基因页面:COL6A2
总结吗?
| GeneID | 1292年 |
| 象征 | COL6A2 |
| 同义词 | BTHLM1 | PP3610 | UCMD1 |
| 描述 | 胶原蛋白类型VIα2 |
| 参考 | MIM: 120240|HGNC: HGNC: 2212|运用:ENSG00000142173|HPRD: 02110|织女:OTTHUMG00000090489 |
| 基因型 | 蛋白质编码 |
| 地图上的位置 | 21 q22.3 |
| 帕斯卡假定值 | 0.019 |
| 夏洛克假定值 | 0.005 |
| 这样假定值 | 0.02 |
| 胎儿β | 0.369 |
| eGene | 海马体 迈尔斯的顺式和反式 |
| 支持 | CompositeSet |
基因数据来源
| 基因集名称 | 基因的方法设置 | 描述 | 信息 |
|---|---|---|---|
| 简历:PGCnp | 全基因组关联研究 | GWAS | |
| 认为:Fromer_2014 | 全外显子组测序分析 | 本研究报告623年韦斯研究精神分裂症三人小组,报告认为使用基因组DNA。 |
部分即遗传学和表观遗传学注释
认为表
认为表| 基因 | 染色体 | 位置 | 裁判 | Alt | 成绩单 | AA变化 | 突变类型 | 筛选 | CG46 | 特征 | 研究 |
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| COL6A2 | chr21 | 47541029 | G | 一个 | NM_001849 NM_058174 NM_058175 |
p.484G > R p.484G > R p.484G > R |
错义 错义 错义 |
精神分裂症 | 认为:Fromer_2014 |
eQTL注释
| SNP ID | 染色体 | 位置 | eGene | 基因Entrez ID | pvalue | qvalue | TSS距离 | eQTL类型 |
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| rs17131472 | chr1 | 91962966 | COL6A2 | 1292年 | 0.02 | 反式 | ||
| rs3762382 | chr1 | 198128858 | COL6A2 | 1292年 | 0.06 | 反式 | ||
| rs16825495 | chr2 | 134234401 | COL6A2 | 1292年 | 0.09 | 反式 | ||
| rs7651311 | chr3 | 106820222 | COL6A2 | 1292年 | 0.18 | 反式 | ||
| rs2922180 | chr3 | 125280472 | COL6A2 | 1292年 | 0.06 | 反式 | ||
| rs2971271 | chr3 | 125450402 | COL6A2 | 1292年 | 0.13 | 反式 | ||
| rs2976809 | chr3 | 125451738 | COL6A2 | 1292年 | 0.01 | 反式 | ||
| rs313946 | chr4 | 113975904 | COL6A2 | 1292年 | 0.19 | 反式 | ||
| rs17046025 | chr4 | 166066605 | COL6A2 | 1292年 | 0.17 | 反式 | ||
| rs10050805 | chr5 | 30805352 | COL6A2 | 1292年 | 0.07 | 反式 | ||
| rs317971 | chr5 | 66688724 | COL6A2 | 1292年 | 0.06 | 反式 | ||
| rs12663450 | chr6 | 38135729 | COL6A2 | 1292年 | 0.14 | 反式 | ||
| rs4236095 | chr6 | 47368686 | COL6A2 | 1292年 | 0.1 | 反式 | ||
| rs6455226 | chr6 | 67930295 | COL6A2 | 1292年 | 1.834的军医 | 反式 | ||
| rs7081666 | chr10 | 47673800 | COL6A2 | 1292年 | 0.01 | 反式 | ||
| rs11006556 | chr10 | 61287609 | COL6A2 | 1292年 | 0.07 | 反式 | ||
| rs10879027 | chr12 | 70237156 | COL6A2 | 1292年 | 0 | 反式 | ||
| rs11112163 | chr12 | 105072508 | COL6A2 | 1292年 | 0.06 | 反式 | ||
| rs6095741 | chr20 | 48666589 | COL6A2 | 1292年 | 3.888 e-8 | 反式 | ||
| rs5991662 | chrX | 43335796 | COL6A2 | 1292年 | 7.397的军医 | 反式 | ||
| rs1545676 | chrX | 93530472 | COL6A2 | 1292年 | 0.01 | 反式 | ||
| rs242163 | chrX | 132311662 | COL6A2 | 1292年 | 0.05 | 反式 |
第二部分。转录组注释
通用基因表达(GTEx)
基因表达在发展脉络(BrainCloud)
补充说明:
共有269个时间点秘密策划,n = 38胎儿样本(x = 1) 38分到来。每个三角形代表一个时间点。
基因表达的时空变化(BrainSpan)
补充说明:
SC:分皮质区域;SM:感觉运动区域;FC:额叶皮层;和TP:颞顶部皮层
某胎儿(13 - 26 postconception周),ST2:婴儿早期到晚期的童年(4个月到11年),和ST3:青春期到成年(13 - 23年)
代表低25%,显示的栏上25%的表达分布。
中的基因在大脑区域
| 前10名中的基因 | ||
| 基因 | 皮尔森的相关性 | 斯皮尔曼的相关性 |
| PLCE1 | 0.89 | 0.79 |
| IQGAP2 | 0.86 | 0.66 |
| LTBP1 | 0.84 | 0.72 |
| EPHB4 | 0.84 | 0.65 |
| STON1 | 0.83 | 0.63 |
| FAM111A | 0.83 | 0.79 |
| 激活 | 0.83 | 0.73 |
| STON1-GTF2A1L | 0.83 | 0.63 |
| KNTC1 | 0.83 | 0.58 |
| LIPG | 0.82 | 0.53 |
| 十大负面中的基因 | ||
| 基因 | 皮尔森的相关性 | 斯皮尔曼的相关性 |
| AF347015.27 | -0.35 | -0.39 |
| AF347015.31 | -0.34 | -0.39 |
| C5orf53 | -0.34 | -0.34 |
| IFI27 | -0.34 | -0.37 |
| MT-CO2 | -0.34 | -0.39 |
| HLA-F | -0.34 | -0.26 |
| FBXO2 | -0.33 | -0.25 |
| CA4 | -0.33 | -0.29 |
| CISD3 | -0.33 | -0.35 |
| AF347015.33 | -0.33 | -0.34 |
部分诉通路注释
| 路径名称 | 通道尺寸 | # SZGR 2.0基因通路 | 信息 |
|---|---|---|---|
| KEGG粘着斑 | 201年 | 138年 | 所有SZGR 2.0基因通路 |
| KEGG ECM受体相互作用 | 84年 | 53 | 所有SZGR 2.0基因通路 |
| PID INTEGRIN1通路 | 66年 | 44 | 所有SZGR 2.0基因通路 |
| PID AVB3整合素途径 | 75年 | 53 | 所有SZGR 2.0基因通路 |
| PID SYNDECAN 1通路 | 46 | 29日 | 所有SZGR 2.0基因通路 |
| REACTOME发育生物学 | 396年 | 292年 | 所有SZGR 2.0基因通路 |
| REACTOME组织细胞外基质 | 87年 | 42 | 所有SZGR 2.0基因通路 |
| REACTOME胶原蛋白形成 | 58 | 31日 | 所有SZGR 2.0基因通路 |
| 由PDGF REACTOME信号 | 122年 | 93年 | 所有SZGR 2.0基因通路 |
| REACTOME轴突引导 | 251年 | 188年 | 所有SZGR 2.0基因通路 |
| REACTOME NCAM1交互 | 39 | 27 | 所有SZGR 2.0基因通路 |
| REACTOME NCAM信号对神经突生长 | 64年 | 49 | 所有SZGR 2.0基因通路 |
| SCHUETZ乳腺癌导管侵入性 | 351年 | 230年 | 所有SZGR 2.0基因通路 |
| DAVICIONI PAX FOXO1融合的目标 | 255年 | 177年 | 所有SZGR 2.0基因通路 |
| DEURIG T细胞PROLYMPHOCYTIC白血病 | 368年 | 234年 | 所有SZGR 2.0基因通路 |
| CHARAFE乳腺癌细胞腔的VS间充质DN | 460年 | 312年 | 所有SZGR 2.0基因通路 |
| CHARAFE乳腺癌基底与间充质DN | 50 | 36 | 所有SZGR 2.0基因通路 |
| 加白血病干细胞DN | 244年 | 153年 | 所有SZGR 2.0基因通路 |
| GAUSSMANN MLL AF4融合目标F | 185年 | 119年 | 所有SZGR 2.0基因通路 |
| BERENJENO改变了RHOA DN | 394年 | 258年 | 所有SZGR 2.0基因通路 |
| HUMMERICH皮肤癌症恶化DN | One hundred. | 64年 | 所有SZGR 2.0基因通路 |
| 林格伦膀胱癌集群2 b | 392年 | 251年 | 所有SZGR 2.0基因通路 |
| 日本村田公司的H PILORI毒性 | 24 | 16 | 所有SZGR 2.0基因通路 |
| 吴细胞迁移 | 184年 | 114年 | 所有SZGR 2.0基因通路 |
| NIKOLSKY乳腺癌21的时候扩增子 | 16 | 11 | 所有SZGR 2.0基因通路 |
| 不知道背景目标2 | 256年 | 159年 | 所有SZGR 2.0基因通路 |
| ROZANOV MMP14目标子集 | 33 | 20. | 所有SZGR 2.0基因通路 |
| ROZANOV MMP14目标了 | 266年 | 171年 | 所有SZGR 2.0基因通路 |
| JECHLINGER上皮间充质转变 | 71年 | 51 | 所有SZGR 2.0基因通路 |
| 城堡内成神经管细胞瘤预后起 | 47 | 30. | 所有SZGR 2.0基因通路 |
| 康被叔 | 89年 | 61年 | 所有SZGR 2.0基因通路 |
| 伊格莱西亚斯E2F目标了 | 151年 | 103年 | 所有SZGR 2.0基因通路 |
| 任肺泡横纹肌肉瘤DN | 408年 | 274年 | 所有SZGR 2.0基因通路 |
| 江老化的大脑皮层 | 36 | 27 | 所有SZGR 2.0基因通路 |
| 崔TCF21目标了 | 37 | 27 | 所有SZGR 2.0基因通路 |
| HEDENFALK乳腺癌BRACX | 20. | 14 | 所有SZGR 2.0基因通路 |
| 朋友PRMT5目标了 | 203年 | 135年 | 所有SZGR 2.0基因通路 |
| 阿尔茨海默病了布莱洛克的 | 1691年 | 1088年 | 所有SZGR 2.0基因通路 |
| 布朗感染48小时血巨细胞病毒DN | 504年 | 323年 | 所有SZGR 2.0基因通路 |
| 朱巨细胞病毒24小时DN | 91年 | 64年 | 所有SZGR 2.0基因通路 |
| 布朗感染血巨细胞病毒18 hr DN | 178年 | 121年 | 所有SZGR 2.0基因通路 |
| 伯顿脂肪生成4 | 48 | 32 | 所有SZGR 2.0基因通路 |
| 朱巨细胞病毒所有DN | 128年 | 93年 | 所有SZGR 2.0基因通路 |
| 崔TCF21目标2 | 428年 | 266年 | 所有SZGR 2.0基因通路 |
| 杰克逊DNMT1 DN的目标 | 25 | 21 | 所有SZGR 2.0基因通路 |
| 汉物信号DN | 39 | 27 | 所有SZGR 2.0基因通路 |
| 道格拉斯BMI1目标了 | 566年 | 371年 | 所有SZGR 2.0基因通路 |
| 卷须淋巴管转移期间DN | 36 | 23 | 所有SZGR 2.0基因通路 |
| 哈里斯脑癌祖细胞 | 44 | 23 | 所有SZGR 2.0基因通路 |
| 海勒HDAC目标被甲基化 | 461年 | 298年 | 所有SZGR 2.0基因通路 |
| 李转移和可变剪接 | 74年 | 51 | 所有SZGR 2.0基因通路 |
| 马丁内斯RB1目标了 | 673年 | 430年 | 所有SZGR 2.0基因通路 |
| 马丁内斯DN TP53的目标 | 593年 | 372年 | 所有SZGR 2.0基因通路 |
| 马丁内斯RB1和TP53目标DN | 591年 | 366年 | 所有SZGR 2.0基因通路 |
| 里奇尤因肉瘤祖DN | 191年 | 123年 | 所有SZGR 2.0基因通路 |
| MISHRA癌相关成纤维细胞 | 24 | 14 | 所有SZGR 2.0基因通路 |
| 郑胶质母细胞瘤可塑性DN | 58 | 39 | 所有SZGR 2.0基因通路 |
| BOQUEST干细胞起 | 260年 | 174年 | 所有SZGR 2.0基因通路 |
| 气浆细胞瘤DN | One hundred. | 63年 | 所有SZGR 2.0基因通路 |
| 蔡应对放射治疗 | 32 | 20. | 所有SZGR 2.0基因通路 |
| 顾PDEF目标了 | 71年 | 49 | 所有SZGR 2.0基因通路 |
| DN SCHRAETS MLL目标 | 33 | 24 | 所有SZGR 2.0基因通路 |
| 甜蜜的肺癌喀斯特DN | 435年 | 289年 | 所有SZGR 2.0基因通路 |
| 汉SATB1目标了 | 395年 | 249年 | 所有SZGR 2.0基因通路 |
| 汉SATB1 DN的目标 | 442年 | 275年 | 所有SZGR 2.0基因通路 |
| 米凯尔森肉瘤DN状态 | 7 | 7 | 所有SZGR 2.0基因通路 |
| 迈斯纳和H3K4ME3 ES ICP | 34 | 17 | 所有SZGR 2.0基因通路 |
| 迈斯纳和H3 UNMETHYLATED人大ICP | 24 | 15 | 所有SZGR 2.0基因通路 |
| 迈斯纳大脑与H3K4ME3 ICP | 32 | 17 | 所有SZGR 2.0基因通路 |
| 八木AML和11 q23处重新安排 | 351年 | 238年 | 所有SZGR 2.0基因通路 |
| HOSHIDA肝癌子类S1 | 237年 | 159年 | 所有SZGR 2.0基因通路 |
| 么时间响应黄体酮集群16 | 79年 | 47 | 所有SZGR 2.0基因通路 |
| 布朗感染血巨细胞病毒30分钟 | 56 | 38 | 所有SZGR 2.0基因通路 |
| 国外RB1目标衰老 | 572年 | 352年 | 所有SZGR 2.0基因通路 |
| 国外RB1目标融合性的 | 567年 | 365年 | 所有SZGR 2.0基因通路 |
| 气缺氧HIF1A和FOXA2的目标 | 37 | 27 | 所有SZGR 2.0基因通路 |
| PILON KLF1目标了 | 504年 | 321年 | 所有SZGR 2.0基因通路 |
| 李BMP2目标了 | 745年 | 475年 | 所有SZGR 2.0基因通路 |
| GOBERT少突细胞分化DN | 1080年 | 713年 | 所有SZGR 2.0基因通路 |
| DN KATSANOU ELAVL1目标 | 148年 | 88年 | 所有SZGR 2.0基因通路 |
| 王MLL目标 | 289年 | 188年 | 所有SZGR 2.0基因通路 |
| 不是通过P38冯氏TNF响应 | 337年 | 236年 | 所有SZGR 2.0基因通路 |
| ANASTASSIOU癌症间充质转变签名 | 64年 | 40 | 所有SZGR 2.0基因通路 |
| LIM乳腺腔的成熟的DN | 99年 | 74年 | 所有SZGR 2.0基因通路 |
| 杜兰基质年代了 | 297年 | 194年 | 所有SZGR 2.0基因通路 |
| ZWANG仅由二EGF脉冲瞬变 | 1725年 | 838年 | 所有SZGR 2.0基因通路 |
| NABA胶原蛋白 | 44 | 26 | 所有SZGR 2.0基因通路 |
| NABA核心MATRISOME | 275年 | 148年 | 所有SZGR 2.0基因通路 |
| NABA基底膜 | 40 | 22 | 所有SZGR 2.0基因通路 |
| NABA MATRISOME | 1028年 | 559年 | 所有SZGR 2.0基因通路 |