Gene Page:CYLD

概括?
基因 1540
Symbol CYLD
Synonyms BRSS|CDMT|CYLD1|CYLDI|EAC|MFT|MFT1|SBS|TEM|USPL2
Description CYLD lysine 63 deubiquitinase
Reference MIM:605018|HGNC：HGNC：2584|Ensembl:ENSG00000083799|HPRD:05427|Vega:OTTHUMG00000173404
Gene type protein-coding
Map location 16q12.1
Pascal p-value 0.01
Sherlock p-value 0.811
eGene Myers' cis & trans
Support G2Cdb.human_BAYES-COLLINS-HUMAN-PSD-FULL
G2Cdb.human_BAYES-COLLINS-MOUSE-PSD-CONSENSUS
G2Cdb.humanPSD
G2Cdb.humanPSP

数据源中的基因
Gene set name Method of gene set Description Info
CV:PGCnp Genome-wide Association Study GWAS
GSMA_IIE Genome scan meta-analysis (European-ancestry samples) Psr: 0.01775

Section I. Genetics and epigenetics annotation

@eQTL annotation

SNP ID Chromosome Position eGene Gene Entrez ID pvalue qvalue TSS distance eQTL type
RS17432174 chr6 37290840 CYLD 1540 0.19 trans
RS10898193 chr11 71197082 CYLD 1540 0.06 trans
rs11233977 chr11 71221604 CYLD 1540 0.07 trans
rs4366501 chr11 133380324 CYLD 1540 0.14 trans
rs6574512 chr14 26077513 CYLD 1540 0.03 trans

Section II. Transcriptome annotation

General gene expression (GTEx)

Not available

Gene expression of temporal and spatial changes (BrainSpan)

Footnote:
SC: sub-cortical regions; SM: sensory-motor regions; FC: frontal cortex; and TP: temporal-parietal cortex
某羊乳酪l (13 - 26 postconception weeks), ST2: early infancy to late childhood (4 months to 11 years), and ST3: adolescence to adulthood (13 - 23 years)
The bar shown representes the lower 25% and upper 25% of the expression distribution.

No co-expressed genes in brain regions


Section III. Gene Ontology annotation

Molecular function 去的术语 Evidence Neuro keywords PubMed ID
GO:0003735 核糖体的结构成分 IEA -
GO:0004221 泛素thiolesterase活动 NAS -
GO:0008234 cysteine-type peptidase activity IEA -
GO:0008233 peptidase activity IEA -
生物过程 去的术语 Evidence Neuro keywords PubMed ID
GO:0006511 ubiquitin-dependent protein catabolic process NAS -
GO:0006412 translation IEA -
GO:0045786 negative regulation of cell cycle IEA -
Cellular component 去的术语 Evidence Neuro keywords PubMed ID
GO:0005840 核糖体 IEA -
GO:0005856 cytoskeleton NAS 10835629
GO:0005622 intracellular IEA -
GO:0005737 cytoplasm IEA -

Section V. Pathway annotation

Pathway name Pathway size # SZGR 2.0 genes in pathway Info
KEGG RIG I LIKE RECEPTOR SIGNALING PATHWAY 71 51 该途径中的所有SZGR 2.0基因
PID NFKAPPAB CANONICAL PATHWAY 23 20 该途径中的所有SZGR 2.0基因
PID TNF途径 46 33 该途径中的所有SZGR 2.0基因
REACTOME NEGATIVE REGULATORS OF RIG I MDA5 SIGNALING 31 19 该途径中的所有SZGR 2.0基因
REACTOME RIG I MDA5 MEDIATED INDUCTION OF IFN ALPHA BETA PATHWAYS 73 57 该途径中的所有SZGR 2.0基因
REACTOME INNATE IMMUNE SYSTEM 279 178 该途径中的所有SZGR 2.0基因
REACTOME IMMUNE SYSTEM 933 616 该途径中的所有SZGR 2.0基因
REACTOME NOD1 2 SIGNALING PATHWAY 30 22 该途径中的所有SZGR 2.0基因
REACTOME NUCLEOTIDE BINDING DOMAIN LEUCINE RICH REPEAT CONTAINING RECEPTOR NLR SIGNALING PATHWAYS 46 33 该途径中的所有SZGR 2.0基因
ZHONG RESPONSE TO AZACITIDINE AND TSA UP 183 119 该途径中的所有SZGR 2.0基因
DEURIG T CELL PROLYMPHOCYTIC LEUKEMIA DN 320 184 该途径中的所有SZGR 2.0基因
CHARAFE BREAST CANCER LUMINAL VS BASAL DN 455 304 该途径中的所有SZGR 2.0基因
OSWALD HEMATOPOIETIC STEM CELL IN COLLAGEN GEL DN 275 168 该途径中的所有SZGR 2.0基因
RODRIGUES THYROID CARCINOMA POORLY DIFFERENTIATED DN 805 505 该途径中的所有SZGR 2.0基因
RODRIGUES THYROID CARCINOMA ANAPLASTIC DN 537 339 该途径中的所有SZGR 2.0基因
Scheidereit IKK目标 18 15 该途径中的所有SZGR 2.0基因
DUTTA APOPTOSIS VIA NFKB 33 25 该途径中的所有SZGR 2.0基因
Scheidereit IKK相互作用蛋白 58 45 该途径中的所有SZGR 2.0基因
TOMLINS PROSTATE CANCER DN 40 33 该途径中的所有SZGR 2.0基因
NUYTTEN EZH2 TARGETS UP 1037 673 该途径中的所有SZGR 2.0基因
FERREIRA EWINGS SARCOMA UNSTABLE VS STABLE DN 98 59 该途径中的所有SZGR 2.0基因
BENPORATH NANOG TARGETS 988 594 该途径中的所有SZGR 2.0基因
STEGMEIER PRE-MITOTIC CELL CYCLE REGULATORS 11 8 该途径中的所有SZGR 2.0基因
BASSO B LYMPHOCYTE NETWORK 143 96 该途径中的所有SZGR 2.0基因
XU GH1 AUTOCRINE TARGETS UP 268 157 该途径中的所有SZGR 2.0基因
WANG SMARCE1 TARGETS UP 280 183 该途径中的所有SZGR 2.0基因
KRIGE RESPONSE TO TOSEDOSTAT 6HR UP 953 554 该途径中的所有SZGR 2.0基因
KRIGE RESPONSE TO TOSEDOSTAT 24HR UP 783 442 该途径中的所有SZGR 2.0基因
MARSON BOUND BY FOXP3 STIMULATED 1022 619 该途径中的所有SZGR 2.0基因
MASSARWEH TAMOXIFEN RESISTANCE UP 578 341 该途径中的所有SZGR 2.0基因
DE YY1 TARGETS DN 92 64 该途径中的所有SZGR 2.0基因
Smid乳腺癌正常 476 285 该途径中的所有SZGR 2.0基因
BONOME OVARIAN CANCER SURVIVAL OPTIMAL DEBULKING 246 152 该途径中的所有SZGR 2.0基因
BOQUEST STEM CELL CULTURED VS FRESH UP 425 298 该途径中的所有SZGR 2.0基因
FIRESTEIN PROLIFERATION 175 125 该途径中的所有SZGR 2.0基因
GRESHOCK CANCER COPY NUMBER UP 323 240 该途径中的所有SZGR 2.0基因
LEE EARLY T LYMPHOCYTE DN 57 36 该途径中的所有SZGR 2.0基因
POOLA INVASIVE BREAST CANCER UP 288 168 该途径中的所有SZGR 2.0基因
Yagi AML与T 9 11易位 130 87 该途径中的所有SZGR 2.0基因
开罗肝母细胞瘤课程DN 210 141 该途径中的所有SZGR 2.0基因
CAIRO LIVER DEVELOPMENT DN 222 141 该途径中的所有SZGR 2.0基因
ZHAN MULTIPLE MYELOMA PR DN 44 34 该途径中的所有SZGR 2.0基因
Sengupta EBNA1反相关 173 85 该途径中的所有SZGR 2.0基因
PILON KLF1 TARGETS UP 504 321 该途径中的所有SZGR 2.0基因
PILON KLF1 TARGETS DN 1972 1213 该途径中的所有SZGR 2.0基因
GOBERT OLIGODENDROCYTE DIFFERENTIATION DN 1080 713 该途径中的所有SZGR 2.0基因
IKEDA MIR133 TARGETS UP 43 27 该途径中的所有SZGR 2.0基因
WAKABAYASHI ADIPOGENESIS PPARG BOUND 8D 658 397 该途径中的所有SZGR 2.0基因
PHONG TNF RESPONSE VIA P38 PARTIAL 160 106 该途径中的所有SZGR 2.0基因
PHONG TNF RESPONSE NOT VIA P38 337 236 该途径中的所有SZGR 2.0基因
BOSCO ALLERGEN INDUCED TH2 ASSOCIATED MODULE 151 86 该途径中的所有SZGR 2.0基因

Section VI. microRNA annotation

miRNA family Target position miRNA ID miRNA seq
UTR start UTR end Match method
miR-101 5052 5058 m8 HSA-MIR-101 UACAGUACUGUGAUAACUGAAG
miR-124.1 5326 5332 1A hsa-miR-124a UUAAGGCACGCGGUGAAUGCCA
miR-130/301 190 196 m8 hsa-miR-130abrain CAGUGCAAUGUUAAAAGGGCAU
hsa-miR-301 CAGUGCAAUAGUAUUGUCAAAGC
hsa-miR-130bbrain Cagugcaaugaagggauggau
hsa-miR-454-3p UAGUGCAAUAUUGCUUAUAGGGUUU
miR-182 3054 3061 1A,m8 hsa-miR-182 UUUGGCAAUGGUAGAACUCACA
miR-19 189 195 m8 hsa-miR-19a UGUGCAAAUCUAUGCAAAACUGA
hsa-miR-19b ugugcaaauccaugcaaaacuga
miR-409-3p 5097 5104 1A,m8 hsa-miR-409-3p CGAAUGUUGCUCGGUGAACCCCU