Gene Page:CKB

概括?
基因 1152
象征 CKB
Synonyms B-CK|BCK|CKBB|HEL-211|HEL-S-29
Description creatine kinase, brain
Reference MIM:123280|HGNC:HGNC:1991|Ensembl:ENSG00000166165|HPRD:00423|Vega:OTTHUMG00000171786
Gene type protein-coding
Map location 14q32
Pascal p-value 2.753E-9
Sherlock p-value 0.069
Fetal beta -1.049
Support INTRACELLULAR SIGNAL TRANSDUCTION
G2Cdb.human_BAYES-COLLINS-HUMAN-PSD-CONSENSUS
G2Cdb.human_BAYES-COLLINS-HUMAN-PSD-FULL
G2Cdb.human_BAYES-COLLINS-MOUSE-PSD-CONSENSUS
G2Cdb.human_clathrin
G2Cdb.human_Synaptosome
G2Cdb.humanPSD
G2Cdb.humanPSP
COMPOSITESET
Darnell FMRP targets

数据源中的基因
Gene set name Method of gene set Description Info
CV:PGCnp Genome-wide Association Study GWAS
PMID:cooccur High-throughput literature-search Systematic search in PubMed for genes co-occurring with SCZ keywords. A total of 3027 genes were included.
Literature High-throughput literature-search Co-occurance with Schizophrenia keywords: schizophrenia,schizophrenias Click to show details

第一节遗传学和表观遗传学注释


Section II. Transcriptome annotation

General gene expression (GTEx)

Not available

Gene expression during devlopment (BrainCloud)

脚注：
A total of 269 time points ploted, with n=38 fetal samples (x=1:38). Each triangle represents one time point.

Gene expression of temporal and spatial changes (BrainSpan)

脚注：
SC: sub-cortical regions; SM: sensory-motor regions; FC: frontal cortex; and TP: temporal-parietal cortex
ST1: fetal (13 - 26 postconception weeks), ST2: early infancy to late childhood (4 months to 11 years), and ST3: adolescence to adulthood (13 - 23 years)
The bar shown representes the lower 25% and upper 25% of the expression distribution.

Top co-expressed genes in brain regions

Top 10 positively co-expressed genes
Gene Pearson's Correlation Spearman's Correlation
MYNN 0.94 0.93
KLHL7 0.93 0.91
COPB1 0.93 0.93
ZNF484 0.92 0.89
DCAF13 0.92 0.89
SNX4 0.92 0.89
HSF2 0.92 0.91
ZNF569 0.91 0.90
GNAI3 0.91 0.83
MCPH1 0.91 0.90
Top 10 negatively co-expressed genes
Gene Pearson's Correlation Spearman's Correlation
AF347015.27 -0.68 -0.83
HLA-F -0.68 -0.79
MT-CO2 -0.68 -0.84
AF347015.33 -0.67 -0.83
MT-CYB -0.67 -0.84
AF347015.8 -0.67 -0.85
AF347015.31 -0.66 -0.82
AF347015.15 -0.66 -0.85
AIFM3 -0.64 -0.75
TINAGL1 -0.64 -0.75

Section III. Gene Ontology annotation

Molecular function 去的术语 Evidence Neuro keywords PubMed ID
GO:0000166 nucleotide binding IEA -
GO:0004111 肌酸激酶活性 TAS 3034271
GO:0005524 ATP binding IEA -
生物过程 去的术语 Evidence Neuro keywords PubMed ID
GO:0006600 creatine metabolic process 经验 10893433
Cellular component 去的术语 Evidence Neuro keywords PubMed ID
GO:0005829 cytosol 经验 16981706
GO:0005737 细胞质 IEA -
GO:0005739 mitochondrion IEA -

V.途径注释

Pathway name Pathway size # SZGR 2.0 genes in pathway Info
KEGG ARGININE AND PROLINE METABOLISM 54 39 该途径中的所有SZGR 2.0基因
REACTOME METABOLISM OF AMINO ACIDS AND DERIVATIVES 200 136 该途径中的所有SZGR 2.0基因
SENGUPTA NASOPHARYNGEAL CARCINOMA DN 349 157 该途径中的所有SZGR 2.0基因
GAZDA DIAMOND BLACKFAN ANEMIA ERYTHROID DN 493 298 该途径中的所有SZGR 2.0基因
DIAZ CHRONIC MEYLOGENOUS LEUKEMIA UP 1382 904 该途径中的所有SZGR 2.0基因
DOANE RESPONSE TO ANDROGEN DN 241 146 该途径中的所有SZGR 2.0基因
BASAKI YBX1 TARGETS DN 384 230 该途径中的所有SZGR 2.0基因
SMIRNOV CIRCULATING ENDOTHELIOCYTES IN CANCER UP 158 103 该途径中的所有SZGR 2.0基因
TAKEDA TARGETS OF NUP98 HOXA9 FUSION 10D UP 194 122 该途径中的所有SZGR 2.0基因
MULLIGHAN MLL SIGNATURE 1 DN 242 165 该途径中的所有SZGR 2.0基因
MULLIGHAN MLL SIGNATURE 2 DN 281 186 该途径中的所有SZGR 2.0基因
TONKS TARGETS OF RUNX1 RUNX1T1 FUSION MONOCYTE UP 204 140 该途径中的所有SZGR 2.0基因
DODD NASOPHARYNGEAL CARCINOMA UP 1821 933 该途径中的所有SZGR 2.0基因
PROVENZANI METASTASIS DN 136 94 该途径中的所有SZGR 2.0基因
ENK UV RESPONSE EPIDERMIS DN 508 354 该途径中的所有SZGR 2.0基因
ENK UV RESPONSE KERATINOCYTE UP 530 342 该途径中的所有SZGR 2.0基因
AML1 MTG8融合DN的DUNNE目标 19 17 该途径中的所有SZGR 2.0基因
PEREZ TP53 TARGETS 1174 695 该途径中的所有SZGR 2.0基因
PEREZ TP63 TARGETS 355 243 该途径中的所有SZGR 2.0基因
PEREZ TP53 AND TP63 TARGETS 205 145 该途径中的所有SZGR 2.0基因
MOHANKUMAR TLX1 TARGETS DN 193 112 该途径中的所有SZGR 2.0基因
WATTEL AUTONOMOUS THYROID ADENOMA UP 73 47 该途径中的所有SZGR 2.0基因
NUYTTEN NIPP1 TARGETS DN 848 527 该途径中的所有SZGR 2.0基因
FERREIRA EWINGS SARCOMA UNSTABLE VS STABLE DN 98 59 该途径中的所有SZGR 2.0基因
LOPEZ MBD TARGETS 957 597 该途径中的所有SZGR 2.0基因
小藻肿瘤的侵入性 9 5 该途径中的所有SZGR 2.0基因
唱歌转移基质 110 70 该途径中的所有SZGR 2.0基因
PENG LEUCINE DEPRIVATION UP 142 93 该途径中的所有SZGR 2.0基因
NADLER OBESITY UP 61 34 该途径中的所有SZGR 2.0基因
KANG IMMORTALIZED BY TERT DN 102 67 该途径中的所有SZGR 2.0基因
CROMER METASTASIS DN 81 58 该途径中的所有SZGR 2.0基因
Lee Calorie限制性新皮层 83 66 该途径中的所有SZGR 2.0基因
BLALOCK ALZHEIMERS DISEASE DN 1237 837 该途径中的所有SZGR 2.0基因
APRELIKOVA BRCA1 TARGETS 49 33 该途径中的所有SZGR 2.0基因
Yamazaki TCEB3靶向DN 215 132 该途径中的所有SZGR 2.0基因
PAL PRMT5 TARGETS DN 29 16 该途径中的所有SZGR 2.0基因
LEE AGING NEOCORTEX UP 89 59 该途径中的所有SZGR 2.0基因
JIANG HYPOXIA NORMAL 311 205 该途径中的所有SZGR 2.0基因
DOUGLAS BMI1 TARGETS UP 566 371 该途径中的所有SZGR 2.0基因
DURCHDEWALD SKIN CARCINOGENESIS UP 88 47 该途径中的所有SZGR 2.0基因
STEIN ESRRA TARGETS UP 388 234 该途径中的所有SZGR 2.0基因
ACEVEDO LIVER CANCER UP 973 570 该途径中的所有SZGR 2.0基因
BLUM RESPONSE TO SALIRASIB DN 342 220 该途径中的所有SZGR 2.0基因
BOYLAN MULTIPLE MYELOMA C DN 59 39 该途径中的所有SZGR 2.0基因
CHAUHAN RESPONSE TO METHOXYESTRADIOL UP 51 32 该途径中的所有SZGR 2.0基因
清肝癌亚类干扰素DN 52 30 该途径中的所有SZGR 2.0基因
STEIN ESRRA TARGETS 535 325 该途径中的所有SZGR 2.0基因
BOYLAN MULTIPLE MYELOMA PCA3 UP 80 54 该途径中的所有SZGR 2.0基因
CAIRO HEPATOBLASTOMA UP 207 143 该途径中的所有SZGR 2.0基因
YAO TEMPORAL RESPONSE TO PROGESTERONE CLUSTER 17 181 101 该途径中的所有SZGR 2.0基因
金所有障碍少突细胞数量ORR UP 756 494 该途径中的所有SZGR 2.0基因
KIM ALL DISORDERS DURATION CORR DN 146 90 该途径中的所有SZGR 2.0基因
VERHAAK GLIOBLASTOMA PRONEURAL 177 132 该途径中的所有SZGR 2.0基因
VANDESLUIS COMMD1 TARGETS GROUP 4 DN 16 11 该途径中的所有SZGR 2.0基因
LEE BMP2 TARGETS UP 745 475 该途径中的所有SZGR 2.0基因
FEVR CTNNB1 TARGETS UP 682 433 该途径中的所有SZGR 2.0基因
YANG BCL3 TARGETS UP 364 236 该途径中的所有SZGR 2.0基因
Delacroix Rarg Bound MEF 367 231 该途径中的所有SZGR 2.0基因
Delacroix RAR目标DN 24 16 该途径中的所有SZGR 2.0基因
ACEVEDO FGFR1 TARGETS IN PROSTATE CANCER MODEL DN 308 187 该途径中的所有SZGR 2.0基因

Section VI. microRNA annotation

miRNA family Target position miRNA ID miRNA seq
UTR start UTR end Match method
miR-139 107 113 1A hsa-miR-139brain UCUACAGUGCACGUGUCU
miR-324-3p 52 58 m8 HSA-MIR-324-3P ccacugccccaggugcugcugg