基因页:Sorcs1
概括?
基因 | 114815 |
象征 | Sorcs1 |
同义词 | hsorcs |
描述 | 含有托硅蛋白相关的VPS10结构域含有受体1 |
参考 | MIM:606283|HGNC:HGNC:16697|ENSEMBL:ENSG00000108018|HPRD:12098|Vega:Otthumg0000000019018 |
基因类型 | 蛋白质编码 |
地图位置 | 10q23-Q25 |
Pascal P值 | 0.029 |
Sherlock P值 | 0.915 |
胎儿β | -0.51 |
数据源中的基因
基因集名称 | 基因组方法 | 描述 | 信息 |
---|---|---|---|
CV:GWASDB | 全基因组关联研究 | 精神分裂症的GWASDB记录 | |
简历:PGCNP | 全基因组协会研究 | GWAS | |
go_annotation | 将与神经相关的关键字映射到基因本体论注释 | 与神经相关关键字的命中:2 |
第一节遗传学和表观遗传学注释
第二节。转录组注释
一般基因表达(GTEX)
![无法使用](http://www.tjghsg.com/bioinfo/SZGR/GeneImg/SORCS1_DE_GTEx.png)
Devlopment期间的基因表达(BrainCloud)
脚注:
总共绘制了269个时间点,n = 38个胎儿样品(x = 1:38)。每个三角形代表一个时间点。
时间变化的基因表达(brainspan)
脚注:
SC:亚皮质区域;SM:感觉运动区域;FC:额叶皮层;和TP:颞顶皮层
ST1:胎儿(13-26个概念后周),ST2:婴儿早期至童年(4个月至11年)和ST3:青春期至成年期(13-23年)
所示的栏表示表达分布的较低25%和上层25%。
大脑区域没有共表达基因
第三节。基因本体论注释
分子功能 | 去学期 | 证据 | 神经关键字 | PubMed ID |
---|---|---|---|---|
去:0008188 | 神经肽受体活性 | nas | 神经递质(GO期限:8) | 11499680 |
去:0005515 | 蛋白质结合 | 艾达 | 12482870 | |
去:0005515 | 蛋白质结合 | IPI | 12482870 | |
生物过程 | 去学期 | 证据 | 神经关键字 | PubMed ID |
去:0007218 | 神经肽信号通路 | nas | 神经递质(GO期限:8) | 11499680 |
细胞分量 | 去学期 | 证据 | 神经关键字 | PubMed ID |
去:0016020 | 膜 | 艾达 | 12482870 | |
GO:0016021 | 膜不可或缺 | IEA | - |
V.途径注释
路径名 | 路径大小 | #szgr 2.0基因 | 信息 |
---|---|---|---|
剑麻结肠直肠腺瘤DN | 291 | 176 | 该途径中的所有SZGR 2.0基因 |
Gaussmann MLL AF4融合靶向G | 238 | 135 | 该途径中的所有SZGR 2.0基因 |
Benporath Suz12目标 | 1038 | 678 | 该途径中的所有SZGR 2.0基因 |
Benporath EED目标 | 1062 | 725 | 该途径中的所有SZGR 2.0基因 |
与H3K27me3的Benporath ES | 1118 | 744 | 该途径中的所有SZGR 2.0基因 |
Benporath PRC2目标 | 652 | 441 | 该途径中的所有SZGR 2.0基因 |
棕熊UVC响应迟到 | 1137 | 655 | 该途径中的所有SZGR 2.0基因 |
林乳腺干细胞向上 | 489 | 314 | 该途径中的所有SZGR 2.0基因 |
Zwang仅通过第一egf脉冲瞬时向上 | 1839年 | 928 | 该途径中的所有SZGR 2.0基因 |
第六节。microRNA注释
mirna家族 | 目标位置 | mirna id | mirna seq | ||
---|---|---|---|---|---|
UTR开始 | UTR结束 | 匹配方法 | |||
mir-122 | 220 | 226 | M8 | HSA-MIR-122A | uggagugugacaaugguuuugu |
mir-124/506 | 2215 | 2221 | M8 | HSA-MIR-506 | uaaggcacccuucugugaguaga |
HSA-MIR-124脑 | UAAGGCACGCGGUGAAUGCC | ||||
mir-193 | 10 | 16 | 1a | HSA-MIR-193A | Aacuggccuacaaagucccag |
HSA-MIR-193B | aacuggcccucaaagucccgcuuu | ||||
mir-219 | 57 | 63 | 1a | HSA-MIR-219脑 | ugauuguccaaacgcaauucu |
HSA-MIR-219脑 | ugauuguccaaacgcaauucu | ||||
mir-320 | 139 | 145 | 1a | HSA-MIR-320 | aaaagcugggugagaggggcgaa |
mir-324-3p | 188 | 194 | M8 | HSA-MIR-324-3P | ccacugccccaggugcugcugg |
mir-330 | 3021 | 3027 | M8 | HSA-MIR-330脑 | GCAAAGCACGGCCUGCAGAGA |
mir-335 | 3263 | 3269 | M8 | HSA-MIR-335脑 | UCAAGAGCAAUAACGAAAAAUAUGU |
mir-339 | 2134 | 2140 | 1a | HSA-MIR-339 | ucccuccuccaggagcuca |
mir-363 | 2801 | 2807 | 1a | HSA-MIR-363 | auugcacgguauccaucuguaa |
mir-376c | 3241 | 3247 | 1a | HSA-MIR-376C | aacauagaggaaauuccacg |
mir-383 | 258 | 264 | M8 | HSA-MIR-383脑 | agaucagaaggugauuguggcu |
mir-384 | 2036 | 2042 | 1a | HSA-MIR-384 | auuccuagaaauuguucaua |
mir-452 | 2802 | 2809 | 1A,M8 | HSA-MIR-452 | UguuugcaggaaacugagaC |
mir-486 | 194 | 200 | M8 | HSA-MIR-486 | uccuguacugagcugcccccgag |
mir-490 | 1394 | 1400 | 1a | HSA-MIR-490 | caaccuggaggacuaugcugcug |
mir-500 | 2799 | 2806 | 1A,M8 | HSA-MIR-500 | augcaccuggggaggagauucug |