基因页：CSNK1D

概括?
基因ID 1453
Symbol CSNK1D
同义词 asps | ckidelta | fasps2 | hckid
描述 酪蛋白激酶1三角洲
参考 MIM：600864|HGNC：HGNC：2452|Ensembl:ENSG00000141551|HPRD：02920|Vega：Otthumg00000178601
基因type protein-coding
地图位置 17q25
Pascal P值 0.043
Sherlock P值 0.286
Fetal beta 0.681
DMG 1（＃研究）
eGene 迈尔斯的顺式和跨性别

数据源中的基因
基因set name 基因组方法 描述 Info
DMG:Wockner_2014 Genome-wide DNA methylation analysis This dataset includes 4641 differentially methylated probes corresponding to 2929 unique genes between schizophrenia patients (n=24) and controls (n=24). 2
PMID:cooccur 高通量文献搜索 Systematic search in PubMed for genes co-occurring with SCZ keywords. A total of 3027 genes were included.
文学 高通量文献搜索 与精神分裂症关键词共同存在：精神分裂症，精神分裂症 Click to show details
网络 人蛋白蛋白质相互作用网络中核心基因的最短路径距离 Contribution to shortest path in PPI network: 0.087

第一节遗传学和表观遗传学注释

@Differentially methylated gene

探测 Chromosome Position Nearest gene P (dis) beta（dis） FDR (dis) Study
cg19496744 17 80231639 CSNK1D 1.92E-5 -0.289 0.016 DMG:Wockner_2014
cg11439535 17 80203277 CSNK1D 4.55e-5 0.484 0.021 DMG:Wockner_2014

@EQTL注释

SNP ID Chromosome Position eGene 基因Entrez ID PVALUE qvalue TSS distance eQTL type
RS2156215 chr11 78825462 CSNK1D 1453 0.14 trans
rs17064520 chr18 55909629 CSNK1D 1453 0.16 trans

Section II. Transcriptome annotation

基因ral gene expression (GTEx)

无法使用

基因expression during devlopment (BrainCloud)

脚注：
总共绘制了269个时间点，n = 38个胎儿样品（x = 1：38）。每个三角形代表一个时间点。

基因expression of temporal and spatial changes (BrainSpan)

脚注：
SC: sub-cortical regions; SM: sensory-motor regions; FC: frontal cortex; and TP: temporal-parietal cortex
ST1: fetal (13 - 26 postconception weeks), ST2: early infancy to late childhood (4 months to 11 years), and ST3: adolescence to adulthood (13 - 23 years)
The bar shown representes the lower 25% and upper 25% of the expression distribution.

Top co-expressed genes in brain regions

Top 10 positively co-expressed genes
基因 皮尔逊的相关性 Spearman's Correlation
TIMP3 0.75 0.75
PCDHGC3 0.74 0.69
CDGAP 0.74 0.76
RHBDF1 0.74 0.69
SLCO2B1 0.73 0.79
mmrn2 0.73 0.77
olig1 0.72 0.65
BGN 0.72 0.75
TNS3 0.71 0.75
AC020763.2 0.71 0.70
前10个负共表达基因
基因 皮尔逊的相关性 Spearman's Correlation
NDUFAF2 -0.53 -0.62
FRG1 -0.52 -0.59
ZNF32 -0.52 -0.61
C8orf59 -0.51 -0.63
MTIF3 -0.50 -0.56
PPP2R3C -0.50 -0.58
C12orf45 -0.49 -0.60
CWC15 -0.48 -0.56
OXSM -0.47 -0.55
C11orf74 -0.47 -0.57

Section III. Gene Ontology annotation

Molecular function 去的术语 Evidence Neuro keywords PubMed ID
GO:0000166 核苷酸结合 IEA -
GO:0005515 protein binding 新闻学会 17353931
GO:0005524 ATP结合 IEA -
GO:0004674 蛋白质丝氨酸/苏氨酸激酶活性 IEA -
GO:0016740 transferase activity IEA -
Biological process 去的术语 Evidence Neuro keywords PubMed ID
GO:0006468 蛋白氨基酸磷酸化 IEA -
GO:0006468 蛋白氨基酸磷酸化 塔斯 8786104
GO:0016055 Wnt受体信号通路 IEA -
GO:0006281 DNA修复 塔斯 8786104
去：0007165 signal transduction 塔斯 8786104
细胞分量 去的术语 Evidence Neuro keywords PubMed ID
GO:0005737 细胞质 IEA -

第四节。蛋白质蛋白相互作用注释

Interactors Aliases B Official full name B Experimental 资源 PubMed ID
AKAP9 AKAP350 | AKAP450 | CG-NAP | HYPERION | KIAA0803 | MU-RMS-40.16A | PRKA9 | YOTIAO A kinase (PRKA) anchor protein (yotiao) 9 - HPRD，Biogrid 12270714
ARFGAP1 ARF1GAP | HRIHFB2281 | MGC39924 ADP-ribosylation factor GTPase activating protein 1 - HPRD 12181329
DVL1 DVL |MGC54245 dishevelled, dsh homolog 1 (Drosophila) - HPRD，Biogrid 11818547
DVL3 KIAA0208 dishevelled, dsh homolog 3 (Drosophila) 两个杂交 BioGRID 16189514
GJA1 CX43 |DFNB38 |Gjal |奇数 gap junction protein, alpha 1, 43kDa - HPRD，Biogrid 12270943
MCC DKFZP762O1615 |FLJ38893 |FLJ46755 |MCC1 mutated in colorectal cancers 亲和力捕获ms BioGRID 17353931
per1 MGC88021 |per |里格|hper period homolog 1 (Drosophila) - HPRD，Biogrid 11165242
per1 MGC88021 |per |里格|hper period homolog 1 (Drosophila) CSNK1D（CKI-DELTA）与PER1相互作用并磷酸化。这种相互作用是在人CKI-DELTA和小鼠PER1之间的相互作用上建模的。 BIND 15800623
PER2 FASPS | KIAA0347 period homolog 2 (Drosophila) CSNK1D（Ckidelta）与PER2相互作用。 BIND 15800623
PER3 GIG13 period homolog 3 (Drosophila) - HPRD 11865049
PER3 GIG13 period homolog 3 (Drosophila) CSNK1D (CKI-delta) interacts with and phosphorylates PER3. BIND 15800623
PPP1R14A CPI-17 |CPI17 |ppp1inl protein phosphatase 1, regulatory (inhibitor) subunit 14A - HPRD 15003508
TP53 FLJ92943 |LFS1 |trp53 |p53 tumor protein p53 - HPRD 9349507


V.途径注释

Pathway name Pathway size ＃szgr 2.0基因 Info
KEGG HEDGEHOG SIGNALING PATHWAY 56 42 该途径中的所有SZGR 2.0基因
kegg间隙交界处 90 68 该途径中的所有SZGR 2.0基因
Kegg昼夜节律哺乳动物 13 13 该途径中的所有SZGR 2.0基因
BIOCARTA P35ALZHEIMERS PATHWAY 11 9 该途径中的所有SZGR 2.0基因
BIOCARTA P53HYPOXIA PATHWAY 23 21 该途径中的所有SZGR 2.0基因
BIOCARTA CK1 PATHWAY 17 17 该途径中的所有SZGR 2.0基因
Biocarta Wnt途径 26 24 该途径中的所有SZGR 2.0基因
WNT SIGNALING 89 71 该途径中的所有SZGR 2.0基因
PID BETA CATENIN DEG PATHWAY 18 17 该途径中的所有SZGR 2.0基因
PID FOXO PATHWAY 49 43 该途径中的所有SZGR 2.0基因
PID刺猬Gli途径 48 35 该途径中的所有SZGR 2.0基因
PID P53 REGULATION PATHWAY 59 50 该途径中的所有SZGR 2.0基因
REACTOME CELL CYCLE 421 253 该途径中的所有SZGR 2.0基因
Reactome细胞周期有丝分裂 325 185 该途径中的所有SZGR 2.0基因
REACTOME RECRUITMENT OF MITOTIC CENTROSOME PROTEINS AND COMPLEXES 66 43 该途径中的所有SZGR 2.0基因
REACTOME LOSS OF NLP FROM MITOTIC CENTROSOMES 59 38 该途径中的所有SZGR 2.0基因
REACTOME MITOTIC G2 G2 M PHASES 81 50 该途径中的所有SZGR 2.0基因
Reactome昼夜节律 53 40 该途径中的所有SZGR 2.0基因
NAKAMURA TUMOR ZONE PERIPHERAL VS CENTRAL DN 634 384 该途径中的所有SZGR 2.0基因
WATANABE RECTAL CANCER RADIOTHERAPY RESPONSIVE UP 108 67 该途径中的所有SZGR 2.0基因
DIAZ CHRONIC MEYLOGENOUS LEUKEMIA UP 1382 904 该途径中的所有SZGR 2.0基因
CHARAFE BREAST CANCER LUMINAL VS BASAL UP 380 215 该途径中的所有SZGR 2.0基因
Borczuk恶性间皮瘤 305 185 该途径中的所有SZGR 2.0基因
NAGASHIMA NRG1 SIGNALING UP 176 123 该途径中的所有SZGR 2.0基因
Kim WT1靶向 214 155 该途径中的所有SZGR 2.0基因
RODRIGUES THYROID CARCINOMA ANAPLASTIC UP 722 443 该途径中的所有SZGR 2.0基因
ENK UV RESPONSE EPIDERMIS DN 508 354 该途径中的所有SZGR 2.0基因
ENK UV响应角质形成细胞 530 342 该途径中的所有SZGR 2.0基因
MARKEY RB1 ACUTE LOF UP 215 137 该途径中的所有SZGR 2.0基因
GRAESSMANN APOPTOSIS BY DOXORUBICIN DN 1781年 1082 该途径中的所有SZGR 2.0基因
GRAESSMANN RESPONSE TO MC AND DOXORUBICIN DN 770 415 该途径中的所有SZGR 2.0基因
Rashi对电离辐射4的响应4 61 34 该途径中的所有SZGR 2.0基因
DIRMEIER LMP1 RESPONSE LATE UP 57 41 该途径中的所有SZGR 2.0基因
MARTORIATI MDM4 TARGETS FETAL LIVER DN 514 319 该途径中的所有SZGR 2.0基因
考夫曼DNA再保险PAIR GENES 230 137 该途径中的所有SZGR 2.0基因
Nikolsky乳腺癌17q21 Q25 Amplicon 335 181 该途径中的所有SZGR 2.0基因
NIKOLSKY MUTATED AND AMPLIFIED IN BREAST CANCER 94 60 该途径中的所有SZGR 2.0基因
BYSTRYKH造血干细胞QTL Trans 882 572 该途径中的所有SZGR 2.0基因
IVANOVA HEMATOPOIESIS STEM CELL 254 164 该途径中的所有SZGR 2.0基因
LEE AGING NEOCORTEX UP 89 59 该途径中的所有SZGR 2.0基因
VARELA ZMPSTE24 TARGETS UP 40 30 该途径中的所有SZGR 2.0基因
BILD HRAS ONCOGENIC SIGNATURE 261 166 该途径中的所有SZGR 2.0基因
DOUGLAS BMI1 TARGETS DN 314 188 该途径中的所有SZGR 2.0基因
ZHANG BREAST CANCER PROGENITORS DN 145 93 该途径中的所有SZGR 2.0基因
Yoshimura mapk8靶向 1305 895 该途径中的所有SZGR 2.0基因
Shedden肺癌的生存率差A6 456 285 该途径中的所有SZGR 2.0基因
Boyault肝癌子类G3 UP 188 121 该途径中的所有SZGR 2.0基因
YAGI AML WITH INV 16 TRANSLOCATION 422 277 该途径中的所有SZGR 2.0基因
MARSON FOXP3 TARGETS UP 66 43 该途径中的所有SZGR 2.0基因
MARTENS TRETINOIN RESPONSE DN 841 431 该途径中的所有SZGR 2.0基因
Pilon KLF1靶向DN 1972年 1213 该途径中的所有SZGR 2.0基因
wakabayashi脂肪生成PPARG RXRA绑定8D 882 506 该途径中的所有SZGR 2.0基因
ZWANG CLASS 3 TRANSIENTLY INDUCED BY EGF 222 159 该途径中的所有SZGR 2.0基因

Section VI. microRNA annotation

miRNA family 目标位置 mirna id miRNA seq
UTR start UTR end Match method
mir-185 115 121 1A hsa-miR-185脑 Uggagaaaggcaguuc
mir-194 50 56 m8 hsa-miR-194 UGUAACAGCAACUCCAUGUGGA
mir-27 16 22 1A hsa-miR-27a脑 UUCACAGUGGCUAAGUUCCGC
hsa-miR-27b脑 UUCACAGUGGCUAAGUUCUGC
mir-33 30 36 m8 HSA-MIR-33 GUGCAUUGUAGUUGCAUUG
HSA-MIR-33B Gugcauugcuguugcauugca
miR-346 24 31 1A,m8 HSA-MIR-346脑 UGUCUGCCCGCAUGCCUGCCUCU
miR-543 98 104 1A HSA-MIR-543 AAACAUUCGCGGUGCACUUCU