基因页：CNTN1
Summary？
| 基因ID | 1272 |
| Symbol | CNTN1 |
| 同义词 | F3 | GP135 | mypcn |
| 描述 | 联系人1 |
| 参考 | MIM：600016|HGNC：HGNC：2171|Ensembl：ENSG0000000018236|HPRD：07189|Vega:OTTHUMG00000169362 |
| 基因类型 | 蛋白质编码 |
| 地图位置 | 12Q12 |
| Pascal P值 | 0.005 |
| Sherlock P值 | 0.083 |
| 主持人 | 小脑半球 小脑 迈尔斯的顺式和跨性别 |
| 支持 | 细胞粘附和透射信号传导 G2CDB.HUMAN_BAYES-COLLINS-HUMAN-PSD-CONSESUS G2CDB.HUMAN_BAYES-COLLINS-HUMAN-PSD-FULL G2CDB.HUMAN_BAYES-COLLINS-MOUSE-PSD-CONSUS CompositeSet |
基因in Data Sources
| 基因集名称 | 基因组方法 | 描述 | 信息 |
|---|---|---|---|
| 简历：PGCNP | 全基因组协会研究 | GWAS | |
| 网络 | Shortest path distance of core genes in the Human protein-protein interaction network | PPI网络中最短路径的贡献：0.0389 |
Section I. Genetics and epigenetics annotation
EQTL注释
EQTL注释| SNP ID | 染色体 | 位置 | 主持人 | Gene Entrez ID | PVALUE | QVALUE | TSS距离 | EQTL类型 |
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| RS17788483 | CHR20 | 49379810 | CNTN1 | 1272 | 0.1 | 反式 | ||
| SNP_A-1999063 | 0 | CNTN1 | 1272 | 0.18 | 反式 |
第二节。转录组注释
一般基因表达（GTEX）
时间变化的基因表达（brainspan）
Footnote:
SC：亚皮质区域；SM：感觉运动区域；FC：额叶皮层；和TP：颞顶皮层
ST1：胎儿（13-26个概念后周），ST2：婴儿早期至童年（4个月至11年）和ST3：青春期至成年期（13-23年）
所示的栏表示表达分布的较低25％和上层25％。
大脑区域的顶级共表达基因
| 前10个积极共表达的基因 | ||
| 基因 | 皮尔逊的相关性 | 斯皮尔曼的相关性 |
| Col1a1 | 0.92 | 0.81 |
| Col1a2 | 0.91 | 0.82 |
| LUM | 0.90 | 0.64 |
| COL6A3 | 0.88 | 0.57 |
| OLFML3 | 0.86 | 0.65 |
| BMP5 | 0.86 | 0.57 |
| ITIH2 | 0.85 | 0.43 |
| SLC6A4 | 0.85 | 0.47 |
| PCOLCE | 0.85 | 0.69 |
| OGN | 0.83 | 0.44 |
| 前10个负共表达基因 | ||
| 基因 | 皮尔逊的相关性 | 斯皮尔曼的相关性 |
| LHPP | -0.29 | -0.37 |
| HLA-F | -0.28 | -0.40 |
| RGN | -0.28 | -0.43 |
| 9月4日 | -0.28 | -0.58 |
| AC018755.7 | -0.28 | -0.44 |
| FBXO2 | -0.28 | -0.38 |
| AF347015.33 | -0.28 | -0.46 |
| aldoc | -0.28 | -0.39 |
| HEPN1 | -0.28 | -0.40 |
| S100A1 | -0.27 | -0.51 |
第三节。基因本体论注释
| 分子功能 | 去学期 | 证据 | 神经关键字 | PubMed ID |
|---|---|---|---|---|
| 去：0005515 | 蛋白质结合 | IEA | - | |
| Biological process | 去学期 | 证据 | 神经关键字 | PubMed ID |
| 去：0007155 | 细胞粘附 | nas | 7959734 | |
| 去：0007219 | Notch信号通路 | IEA | - | |
| 细胞分量 | 去学期 | 证据 | 神经关键字 | PubMed ID |
| 去：0005624 | 膜分数 | 塔斯 | 7959734 | |
| 去：0005886 | 质膜 | IEA | - | |
| GO：0031225 | 锚定在膜上 | IEA | - |
Section IV. Protein-protein interaction annotation
| 互动者 | 别名b | 官方全名b | 实验 | Source | PubMed ID |
|---|---|---|---|---|---|
| ank3 | Ankyrin-g |FLJ45464 | Ankyrin 3，Ranvier的节点（Ankyrin G） | 亲和力捕获 - 韦斯特恩 | Biogrid | 14761957 |
| CNTN2 | AXT |DKFZP781D102 |FLJ42746 |MGC157722 |tag-1 |税|税收1 | contactin 2 (axonal) | - | HPRD，Biogrid | 12139915 |
| FYN | MGC45350 |SLK |syn | Fyn Oncogene与SRC，FGR，是的 | - | HPRD，Biogrid | 7595520 |
| L1CAM | CAML1 |CD171 |HSAS |HSAS1 |Masa |麦克风5 |n-caml1 |S10 |SPG1 | L1细胞粘附分子 | - | HPRD，Biogrid | 7595520 |
| Notch1 | tan1 |HN1 | Notch同源1，易位相关（果蝇） | - | HPRD，Biogrid | 14567914 |
| Notch2 | AGS2 |HN2 | Notch同源2（果蝇） | - | HPRD，Biogrid | 14567914 |
| prnp | ascr |CD230 |CJD |GSS |MGC26679 |prip |prp |PRP27-30 |PRP33-35C |PRPC | prion | prion蛋白 | - | HPRD | 15146195 |
| ptprb | DKFZp686E2262 | DKFZp686H15164 | FLJ44133 | HPTP-BETA | HPTPB | MGC142023 | MGC59935 | PTPB | R-PTP-BETA | VEPTP | 蛋白酪氨酸磷酸酶，受体类型，B | - | HPRD，Biogrid | 7628014|9049255 |9584610|12700241 |
| PTPRZ1 | hptpz |hptpzeta |PTP-Zeta |PTP18 |ptprz |ptpz |RPTPB |rptpbeta |磷酸 | 蛋白酪氨酸磷酸酶，受体类型，Z多肽1 | 亲和力捕获 - 韦斯特恩 | Biogrid | 12700241 |
| SCN1B | GEFSP1 | 钠通道，电压门控，I型，beta | 亲和力捕获 - 韦斯特恩 | Biogrid | 14761957 |
| scnn1b | ENACB |enacbeta |Scneb | 钠通道，非电压门控1，beta | - | HPRD | 11567041|14761957 |
| 跨国公司 | HXB | MGC167029 | TN | Tenascin c | - | HPRD | 10103110 |
| tnr | MGC149328 |TN-R | Tenascin R（限制性，Janusin） | - | HPRD | 9081628|9335257 |
V.途径注释
第六节。microRNA注释
| mirna家族 | 目标位置 | mirna id | mirna seq | ||
|---|---|---|---|---|---|
| UTR开始 | UTR结束 | 匹配方法 | |||
| mir-124.1 | 233 | 239 | M8 | HSA-MIR-124A | UUAAGGCACGCGGUGAAUGCCA |
| mir-124/506 | 233 | 239 | 1a | HSA-MIR-506 | uaaggcacccuucugugaguaga |
| HSA-MIR-124脑 | UAAGGCACGCGGUGAAUGCC | ||||
| mir-299-5p | 240 | 246 | 1a | HSA-MIR-299-5P | ugguuuaccgucccacauacau |
| mir-421 | 156 | 162 | 1a | HSA-MIR-421 | ggccucauaauguuguug |