基因页:CNR1
Summary?
基因 | 1268 |
象征 | CNR1 |
同义词 | CANN6|CB-R|CB1|CB1A|CB1K5|CB1R|CNR |
描述 | 大麻素受体1(脑) |
Reference | MIM:114610|HGNC:HGNC:2159|ENSEMBL:ENSG00000118432|HPRD:00259|Vega:Otthumg0000000015184 |
基因类型 | 蛋白质编码 |
地图位置 | 6q14-q15 |
Pascal P值 | 0.167 |
胎儿β | 0.583 |
主持人 | Myers' cis & trans |
支持 | CANABINOID GPCR信号传导 |
基因in Data Sources
基因集名称 | 基因组方法 | 描述 | 信息 |
---|---|---|---|
简历:PGCNP | 全基因组协会研究 | GWAS | |
PMID:cooccur | High-throughput literature-search | PubMed中的系统搜索与SCZ关键字共发生的基因。总共包括3027个基因。 | |
协会 | 组合的优势比方法(Sun等。2008), association studies | 2 | 链接到Szgene |
Literature | High-throughput literature-search | 与精神分裂症关键词共同存在:精神分裂症,精神分裂症,精神分裂症,精神分裂症 | 点击显示详细信息 |
网络 | Shortest path distance of core genes in the Human protein-protein interaction network | PPI网络中最短路径的贡献:0.0036 |
Section I. Genetics and epigenetics annotation
EQTL注释
SNP ID | 染色体 | 位置 | 主持人 | Gene Entrez ID | PVALUE | QVALUE | TSS距离 | EQTL类型 |
---|---|---|---|---|---|---|---|---|
RS12367145 | CHR12 | 95300075 | CNR1 | 1268 | 0.17 | 反式 | ||
RS7306940 | CHR12 | 95308092 | CNR1 | 1268 | 0.09 | 反式 |
第二节。转录组注释
一般基因表达(GTEX)
![无法使用](http://www.tjghsg.com/bioinfo/SZGR/GeneImg/CNR1_DE_GTEx.png)
Devlopment期间的基因表达(BrainCloud)
Footnote:
总共绘制了269个时间点,n = 38个胎儿样品(x = 1:38)。每个三角形代表一个时间点。
时间变化的基因表达(brainspan)
Footnote:
SC:亚皮质区域;SM:感觉运动区域;FC:额叶皮层;和TP:颞顶皮层
ST1:胎儿(13-26个概念后周),ST2:婴儿早期至童年(4个月至11年)和ST3:青春期至成年期(13-23年)
所示的栏表示表达分布的较低25%和上层25%。
大脑区域的顶级共表达基因
前10个积极共表达的基因 | ||
基因 | 皮尔逊的相关性 | 斯皮尔曼的相关性 |
Col1a2 | 0.94 | 0.84 |
COL3A1 | 0.92 | 0.81 |
COL6A3 | 0.91 | 0.77 |
IGF2 | 0.89 | 0.73 |
NID2 | 0.87 | 0.49 |
PCOLCE | 0.87 | 0.73 |
ALX4 | 0.86 | 0.47 |
OSR1 | 0.86 | 0.49 |
NID1 | 0.85 | 0.57 |
SLC6A4 | 0.85 | 0.47 |
前10个负共表达基因 | ||
基因 | 皮尔逊的相关性 | 斯皮尔曼的相关性 |
皮尔 | -0.31 | -0.23 |
S100A1 | -0.30 | -0.15 |
SEPT4 | -0.30 | -0.24 |
CSRP1 | -0.28 | -0.10 |
CYP2J2 | -0.28 | -0.13 |
AF347015.33 | -0.28 | -0.16 |
HLA-F | -0.28 | -0.06 |
C5orf53 | -0.28 | -0.15 |
plekhb1 | -0.28 | -0.12 |
RGN | -0.28 | -0.14 |
第三节。基因本体论注释
分子功能 | 去学期 | 证据 | 神经关键字 | PubMed ID |
---|---|---|---|---|
GO:0004872 | 受体活性 | IEA | - | |
去:0004949 | cannabinoid receptor activity | TAS | 1718258 | |
生物过程 | 去学期 | 证据 | 神经关键字 | PubMed ID |
去:0007187 | G-protein signaling, coupled to cyclic nucleotide second messenger | TAS | 1718258 | |
去:0007165 | 信号转导 | IEA | - | |
去:0007610 | 行为 | TAS | 1718258 | |
细胞分量 | 去学期 | 证据 | 神经关键字 | PubMed ID |
去:0005886 | 质膜 | TAS | 1718258 | |
去:0005887 | integral to plasma membrane | TAS | 1718258 |
Section V. Pathway annotation
第六节。microRNA注释
mirna家族 | 目标位置 | miRNA ID | mirna seq | ||
---|---|---|---|---|---|
UTR开始 | UTR结束 | 匹配方法 | |||
miR-128 | 922 | 928 | M8 | 海关a-miR-128a | ucacagugaaccggucuuuu |
海关a-miR-128b | ucacagugaaccggucuuc | ||||
mir-141/200a | 453 | 459 | M8 | HSA-MIR-141 | uaacacugucugugugugugaugg |
海关a-miR-200a | uaacacugucuguguguguaaacgaugu | ||||
mir-181 | 3405 | 3412 | 1A,M8 | HSA-MIR-181Abrain | AACAUUCAACGCUGUCGGUGAGU |
HSA-MIR-181BSZ | aacauucauugcugucggggg | ||||
HSA-MIR-181Cbrain | aacauucaaccugucggugagu | ||||
HSA-MIR-181Dbrain | aacauucauuguugucggggguggguu | ||||
mir-19 | 1181 | 1187 | 1a | HSA-MIR-19A | ugugcaaauaugauaugaaaacuga |
HSA-MIR-19B | UGUGCAAAUCCAUGCAAAACUGA | ||||
mir-27 | 2540 | 2546 | 1a | HSA-MIR-27Abrain | uucacaguggcuaaguuccgc |
HSA-MIR-27Bbrain | uucacaguggcuaaguucugc | ||||
mir-29 | 2512 | 2518 | M8 | HSA-MIR-29ASZ | uagcaccaucugaaaucgguu |
HSA-MIR-29BSZ | UAGCACCAUUUGAAAUCAGUGUU | ||||
HSA-MIR-29CSZ | uagcaccauuugaaaucggu | ||||
mir-30-5p | 192 | 198 | 1a | HSA-MIR-30A-5P | uguaaaacauccuccugagaag |
海关a-miR-30cbrain | UGUAAACAUCCUACACUCUCAGC | ||||
海关a-miR-30dSZ | UGUAAACAUCCCCGACUGGAAG | ||||
HSA-MIR-30BSZ | uguaaacauccuaccucucagcu | ||||
hsa-miR-30e-5p | UGUAAACAUCCUUGACUGGA | ||||
mir-485-3p | 3270 | 3276 | M8 | 海关a-miR-485-3p | gucauacgggcucucucucucucu |
miR-494 | 3610 | 3617 | 1A,M8 | HSA-MIR-494brain | ugaaacauacgggaaaccucuu |
miR-495 | 3697 | 3703 | M8 | HSA-MIR-495brain | Aaacaaacauggugcacuuuuu |
mir-543 | 3348 | 3354 | 1a | 海关a-miR-543 | aaacauucgcggugcacuucu |