基因页：COL2A1
概括？
| 基因 | 1280 |
| 象征 | COL2A1 |
| 同义词 | anfh | aom | col11a3 | sedc | stl1 |
| 描述 | II型胶原蛋白Alpha 1 |
| 参考 | MIM：120140|HGNC：HGNC：2200|ENSEMBL：ENSG00000139219|HPRD：00361|Vega：Otthumg00000149896 |
| 基因类型 | 蛋白质编码 |
| 地图位置 | 12q13.11 |
| Pascal P值 | 0.032 |
| 胎儿β | 1 |
| DMG | 1（＃研究） |
| 主持人 | 迈尔斯的顺式和跨性别 |
数据源中的基因
| 基因集名称 | 基因组方法 | 描述 | 信息 |
|---|---|---|---|
| 简历：Gwascat | 全基因组关联研究 | 该数据集包括与精神分裂症相关的560个SNP。总共将486个基因映射到50kb内的这些SNP。 | |
| CV：GWASDB | 全基因组关联研究 | 精神分裂症的GWASDB记录 | |
| 简历：PGCNP | 全基因组协会研究 | GWAS | |
| DMG：Wockner_2014 | 全基因组DNA甲基化分析 | 该数据集包括4641个差异甲基化探针，对应于精神分裂症患者（n = 24）和对照组（n = 24）之间的2929个独特基因。 | 1 |
第一节遗传学和表观遗传学注释
差异甲基化基因
差异甲基化基因| 探测 | 染色体 | 位置 | 最近的基因 | p（dis） | beta（dis） | fdr（dis） | 学习 |
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| CG11721803 | 12 | 48398380 | COL2A1 | 2.018e-4 | -0.223 | 0.035 | DMG：Wockner_2014 |
EQTL注释
| SNP ID | 染色体 | 位置 | 主持人 | Gene Entrez ID | PVALUE | QVALUE | TSS距离 | EQTL类型 |
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| RS10994209 | Chr10 | 61877705 | COL2A1 | 1280 | 0.13 | 反式 |
第二节。转录组注释
一般基因表达（GTEX）
Devlopment期间的基因表达（BrainCloud）
脚注：
总共绘制了269个时间点，n = 38个胎儿样品（x = 1：38）。每个三角形代表一个时间点。
时间变化的基因表达（brainspan）
脚注：
SC：亚皮质区域；SM：感觉运动区域；FC：额叶皮层；和TP：颞顶皮层
ST1：胎儿（13-26个概念后周），ST2：婴儿早期至童年（4个月至11年）和ST3：青春期至成年期（13-23年）
所示的栏表示表达分布的较低25％和上层25％。
大脑区域的顶级共表达基因
| 前10个积极共表达的基因 | ||
| 基因 | 皮尔逊的相关性 | 斯皮尔曼的相关性 |
| NID1 | 0.83 | 0.73 |
| Col11a1 | 0.78 | 0.73 |
| Col1a2 | 0.77 | 0.75 |
| NID2 | 0.76 | 0.73 |
| CPAMD8 | 0.76 | 0.50 |
| Adamts12 | 0.76 | 0.60 |
| Col1a1 | 0.76 | 0.62 |
| HSPG2 | 0.76 | 0.70 |
| Svil | 0.76 | 0.67 |
| EPHB4 | 0.75 | 0.63 |
| 前10个负共表达基因 | ||
| 基因 | 皮尔逊的相关性 | 斯皮尔曼的相关性 |
| C5orf53 | -0.37 | -0.43 |
| AF347015.31 | -0.36 | -0.48 |
| AF347015.27 | -0.36 | -0.47 |
| AF347015.33 | -0.36 | -0.46 |
| MT-CO2 | -0.35 | -0.49 |
| S100B | -0.35 | -0.46 |
| mt-cyb | -0.34 | -0.44 |
| FXYD1 | -0.34 | -0.43 |
| AF347015.8 | -0.34 | -0.46 |
| HLA-F | -0.34 | -0.31 |
第四节。蛋白质蛋白相互作用注释
| 互动者 | 别名b | 官方全名b | 实验 | 资源 | PubMed ID |
|---|---|---|---|---|---|
| anxa5 | Anx5 |enx2 |PP4 | Annexin A5 | - | HPRD，Biogrid | 1397263 |
| BGN | DSPG1 |PG-S1 |PGI |slr1a | 大扫描 | - | HPRD，Biogrid | 2059554 |
| BMP2 | BMP2A | 骨形态发生蛋白2 | - | HPRD，Biogrid | 10085302 |
| C1QA | - | 补体组件1，Q子组件，链 | - | HPRD，Biogrid | 8778019 |
| 乍得 | slrr4a | Chondroadherin | - | HPRD | 11445564 |
| COL2A1 | anfh |AOM |col11a3 |MGC131516 |SEDC | 胶原蛋白，II型，Alpha 1 | - | HPRD，Biogrid | 1556676|8660302 |11724554 |
| COL6A1 | OPLL | 胶原蛋白，VI型，Alpha 1 | - | HPRD | 1544908 |
| Col9a1 | DJ149L1.1.2 |EDM6 |FLJ40263 |医学 | 胶原蛋白，IX型，Alpha 1 | 重构的复合物 | Biogrid | 11724554 |
| COL9A2 | DJ39G22.4 |EDM2 |医学 | 胶原蛋白，IX型，Alpha 2 | - | HPRD | 11724554 |
| Col9a3 | DJ885L7.4.1 |EDM3 |FLJ90759 |IDD |医学 | 胶原蛋白，IX型，Alpha 3 | - | HPRD | 11724554 |
| comp | EDM1 |EPD1 |医学|MGC131819 |MGC149768 |PSACH |THBS5 | 软骨寡聚基质蛋白 | - | HPRD，Biogrid | 9685393 |
| DCN | CSCD |DSPG2 |PG40 |PGII |PGS2 |slrr1b | 装饰 | - | HPRD | 10382266 |
| DDR1 | cak |CD167 |DDR |EDDR1 |MCK10 |NEP |ntrk4 |ptk3 |ptk3a |RTK6 | TRKE | 盘状蛋白结构域受体酪氨酸激酶1 | - | HPRD | 9659900 |
| FGF7 | HBGF-7 |kgf | 成纤维细胞生长因子7（角质形成细胞生长因子） | - | HPRD，Biogrid | 11973338 |
| FN1 | CIG |DKFZP686F10164 |DKFZP686H0342 |DKFZP686I1370 |DKFZP686O13149 |ed-b |Finc |fn |fnz |gfnd | GFND2 | LETS | MSF | 纤连蛋白1 | - | HPRD，Biogrid | 2229073|3997552 |
| itga2b | CD41 |CD41B |gp2b |gpiib |GTA |HPA3 | 整合素，α2B（IIB/IIIA复合物的血小板糖蛋白IIB，抗原CD41） | - | HPRD，Biogrid | 7520045|10772239 |
| loxl4 | FLJ21889 |loxc | 赖氨酸氧化酶样4 | - | HPRD | 11292829 |
| 杂志 | GMA |s-mag |SIGLEC-4A |siglec4a | 髓鞘相关的糖蛋白 | - | HPRD，Biogrid | 2446864 |
| matn1 | CMP |CRTM | 基质蛋白1，软骨基质蛋白 | - | HPRD | 10196235 |
| PKD1 | PBP | 多囊肾脏病1（常染色体显性症） | - | HPRD，Biogrid | 11406351 |
| 预告片 | MGC45323 |MST161 |MSTP161 |slrr2a | 脯氨酸/精氨酸富含亮氨酸的重复蛋白 | - | HPRD，Biogrid | 11847210 |
| Sparc | 上 | 分泌的蛋白质，酸性，富含半胱氨酸的蛋白质（骨蛋白） | - | HPRD | 2745554 |
| TGFB1 | CED |DPD1 |TGFB |TGFBETA | 转化生长因子，β1 | - | HPRD，Biogrid | 10085302 |
| TGFBI | Bigh3 |CDB1 |CDG2 |CDGG1 |CSD |CSD1 |CSD2 |CSD3 |EBMD |LCD1 | 转化生长因子，β诱导的68KDA | - | HPRD | 9061001 |
| THBS1 | thbs |TSP |TSP1 | 血小板传播1 | - | HPRD，Biogrid | 3571333 |
| TNFRSF10A | apo2 |CD261 |DR4 |MGC9365 |TRAILR-1 |TRAILR1 | 肿瘤坏死因子受体超家族，成员10a | - | HPRD，Biogrid | 9811967 |
V.途径注释
| 路径名 | 路径大小 | ＃szgr 2.0基因 | 信息 |
|---|---|---|---|
| kegg焦点粘附 | 201 | 138 | 该途径中的所有SZGR 2.0基因 |
| KEGG ECM受体相互作用 | 84 | 53 | 该途径中的所有SZGR 2.0基因 |
| PID Integin1途径 | 66 | 44 | 该途径中的所有SZGR 2.0基因 |
| PID AVB3整合素途径 | 75 | 53 | 该途径中的所有SZGR 2.0基因 |
| PID Syndecan 1途径 | 46 | 29 | 该途径中的所有SZGR 2.0基因 |
| Reactome发育生物学 | 396 | 292 | 该途径中的所有SZGR 2.0基因 |
| Reactome细胞外基质组织 | 87 | 42 | 该途径中的所有SZGR 2.0基因 |
| Reactome胶原蛋白形成 | 58 | 31 | 该途径中的所有SZGR 2.0基因 |
| Reactome整合素细胞表面相互作用 | 79 | 48 | 该途径中的所有SZGR 2.0基因 |
| PDGF的Reactome信号传导 | 122 | 93 | 该途径中的所有SZGR 2.0基因 |
| Reactome Axon指导 | 251 | 188 | 该途径中的所有SZGR 2.0基因 |
| Reactome NCAM1相互作用 | 39 | 27 | 该途径中的所有SZGR 2.0基因 |
| Reactome NCAM信号传导，用于神经突的生长 | 64 | 49 | 该途径中的所有SZGR 2.0基因 |
| GAZDA钻石黑芬贫血红斑dn | 493 | 298 | 该途径中的所有SZGR 2.0基因 |
| 胶原蛋白凝胶中的Oswald造血干细胞 | 233 | 161 | 该途径中的所有SZGR 2.0基因 |
| Odonnell TFRC靶向 | 456 | 228 | 该途径中的所有SZGR 2.0基因 |
| 奥多内尔转移 | 82 | 58 | 该途径中的所有SZGR 2.0基因 |
| Gaussmann MLL AF4融合靶向DN | 90 | 61 | 该途径中的所有SZGR 2.0基因 |
| Perez TP53目标 | 1174 | 695 | 该途径中的所有SZGR 2.0基因 |
| Hatada甲基化在肺癌中 | 390 | 236 | 该途径中的所有SZGR 2.0基因 |
| Nuytten Nipp1靶向DN | 848 | 527 | 该途径中的所有SZGR 2.0基因 |
| Benporath Suz12目标 | 1038 | 678 | 该途径中的所有SZGR 2.0基因 |
| Benporath EED目标 | 1062 | 725 | 该途径中的所有SZGR 2.0基因 |
| 与H3K27me3的Benporath ES | 1118 | 744 | 该途径中的所有SZGR 2.0基因 |
| Benporath PRC2目标 | 652 | 441 | 该途径中的所有SZGR 2.0基因 |
| Ross AML与PML RARA FUSION | 77 | 62 | 该途径中的所有SZGR 2.0基因 |
| pomeroy髓母细胞瘤脱毛质vs经典 | 62 | 38 | 该途径中的所有SZGR 2.0基因 |
| Li Wilms肿瘤与胎儿肾脏1 DN | 163 | 115 | 该途径中的所有SZGR 2.0基因 |
| Browne HCMV感染20小时 | 240 | 152 | 该途径中的所有SZGR 2.0基因 |
| Kayo卡路里限制肌肉DN | 87 | 59 | 该途径中的所有SZGR 2.0基因 |
| Kaab心脏中心与心室 | 249 | 170 | 该途径中的所有SZGR 2.0基因 |
| 葡萄病毒感染DN的Debiasi凋亡DN | 287 | 208 | 该途径中的所有SZGR 2.0基因 |
| Browne HCMV感染6小时 | 71 | 48 | 该途径中的所有SZGR 2.0基因 |
| Krasnoselskaya ILF3靶向DN | 46 | 38 | 该途径中的所有SZGR 2.0基因 |
| Creighton内分泌疗法抗性3 | 720 | 440 | 该途径中的所有SZGR 2.0基因 |
| Rizki肿瘤侵入性3D DN | 270 | 181 | 该途径中的所有SZGR 2.0基因 |
| Fujii YBX1靶向DN | 202 | 132 | 该途径中的所有SZGR 2.0基因 |
| 骨骼DN中的Smid乳腺癌复发 | 315 | 197 | 该途径中的所有SZGR 2.0基因 |
| 肺部疾病的乳腺癌复发 | 21 | 10 | 该途径中的所有SZGR 2.0基因 |
| Smid乳腺癌基础 | 648 | 398 | 该途径中的所有SZGR 2.0基因 |
| Bochkis foxa2目标 | 425 | 261 | 该途径中的所有SZGR 2.0基因 |
| 在肿瘤血管生成期间沉默的Hellebrekers | 80 | 56 | 该途径中的所有SZGR 2.0基因 |
| 李·威尔姆斯肿瘤 | 27 | 12 | 该途径中的所有SZGR 2.0基因 |
| Shedden肺癌的生存率差A6 | 456 | 285 | 该途径中的所有SZGR 2.0基因 |
| 4EBP1和4EBP2的COLINA目标 | 356 | 214 | 该途径中的所有SZGR 2.0基因 |
| Meissner Brain HCP带有H3K4ME2和H3K27ME3 | 59 | 35 | 该途径中的所有SZGR 2.0基因 |
| Meissner NPC HCP带有H3K4ME2 | 491 | 319 | 该途径中的所有SZGR 2.0基因 |
| Nakayama FGF2目标 | 29 | 17 | 该途径中的所有SZGR 2.0基因 |
| Hoshida肝癌亚类S2 | 115 | 74 | 该途径中的所有SZGR 2.0基因 |
| Nakayama软组织肿瘤PCA1 DN | 74 | 47 | 该途径中的所有SZGR 2.0基因 |
| Nakayama软组织肿瘤PCA2 UP | 87 | 50 | 该途径中的所有SZGR 2.0基因 |
| Nielsen滑膜肉瘤 | 18 | 14 | 该途径中的所有SZGR 2.0基因 |
| 布朗HCMV感染30分钟 | 56 | 38 | 该途径中的所有SZGR 2.0基因 |
| 乳腺癌的王转移 | 15 | 8 | 该途径中的所有SZGR 2.0基因 |
| 康AR目标 | 17 | 10 | 该途径中的所有SZGR 2.0基因 |
| Pilon KLF1靶向 | 504 | 321 | 该途径中的所有SZGR 2.0基因 |
| CTBP1的PURBEY目标不是SATB1 | 344 | 215 | 该途径中的所有SZGR 2.0基因 |
| 基础质量靶标 | 27 | 17 | 该途径中的所有SZGR 2.0基因 |
| Plasari TGFB1通过NFIC 1HR DN信号传导 | 106 | 77 | 该途径中的所有SZGR 2.0基因 |
| Plasari TGFB1通过NFIC 10小时信号传导 | 54 | 38 | 该途径中的所有SZGR 2.0基因 |
| Wang MLL目标 | 289 | 188 | 该途径中的所有SZGR 2.0基因 |
| 寄养KDM1A靶向 | 266 | 142 | 该途径中的所有SZGR 2.0基因 |
| Naba胶原蛋白 | 44 | 26 | 该途径中的所有SZGR 2.0基因 |
| NABA核心母质 | 275 | 148 | 该途径中的所有SZGR 2.0基因 |
| NABA矩阵 | 1028 | 559 | 该途径中的所有SZGR 2.0基因 |