基因页:chrna4
Summary?
基因ID | 1137 |
象征 | chrna4 |
同义词 | bfnc | ebn | ebn1 | nachr | nachra4 | nacra44 |
描述 | 胆碱能受体烟碱α4亚基 |
参考 | MIM:118504|HGNC:HGNC:1958|Ensembl:ENSG00000101204|HPRD:00333|Vega:Otthumg00000033080 |
基因类型 | 蛋白质编码 |
地图位置 | 20q13.33 |
Pascal P值 | 7.386E-4 |
胎儿β | 0.129 |
主持人 | 小脑半球 小脑 |
支持 | 配体门控离子信号传导 |
数据源中的基因
基因集名称 | 基因组方法 | 描述 | 信息 |
---|---|---|---|
简历:PGCNP | 全基因组协会研究 | GWAS | |
PMID:cooccur | 高通量文献搜索 | PubMed中的系统搜索与SCZ关键字共发生的基因。总共包括3027个基因。 | |
文学 | 高通量文献搜索 | 与精神分裂症关键词共同存在:精神分裂症,精神分裂症,精神分裂症 | 点击显示详细信息 |
go_annotation | 将与神经相关的关键字映射到基因本体论注释 | 与神经相关关键字的命中:7 |
第一节遗传学和表观遗传学注释
第二节。转录组注释
一般基因表达(GTEX)
![无法使用](http://www.tjghsg.com/bioinfo/SZGR/GeneImg/CHRNA4_DE_GTEx.png)
Devlopment期间的基因表达(BrainCloud)
脚注:
总共绘制了269个时间点,n = 38个胎儿样品(x = 1:38)。每个三角形代表一个时间点。
时间变化的基因表达(brainspan)
脚注:
SC:亚皮质区域;SM:感觉运动区域;FC:额叶皮层;和TP:颞顶皮层
ST1:胎儿(13-26个概念后周),ST2:婴儿早期至童年(4个月至11年)和ST3:青春期至成年期(13-23年)
所示的栏表示表达分布的较低25%和上层25%。
大脑区域的顶级共表达基因
前10个积极共表达的基因 | ||
基因 | 皮尔逊的相关性 | 斯皮尔曼的相关性 |
AC233723.1 | 0.84 | 0.87 |
SYT5 | 0.76 | 0.76 |
CES2 | 0.74 | 0.78 |
PRRT2 | 0.73 | 0.77 |
CCRK | 0.72 | 0.77 |
PDZD4 | 0.72 | 0.77 |
C11orf81 | 0.71 | 0.74 |
DUSP8 | 0.71 | 0.75 |
numbl | 0.70 | 0.75 |
katnb1 | 0.70 | 0.74 |
前10个负共表达基因 | ||
基因 | 皮尔逊的相关性 | 斯皮尔曼的相关性 |
AF347015.21 | -0.55 | -0.52 |
MT-CO2 | -0.54 | -0.50 |
AF347015.31 | -0.53 | -0.49 |
AF347015.8 | -0.52 | -0.48 |
mt-cyb | -0.52 | -0.47 |
AF347015.26 | -0.51 | -0.46 |
AF347015.27 | -0.51 | -0.48 |
AF347015.2 | -0.51 | -0.45 |
AF347015.33 | -0.51 | -0.45 |
AL139819.3 | -0.50 | -0.53 |
第三节。基因本体论注释
分子功能 | 去学期 | 证据 | 神经关键字 | PubMed ID |
---|---|---|---|---|
去:0030594 | 神经递质受体活性 | IEA | 神经递质(GO期限:5) | - |
GO:0015464 | 乙酰胆碱受体活性 | 艾达 | 神经递质(GO期限:6) | 8906617 |
去:0004889 | 烟碱乙酰胆碱激活的阳离子选择通道活性 | 艾达 | 8906617 | |
去:0005515 | 蛋白质结合 | IEA | - | |
去:0005216 | 离子通道活动 | IEA | - | |
去:0005230 | 细胞外配体门控离子通道活性 | IEA | - | |
生物过程 | 去学期 | 证据 | 神经关键字 | PubMed ID |
GO:0060080 | 调节抑制性突触后膜电位 | ISS | 神经元,突触(GO期限:10) | - |
去:0007271 | 突触传播,胆碱能 | ISS | 神经元,胆碱能,突触,神经递质(GO期限:7) | - |
GO:0014059 | 多巴胺分泌的调节 | ISS | 多巴胺(GO期限:10) | - |
去:0001666 | 对缺氧的反应 | 艾达 | 12189247 | |
去:0001508 | 调节行动潜力 | ISS | - | |
去:0006281 | DNA修复 | 小鬼 | 16332175 | |
去:0007165 | 信号转导 | 艾达 | 8906617 | |
去:0007626 | 运动行为 | IEA | - | |
去:0006816 | 钙离子传输 | ISS | - | |
去:0006811 | 离子运输 | IEA | - | |
去:0006811 | 离子运输 | nas | 8906617 | |
去:0006979 | 对氧化应激的反应 | 小鬼 | 16332175 | |
GO:0042113 | B细胞激活 | ISS | - | |
GO:0019233 | 疼痛的感觉感知 | ISS | - | |
GO:0035095 | 对尼古丁的行为反应 | 小鬼 | 17955458 | |
GO:0050890 | 认识 | 小鬼 | 14623738 | |
GO:0051899 | 膜去极化 | ISS | - | |
细胞分量 | 去学期 | 证据 | 神经关键字 | PubMed ID |
去:0005892 | 烟碱乙酰胆碱门控受体通道复合物 | 艾达 | 神经递质(GO期限:9) | 8906617 |
GO:0045211 | 突触后膜 | IEA | 突触,神经递质(GO期限:5) | - |
GO:0045202 | 突触 | IEA | 神经元,突触,神经递质,神经胶质(GO期限:2) | - |
去:0005624 | 膜分数 | ISS | - | |
GO:0016021 | 膜不可或缺 | IEA | - | |
GO:0016021 | 膜不可或缺 | nas | 8906617 | |
去:0009897 | 质膜的外侧 | ISS | - | |
去:0005886 | 质膜 | ISS | - | |
GO:0030054 | 细胞连接 | IEA | - |
V.途径注释
路径名 | 路径大小 | #szgr 2.0基因 | 信息 |
---|---|---|---|
KEGG神经活性配体受体相互作用 | 272 | 195 | 该途径中的所有SZGR 2.0基因 |
跨化学突触的反应组传播 | 186 | 155 | 该途径中的所有SZGR 2.0基因 |
Reactome神经元系统 | 279 | 221 | 该途径中的所有SZGR 2.0基因 |
反应组神经递质受体结合和突触后细胞中的下游传播 | 137 | 110 | 该途径中的所有SZGR 2.0基因 |
反应组乙酰胆碱结合和下游事件 | 16 | 13 | 该途径中的所有SZGR 2.0基因 |
Reactome高度钙可渗透的突触后烟碱乙酰胆碱受体 | 13 | 12 | 该途径中的所有SZGR 2.0基因 |
反应组突触前烟碱乙酰胆碱受体 | 12 | 10 | 该途径中的所有SZGR 2.0基因 |
KIM对TSA和Decitabine DN的反应 | 13 | 10 | 该途径中的所有SZGR 2.0基因 |
Schaeffer前列腺开发48小时DN | 428 | 306 | 该途径中的所有SZGR 2.0基因 |
Nikolsky乳腺癌20q12 Q13 Amplicon | 149 | 76 | 该途径中的所有SZGR 2.0基因 |
Yoshimura mapk8靶向 | 1305 | 895 | 该途径中的所有SZGR 2.0基因 |
具有H3K4ME2和H3K27ME3的Meissner NPC HCP | 349 | 234 | 该途径中的所有SZGR 2.0基因 |
Mikkelsen NPC HCP带有H3K27ME3 | 341 | 243 | 该途径中的所有SZGR 2.0基因 |
Mikkelsen MEF HCP带有H3K27ME3 | 590 | 403 | 该途径中的所有SZGR 2.0基因 |
马顿人维甲酸的反应 | 857 | 456 | 该途径中的所有SZGR 2.0基因 |
Ceribelli启动子不活跃,受NFY的约束 | 44 | 20 | 该途径中的所有SZGR 2.0基因 |
Servitja肝HNF1A靶向DN | 157 | 105 | 该途径中的所有SZGR 2.0基因 |