Gene Page:CSF2

概括?
基因 1437
Symbol CSF2
Synonyms GMCSF
Description colony stimulating factor 2
Reference MIM:138960|HGNC:HGNC:2434|Ensembl:ENSG00000164400|HPRD:00734|Vega:OTTHUMG00000059637
Gene type protein-coding
Map location 5q31.1
Pascal p-value 0.288
Fetal beta 0.013

数据源中的基因
Gene set name Method of gene set Description Info
CV:PGCnp Genome-wide Association Study GWAS
PMID:cooccur High-throughput literature-search Systematic search in PubMed for genes co-occurring with SCZ keywords. A total of 3027 genes were included.
GSMA_I Genome scan meta-analysis Psr: 0.0032
Literature High-throughput literature-search Co-occurance with Schizophrenia keywords: schizophrenia,schizophrenias Click to show details
GO_Annotation Mapping neuro-related keywords to Gene Ontology annotations 与神经相关的关键字的命中：1

Section I. Genetics and epigenetics annotation


Section II. Transcriptome annotation

General gene expression (GTEx)

Not available

Gene expression during devlopment (BrainCloud)

脚注：
A total of 269 time points ploted, with n=38 fetal samples (x=1:38). Each triangle represents one time point.

Gene expression of temporal and spatial changes (BrainSpan)

脚注：
SC: sub-cortical regions; SM: sensory-motor regions; FC: frontal cortex; and TP: temporal-parietal cortex
ST1: fetal (13 - 26 postconception weeks), ST2: early infancy to late childhood (4 months to 11 years), and ST3: adolescence to adulthood (13 - 23 years)
The bar shown representes the lower 25% and upper 25% of the expression distribution.

No co-expressed genes in brain regions


Section III. Gene Ontology annotation

Molecular function 去的术语 Evidence Neuro keywords PubMed ID
GO:0005125 cytokine activity IEA -
GO:0005129 粒细胞巨噬细胞刺激因子受体结合 TAS 2999978
生物过程 去的术语 Evidence Neuro keywords PubMed ID
GO:0043011 髓样树枝状细胞分化 IEA dendrite (GO term level: 10) -
GO:0008284 positive regulation of cell proliferation IEA -
GO:0006955 immune response IEA -
GO：0042523 positive regulation of tyrosine phosphorylation of Stat5 protein IDA 9722506
GO:0045740 positive regulation of DNA replication IDA 9722506
GO:0045885 positive regulation of survival gene product expression IEA -
Cellular component 去的术语 Evidence Neuro keywords PubMed ID
GO:0005576 extracellular region IEA -
GO:0005615 extracellular space IEA -

Section V. Pathway annotation

Pathway name Pathway size # SZGR 2.0 genes in pathway Info
KEGG CYTOKINE CYTOKINE RECEPTOR INTERACTION 267 161 该途径中的所有SZGR 2.0基因
KEGG JAK STAT SIGNALING PATHWAY 155 105 该途径中的所有SZGR 2.0基因
KEGG HEMATOPOIETIC CELL LINEAGE 88 60 该途径中的所有SZGR 2.0基因
KEGG NATURAL KILLER CELL MEDIATED CYTOTOXICITY 137 92 该途径中的所有SZGR 2.0基因
KEGG T CELL RECEPTOR SIGNALING PATHWAY 108 89 该途径中的所有SZGR 2.0基因
KEGG FC EPSILON RI SIGNALING PATHWAY 79 58 该途径中的所有SZGR 2.0基因
BIOCARTA INFLAM PATHWAY 29 24 该途径中的所有SZGR 2.0基因
BIOCARTA DC PATHWAY 22 20 该途径中的所有SZGR 2.0基因
BIOCARTA ERYTH PATHWAY 15 11 该途径中的所有SZGR 2.0基因
BIOCARTA STEM PATHWAY 15 13 该途径中的所有SZGR 2.0基因
Biocarta NKT途径 29 21 该途径中的所有SZGR 2.0基因
PID GMCSF PATHWAY 37 31 该途径中的所有SZGR 2.0基因
PID NFAT TFPATHWAY 47 39 该途径中的所有SZGR 2.0基因
PID REG GR PATHWAY 82 60 该途径中的所有SZGR 2.0基因
PID INTEGRIN A9B1 PATHWAY 25 18 该途径中的所有SZGR 2.0基因
PID AP1 PATHWAY 70 60 该途径中的所有SZGR 2.0基因
PID TCR CALCIUM PATHWAY 29 23 该途径中的所有SZGR 2.0基因
PID SYNDECAN 2 PATHWAY 33 27 该途径中的所有SZGR 2.0基因
PID RB 1PATHWAY 65 46 该途径中的所有SZGR 2.0基因
REACTOME SIGNALING BY ILS 107 86 该途径中的所有SZGR 2.0基因
REACTOME IL 3 5 AND GM CSF SIGNALING 43 34 该途径中的所有SZGR 2.0基因
REACTOME IL RECEPTOR SHC SIGNALING 27 21 该途径中的所有SZGR 2.0基因
REACTOME IL 2 SIGNALING 41 34 该途径中的所有SZGR 2.0基因
REACTOME IMMUNE SYSTEM 933 616 该途径中的所有SZGR 2.0基因
REACTOME CYTOKINE SIGNALING IN IMMUNE SYSTEM 270 204 该途径中的所有SZGR 2.0基因
LIU TARGETS OF VMYB VS CMYB DN 43 30 该途径中的所有SZGR 2.0基因
GAL LEUKEMIC STEM CELL DN 244 153 该途径中的所有SZGR 2.0基因
SENESE HDAC1 TARGETS UP 457 269 该途径中的所有SZGR 2.0基因
SENESE HDAC1 AND HDAC2 TARGETS UP 238 144 该途径中的所有SZGR 2.0基因
SENESE HDAC2目标了 114 66 该途径中的所有SZGR 2.0基因
李肺癌 41 30 该途径中的所有SZGR 2.0基因
NUYTTEN NIPP1 TARGETS UP 769 437 该途径中的所有SZGR 2.0基因
NUYTTEN EZH2 TARGETS UP 1037 673 该途径中的所有SZGR 2.0基因
BUYTAERT PHOTODYNAMIC THERAPY STRESS UP 811 508 该途径中的所有SZGR 2.0基因
SHEN SMARCA2 TARGETS DN 357 212 该途径中的所有SZGR 2.0基因
MORI SMALL PRE BII LYMPHOCYTE UP 86 57 该途径中的所有SZGR 2.0基因
ONDER CDH1 TARGETS 2 DN 464 276 该途径中的所有SZGR 2.0基因
ONDER CDH1 TARGETS 1 DN 169 102 该途径中的所有SZGR 2.0基因
ONDER CDH1 TARGETS 3 DN 59 32 该途径中的所有SZGR 2.0基因
MUNSHI MULTIPLE MYELOMA UP 81 52 该途径中的所有SZGR 2.0基因
LIANG SILENCED BY METHYLATION 2 53 34 该途径中的所有SZGR 2.0基因
在胰腺癌中被甲基化沉默的Sato 2 50 34 该途径中的所有SZGR 2.0基因
LEE AGING CEREBELLUM DN 86 66 该途径中的所有SZGR 2.0基因
DAZARD RESPONSE TO UV SCC UP 123 75 该途径中的所有SZGR 2.0基因
在胰腺癌中被甲基化沉默的Sato 1 419 273 该途径中的所有SZGR 2.0基因
MAHAJAN RESPONSE TO IL1A UP 81 52 该途径中的所有SZGR 2.0基因
Hillion HMGA1B目标 92 68 该途径中的所有SZGR 2.0基因
MARZEC IL2 SIGNALING UP 115 80 该途径中的所有SZGR 2.0基因
DE YY1 TARGETS UP 20 14 该途径中的所有SZGR 2.0基因
MATZUK MATERNAL EFFECT 9 8 该途径中的所有SZGR 2.0基因
LINDSTEDT DENDRITIC CELL MATURATION A 67 52 该途径中的所有SZGR 2.0基因
MUELLER COMMON TARGETS OF AML FUSIONS DN 31 21 该途径中的所有SZGR 2.0基因
SWEET LUNG CANCER KRAS UP 491 316 该途径中的所有SZGR 2.0基因
SWEET KRAS ONCOGENIC SIGNATURE 89 56 该途径中的所有SZGR 2.0基因
HINATA NFKB TARGETS KERATINOCYTE UP 91 63 该途径中的所有SZGR 2.0基因
SCHOEN NFKB SIGNALING 34 26 该途径中的所有SZGR 2.0基因
WONG ADULT TISSUE STEM MODULE 721 492 该途径中的所有SZGR 2.0基因
Sengupta EBNA1反相关 173 85 该途径中的所有SZGR 2.0基因
CHICAS RB1 TARGETS SENESCENT 572 352 该途径中的所有SZGR 2.0基因
WIERENGA STAT5A TARGETS UP 217 131 该途径中的所有SZGR 2.0基因
WIERENGA STAT5A TARGETS GROUP2 60 38 该途径中的所有SZGR 2.0基因
Wang TNF目标 24 17 该途径中的所有SZGR 2.0基因
WINZEN DEGRADED VIA KHSRP 100 70 该途径中的所有SZGR 2.0基因
PHONG TNF TARGETS UP 63 43 该途径中的所有SZGR 2.0基因
PHONG TNF RESPONSE NOT VIA P38 337 236 该途径中的所有SZGR 2.0基因
ALTEMEIER RESPONSE TO LPS WITH MECHANICAL VENTILATION 128 81 该途径中的所有SZGR 2.0基因
NABA SECRETED FACTORS 344 197 该途径中的所有SZGR 2.0基因
NABA MATRISOME ASSOCIATED 753 411 该途径中的所有SZGR 2.0基因
NABA MATRISOME 1028 559 该途径中的所有SZGR 2.0基因

Section VI. microRNA annotation

miRNA family Target position miRNA ID miRNA seq
UTR start UTR end Match method
mir-133 83 90 1A,m8 hsa-miR-133a UUGGUCCCCUUCAACCAGCUGU
hsa-miR-133b UUGGUCCCCUUCAACCAGCUA
miR-410 206 212 1A hsa-miR-410 AAUAUAACACAGAUGGCCUGU