SZGR2 - Beplay体育中心

Summary？

基因	1459
象征	CSNK2A2
Synonyms	ck2a2 \| ck2alpha'\| csnk2a1
Description	酪蛋白激酶2α2
Reference	MIM：115442\|HGNC:HGNC:2459\|ENSEMBL：ENSG00000070770\|HPRD：00279\|Vega:OTTHUMG00000133488
基因类型	蛋白质编码
Map location	16Q21
Pascal p-value	0.226
Sherlock p-value	0.918
胎儿β	0.006
DMG	2(# studies)
主持人	Myers' cis & trans

Gene in Data Sources

基因集名称	Method of gene set	Description	信息
CV:PGCnp	Genome-wide Association Study	GWAS
DMG：Nishioka_2013	全基因组DNA甲基化分析	作者研究了来自18例第一期精神分裂症（FESZ）和15个正常对照的18例外周血细胞中DNA的甲基化谱。	2
DMG：Vaneijk_2014	全基因组DNA甲基化分析	该数据集包括432个差异甲基化的CpG位点，对应于精神分裂症患者（n = 260）和未受影响的对照（n = 250）之间的391个独特的转录本。	2
Network	Shortest path distance of core genes in the Human protein-protein interaction network	PPI网络中最短路径的贡献：0.2826

Section I. Genetics and epigenetics annotation

Differentially methylated gene

Probe	染色体	位置	最近的基因	p（dis）	Beta (dis)	fdr（dis）	学习
CG24307225	16	58231550	CSNK2A2		-0.03	0.31	DMG：Nishioka_2013
CG08368934	16	57701455	CSNK2A2	1.28e-6	2.931		DMG：Vaneijk_2014

eQTL annotation

SNP ID	染色体	位置	主持人	Gene Entrez ID	pvalue	QVALUE	TSS距离	EQTL类型
rs11230726	Chr11	61275103	CSNK2A2	1459		0.1		反式

第二节。转录组注释

一般基因表达（GTEX）

Devlopment期间的基因表达（BrainCloud）

Footnote:
A total of 269 time points ploted, with n=38 fetal samples (x=1:38). Each triangle represents one time point.

时间变化的基因表达（brainspan）

Footnote:
SC：亚皮质区域；SM：感觉运动区域；FC：额叶皮层；和TP：颞顶皮层
ST1：胎儿（13-26个概念后周），ST2：婴儿早期至童年（4个月至11年）和ST3：青春期至成年期（13-23年）
所示的栏表示表达分布的较低25％和上层25％。

No co-expressed genes in brain regions

第三节。基因本体论注释

分子功能	去学期	证据	神经关键字	PubMed ID
去：0000166	nucleotide binding	IEA		-
去：0005524	ATP binding	IEA		-
去：0004674	protein serine/threonine kinase activity	IEA		-
GO：0016740	转移酶活性	IEA		-
GO：0047485	protein N-terminus binding	IPI		11972058
生物过程	去学期	证据	神经关键字	PubMed ID
去：0006468	protein amino acid phosphorylation	IEA		-
GO：0016055	Wnt receptor signaling pathway	IEA		-
GO：0051726	regulation of cell cycle	IEA		-

Section IV. Protein-protein interaction annotation

互动者	别名b	官方全名b	实验	Source	PubMed ID
arr3	arrx	逮捕素3，视网膜（X-arrestin）	生化活动	Biogrid	11877451
ATF1	ews-atf1 \|FUS/ATF-1 \|Treb36	activating transcription factor 1	-	HPRD,BioGRID	9685505
ATF2	CRE-BP1 \| CREB2 \| HB16 \| MGC111558 \| TREB7	activating transcription factor 2	-	HPRD,BioGRID	9685505
BRF1	BRF \| FLJ42674 \| FLJ43034 \| GTF3B \| MGC105048 \| TAF3B2 \| TAF3C \| TAFIII90 \| TF3B90 \| TFIIIB90 \| hBRF	BRF1homolog, subunit of RNA polymerase III transcription initiation factor IIIB (S. cerevisiae)	亲和力捕获 - 韦斯特恩	Biogrid	11997511
克雷布	CBP \| KAT3A \| RSTS	CREB结合蛋白	-	HPRD,BioGRID	9685505
CSN3	CSN10 \|CSNK \|KCA	casein kappa	-	HPRD	11827172
CSNK2B	CK2B \| CK2N \| CSK2B \| G5A \| MGC138222 \| MGC138224	酪蛋白激酶2，β多肽	-	HPRD,BioGRID	9571630
CSNK2B	CK2B \| CK2N \| CSK2B \| G5A \| MGC138222 \| MGC138224	酪蛋白激酶2，β多肽	CK2-Alpha的亚基与CK2-BETA亚基相互作用。	绑定	7768894
FGF1	AFGF \|ECGF \|ECGF-beta \|ECGFA \|ECGFB \|fgf-alpha \|fgfa \|glio703 \|HBGF1	fibroblast growth factor 1 (acidic)	-	HPRD,BioGRID	12145206
FGF2	BFGF \| FGFB \| HBGF-2	fibroblast growth factor 2 (basic)	重构的复合物	Biogrid	12145206
FGF2	BFGF \| FGFB \| HBGF-2	fibroblast growth factor 2 (basic)	-	HPRD	7735329
fos	AP-1 \|c-fos	V-FOS FBJ鼠骨肉瘤病毒性癌基因同源物	-	HPRD,BioGRID	9685505
GDNF	ATF1 \|atf2 \|HFB1-GDNF	神经胶质细胞得出的神经营养因子	-	HPRD	9685505
HSP90AA1	FLJ31884 \|HSP86 \|HSP89A \|HSP90A \|HSP90N \|HSPC1 \|HSPCA \|HSPCAL1 \|HSPCAL4 \|HSPN \| Hsp89 \| Hsp90 \| LAP2	heat shock protein 90kDa alpha (cytosolic), class A member 1	-	HPRD,BioGRID	7794926
HSP90B1	ECGP \| GP96 \| GRP94 \| TRA1	热休克蛋白90KDAβ（GRP94），成员1	-	HPRD,BioGRID	11557039
六月	AP-1 \|AP1 \|C-Jun	jun oncogene	Far Western 重构的复合物	Biogrid	9685505
KLF1	eklf	类似Kruppel的因子1（红细胞）	-	HPRD,BioGRID	9722526
MAPK14	CSBP1 \|CSBP2 \|CSPB1 \|Exip \|mxi2 \|PRKM14 \|PRKM15 \|RK \|SAPK2A \|p38 \| p38ALPHA	有丝分裂原激活的蛋白激酶14	-	HPRD	10747897
Mgmt	-	O-6-甲基鸟嘌呤-DNA甲基转移酶	生化活动	Biogrid	10667577
NAP1L4	MGC4565 \| NAP2 \| NAP2L \| hNAP2	核小体组装蛋白1类样4	-	HPRD	10764593
NCL	C23 \| FLJ45706	核苷	亲和力捕获 - 韦斯特恩生化活动 Far Western	Biogrid	8663258
PAK1	MGC130000 \|MGC130001 \|pakalpha	P21蛋白（CDC42/RAC）激活激酶1	-	HPRD	10938077
PIN1	国防部\|UBL5	肽基丙基顺式/反式异构酶，NIMA相互作用1	-	HPRD,BioGRID	11940573
PRNP	ascr \|CD230 \|CJD \|GSS \|MGC26679 \|prip \|prp \|PRP27-30 \|PRP33-35C \|PRPC \| prion	王子protein	PRPC与CSNK2A2（CK2 Alpha Prime）相互作用。这种相互作用是在牛PRPC和人CSNK2A2（CK2 alpha Prime）之间的相互作用上建模的。	绑定	11062072
PTEN	10q23del \|BZS \|MGC11227 \|姆姆\|mmac1 \|pten1 \|tep1	磷酸酶和长素同源物	生化活动重构的复合物	Biogrid	12297295
RELA	MGC131774 \|NFKB3 \|P65	V-REL网状内皮症病毒性癌基因同源物A（Avian）	亲和力捕获 - 韦斯特恩生化活动	Biogrid	10938077
RNPS1	E5.1 \|MGC117332	RNA binding protein S1, serine-rich domain	Affinity Capture-MS	Biogrid	17353931
top1	topi	topoisomerase (DNA) I	生化活动	Biogrid	2998765

Section V. Pathway annotation

路径名	路径大小	# SZGR 2.0 genes in pathway	信息
KEGG WNT SIGNALING PATHWAY	151	112	All SZGR 2.0 genes in this pathway
KEGG ADHERENS JUNCTION	75	53	All SZGR 2.0 genes in this pathway
KEGG TIGHT JUNCTION	134	86	All SZGR 2.0 genes in this pathway
pid nfkappab非典型途径	17	15	All SZGR 2.0 genes in this pathway
PID DNA PK PATHWAY	16	10	All SZGR 2.0 genes in this pathway
PID Ecadherin新生AJ途径	39	33	All SZGR 2.0 genes in this pathway
PID P38 ALPHA BETA DOWNSTREAM PATHWAY	38	29	All SZGR 2.0 genes in this pathway
REACTOME DEVELOPMENTAL BIOLOGY	396	292	All SZGR 2.0 genes in this pathway
Reactome Axon指导	251	188	All SZGR 2.0 genes in this pathway
REACTOME L1CAM INTERACTIONS	86	62	All SZGR 2.0 genes in this pathway
REACTOME SIGNAL TRANSDUCTION BY L1	34	25	All SZGR 2.0 genes in this pathway
ONKEN UVEAL MELANOMA DN	526	357	All SZGR 2.0 genes in this pathway
CHARAFE BREAST CANCER LUMINAL VS BASAL DN	455	304	All SZGR 2.0 genes in this pathway
MULLIGHAN NPM1 SIGNATURE 3 DN	162	116	All SZGR 2.0 genes in this pathway
Senese HDAC3靶向DN	536	332	All SZGR 2.0 genes in this pathway
Provenzani转移	194	112	All SZGR 2.0 genes in this pathway
ENK UV响应表皮DN	508	354	All SZGR 2.0 genes in this pathway
berenjeno由Rhoa Up Troment	536	340	All SZGR 2.0 genes in this pathway
Roylance乳腺癌16Q复制号码	63	44	All SZGR 2.0 genes in this pathway
PUJANA BRCA1 PCC网络	1652	1023	All SZGR 2.0 genes in this pathway
BUYTAERT PHOTODYNAMIC THERAPY STRESS UP	811	508	All SZGR 2.0 genes in this pathway
DEN与LCA5相互作用	26	21	All SZGR 2.0 genes in this pathway
Magrangeas多发性骨髓瘤Igll vs Iglk	42	24	All SZGR 2.0 genes in this pathway
Sesto对UV C8的反应	72	56	All SZGR 2.0 genes in this pathway
阿尔茨海默氏症疾病初期	390	242	All SZGR 2.0 genes in this pathway
KAYO AGING MUSCLE UP	244	165	All SZGR 2.0 genes in this pathway
阿尔茨海默氏症疾病	1691	1088	All SZGR 2.0 genes in this pathway
MATZUK SPERMATOZOA	114	77	All SZGR 2.0 genes in this pathway
Bhati G2M被2methoxyestradiol DN逮捕	127	75	All SZGR 2.0 genes in this pathway
FIRESTEIN PROLIFERATION	175	125	All SZGR 2.0 genes in this pathway
Hoshida肝癌亚类S2	115	74	All SZGR 2.0 genes in this pathway
WANG RESPONSE TO GSK3 INHIBITOR SB216763 UP	397	206	All SZGR 2.0 genes in this pathway
lu eszh2靶向DN	414	237	All SZGR 2.0 genes in this pathway
PILON KLF1 TARGETS DN	1972	1213	All SZGR 2.0 genes in this pathway

第六节。microRNA注释

mirna家族	Target position			miRNA ID	mirna seq
mirna家族	UTR开始	UTR结束	匹配方法	miRNA ID	mirna seq
miR-181	191	197	1a	HSA-MIR-181A^brain	AACAUUCAACGCUGUCGGUGAGU
				HSA-MIR-181B^SZ	AACAUUCAUUGCUGUCGGUGGG
				HSA-MIR-181C^brain	AACAUUCAACCUGUCGGUGAGU
				HSA-MIR-181D^brain	aacauucauuguugucggggguggguu
mir-208	70	77	1A，M8	hsa-miR-208	auaagacgaaaaaagcuugu
miR-23	256	263	1A，M8	HSA-MIR-23A^brain	AUCACAUUGCCAGGGAUUUCC
miR-23	256	263	1A，M8	HSA-MIR-23B^brain	AUCACAUUGCCAGGGAUUACC
mir-323	256	262	1a	hsa-miR-323^brain	gcacauuacggucgaccucu
mir-346	105	111	1a	hsa-miR-346^brain	UGUCUGCCCGCAUGCCUGCCUCU
mir-433-5p	167	173	1a	HSA-MIR-433-5p	UACGGGUGAGCCUGUCAUUUUC
miR-496	193	199	1a	HSA-MIR-496	Auuacauggccaaucuc
miR-499	71	77	1a	HSA-MIR-499	UUAAGACUUGCAGUGAUGUUUAA

SZ：在精神分裂症患者的脑皮质中差异表达的miRNA与使用微阵列进行对照样品进行比较。点击hereto see the list of SZ related miRNAs.
大脑：基于miRNA微阵列表达研究在大脑中表达的miRNA。点击here查看与大脑相关的miRNA列表。

Gene Page:CSNK2A2