基因页：CNTN4

Summary？
基因ID 152330
Symbol CNTN4
同义词 AXCAM|BIG-2
描述 Contactin 4
参考 MIM：607280|HGNC：HGNC：2174|ENSEMBL：ENSG00000144619|HPRD：16239|Vega：Otthumg00000119031
基因类型 蛋白质编码
地图位置 3P26.3
胎儿β 1.652
主持人 前扣带回皮层BA24
迈尔斯的顺式和跨性别
支持 细胞粘附和透射信号传导
潜在的突触基因

基因in Data Sources
基因集名称 基因组方法 描述 信息
简历：Gwascat 全基因组关联研究 This data set includes 560 SNPs associated with schizophrenia. A total of 486 genes were mapped to these SNPs within 50kb.
CV:GWASdb 全基因组关联研究 精神分裂症的GWASDB记录
简历：PGC128 全基因组协会研究 多达36,989例和113,075个对照的多阶段精神分裂症GWA。由PGC的精神分裂症工作组报告。128个跨越108个基因座的独立协会
简历：PGCNP 全基因组协会研究 GWAS
PMID：cooccur 高通量文献搜索 PubMed中的系统搜索与SCZ关键字共发生的基因。总共包括3027个基因。
Literature 高通量文献搜索 与精神分裂症Co-occurance关键词:schizophrenia,schizophrenias 点击显示详细信息
go_annotation 将与神经相关的关键字映射到基因本体论注释 Hits with neuro-related keywords: 9

Section I. Genetics and epigenetics annotation

@简历：PGC128

SNP ID 染色体 位置 等位基因 p Function 基因 向上/向下距离
RS17194490 CHR3 2547786 TG 4.865e-11 内含子 CNTN4

@EQTL注释

SNP ID 染色体 位置 主持人 Gene Entrez ID PVALUE QVALUE TSS距离 eQTL type
RS7370564 0 CNTN4 152330 0.09 反式
RS13068096 3 2518282 CNTN4 ENSG00000144619.10 1.20428E-6 0.04 377785 gtex_brain_ba24
RS34163547 3 2519380 CNTN4 ENSG00000144619.10 1.22317E-6 0.04 378883 gtex_brain_ba24
rs11706456 3 2522747 CNTN4 ENSG00000144619.10 7.67373E-7 0.04 382250 gtex_brain_ba24

第二节。转录组注释

一般基因表达（GTEX）

无法使用

Devlopment期间的基因表达（BrainCloud）

Footnote:
总共绘制了269个时间点，n = 38个胎儿样品（x = 1：38）。每个三角形代表一个时间点。

时间变化的基因表达（brainspan）

Footnote:
SC：亚皮质区域；SM：感觉运动区域；FC：额叶皮层；和TP：颞顶皮层
ST1：胎儿（13-26个概念后周），ST2：婴儿早期至童年（4个月至11年）和ST3：青春期至成年期（13-23年）
所示的栏表示表达分布的较低25％和上层25％。

大脑区域没有共表达基因


第三节。基因本体论注释

Molecular function 去学期 证据 神经关键字 pubMed ID
去：0005515 蛋白质结合 IEA -
Biological process 去学期 证据 神经关键字 pubMed ID
去：0007420 大脑发育 ISS 大脑（GO期限：7） -
去：0007413 轴突束缚 塔斯 神经元，Axon（GO术语级别：13） 15106122
去：0007411 轴突指导 塔斯 轴突(GO term level: 13) 15106122
去：0031175 神经突发育 ISS 神经元，轴突，神经突，树突（GO期限：10） -
GO：0048167 突触可塑性的调节 塔斯 突触（GO期限：8） 15106122
去：0007158 neuron adhesion 塔斯 神经元（GO期限：5） 14571131
GO：0045665 神经元分化的负调节 IMP 神经元（GO期限：10） 14571131
去：0007399 nervous system development IMP 神经突（GO期限：5） 15106122
去：0007155 细胞粘附 IEA -
细胞分量 去学期 证据 神经关键字 pubMed ID
GO：0030424 轴突 nas 神经元，轴突，神经递质（GO期限：6） 14571131
去：0005576 细胞外区域 IEA -
去：0005886 质膜 nas 15106122
GO：0031225 锚定在膜上 IEA -

Section V. Pathway annotation

路径名 路径大小 ＃szgr 2.0基因 信息
Chemnitz对前列腺素E2 DN的反应 391 222 All SZGR 2.0 genes in this pathway
周的炎症反应fima 544 308 All SZGR 2.0 genes in this pathway
剑麻结肠直肠腺瘤DN 291 176 All SZGR 2.0 genes in this pathway
lastowska神经母细胞瘤副本编号dn 800 473 All SZGR 2.0 genes in this pathway
roversi神经胶质瘤区域 44 30 All SZGR 2.0 genes in this pathway
级结肠癌 871 505 All SZGR 2.0 genes in this pathway
泰勒在急性淋巴细胞白血病中甲基化 77 52 All SZGR 2.0 genes in this pathway
Zhan多发性骨髓瘤CD1 DN 45 30 All SZGR 2.0 genes in this pathway
Mikkelsen MEF HCP带有H3K27ME3 590 403 All SZGR 2.0 genes in this pathway
CTBP1和SATB1 DN的Purbey目标 180 116 All SZGR 2.0 genes in this pathway

第六节。microRNA注释

miRNA family 目标位置 mirna id mirna seq
UTR开始 UTR结束 匹配方法
mir-129-5p 1590年 1597年 1A，M8 HSA-MIR-129脑 cuuuuugcgguggggcuugc
HSA-MIR-129-5P cuuuuugcgguggggcuugcu
mir-142-5p 1168 1174 1a HSA-MIR-142-5P cauaaaguagaaagcacuac
mir-145 107 113 1a HSA-MIR-145 GUCCAGUUUUCCCAGGAAUCCCUU
mir-148/152 208 215 1A，M8 HSA-MIR-148A ucagugcacuacaacuuugu
HSA-MIR-152脑 UCAGUGCAUGACACUUGGG
HSA-MIR-148B ucagugcaucacacaacuuugu
miR-155 785 791 M8 HSA-MIR-155 uuaaugcuaaucgugauagggg
mir-181 913 920 1A，M8 hsa-miR-181a脑 AACAUUCAACGCUGUCGGUGAGU
hsa-miR-181bSZ aacauucauugcugucggggg
hsa-miR-181c脑 aacauucaaccugucggugagu
hsa-miR-181d脑 aacauucauuguugucggggguggguu
MiR-200BC/429 1516年 1522 M8 hsa-miR-200b uaauacugccugguaaugaugac
hsa-miR-200c uaauacugccggguaaugaugg
HSA-MIR-429 uaauacuguguguguguguaaaaaccgu
miR-25/32/92/363/367 703 710 1A，M8 HSA-MIR-25脑 Cauugcacuugucucggucuga
HSA-MIR-32 uauugcacauacuaaguugc
HSA-MIR-92 uauugcacuugucccgcgcug
HSA-MIR-367 AAUUGCACUUUAGCAAUGGUGA
HSA-MIR-92BSZ uauugcacucgucccgcgcuc
mir-30-5p 246 252 1a hsa-miR-30a-5p uguaaaacauccuccugagaag
HSA-MIR-30C脑 UGUAAACAUCCUACACUCUCAGC
HSA-MIR-30DSZ UGUAAACAUCCCCGACUGGAAG
HSA-MIR-30BSZ uguaaacauccuaccucucagcu
HSA-MIR-30E-5P uguaaacauccuugacugga
mir-33 205 211 M8 HSA-MIR-33 Gugcauuguuguugcauug
HSA-MIR-33b Gugcauugcuguugcauugca
miR-362 463 469 M8 HSA-MIR-362 aauccuuggaaccuaggugugugugugugagu
miR-365 142 148 1a HSA-MIR-365 UAAUGCCCCUAAAAAUCCUUAU
mir-369-3p 276 282 1a HSA-MIR-369-3P aauauacaugguugaucuuu
miR-374 276 282 M8 HSA-MIR-374 uuauaauacaAccugauaagug
mir-376c 1560 1566 M8 HSA-MIR-376C aacauagaggaaauuccacg
mir-410 278 284 1a HSA-MIR-410 AAUAUAACACAGAUGGCCUGU
mir-448 262 268 M8 hsa-miR-448 uugcauauguaggauguccccau
mir-9 237 243 M8 HSA-MIR-9SZ ucuuuguuaucuagcuguauga