概括
基因 160622
象征 抓牢
同义词 塔马林
描述 GRP1(磷酸肌醇的一般受体1)相关的支架蛋白
参考 MIM:612027|HGNC:HGNC:18707|ENSEMBL:ENSG00000161835|HPRD:17077|Vega:Otthumg00000169595
基因类型 蛋白质编码
地图位置 12q13.13
Pascal P值 0.674
Sherlock P值 0.711
胎儿β -3.291
DMG 1(#研究)
主持人 迈尔斯的顺式和跨性别
支持 潜在的突触基因

数据源中的基因
基因集名称 基因组方法 描述 信息
DMG:Wockner_2014 全基因组DNA甲基化分析 该数据集包括4641个差异甲基化探针,对应于精神分裂症患者(n = 24)和对照组(n = 24)之间的2929个独特基因。 1
PMID:cooccur 高通量文献搜索 PubMed中的系统搜索与SCZ关键字共发生的基因。总共包括3027个基因。
文学 高通量文献搜索 与精神分裂症的关键字相同:精神分裂症,精神分裂症,精神分裂症,精神分裂症,精神分裂症,精神分裂症,精神分裂症 点击显示详细信息
go_annotation 将与神经相关的关键字映射到基因本体论注释 与神经相关的关键字的命中:1
网络 人蛋白蛋白质相互作用网络中核心基因的最短路径距离 PPI网络中最短路径的贡献:0.9103

第一节遗传学和表观遗传学注释

@差异甲基化基因

探测 染色体 位置 最近的基因 p(dis) beta(dis) fdr(dis) 学习
CG06292124 12 52408520 抓牢 3.166E-4 0.317 0.04 DMG:Wockner_2014

@EQTL注释

SNP ID 染色体 位置 主持人 Gene Entrez ID PVALUE QVALUE TSS距离 EQTL类型
RS9320991 CHR6 124763784 抓牢 160622 0.1 反式
RS1295400 CHR7 51138813 抓牢 160622 0.03 反式
RS10504151 CHR8 54158239 抓牢 160622 0.17 反式
RS2325670 CHR8 137854519 抓牢 160622 0.18 反式
RS7321205 CHR13 89949815 抓牢 160622 0.19 反式
RS8022005 CHR14 61345380 抓牢 160622 0.07 反式
RS16978564 CHR18 44037097 抓牢 160622 0 反式
RS4452042 CHR18 50274883 抓牢 160622 0.01 反式

第二节。转录组注释

一般基因表达(GTEX)

无法使用

Devlopment期间的基因表达(BrainCloud)

脚注:
总共绘制了269个时间点,n = 38个胎儿样品(x = 1:38)。每个三角形代表一个时间点。

时间变化的基因表达(brainspan)

脚注:
SC:亚皮质区域;SM:感觉运动区域;FC:额叶皮层;和TP:颞顶皮层
ST1:胎儿(13-26个概念后周),ST2:婴儿早期至童年(4个月至11年)和ST3:青春期至成年期(13-23年)
所示的栏表示表达分布的较低25%和上层25%。

大脑区域没有共表达基因


第三节。基因本体论注释

分子功能 去学期 证据 神经关键字 PubMed ID
去:0005515 蛋白质结合 IEA -
生物过程 去学期 证据 神经关键字 PubMed ID
去:0007165 信号转导 IEA -
细胞分量 去学期 证据 神经关键字 PubMed ID
GO:0045211 突触后膜 IEA 突触,神经递质(GO期限:5) -
GO:0045202 突触 IEA 神经元,突触,神经递质,神经胶质(GO期限:2) -
去:0005737 细胞质 IEA -
去:0005886 质膜 IEA -
GO:0030054 细胞连接 IEA -

V.途径注释

路径名 路径大小 #szgr 2.0基因 信息
Graessmann血清剥夺DN的细胞凋亡 234 147 该途径中的所有SZGR 2.0基因
阿霉素的Graessmann凋亡 1142 669 该途径中的所有SZGR 2.0基因
伊万诺娃造血细胞和祖细胞 681 420 该途径中的所有SZGR 2.0基因
OSADA ASCL1靶向 46 30 该途径中的所有SZGR 2.0基因
MILI假足趋化性DN 457 302 该途径中的所有SZGR 2.0基因
黄成人组织茎模块 721 492 该途径中的所有SZGR 2.0基因
马滕斯三维诺蛋白响应DN 841 431 该途径中的所有SZGR 2.0基因
Lee BMP2目标 745 475 该途径中的所有SZGR 2.0基因
Gobert少突胶质细胞分化DN 1080 713 该途径中的所有SZGR 2.0基因
寄养KDM1A靶向DN 211 119 该途径中的所有SZGR 2.0基因
林乳腺干细胞向上 489 314 该途径中的所有SZGR 2.0基因

第六节。microRNA注释

mirna家族 目标位置 mirna id mirna seq
UTR开始 UTR结束 匹配方法
mir-124/506 284 290 M8 HSA-MIR-506 uaaggcacccuucugugaguaga
HSA-MIR-124 UAAGGCACGCGGUGAAUGCC
mir-140 657 663 1a HSA-MIR-140 agugguuuuacccuaugguag
mir-331 519 525 M8 HSA-MIR-331 gccccugggccuauccuagaa