基因页:NKX2-3
概括?
基因 | 159296 |
象征 | NKX2-3 |
同义词 | csx3 | nk2.3 | nkx2.3 | nkx2c | nkx4-3 |
描述 | NK2 HONEOBOX 3 |
参考 | MIM:606727|HGNC:HGNC:7836|Ensembl:ENSG00000119919|HPRD:05992|Vega:Otthumg0000000018887 |
基因类型 | 蛋白质编码 |
地图位置 | 10q24.2 |
Pascal P值 | 0.492 |
胎儿β | -0.466 |
DMG | 2(#研究) |
数据源中的基因
基因集名称 | 基因组方法 | 描述 | 信息 |
---|---|---|---|
简历:PGCNP | 全基因组协会研究 | GWAS | |
DMG:JAFFE_2016 | 全基因组DNA甲基化分析 | 该数据集包括与SZ患者相关的2,104个探针/CPG(n = 108),而在Bonferroni调整后的P <0.05时,其中136个对照。 | 3 |
DMG:Wockner_2014 | 全基因组DNA甲基化分析 | 该数据集包括4641个差异甲基化探针,对应于精神分裂症患者(n = 24)和对照组(n = 24)之间的2929个独特基因。 | 3 |
第一节遗传学和表观遗传学注释
差异甲基化基因
探测 | 染色体 | 位置 | 最近的基因 | p(dis) | beta(dis) | fdr(dis) | 学习 |
---|---|---|---|---|---|---|---|
CG08287265 | 10 | 101292766 | NKX2-3 | 1.81E-4 | -0.45 | 0.034 | DMG:Wockner_2014 |
CG03711485 | 10 | 101296036 | NKX2-3 | 5.285E-4 | 0.351 | 0.048 | DMG:Wockner_2014 |
CG17042009 | 10 | 101293083 | NKX2-3 | 7.16e-9 | -0.009 | 3.59E-6 | DMG:JAFFE_2016 |
第二节。转录组注释
一般基因表达(GTEX)
![无法使用](http://www.tjghsg.com/bioinfo/SZGR/GeneImg/NKX2-3_DE_GTEx.png)
Devlopment期间的基因表达(BrainCloud)
脚注:
总共绘制了269个时间点,n = 38个胎儿样品(x = 1:38)。每个三角形代表一个时间点。
时间变化的基因表达(brainspan)
脚注:
SC:亚皮质区域;SM:感觉运动区域;FC:额叶皮层;和TP:颞顶皮层
ST1:胎儿(13-26个概念后周),ST2:婴儿早期至童年(4个月至11年)和ST3:青春期至成年期(13-23岁)
所示的栏表示表达分布的较低25%和上层25%。
大脑区域没有共表达基因
V.途径注释
路径名 | 路径大小 | #szgr 2.0基因 | 信息 |
---|---|---|---|
Jaatinen造血干细胞向上 | 316 | 190 | 该途径中的所有SZGR 2.0基因 |
血清剥夺的Graessmann凋亡 | 552 | 347 | 该途径中的所有SZGR 2.0基因 |
Graessmann对MC和血清剥夺的反应 | 211 | 136 | 该途径中的所有SZGR 2.0基因 |
Benporath Suz12目标 | 1038 | 678 | 该途径中的所有SZGR 2.0基因 |
Benporath EED目标 | 1062 | 725 | 该途径中的所有SZGR 2.0基因 |
与H3K27me3的Benporath ES | 1118 | 744 | 该途径中的所有SZGR 2.0基因 |
Benporath PRC2目标 | 652 | 441 | 该途径中的所有SZGR 2.0基因 |
Affar YY1靶向DN | 234 | 137 | 该途径中的所有SZGR 2.0基因 |
Nouzova在APL中甲基化 | 68 | 39 | 该途径中的所有SZGR 2.0基因 |
H3K27me3 | 97 | 72 | 该途径中的所有SZGR 2.0基因 |
Mikkelsen MCV6 HCP带有H3K27ME3 | 435 | 318 | 该途径中的所有SZGR 2.0基因 |
黄成人组织茎模块 | 721 | 492 | 该途径中的所有SZGR 2.0基因 |
Mikkelsen NPC HCP带有H3K27ME3 | 341 | 243 | 该途径中的所有SZGR 2.0基因 |
Mikkelsen MEF HCP带有H3K27ME3 | 590 | 403 | 该途径中的所有SZGR 2.0基因 |