenia keywords: schizophrenia,schizophrenias 点击显示详细信息
网络 Shortest path distance of core genes in the Human protein-protein interaction network Contribution to shortest path in PPI network: 0.0205

Section I. Genetics and epigenetics annotation

@差异甲基化基因

探测 染色体 位置 最近的基因 p（dis） beta（dis） fdr（dis） 学习
CG17315135 7 29234965 chn2 1.876E-4 -0.182 0.034 DMG：Wockner_2014
CG21900928 7 29294897 chn2 4.453E-4 -0.503 0.045 DMG：Wockner_2014

@EQTL注释

SNP ID 染色体 位置 主持人 Gene Entrez ID PVALUE QVALUE TSS距离 EQTL类型
SNP_A-4290143 0 chn2 1124 0.04 反式
RS16829545 CHR2 151977407 chn2 1124 1.44E-5 反式
RS7584986 CHR2 184111432 chn2 1124 0.01 反式
RS17745470 CHR4 57080197 chn2 1124 0.06 反式
RS2183142 CHR4 159232695 chn2 1124 0.02 反式
RS10035168 CHR5 5974295 chn2 1124 0.04 反式
SNP_A-4218600 0 chn2 1124 0.03 反式
RS1380396 CHR5 100737044 chn2 1124 0.07 反式
RS2225105 Chr9 25480908 chn2 1124 0.01 反式
RS16955618 CHR15 29937543 chn2 1124 5.955E-6 反式
RS1041786 CHR21 22617710 chn2 1124 0.01 反式

第二节。转录组注释

一般基因表达（GTEX）

无法使用

时间变化的基因表达（brainspan）

Footnote:
SC：亚皮质区域；SM：感觉运动区域；FC：额叶皮层；和TP：颞顶皮层
ST1：胎儿（13-26个概念后周），ST2：婴儿早期至童年（4个月至11年）和ST3：青春期至成年期（13-23年）
所示的栏表示表达分布的较低25％和上层25％。

大脑区域的顶级共表达基因

前10个积极共表达的基因
基因 皮尔逊的相关性 斯皮尔曼的相关性
DRD1 0.89 0.80
SLC32A1 0.88 0.88
Htr6 0.87 0.87
drd2 0.81 0.69
GPR149 0.81 0.69
GPR6 0.80 0.80
FAM40B 0.80 0.74
TTC22 0.78 0.75
C10orf41 0.78 0.60
SIX3 0.78 0.13
前10个负共表达基因
基因 皮尔逊的相关性 斯皮尔曼的相关性
HEBP2 -0.34 -0.56
CCDC90A -0.33 -0.30
metrnl -0.32 -0.45
CBS -0.31 -0.27
SNX7 -0.31 -0.18
Neurod6 -0.30 -0.07
RNF182 -0.29 -0.28
SLA -0.29 0.00
CSRP2 -0.29 -0.41
klhl1 -0.29 0.01

第三节。基因本体论注释

分子功能 去学期 证据 神经关键字 PubMed ID
去：0005096 GTPase激活剂活性 TAS 7614486
去：0005070 SH3/SH2适配器活动 TAS 8175705
去：0005515 蛋白质结合 IEA -
去：0008270 锌离子结合 IEA -
GO：0019992 二酰基甘油结合 IEA -
GO：0046872 金属离子结合 IEA -
生物过程 去学期 证据 神经关键字 PubMed ID
去：0007242 细胞内信号传导级联 IEA -
细胞分量 去学期 证据 神经关键字 PubMed ID
去：0005622 细胞内 IEA -
去：0016020 膜 IEA -

Section V. Pathway annotation

路径名 路径大小 ＃szgr 2.0基因 信息
PID ERBB1下游途径 105 78 All SZGR 2.0 genes in this pathway
PID Rac1 Reg Pathway 38 25 All SZGR 2.0 genes in this pathway
Rho GTPases的Reactome信号传导 113 81 All SZGR 2.0 genes in this pathway
GAZDA钻石黑芬贫血髓样DN 38 25 All SZGR 2.0 genes in this pathway
Fulcher炎症反应凝集素与LPS DN 463 290 All SZGR 2.0 genes in this pathway
乳腺癌腔与基础 380 215 All SZGR 2.0 genes in this pathway
乳腺癌腔与间充质 450 256 All SZGR 2.0 genes in this pathway
Horiuchi WTAP靶向 306 188 All SZGR 2.0 genes in this pathway
Jaeger转移DN 258 141 All SZGR 2.0 genes in this pathway
Lee神经Crest干细胞向上 146 99 All SZGR 2.0 genes in this pathway
农民乳腺癌根源与腔内 326 213 All SZGR 2.0 genes in this pathway
通过ELK3 UP总缺氧 209 139 All SZGR 2.0 genes in this pathway
通过HIF1A的总缺氧 77 49 All SZGR 2.0 genes in this pathway
通过ELK3和HIF1A DN的缺氧总缺氧 103 71 All SZGR 2.0 genes in this pathway
带有E盒的WEI MYCN目标 795 478 All SZGR 2.0 genes in this pathway
Benporath EED目标 1062 725 All SZGR 2.0 genes in this pathway
与H3K27me3的Benporath ES 1118 744 All SZGR 2.0 genes in this pathway
Stark前额叶皮层22Q11删除DN 517 309 All SZGR 2.0 genes in this pathway
Ross AML与PML RARA FUSION 77 62 All SZGR 2.0 genes in this pathway
EWSR1 FLI1融合的Zhang目标 88 68 All SZGR 2.0 genes in this pathway
Haddad T淋巴细胞和NK祖细胞 78 56 All SZGR 2.0 genes in this pathway
伊万诺娃造血早期祖先 532 309 All SZGR 2.0 genes in this pathway
Kaab心脏中心与心室DN 261 183 All SZGR 2.0 genes in this pathway
CREIGHTON ENDOCRINE THERAPY RESISTANCE 3 720 440 All SZGR 2.0 genes in this pathway
SMID乳腺癌腔内B 172 109 All SZGR 2.0 genes in this pathway
Smid乳腺癌基础DN 701 446 All SZGR 2.0 genes in this pathway
ERBB2 CDC25A DN的射线肿瘤发生 159 105 All SZGR 2.0 genes in this pathway
CHIANG LIVER CANCER SUBCLASS POLYSOMY7 UP 79 50 All SZGR 2.0 genes in this pathway
尼尔森·吉斯特（Nielsen Gist） 98 66 All SZGR 2.0 genes in this pathway
CTBP1的PURBEY目标不是SATB1 344 215 All SZGR 2.0 genes in this pathway
Gobert少突胶质细胞分化DN 1080 713 All SZGR 2.0 genes in this pathway
前列腺癌模型DN中的Acevedo FGFR1靶标 308 187 All SZGR 2.0 genes in this pathway
DURAND STROMA NS UP 162 103 All SZGR 2.0 genes in this pathway

第六节。microRNA注释

mirna家族 目标位置 miRNA ID mirna seq
UTR开始 UTR结束 匹配方法
miR-144 1475 1481 M8 HSA-MIR-144 uacaguauagauguauguaguag
mir-204/211 325 332 1A，M8 hsa-miR-204脑 Uucccuuugucauccuaugccu
hsa-miR-211 uucccuuugucauccuucgccu
mir-217 549 556 1A，M8 hsa-miR-217 uacugcaucagaacugauuggau
hsa-miR-217 uacugcaucagaacugauuggau
mir-33 472 478 M8 HSA-MIR-33 Gugcauuguuguugcauug
HSA-MIR-33b Gugcauugcuguugcauugca
mir-410 1128 1134 M8 HSA-MIR-410 aauauaacacagauggcugu
miR-495 1449 1455 M8 HSA-MIR-495脑 Aaacaaacauggugcacuuuuu
mir-543 443 449 M8 HSA-MIR-543 aaacauucgcggugcacuucu