基因页:RBM45
概括?
基因 | 129831 |
象征 | RBM45 |
同义词 | drb1 | rb-1 |
描述 | RNA结合基序蛋白45 |
参考 | MIM:608888|HGNC:HGNC:24468|Ensembl:ENSG00000155636|HPRD:09927|Vega:Otthumg00000154202 |
基因类型 | 蛋白质编码 |
地图位置 | 2q31.2 |
Pascal P值 | 0.067 |
Sherlock P值 | 0.644 |
胎儿β | 0.264 |
主持人 | 迈尔斯的顺式和跨性别 |
数据源中的基因
基因集名称 | 基因组方法 | 描述 | 信息 |
---|---|---|---|
简历:PGCNP | 全基因组协会研究 | GWAS | |
PMID:cooccur | 高通量文献搜索 | PubMed中的系统搜索与SCZ关键字共发生的基因。总共包括3027个基因。 | |
文学 | 高通量文献搜索 | 与精神分裂症关键词共同存在:精神分裂症,精神分裂症 | 点击显示详细信息 |
go_annotation | 将与神经相关的关键字映射到基因本体论注释 | 与神经相关的关键字的命中:1 |
第一节遗传学和表观遗传学注释
EQTL注释
SNP ID | 染色体 | 位置 | 主持人 | Gene Entrez ID | PVALUE | QVALUE | TSS距离 | EQTL类型 |
---|---|---|---|---|---|---|---|---|
RS16894557 | CHR6 | 28999825 | RBM45 | 129831 | 0.04 | 反式 |
第二节。转录组注释
一般基因表达(GTEX)
![无法使用](http://www.tjghsg.com/bioinfo/SZGR/GeneImg/RBM45_DE_GTEx.png)
Devlopment期间的基因表达(BrainCloud)
脚注:
总共绘制了269个时间点,n = 38个胎儿样品(x = 1:38)。每个三角形代表一个时间点。
时间变化的基因表达(brainspan)
脚注:
SC:亚皮质区域;SM:感觉运动区域;FC:额叶皮层;和TP:颞顶皮层
ST1:胎儿(13-26个概念后周),ST2:婴儿早期至童年(4个月至11年)和ST3:青春期至成年期(13-23年)
所示的栏表示表达分布的较低25%和上层25%。
大脑区域没有共表达基因
第三节。基因本体论注释
分子功能 | 去学期 | 证据 | 神经关键字 | PubMed ID |
---|---|---|---|---|
去:0000166 | 核苷酸结合 | IEA | - | |
去:0003676 | 核酸结合 | IEA | - | |
去:0003723 | RNA结合 | 艾达 | 12220514 | |
生物过程 | 去学期 | 证据 | 神经关键字 | PubMed ID |
去:0007399 | 神经系统的发展 | ISS | 神经突(GO期限:5) | - |
去:0007275 | 多细胞生物发育 | IEA | - | |
去:0030154 | 细胞分化 | IEA | - | |
细胞分量 | 去学期 | 证据 | 神经关键字 | PubMed ID |
去:0005634 | 核 | 艾达 | 12220514 | |
去:0005737 | 细胞质 | 艾达 | 12220514 |
V.途径注释
路径名 | 路径大小 | #szgr 2.0基因 | 信息 |
---|---|---|---|
GHO ATF5靶向 | 13 | 10 | 该途径中的所有SZGR 2.0基因 |
张乳腺癌祖细胞 | 425 | 253 | 该途径中的所有SZGR 2.0基因 |
CADWELL ATG16L1靶向 | 93 | 56 | 该途径中的所有SZGR 2.0基因 |
第六节。microRNA注释
mirna家族 | 目标位置 | mirna id | mirna seq | ||
---|---|---|---|---|---|
UTR开始 | UTR结束 | 匹配方法 | |||
mir-30-3p | 47 | 54 | 1A,M8 | HSA-MIR-30A-3P | cuuucagucggauguugcagc |
HSA-MIR-30E-3P | cuuucagucggauguauacagc | ||||
mir-320 | 87 | 93 | M8 | HSA-MIR-320 | aaaagcugggugagaggggcgaa |
mir-375 | 8 | 14 | 1a | HSA-MIR-375 | uuuguucguucggcucgcguga |
mir-544 | 238 | 244 | 1a | HSA-MIR-544 | auucugcauuuuuuagcaagu |