基因页:FMNL2
概括?
基因 | 114793 |
象征 | FMNL2 |
同义词 | FHOD2 |
描述 | 构成2 |
参考 | MIM:616285|HGNC:HGNC:18267|Ensembl:ENSG00000157827|HPRD:13545|Vega:Otthumg00000154035 |
基因类型 | 蛋白质编码 |
地图位置 | 2q23.3 |
Pascal P值 | 0.002 |
Sherlock P值 | 0.464 |
胎儿β | 0.259 |
DMG | 1(#研究) |
主持人 | 迈尔斯的顺式和跨性别 |
支持 | COMPOSITESET |
数据源中的基因
基因集名称 | 基因组方法 | 描述 | 信息 |
---|---|---|---|
CV:GWASDB | 全基因组关联研究 | 精神分裂症的GWASDB记录 | |
简历:PGCNP | 全基因组协会研究 | GWAS | |
DMG:Wockner_2014 | 全基因组DNA甲基化分析 | 该数据集包括4641个差异甲基化探针,对应于精神分裂症患者(n = 24)和对照组(n = 24)之间的2929个独特基因。 | 1 |
GSMA_IIA | 基因组扫描荟萃分析(所有样品) | PSR:0.02395 | |
表达 | 基因表达的荟萃分析 | p价值:1.73 |
第一节遗传学和表观遗传学注释
差异甲基化基因
探测 | 染色体 | 位置 | 最近的基因 | p(dis) | beta(dis) | fdr(dis) | 学习 |
---|---|---|---|---|---|---|---|
CG25751974 | 2 | 153474786 | FMNL2 | 2.512E-4 | -0.551 | 0.037 | DMG:Wockner_2014 |
EQTL注释
SNP ID | 染色体 | 位置 | 主持人 | Gene Entrez ID | PVALUE | QVALUE | TSS距离 | EQTL类型 |
---|---|---|---|---|---|---|---|---|
RS6448932 | CHR4 | 12595798 | FMNL2 | 114793 | 0.12 | 反式 | ||
RS6480996 | Chr10 | 54896815 | FMNL2 | 114793 | 0.18 | 反式 | ||
RS7907658 | Chr10 | 92792387 | FMNL2 | 114793 | 0.13 | 反式 |
第二节。转录组注释
一般基因表达(GTEX)
![无法使用](http://www.tjghsg.com/bioinfo/SZGR/GeneImg/FMNL2_DE_GTEx.png)
Devlopment期间的基因表达(BrainCloud)
脚注:
总共绘制了269个时间点,n = 38个胎儿样品(x = 1:38)。每个三角形代表一个时间点。
时间变化的基因表达(brainspan)
脚注:
SC:亚皮质区域;SM:感觉运动区域;FC:额叶皮层;和TP:颞顶皮层
ST1:胎儿(13-26个概念后周),ST2:婴儿早期至童年(4个月至11年)和ST3:青春期至成年期(13-23年)
所示的栏表示表达分布的较低25%和上层25%。
大脑区域没有共表达基因
第三节。基因本体论注释
分子功能 | 去学期 | 证据 | 神经关键字 | PubMed ID |
---|---|---|---|---|
去:0003779 | 肌动蛋白结合 | IEA | - | |
去:0003700 | 转录因子活性 | IEA | - | |
GO:0017048 | Rho GTPase结合 | IEA | - | |
生物过程 | 去学期 | 证据 | 神经关键字 | PubMed ID |
去:0006355 | 调节转录,DNA依赖性的调节 | IEA | - | |
GO:0016043 | 蜂窝组件组织 | IEA | - | |
去:0030036 | 肌动蛋白细胞骨架组织 | IEA | - | |
细胞分量 | 去学期 | 证据 | 神经关键字 | PubMed ID |
去:0005634 | 核 | IEA | - | |
去:0005737 | 细胞质 | IEA | - |
V.途径注释
路径名 | 路径大小 | #szgr 2.0基因 | 信息 |
---|---|---|---|
Sengupta鼻咽癌 | 294 | 178 | 该途径中的所有SZGR 2.0基因 |
Sengupta鼻咽癌,LMP1 UP | 408 | 247 | 该途径中的所有SZGR 2.0基因 |
Fulcher炎症反应凝集素与LPS | 579 | 346 | 该途径中的所有SZGR 2.0基因 |
乳腺癌腔与基础DN | 455 | 304 | 该途径中的所有SZGR 2.0基因 |
乳腺癌腔与间充质DN | 460 | 312 | 该途径中的所有SZGR 2.0基因 |
Senese HDAC3靶向 | 501 | 327 | 该途径中的所有SZGR 2.0基因 |
EWSR1 FLII融合DN的Kinsey目标 | 329 | 219 | 该途径中的所有SZGR 2.0基因 |
多德鼻咽癌DN | 1375 | 806 | 该途径中的所有SZGR 2.0基因 |
Dairkee Tert目标DN | 124 | 79 | 该途径中的所有SZGR 2.0基因 |
Koyama Sema3b靶向 | 292 | 168 | 该途径中的所有SZGR 2.0基因 |
CUI TCF21目标2 DN | 830 | 547 | 该途径中的所有SZGR 2.0基因 |
Krige对Tosedostat 6小时的反应 | 953 | 554 | 该途径中的所有SZGR 2.0基因 |
Krige对Tosedostat 24小时DN的反应 | 1011 | 592 | 该途径中的所有SZGR 2.0基因 |
促进耐受巨噬细胞DN | 409 | 268 | 该途径中的所有SZGR 2.0基因 |
清肝癌亚类增殖 | 178 | 108 | 该途径中的所有SZGR 2.0基因 |
Gobert少突胶质细胞分化DN | 1080 | 713 | 该途径中的所有SZGR 2.0基因 |
ikeda mir133靶向 | 43 | 27 | 该途径中的所有SZGR 2.0基因 |
Katsanou Elavl1靶向DN | 148 | 88 | 该途径中的所有SZGR 2.0基因 |
Plasari TGFB1目标10小时DN | 244 | 157 | 该途径中的所有SZGR 2.0基因 |
Rattenbacher由Celf1绑定 | 467 | 251 | 该途径中的所有SZGR 2.0基因 |
前列腺癌模型中的Acevedo FGFR1靶标 | 289 | 184 | 该途径中的所有SZGR 2.0基因 |
第六节。microRNA注释
mirna家族 | 目标位置 | mirna id | mirna seq | ||
---|---|---|---|---|---|
UTR开始 | UTR结束 | 匹配方法 | |||
mir-124/506 | 788 | 794 | M8 | HSA-MIR-506 | uaaggcacccuucugugaguaga |
HSA-MIR-124脑 | UAAGGCACGCGGUGAAUGCC | ||||
mir-137 | 1830年 | 1836年 | 1a | HSA-MIR-137 | uauugcuuaagaauacgcguag |
HSA-MIR-137 | uauugcuuaagaauacgcguag | ||||
mir-142-3p | 1913年 | 1919年 | M8 | HSA-MIR-142-3P | uguaguuuccuacuuuaugga |
mir-181 | 1451 | 1457 | M8 | HSA-MIR-181A脑 | aacauucaacgcugucggugagu |
HSA-MIR-181BSZ | aacauucauugcugucggggg | ||||
HSA-MIR-181C脑 | aacauucaaccugucggugagu | ||||
HSA-MIR-181D脑 | aacauucauuguugucggggguggguu | ||||
mir-203.1 | 1530 | 1537年 | 1A,M8 | HSA-MIR-203 | ugaaauguuuaggaccacuag |
mir-219 | 883 | 889 | M8 | HSA-MIR-219脑 | ugauuguccaaacgcaauucu |
mir-23 | 1260 | 1266 | 1a | HSA-MIR-23A脑 | aucacauugccagggauucc |
HSA-MIR-23B脑 | aucacauugccagggauuacc | ||||
mir-34/449 | 1568年 | 1574年 | 1a | HSA-MIR-34A脑 | uggcaguguuaguguguuuu |
HSA-MIR-34C | Aggcaguguaguagcugauugc | ||||
HSA-MIR-449 | uggcaguguauuguagcuggu | ||||
HSA-MIR-449B | Aggcaguguauuguuagcuggc | ||||
mir-381 | 1215 | 1221 | 1a | HSA-MIR-381 | uauacaagggcaagcucucugu |
mir-410 | 1302 | 1308 | M8 | HSA-MIR-410 | aauauaacacagauggcugu |
mir-493-5p | 1320 | 1326 | M8 | HSA-MIR-493-5p | uuguacaugguaggcuuucauu |
mir-496 | 274 | 280 | 1a | HSA-MIR-496 | Auuacauggccaaucuc |
mir-543 | 1452 | 1459 | 1A,M8 | HSA-MIR-543 | aaacauucgcggugcacuucu |