基因Page:Col4a4

概括?
基因ID 1286
Symbol Col4a4
同义词 CA44
描述 胶原型IVα4
参考 MIM:120131|HGNC：HGNC：2206|Ensembl:ENSG00000081052|HPRD:00360|Vega:OTTHUMG00000149892
基因type protein-coding
地图位置 2q35-q37
Pascal p-value 0.04
Fetal beta -1.035
eGene 迈尔斯的顺式和跨性别

数据源中的基因
基因set name 基因组方法 描述 Info
CV:PGCnp Genome-wide Association Study GWAS
PMID:cooccur 高通量文献搜索 Systematic search in PubMed for genes co-occurring with SCZ keywords. A total of 3027 genes were included.
GSMA_IIE 基因组扫描荟萃分析（欧洲官方样品） Psr: 0.01016
GSMA_IIA Genome scan meta-analysis (All samples) Psr: 0.00916
文学 高通量文献搜索 与精神分裂症关键词共同存在：精神分裂症，精神分裂症 Click to show details
GO_Annotation Mapping neuro-related keywords to Gene Ontology annotations Hits with neuro-related keywords: 1

第一节遗传学和表观遗传学注释

@eQTL annotation

SNP ID Chromosome Position eGene 基因Entrez ID pvalue qvalue TSS distance eQTL type
rs11694195 chr2 228920752 Col4a4 1286 0.15 cis
rs3924767 chr2 228922592 Col4a4 1286 0.12 cis

Section II. Transcriptome annotation

基因ral gene expression (GTEx)

Not available

基因expression during devlopment (BrainCloud)

脚注：
总共绘制了269个时间点，n = 38个胎儿样品（x = 1：38）。每个三角形代表一个时间点。

基因expression of temporal and spatial changes (BrainSpan)

脚注：
SC: sub-cortical regions; SM: sensory-motor regions; FC: frontal cortex; and TP: temporal-parietal cortex
ST1: fetal (13 - 26 postconception weeks), ST2: early infancy to late childhood (4 months to 11 years), and ST3: adolescence to adulthood (13 - 23 years)
The bar shown representes the lower 25% and upper 25% of the expression distribution.

Top co-expressed genes in brain regions

Top 10 positively co-expressed genes
基因 Pearson's Correlation Spearman's Correlation
AOC3 0.71 0.80
C7orf58 0.71 0.68
TBX18 0.68 0.75
FAM129A 0.67 0.77
GJA5 0.66 0.71
喇嘛2 0.64 0.71
CYP1B1 0.61 0.76
MYOF 0.61 0.70
COL14A1 0.59 0.76
ITGA1 0.59 0.57
Top 10 negatively co-expressed genes
基因 Pearson's Correlation Spearman's Correlation
SNHG12 -0.29 -0.50
RPL17P20 -0.27 -0.46
RPS21 -0.27 -0.53
RPL31 -0.26 -0.51
RPS27A -0.26 -0.55
RPL26 -0.26 -0.51
CHMP4A -0.26 -0.34
RPL37 -0.26 -0.52
RPL34 -0.25 -0.52
RPL23A -0.25 -0.50

Section III. Gene Ontology annotation

Molecular function 去的术语 Evidence Neuro keywords PubMed ID
GO:0005488 捆绑 IEA -
GO:0005201 extracellular matrix structural constituent ISS -
GO:0005201 extracellular matrix structural constituent 塔斯 8253711
Biological process 去的术语 Evidence Neuro keywords PubMed ID
GO：0042062 long-term strengthening of neuromuscular junction IDA Synap (GO term level: 13) 2211832
细胞分量 去的术语 Evidence Neuro keywords PubMed ID
GO:0005576 extracellular region IEA -
GO:0005581 collagen IEA -
GO:0005587 collagen type IV IDA 7523402

第四节。蛋白质蛋白相互作用注释

Interactors Aliases B Official full name B Experimental 资源 PubMed ID
ANTXR2 CMG-2 |CMG2 |FLJ31074 |ish |JHF |MGC111533 |MGC45856 炭疽毒素受体2 - HPRD 11683410
CD93 C1QR1 | C1qR(P) | C1qRP | CDw93 | MXRA4 | dJ737E23.1 CD93分子 - HPRD 9136074
DCN CSCD | DSPG2 | PG40 | PGII | PGS2 | SLRR1B decorin - HPRD 10382266
FBLN2 - 斐杜蛋白2 - HPRD，Biogrid 7500359
FN1 CIG | DKFZp686F10164 | DKFZp686H0342 | DKFZp686I1370 | DKFZp686O13149 | ED-B | FINC | FN | FNZ | GFND | GFND2 | LETS | MSF fibronectin 1 - HPRD 3997552
HABP2 FSAP |HABP |HGFAL |PHBP 透明质酸结合蛋白2 - HPRD，Biogrid 1724753
MATN2 - matrilin 2 - HPRD 12180907
MMP9 clg4b |凝胶|MMP-9 matrix metallopeptidase 9 (gelatinase B, 92kDa gelatinase, 92kDa type IV collagenase) - HPRD，Biogrid 9878537
OSM MGC20461 oncostatin M - HPRD，Biogrid 11711546
SAA1 MGC111216 | PIG4 | SAA | TP53I4 serum amyloid A1 - HPRD 8995276
SERPINE2 GDN | PI7 | PN1 | PNI SERPIN肽酶抑制剂，进化枝E（Nexin，纤溶酶原激活剂抑制剂1型），成员2 - HPRD，Biogrid 8006028
TGFBI Bigh3 |CDB1 |CDG2 |CDGG1 |CSD |CSD1 |CSD2 |CSD3 |EBMD |LCD1 转化生长因子，β诱导的68KDA - HPRD 11867580


V.途径注释

Pathway name Pathway size ＃szgr 2.0基因 Info
KEGG FOCAL ADHESION 201 138 该途径中的所有SZGR 2.0基因
KEGG ECM RECEPTOR INTERACTION 84 53 该途径中的所有SZGR 2.0基因
KEGG PATHWAYS IN CANCER 328 259 该途径中的所有SZGR 2.0基因
KEGG SMALL CELL LUNG CANCER 84 67 该途径中的所有SZGR 2.0基因
BIOCARTA AMI PATHWAY 20 13 该途径中的所有SZGR 2.0基因
BIOCARTA ACE2 PATHWAY 13 7 该途径中的所有SZGR 2.0基因
BIOCARTA INTRINSIC PATHWAY 23 15 该途径中的所有SZGR 2.0基因
BIOCARTA PLATELETAPP PATHWAY 14 10 该途径中的所有SZGR 2.0基因
BIOCARTA VITCB PATHWAY 11 6 该途径中的所有SZGR 2.0基因
PID INTEGRIN1 PATHWAY 66 44 该途径中的所有SZGR 2.0基因
PID INTEGRIN3 PATHWAY 43 25 该途径中的所有SZGR 2.0基因
PID AVB3 INTEGRIN PATHWAY 75 53 该途径中的所有SZGR 2.0基因
PID SYNDECAN 1 PATHWAY 46 29 该途径中的所有SZGR 2.0基因
Reactome发育生物学 396 292 该途径中的所有SZGR 2.0基因
Reactome细胞外基质组织 87 42 该途径中的所有SZGR 2.0基因
REACTOME COLLAGEN FORMATION 58 31 该途径中的所有SZGR 2.0基因
REACTOME INTEGRIN CELL SURFACE INTERACTIONS 79 48 该途径中的所有SZGR 2.0基因
REACTOME SIGNALING BY PDGF 122 93 该途径中的所有SZGR 2.0基因
REACTOME AXON GUIDANCE 251 188 该途径中的所有SZGR 2.0基因
REACTOME NCAM1 INTERACTIONS 39 27 该途径中的所有SZGR 2.0基因
REACTOME NCAM SIGNALING FOR NEURITE OUT GROWTH 64 49 该途径中的所有SZGR 2.0基因
SENESE HDAC1 AND HDAC2 TARGETS DN 232 139 该途径中的所有SZGR 2.0基因
GRAESSMANN APOPTOSIS BY DOXORUBICIN UP 1142 669 该途径中的所有SZGR 2.0基因
PEREZ TP53 TARGETS 1174 695 该途径中的所有SZGR 2.0基因
SHETH LIVER CANCER VS TXNIP LOSS PAM2 153 102 该途径中的所有SZGR 2.0基因
BYSTRYKH造血干细胞QTL Trans 882 572 该途径中的所有SZGR 2.0基因
FLECHNER BIOPSY KIDNEY TRANSPLANT REJECTED VS OK DN 546 351 该途径中的所有SZGR 2.0基因
CUI TCF21 TARGETS 2 DN 830 547 该途径中的所有SZGR 2.0基因
BAELDE DIABETIC NEPHROPATHY DN 434 302 该途径中的所有SZGR 2.0基因
ZHANG GATA6 TARGETS DN 64 46 该途径中的所有SZGR 2.0基因
RIZKI TUMOR INVASIVENESS 3D DN 270 181 该途径中的所有SZGR 2.0基因
riggi ewing肉瘤祖先 430 288 该途径中的所有SZGR 2.0基因
WEST ADRENOCORTICAL TUMOR DN 546 362 该途径中的所有SZGR 2.0基因
mirlet7a3的Brueckner目标 111 69 该途径中的所有SZGR 2.0基因
YAUCH HEDGEHOG SIGNALING PARACRINE DN 264 159 该途径中的所有SZGR 2.0基因
Mikkelsen MCV6 ICP，带有H3K4ME3和H3K27ME3 34 21 该途径中的所有SZGR 2.0基因
Mikkelsen MEF ICP与H3K27Me3 206 108 该途径中的所有SZGR 2.0基因
MIKKELSEN IPS ICP WITH H3K4ME3 AND H327ME3 126 83 该途径中的所有SZGR 2.0基因
MIKKELSEN ES ICP WITH H3K4ME3 AND H3K27ME3 137 85 该途径中的所有SZGR 2.0基因
LEE BMP2 TARGETS UP 745 475 该途径中的所有SZGR 2.0基因
ACEVEDO FGFR1 TARGETS IN PROSTATE CANCER MODEL DN 308 187 该途径中的所有SZGR 2.0基因
NABA胶原蛋白 44 26 该途径中的所有SZGR 2.0基因
NABA核心母质 275 148 该途径中的所有SZGR 2.0基因
NABA BASEMENT MEMBRANES 40 22 该途径中的所有SZGR 2.0基因
NABA矩阵 1028 559 该途径中的所有SZGR 2.0基因

Section VI. microRNA annotation

miRNA family Target position mirna id miRNA seq
UTR start UTR end Match method
mir-150 1092 1099 1A,m8 hsa-miR-150 ucucccaacccuuguaccagug
miR-23 4433 4440 1A,m8 hsa-miR-23a脑 aucacauugccagggauucc
hsa-miR-23b脑 AUCACAUUGCCAGGGAUUACC
miR-29 82 88 m8 hsa-miR-29aSZ UAGCACCAUCUGAAAUCGGUU
hsa-miR-29bSZ uagcaccauuugaaaucaguguu
hsa-miR-29cSZ UAGCACCAUUUGAAAUCGGU
hsa-miR-29aSZ UAGCACCAUCUGAAAUCGGUU
hsa-miR-29bSZ uagcaccauuugaaaucaguguu
hsa-miR-29cSZ UAGCACCAUUUGAAAUCGGU
miR-299-5p 4352 4358 1A HSA-MIR-299-5P UGGUUUACCGUCCCACAUACAU
miR-323 4433 4439 1A HSA-MIR-323脑 GCACAUUACACGGUCGACCUCU
miR-410 4579 4585 1A HSA-MIR-410 AAUAUAACACAGAUGGCCUGU