概括
基因 114793
象征 FMNL2
同义词 FHOD2
描述 构成2
参考 MIM:616285|HGNC:HGNC:18267|Ensembl:ENSG00000157827|HPRD:13545|Vega:Otthumg00000154035
基因类型 蛋白质编码
地图位置 2q23.3
Pascal P值 0.002
Sherlock P值 0.464
胎儿β 0.259
DMG 1(#研究)
主持人 迈尔斯的顺式和跨性别
支持 COMPOSITESET

数据源中的基因
基因集名称 基因组方法 描述 信息
CV:GWASDB 全基因组关联研究 精神分裂症的GWASDB记录
简历:PGCNP 全基因组协会研究 GWAS
DMG:Wockner_2014 全基因组DNA甲基化分析 该数据集包括4641个差异甲基化探针,对应于精神分裂症患者(n = 24)和对照组(n = 24)之间的2929个独特基因。 1
GSMA_IIA 基因组扫描荟萃分析(所有样品) PSR:0.02395
表达 基因表达的荟萃分析 p价值:1.73

第一节遗传学和表观遗传学注释

@差异甲基化基因

探测 染色体 位置 最近的基因 p(dis) beta(dis) fdr(dis) 学习
CG25751974 2 153474786 FMNL2 2.512E-4 -0.551 0.037 DMG:Wockner_2014

@EQTL注释

SNP ID 染色体 位置 主持人 Gene Entrez ID PVALUE QVALUE TSS距离 EQTL类型
RS6448932 CHR4 12595798 FMNL2 114793 0.12 反式
RS6480996 Chr10 54896815 FMNL2 114793 0.18 反式
RS7907658 Chr10 92792387 FMNL2 114793 0.13 反式

第二节。转录组注释

一般基因表达(GTEX)

无法使用

Devlopment期间的基因表达(BrainCloud)

脚注:
总共绘制了269个时间点,n = 38个胎儿样品(x = 1:38)。每个三角形代表一个时间点。

时间变化的基因表达(brainspan)

脚注:
SC:亚皮质区域;SM:感觉运动区域;FC:额叶皮层;和TP:颞顶皮层
ST1:胎儿(13-26个概念后周),ST2:婴儿早期至童年(4个月至11年)和ST3:青春期至成年期(13-23年)
所示的栏表示表达分布的较低25%和上层25%。

大脑区域没有共表达基因


第三节。基因本体论注释

分子功能 去学期 证据 神经关键字 PubMed ID
去:0003779 肌动蛋白结合 IEA -
去:0003700 转录因子活性 IEA -
GO:0017048 Rho GTPase结合 IEA -
生物过程 去学期 证据 神经关键字 PubMed ID
去:0006355 调节转录,DNA依赖性的调节 IEA -
GO:0016043 蜂窝组件组织 IEA -
去:0030036 肌动蛋白细胞骨架组织 IEA -
细胞分量 去学期 证据 神经关键字 PubMed ID
去:0005634 IEA -
去:0005737 细胞质 IEA -

V.途径注释

路径名 路径大小 #szgr 2.0基因 信息
Sengupta鼻咽癌 294 178 该途径中的所有SZGR 2.0基因
Sengupta鼻咽癌,LMP1 UP 408 247 该途径中的所有SZGR 2.0基因
Fulcher炎症反应凝集素与LPS 579 346 该途径中的所有SZGR 2.0基因
乳腺癌腔与基础DN 455 304 该途径中的所有SZGR 2.0基因
乳腺癌腔与间充质DN 460 312 该途径中的所有SZGR 2.0基因
Senese HDAC3靶向 501 327 该途径中的所有SZGR 2.0基因
EWSR1 FLII融合DN的Kinsey目标 329 219 该途径中的所有SZGR 2.0基因
多德鼻咽癌DN 1375 806 该途径中的所有SZGR 2.0基因
Dairkee Tert目标DN 124 79 该途径中的所有SZGR 2.0基因
Koyama Sema3b靶向 292 168 该途径中的所有SZGR 2.0基因
CUI TCF21目标2 DN 830 547 该途径中的所有SZGR 2.0基因
Krige对Tosedostat 6小时的反应 953 554 该途径中的所有SZGR 2.0基因
Krige对Tosedostat 24小时DN的反应 1011 592 该途径中的所有SZGR 2.0基因
促进耐受巨噬细胞DN 409 268 该途径中的所有SZGR 2.0基因
清肝癌亚类增殖 178 108 该途径中的所有SZGR 2.0基因
Gobert少突胶质细胞分化DN 1080 713 该途径中的所有SZGR 2.0基因
ikeda mir133靶向 43 27 该途径中的所有SZGR 2.0基因
Katsanou Elavl1靶向DN 148 88 该途径中的所有SZGR 2.0基因
Plasari TGFB1目标10小时DN 244 157 该途径中的所有SZGR 2.0基因
Rattenbacher由Celf1绑定 467 251 该途径中的所有SZGR 2.0基因
前列腺癌模型中的Acevedo FGFR1靶标 289 184 该途径中的所有SZGR 2.0基因

第六节。microRNA注释

mirna家族 目标位置 mirna id mirna seq
UTR开始 UTR结束 匹配方法
mir-124/506 788 794 M8 HSA-MIR-506 uaaggcacccuucugugaguaga
HSA-MIR-124 UAAGGCACGCGGUGAAUGCC
mir-137 1830年 1836年 1a HSA-MIR-137 uauugcuuaagaauacgcguag
HSA-MIR-137 uauugcuuaagaauacgcguag
mir-142-3p 1913年 1919年 M8 HSA-MIR-142-3P uguaguuuccuacuuuaugga
mir-181 1451 1457 M8 HSA-MIR-181A aacauucaacgcugucggugagu
HSA-MIR-181BSZ aacauucauugcugucggggg
HSA-MIR-181C aacauucaaccugucggugagu
HSA-MIR-181D aacauucauuguugucggggguggguu
mir-203.1 1530 1537年 1A,M8 HSA-MIR-203 ugaaauguuuaggaccacuag
mir-219 883 889 M8 HSA-MIR-219 ugauuguccaaacgcaauucu
mir-23 1260 1266 1a HSA-MIR-23A aucacauugccagggauucc
HSA-MIR-23B aucacauugccagggauuacc
mir-34/449 1568年 1574年 1a HSA-MIR-34A uggcaguguuaguguguuuu
HSA-MIR-34C Aggcaguguaguagcugauugc
HSA-MIR-449 uggcaguguauuguagcuggu
HSA-MIR-449B Aggcaguguauuguuagcuggc
mir-381 1215 1221 1a HSA-MIR-381 uauacaagggcaagcucucugu
mir-410 1302 1308 M8 HSA-MIR-410 aauauaacacagauggcugu
mir-493-5p 1320 1326 M8 HSA-MIR-493-5p uuguacaugguaggcuuucauu
mir-496 274 280 1a HSA-MIR-496 Auuacauggccaaucuc
mir-543 1452 1459 1A,M8 HSA-MIR-543 aaacauucgcggugcacuucu