基因页：DCN

概括?
基因ID 1634年
Symbol DCN
同义词 CSCD|DSPG2|PG40|PGII|PGS2|SLRR1B
描述 装饰
参考 MIM：125255|HGNC:HGNC:2705|Ensembl:ENSG00000011465|HPRD：00501|
基因type protein-coding
地图位置 12q21.33
Pascal P值 0.08
Sherlock P值 0.01
Fetal beta -0.769
eGene 迈尔斯的顺式和跨性别

数据源中的基因
基因set name 基因组方法 描述 Info
简历：PGCNP 全基因组协会研究 GWAS
网络 人蛋白蛋白质相互作用网络中核心基因的最短路径距离 PPI网络中最短路径的贡献：0.0119

第一节遗传学和表观遗传学注释

@EQTL注释

SNP ID Chromosome Position eGene 基因Entrez ID PVALUE qvalue TSS distance eQTL type
RS16825495 chr2 134234401 DCN 1634年 0.18 trans
rs2922180 chr3 125280472 DCN 1634年 0.02 trans
rs2976809 chr3 125451738 DCN 1634年 0.04 trans
RS16894149 chr5 61013724 DCN 1634年 0.03 trans
rs816736 chr5 154271947 DCN 1634年 0.04 trans
rs6934246 chr6 35154494 DCN 1634年 0.1 trans
RS4723002 chr7 30725700 DCN 1634年 0.08 trans
RS4723003 chr7 30725740 DCN 1634年 0.08 trans
rs2199402 chr8 9201002 DCN 1634年 0.04 trans
rs7841407 chr8 9243427 DCN 1634年 0.01 trans
rs17134872 chr11 76139845 DCN 1634年 0.19 trans
RS11236774 chr11 76234952 DCN 1634年 0.19 trans
RS17720221 chr13 75182377 DCN 1634年 0.19 trans
rs10149864 chr14 86719683 DCN 1634年 0.08 trans
rs2253733 chr15 66299343 DCN 1634年 0.17 trans

Section II. Transcriptome annotation

基因ral gene expression (GTEx)

无法使用

Devlopment期间的基因表达（BrainCloud）

脚注：
总共绘制了269个时间点，n = 38个胎儿样品（x = 1：38）。每个三角形代表一个时间点。

基因expression of temporal and spatial changes (BrainSpan)

脚注：
SC：亚皮质区域；SM：感觉运动区域；FC：额叶皮层；和TP：颞顶皮层
ST1: fetal (13 - 26 postconception weeks), ST2: early infancy to late childhood (4 months to 11 years), and ST3: adolescence to adulthood (13 - 23 years)
The bar shown representes the lower 25% and upper 25% of the expression distribution.

Top co-expressed genes in brain regions

前10个积极共表达的基因
基因 皮尔逊的相关性 Spearman's Correlation
AKR1C1 0.92 0.95
STMN2 0.83 0.91
ACAT2 0.82 0.90
TUBA1A 0.82 0.91
TUBB3 0.82 0.91
COTL1 0.82 0.84
CDC42 0.81 0.90
TSPAN2 0.81 0.87
SMAP1 0.80 0.87
ppp3cc 0.80 0.89
前10个负共表达基因
基因 皮尔逊的相关性 Spearman's Correlation
HLA-F -0.66 -0.75
hepn1 -0.62 -0.73
SPARCL1 -0.62 -0.67
AF347015.27 -0.62 -0.81
AF347015.33 -0.62 -0.81
SLC16A11 -0.61 -0.64
AF347015.31 -0.61 -0.77
MT-CO2 -0.60 -0.78
AF347015.8 -0.59 -0.80
TSC22D4 -0.59 -0.72

Section III. Gene Ontology annotation

Molecular function GO term Evidence Neuro keywords PubMed ID
GO:0005515 protein binding IEA -
Biological process GO term Evidence Neuro keywords PubMed ID
GO:0009887 器官形态发生 塔斯 7961765
细胞分量 GO term Evidence Neuro keywords PubMed ID
GO:0005576 extracellular region IEA -
GO:0005578 蛋白质细胞外基质 IEA -
GO:0005634 核 艾达 18029348

第四节。蛋白质蛋白相互作用注释

Interactors Aliases B Official full name B Experimental 资源 PubMed ID
AHSG A2HS | AHS | FETUA | HSGA α-2-HS-糖蛋白 - HPRD，Biogrid 12071714
C1QA - complement component 1, q subcomponent, A chain - HPRD，Biogrid 1431141
COL14A1 UND collagen, type XIV, alpha 1 - HPRD，Biogrid 9252349
COL1A1 OI4 胶原蛋白，I型，Alpha 1 - HPRD 1468447|9675033
COL1A2 OI4 胶原蛋白，I型，Alpha 2 - HPRD，Biogrid 1468447|2375748
|9675033
COL2A1 anfh |AOM |col11a3 |MGC131516 |SEDC collagen, type II, alpha 1 - HPRD 10382266
Col4a1 arresten 胶原蛋白，IV型，Alpha 1 - HPRD 10382266
COL4A2 DKFZP686I14213 |FLJ22259 胶原蛋白，IV型，Alpha 2 - HPRD 10382266
Col4a3 - 胶原蛋白，IV型，Alpha 3（Goodpasture抗原） - HPRD 10382266
Col4a4 CA44 胶原蛋白，IV型，Alpha 4 - HPRD 10382266
Col4a5 asln |ATS |CA54 |MGC167109 |MGC42377 胶原蛋白，IV型，Alpha 5 - HPRD 10382266
Col4a6 MGC88184 胶原蛋白，IV型，Alpha 6 - HPRD 10382266
COL6A1 OPLL 胶原蛋白，VI型，Alpha 1 Reconstituted Complex BioGRID 1544908
EGFR ERBB | ERBB1 | HER1 | PIG61 | mENA epidermal growth factor receptor (erythroblastic leukemia viral (v-erb-b) oncogene homolog, avian) - HPRD，Biogrid 9988678|12105206
ELN FLJ38671 | FLJ43523 | SVAS | WBS | WS 弹性 - HPRD，Biogrid 11723132
FBN1 fbn |质量|MFS1 |八月|SGS |WMS fibrillin 1 - HPRD 10793130
FLNA ABP-280 |ABPX |DKFZP434P031 |fln |fln1 |FMD |MNS |NHBP |OPD |OPD1 | OPD2 filamin A, alpha (actin binding protein 280) - HPRD，Biogrid 12106908
FN1 CIG |DKFZP686F10164 |DKFZP686H0342 |DKFZP686I1370 |DKFZP686O13149 |ed-b |Finc |fn |fnz |gfnd | GFND2 | LETS | MSF fibronectin 1 - HPRD 1468447
PLA2G2A MOM1 | PLA2 | PLA2B | PLA2L | PLA2S | PLAS1 | sPLA2 磷脂酶A2，IIA组（血小板，滑液） - HPRD，Biogrid 10747008
SFTPA1B AC068139.6 | MGC133365 | PSAP | PSPA | SFTP1 | SFTPA1 surfactant protein A1B Reconstituted Complex BioGRID 12730206
sftpd colec7 |PSP-D |sftp4 |SP-D surfactant protein D - HPRD，Biogrid 12730206
TGFB1 CED | DPD1 | TGFB | TGFbeta 转化生长因子，β1 - HPRD 7638106|7798269
TGFB1 CED | DPD1 | TGFB | TGFbeta 转化生长因子，β1 Reconstituted Complex BioGRID 7798269|8093006
|9675033
TGFB2 MGC116892 | TGF-beta2 转化生长因子，beta 2 Reconstituted Complex BioGRID 9675033
THBS1 thbs |TSP |TSP1 血小板传播1 - HPRD 1550960|9328841
TNF dif |tnf-alpha |tnfa |TNFSF2 tumor necrosis factor (TNF superfamily, member 2) - HPRD，Biogrid 12387878
WISP1 CCN4 | WISP1c | WISP1i | WISP1tc WNT1 inducible signaling pathway protein 1 - HPRD 11598131


V.途径注释

Pathway name Pathway size ＃szgr 2.0基因 Info
kegg tgf beta信号通路 86 64 该途径中的所有SZGR 2.0基因
PID FRA PATHWAY 37 28 该途径中的所有SZGR 2.0基因
REACTOME CS DS DEGRADATION 12 9 该途径中的所有SZGR 2.0基因
REACTOME CHONDROITIN SULFATE BIOSYNTHESIS 21 15 该途径中的所有SZGR 2.0基因
REACTOME CHONDROITIN SULFATE DERMATAN SULFATE METABOLISM 49 33 该途径中的所有SZGR 2.0基因
REACTOME HEPARAN SULFATE HEPARIN HS GAG METABOLISM 52 33 该途径中的所有SZGR 2.0基因
Reactome糖胺聚糖代谢 111 69 该途径中的所有SZGR 2.0基因
REACTOME A TETRASACCHARIDE LINKER SEQUENCE IS REQUIRED FOR GAG SYNTHESIS 25 17 该途径中的所有SZGR 2.0基因
REACTOME METABOLISM OF CARBOHYDRATES 247 154 该途径中的所有SZGR 2.0基因
西肾上腺皮质标记DN 20 14 该途径中的所有SZGR 2.0基因
SCHUETZ BREAST CANCER DUCTAL INVASIVE UP 351 230 该途径中的所有SZGR 2.0基因
turashvili乳房正常导管与小叶DN 7 6 该途径中的所有SZGR 2.0基因
LEE NEURAL CREST STEM CELL UP 146 99 该途径中的所有SZGR 2.0基因
WAMUNYOKOLI OVARIAN CANCER LMP DN 199 124 该途径中的所有SZGR 2.0基因
KOKKINAKIS METHIONINE DEPRIVATION 48HR UP 128 95 该途径中的所有SZGR 2.0基因
kokkinakis甲硫氨酸剥夺96小时 117 84 该途径中的所有SZGR 2.0基因
甲状腺癌DN 232 154 该途径中的所有SZGR 2.0基因
Naderi乳腺癌预后DN 18 13 该途径中的所有SZGR 2.0基因
MARKEY RB1 CHRONIC LOF DN 118 78 该途径中的所有SZGR 2.0基因
BERENJENO TRANSFORMED BY RHOA FOREVER UP 19 13 该途径中的所有SZGR 2.0基因
BERENJENO TRANSFORMED BY RHOA DN 394 258 该途径中的所有SZGR 2.0基因
WONG ENDMETRIUM CANCER DN 82 53 该途径中的所有SZGR 2.0基因
PAX3 FOXO1融合的Ebauer目标 207 128 该途径中的所有SZGR 2.0基因
科科拉畸胎瘤 39 25 该途径中的所有SZGR 2.0基因
korkola蛋黄囊肿瘤 62 33 该途径中的所有SZGR 2.0基因
MARTORIATI MDM4 TARGETS FETAL LIVER DN 514 319 该途径中的所有SZGR 2.0基因
DAIRKEE TERT TARGETS UP 380 213 该途径中的所有SZGR 2.0基因
约翰逊脑癌早期与晚期DN 45 35 该途径中的所有SZGR 2.0基因
KIM MYCN AMPLIFICATION TARGETS DN 103 59 该途径中的所有SZGR 2.0基因
SHETH LIVER CANCER VS TXNIP LOSS PAM4 261 153 该途径中的所有SZGR 2.0基因
INGRAM SHH TARGETS UP 127 79 该途径中的所有SZGR 2.0基因
阿米特血清反应40 MCF10A 32 21 该途径中的所有SZGR 2.0基因
ONDER CDH1 TARGETS 2 UP 256 159 该途径中的所有SZGR 2.0基因
Jechlinger上皮到间充质转变 71 51 该途径中的所有SZGR 2.0基因
NING CHRONIC OBSTRUCTIVE PULMONARY DISEASE UP 157 105 该途径中的所有SZGR 2.0基因
阿比·lif信号2向上 14 13 该途径中的所有SZGR 2.0基因
ABRAHAM ALPC VS MULTIPLE MYELOMA UP 26 22 该途径中的所有SZGR 2.0基因
GERY CEBP目标 126 90 该途径中的所有SZGR 2.0基因
IGLESIAS E2F TARGETS UP 151 103 该途径中的所有SZGR 2.0基因
BLALOCK ALZHEIMERS DISEASE INCIPIENT UP 390 242 该途径中的所有SZGR 2.0基因
RUAN RESPONSE TO TNF UP 12 10 该途径中的所有SZGR 2.0基因
CUI TCF21 TARGETS UP 37 27 该途径中的所有SZGR 2.0基因
SIMBULAN PARP1 TARGETS UP 31 23 该途径中的所有SZGR 2.0基因
BLALOCK ALZHEIMERS DISEASE UP 1691年 1088 该途径中的所有SZGR 2.0基因
CUI TCF21 TARGETS 2 UP 428 266 该途径中的所有SZGR 2.0基因
Wang Smarce1靶向 280 183 该途径中的所有SZGR 2.0基因
URS脂肪细胞分化DN 30 20 该途径中的所有SZGR 2.0基因
JI CARCINOGENESIS BY KRAS AND STK11 DN 17 12 该途径中的所有SZGR 2.0基因
麦凯布（McCabe）由HOXC6绑定 469 239 该途径中的所有SZGR 2.0基因
RIGGI EWING SARCOMA PROGENITOR DN 191 123 该途径中的所有SZGR 2.0基因
MCCABE HOXC6 TARGETS DN 21 15 该途径中的所有SZGR 2.0基因
乳腺癌萧述三腔的DN 564 326 该途径中的所有SZGR 2.0基因
SMID BREAST CANCER NORMAL LIKE UP 476 285 该途径中的所有SZGR 2.0基因
Smid乳腺癌基础DN 701 446 该途径中的所有SZGR 2.0基因
BONOME OVARIAN CANCER SURVIVAL SUBOPTIMAL DEBULKING 510 309 该途径中的所有SZGR 2.0基因
BOQUEST STEM CELL UP 260 174 该途径中的所有SZGR 2.0基因
BOQUEST STEM CELL CULTURED VS FRESH UP 425 298 该途径中的所有SZGR 2.0基因
Labbe TGFB1靶向DN 108 64 该途径中的所有SZGR 2.0基因
WEST ADRENOCORTICAL TUMOR DN 546 362 该途径中的所有SZGR 2.0基因
BHATI G2M ARREST BY 2METHOXYESTRADIOL DN 127 75 该途径中的所有SZGR 2.0基因
Schraets MLL靶向 35 21 该途径中的所有SZGR 2.0基因
SWEET LUNG CANCER KRAS DN 435 289 该途径中的所有SZGR 2.0基因
PYEON CANCER HEAD AND NECK VS CERVICAL DN 29 11 该途径中的所有SZGR 2.0基因
CAIRO HEPATOBLASTOMA CLASSES DN 210 141 该途径中的所有SZGR 2.0基因
Nakayama软组织肿瘤PCA1向上 76 46 该途径中的所有SZGR 2.0基因
Karlsson TGFB1靶向DN 207 139 该途径中的所有SZGR 2.0基因
国外RB1目标GROWING 243 155 该途径中的所有SZGR 2.0基因
Chicas RB1目标汇合 567 365 该途径中的所有SZGR 2.0基因
PILON KLF1 TARGETS UP 504 321 该途径中的所有SZGR 2.0基因
KIM GLIS2 TARGETS UP 84 61 该途径中的所有SZGR 2.0基因
ZHU SKIL TARGETS UP 20 14 该途径中的所有SZGR 2.0基因
Bakker FOXO3靶向 61 41 该途径中的所有SZGR 2.0基因
BRIDEAU IMPRINTED GENES 63 47 该途径中的所有SZGR 2.0基因
ANASTASSIOU CANCER MESENCHYMAL TRANSITION SIGNATURE 64 40 该途径中的所有SZGR 2.0基因
Durand Stroma ns 162 103 该途径中的所有SZGR 2.0基因
ZHOU CELL CYCLE GENES IN IR RESPONSE 24HR 128 73 该途径中的所有SZGR 2.0基因
NABA蛋白聚糖 35 23 该途径中的所有SZGR 2.0基因
NABA核心母质 275 148 该途径中的所有SZGR 2.0基因
NABA矩阵 1028 559 该途径中的所有SZGR 2.0基因

Section VI. microRNA annotation

miRNA family 目标位置 mirna id miRNA seq
UTR start UTR end Match method
mir-376c 468 474 1A hsa-miR-376c AACAUAGAGGAAAUUCCACG
mir-496 470 476 1A hsa-miR-496 AUUACAUGGCCAAUCUC