基因页：DDX6

概括？
基因 1656
Symbol DDX6
Synonyms HLR2|P54|RCK
Description 死盒解旋酶6
Reference MIM：600326|HGNC：HGNC：2747|Ensembl:ENSG00000110367|HPRD:02638|
Gene type 蛋白质编码
地图位置 11q23.3
pascal p-value 0.016
胎儿β 0.666
主持人 迈尔斯的顺式和跨性别

数据源中的基因
基因集名称 Method of gene set Description 信息
CV:PGCnp 全基因组协会研究 GWAS
CV:PheWAS phenome-wide association studies (PheWAS) 157 SNPs associated with schizophrenia 0
GSMA_I 基因组扫描荟萃分析 psr: 0.006

第一节遗传学和表观遗传学注释

@CV:PheWAS

SNP ID Chromosome position Allele p 功能 Gene 向上/向下距离

@EQTL注释

SNP ID Chromosome position 主持人 Gene Entrez ID PVALUE QVALUE TSS距离 EQTL类型
RS17107307 chr1 53039245 DDX6 1656 0 反式
RS7533675 chr1 64861845 DDX6 1656 0.17 反式
RS11209636 chr1 71024708 DDX6 1656 1.979E-4 反式
rs17101052 chr1 78370990 DDX6 1656 0.02 反式
rs4001776 chr1 81605073 DDX6 1656 0.13 反式
RS17305183 chr1 94423976 DDX6 1656 0.01 反式
RS920513 chr1 120272605 DDX6 1656 0.17 反式
rs2241110 chr1 156172486 DDX6 1656 0.07 反式
SNP_A-4263591 0 DDX6 1656 0.06 反式
RS16850728 chr1 177074044 DDX6 1656 0.17 反式
rs12078096 chr1 200130068 DDX6 1656 0.02 反式
rs475416 chr1 201469606 DDX6 1656 0.01 反式
rs4915530 chr1 201489639 DDX6 1656 0.02 反式
RS17047227 chr1 218198394 DDX6 1656 0.17 反式
RS12060661 chr1 218238494 DDX6 1656 0.01 反式
rs17017737 chr2 3658723 DDX6 1656 0.15 反式
rs2712089 chr2 24080273 DDX6 1656 0.17 反式
RS11896752 chr2 70980941 DDX6 1656 0.17 反式
RS4402787 chr2 106331504 DDX6 1656 0.13 反式
rs264663 chr2 159910205 DDX6 1656 0.1 反式
rs7584986 chr2 184111432 DDX6 1656 0.01 反式
rs13418573 chr2 205418512 DDX6 1656 7.087E-4 反式
RS4408717 chr2 228232445 DDX6 1656 0.03 反式
rs17031896 chr3 3509504 DDX6 1656 0.15 反式
rs6803351 chr3 17336986 DDX6 1656 0 反式
rs11916205 chr3 17392363 DDX6 1656 0 反式
RS17043486 chr3 17399005 DDX6 1656 0 反式
RS17029249 chr3 17416384 DDX6 1656 0 反式
RS10510474 chr3 17417495 DDX6 1656 0 反式
rs17043623 chr3 17478890 DDX6 1656 0 反式
RS11128830 chr3 17481727 DDX6 1656 0 反式
rs17044097 chr3 17889750 DDX6 1656 0 反式
RS17044102 chr3 17889838 DDX6 1656 0.1 反式
RS1155107 chr3 26843376 DDX6 1656 0.17 反式
RS17029291 chr3 32402138 DDX6 1656 0.03 反式
RS4627772 0 DDX6 1656 0.02 反式
RS17079580 chr3 47363841 DDX6 1656 0.02 反式
rs2611410 chr3 60399847 DDX6 1656 0.11 反式
rs1862304 chr3 64712943 DDX6 1656 0 反式
RS7612427 chr3 103006644 DDX6 1656 0.02 反式
rs1553189 chr3 112939422 DDX6 1656 0 反式
RS16862729 chr3 187652723 DDX6 1656 6.177E-5 反式
RS4461532 chr4 37679271 DDX6 1656 0.12 反式
rs17538033 chr4 46876948 DDX6 1656 0.08 反式
rs6836259 chr4 57173074 DDX6 1656 0 反式
RS4386669 chr4 69796837 DDX6 1656 0.12 反式
rs12646252 0 DDX6 1656 0.15 反式
SNP_A-1815771 0 DDX6 1656 0.17 反式
RS1039050 chr4 81339909 DDX6 1656 0.19 反式
RS7691290 chr4 81340799 DDX6 1656 0.19 反式
RS6534931 chr4 81358504 DDX6 1656 0.19 反式
rs12645692 chr4 130887472 DDX6 1656 0.01 反式
RS4392549 chr4 158263581 DDX6 1656 0.05 反式
RS7672900 chr4 170299204 DDX6 1656 0.19 反式
RS17065363 chr4 178775387 DDX6 1656 0.17 反式
RS17065376 chr4 178778168 DDX6 1656 0.19 反式
RS4632699 chr4 182350405 DDX6 1656 0.13 反式
rs17707924 chr5 16877366 DDX6 1656 0.07 反式
RS7736397 chr5 21908405 DDX6 1656 0.05 反式
rs7729965 chr5 21910425 DDX6 1656 0.01 反式
RS16901958 chr5 44776555 DDX6 1656 0.01 反式
rs750544 chr5 51749054 DDX6 1656 0.03 反式
RS16886054 chr5 55986056 DDX6 1656 0.13 反式
RS16886056 chr5 55986175 DDX6 1656 0.13 反式
RS6878189 chr5 55987195 DDX6 1656 0.13 反式
RS6892240 chr5 55987229 DDX6 1656 0.13 反式
rs6882530 chr5 55987416 DDX6 1656 0.02 反式
RS6882818 chr5 55987580 DDX6 1656 0.12 反式
rs16872194 chr5 73975829 DDX6 1656 0.02 反式
rs749169 chr5 77161057 DDX6 1656 0 反式
rs17085165 chr5 95169502 DDX6 1656 0 反式
rs2605198 chr5 114749903 DDX6 1656 0.01 反式
rs12654569 chr5 125972281 DDX6 1656 0.02 反式
RS3812061 chr5 126213763 DDX6 1656 0.11 反式
rs17165234 chr5 126403634 DDX6 1656 1.072E-7 反式
rs12655006 chr5 126407601 DDX6 1656 0.17 反式
RS17067019 chr5 165922574 DDX6 1656 0.15 反式
RS6880907 chr5 180002432 DDX6 1656 0.17 反式
RS6940323 chr6 37456563 DDX6 1656 0.03 反式
rs12523722 chr6 40666907 DDX6 1656 0.14 反式
RS9294325 chr6 85767265 DDX6 1656 0.01 反式
rs16870406 chr6 93618926 DDX6 1656 0.02 反式
RS9385758 chr6 136729593 DDX6 1656 0.01 反式
rs2397 chr7 1004522 DDX6 1656 0.18 反式
rs17141097 chr7 19338527 DDX6 1656 0.18 反式
RS3025144 chr7 24273158 DDX6 1656 0.06 反式
RS10486575 chr7 28107379 DDX6 1656 0.02 反式
rs11489759 chr7 56393851 DDX6 1656 0.01 反式
RS3779536 chr7 127233976 DDX6 1656 0.01 反式
rs6467703 chr7 136971907 DDX6 1656 0.15 反式
RS6464150 chr7 151305583 DDX6 1656 0.01 反式
rs11137050 chr8 6527010 DDX6 1656 0.02 反式
RS4615570 chr8 13349013 DDX6 1656 0.02 反式
rs16926030 chr8 61251997 DDX6 1656 0.12 反式
RS16899786 chr8 125599624 DDX6 1656 0.16 反式
RS16925800 chr9 10315192 DDX6 1656 0 反式
rs10961079 chr9 13478522 DDX6 1656 0.01 反式
RS1041529 chr9 15549730 DDX6 1656 0.13 反式
RS10739219 chr9 108938328 DDX6 1656 0.1 反式
RS16933774 chr9 119400396 DDX6 1656 0.02 反式
RS803927 chr9 119403610 DDX6 1656 0 反式
RS10118266 chr9 119509275 DDX6 1656 0.13 反式
rs9409946 chr9 138293640 DDX6 1656 0.07 反式
rs10745380 chr9 138972860 DDX6 1656 0.07 反式
rs16924742 Chr10 24716193 DDX6 1656 0.01 反式
rs17177717 Chr10 50764502 DDX6 1656 0 反式
rs10857512 Chr10 50790189 DDX6 1656 0.01 反式
rs7915036 Chr10 64642198 DDX6 1656 0.08 反式
rs16930573 Chr10 75167645 DDX6 1656 0.01 反式
rs11595743 Chr10 78142856 DDX6 1656 0.09 反式
rs17099339 Chr10 83832303 DDX6 1656 9.007E-4 反式
RS11200847 Chr10 85855451 DDX6 1656 0 反式
snp_a-2055321 0 DDX6 1656 0.04 反式
RS7076439 Chr10 93286841 DDX6 1656 0.03 反式
rs11186601 Chr10 93287199 DDX6 1656 0.07 反式
RS1530180 Chr11 12896635 DDX6 1656 0.09 反式
RS2132190 Chr11 43393698 DDX6 1656 0.14 反式
rs10838567 Chr11 46136342 DDX6 1656 0.05 反式
rs17136959 Chr11 78373036 DDX6 1656 0 反式
rs4944213 Chr11 78395188 DDX6 1656 0 反式
rs11237884 Chr11 79233102 DDX6 1656 2.57E-5 反式
RS11821336 Chr11 82626911 DDX6 1656 0.08 反式
RS10219424 Chr11 124565387 DDX6 1656 0.11 反式
RS832723 CHR12 47613283 DDX6 1656 0.13 反式
RS7309749 CHR12 69531501 DDX6 1656 0.01 反式
RS17042851 CHR12 77469962 DDX6 1656 7.236E-5 反式
RS1566556 CHR12 101918977 DDX6 1656 0.01 反式
RS17085657 CHR13 28041054 DDX6 1656 0.14 反式
RS17054422 CHR13 37317864 DDX6 1656 6.465 e - 反式
RS11842952 CHR13 47804997 DDX6 1656 0.04 反式
rs2804085 CHR13 48955200 DDX6 1656 0.02 反式
RS9332066 CHR13 49064965 DDX6 1656 0.02 反式
RS11842662 CHR13 49160926 DDX6 1656 0.02 反式
rs17071960 CHR13 49164194 DDX6 1656 0.11 反式
RS9285167 0 DDX6 1656 0.09 反式
RS7338141 CHR13 49172775 DDX6 1656 0 反式
RS11619375 CHR13 96843552 DDX6 1656 0.03 反式
rs8001216 CHR13 98677727 DDX6 1656 0.05 反式
rs9584828 CHR13 99040306 DDX6 1656 0.05 反式
rs1610001 CHR13 100484419 DDX6 1656 5.372E-4 反式
RS17691399 CHR13 103326901 DDX6 1656 0.11 反式
RS1324669 CHR13 107872446 DDX6 1656 2.798E-26 反式
rs7332984 CHR13 108328677 DDX6 1656 0.17 反式
RS6492262 CHR13 111000751 DDX6 1656 0.04 反式
snp_a-2212061 0 DDX6 1656 3.266E-8 反式
RS808224 CHR14 58397735 DDX6 1656 0.09 反式
rs768973 CHR14 66507075 DDX6 1656 0.13 反式
rs17105029 CHR14 77399228 DDX6 1656 0.15 反式
RS17108189 CHR14 79211580 DDX6 1656 0.19 反式
RS17124250 CHR14 88668499 DDX6 1656 0.15 反式
RS10131611 CHR14 88768614 DDX6 1656 0.07 反式
RS2430355 CHR14 92355946 DDX6 1656 0 反式
RS1743505 CHR14 96143407 DDX6 1656 0.13 反式
RS2123148 CHR15 45018734 DDX6 1656 0.07 反式
rs12591795 CHR15 53565626 DDX6 1656 0.03 反式
RS272763 CHR15 53641118 DDX6 1656 5.203E-5 反式
RS782949 CHR15 61344246 DDX6 1656 3.823E-4 反式
RS1559448 CHR16 17530587 DDX6 1656 0.01 反式
rs3924428 CHR16 25934820 DDX6 1656 0.18 反式
RS17175143 CHR17 3348603 DDX6 1656 0.01 反式
rs1630431 CHR17 45181301 DDX6 1656 0.15 反式
rs11570451 CHR17 45266162 DDX6 1656 0.18 反式
rs16958358 CHR17 55502410 DDX6 1656 0.19 反式
rs16961075 CHR18 28593016 DDX6 1656 0.01 反式
RS9949772 CHR18 31042632 DDX6 1656 0.07 反式
RS621576 CHR18 32570204 DDX6 1656 0.19 反式
RS17746713 CHR18 34031439 DDX6 1656 0.02 反式
rs2112060 CHR18 62038368 DDX6 1656 0.1 反式
RS676435 CHR18 66031699 DDX6 1656 0.04 反式
RS2469009 CHR18 70713334 DDX6 1656 0 反式
RS17088584 CHR18 71610684 DDX6 1656 0.03 反式
RS733524 CHR20 11006630 DDX6 1656 0.05 反式
RS17124476 CHR20 31833763 DDX6 1656 0 反式
RS16987990 CHR20 41966000 DDX6 1656 0.08 反式
RS743152 CHR20 42569910 DDX6 1656 0 反式
RS6130486 CHR20 42573591 DDX6 1656 0 反式
RS6098023 CHR20 53113740 DDX6 1656 0.07 反式
RS17793479 CHR20 59328916 DDX6 1656 0.06 反式
RS9015 CHR21 42549006 DDX6 1656 0.02 反式
rs2838392 CHR21 45231958 DDX6 1656 1.425E-4 反式
RS3788466 CHR22 33021337 DDX6 1656 0.12 反式
RS7511209 CHR22 33030025 DDX6 1656 0.12 反式
RS16996446 CHR22 36560293 DDX6 1656 0 反式
rs7290732 CHR22 46691902 DDX6 1656 0.09 反式
rs130834 CHR22 48815310 DDX6 1656 0.01 反式
rs16985247 chrX 8865786 DDX6 1656 0.06 反式
rs17145698 chrX 40218345 DDX6 1656 9.687e-12 反式
RS17174152 chrX 70403143 DDX6 1656 0.12 反式
RS17328938 chrX 99519447 DDX6 1656 2.26e-13 反式
RS1335267 chrX 99570223 DDX6 1656 2.26e-13 反式
RS7879372 chrX 115479764 DDX6 1656 0.01 反式
RS12007645 chrX 115480438 DDX6 1656 0.01 反式
rs7065248 chrX 115510530 DDX6 1656 5.657E-5 反式
RS7880810 chrX 115521304 DDX6 1656 0.01 反式
RS2284128 chrX 133096371 DDX6 1656 0.04 反式
RS17002551 chrX 139972731 DDX6 1656 0.01 反式
RS16996714 chrX 149897486 DDX6 1656 0.1 反式

第二节。转录组注释

一般基因表达（GTEX）

无法使用

Gene expression during devlopment (BrainCloud)

Footnote:
总共绘制了269个时间点，n = 38个胎儿样品（x = 1：38）。每个三角形代表一个时间点。

Gene expression of temporal and spatial changes (BrainSpan)

Footnote:
SC：亚皮质区域；SM：感觉运动区域；FC：额叶皮层；和TP：颞顶皮层
ST1: fetal (13 - 26 postconception weeks), ST2: early infancy to late childhood (4 months to 11 years), and ST3: adolescence to adulthood (13 - 23 years)
The bar shown representes the lower 25% and upper 25% of the expression distribution.

大脑区域没有共表达基因


第三节。基因本体论注释

分子功能 去学期 证据 神经关键字 pubMed ID
GO:0000166 核苷酸结合 IEA -
去：0003723 RNA结合 IEA -
去：0003724 RNA解旋酶活性 塔斯 1579499
去：0005515 蛋白质结合 IPI 17392519
去：0005524 ATP结合 IEA -
GO:0016787 hydrolase activity IEA -
GO:0008026 ATP依赖性解旋酶活性 IEA -
Cellular component 去学期 证据 神经关键字 pubMed ID
去：0005737 cytoplasm IEA -
GO：0010494 stress granule 艾达 17392519

V.途径注释

pathway name 路径大小 # SZGR 2.0 genes in pathway 信息
KEGG RNA DEGRADATION 59 37 该途径中的所有SZGR 2.0基因
Reactome mRNA衰减5至3个驱虫核酸酶 15 10 该途径中的所有SZGR 2.0基因
mRNA的反应组代谢 284 128 该途径中的所有SZGR 2.0基因
REACTOME DEADENYLATION DEPENDENT MRNA DECAY 48 29 该途径中的所有SZGR 2.0基因
READEM RNA的代谢 330 155 该途径中的所有SZGR 2.0基因
Senese HDAC2靶向 114 66 该途径中的所有SZGR 2.0基因
ZHOU INFLAMMATORY RESPONSE FIMA UP 544 308 该途径中的所有SZGR 2.0基因
周炎性反应lps up 431 237 该途径中的所有SZGR 2.0基因
GRAESSMANN APOPTOSIS BY DOXORUBICIN DN 1781年 1082 该途径中的所有SZGR 2.0基因
LANDIS ERBB2 BREAST TUMORS 324 UP 150 93 该途径中的所有SZGR 2.0基因
MCBRYAN PUBERTAL BREAST 4 5WK DN 196 131 该途径中的所有SZGR 2.0基因
McBryan Pubertal乳房5 6WK DN 137 97 该途径中的所有SZGR 2.0基因
McBryan Pubertal乳房6 7WK UP 197 135 该途径中的所有SZGR 2.0基因
MYLLYKANGAS AMPLIFICATION HOT SPOT 23 24 13 该途径中的所有SZGR 2.0基因
Mohankumar TLX1靶向 414 287 该途径中的所有SZGR 2.0基因
Schaeffer前列腺开发6小时DN 514 330 该途径中的所有SZGR 2.0基因
Schaeffer Sox9在前列腺发展中的目标DN 45 33 该途径中的所有SZGR 2.0基因
阿尔茨海默氏症疾病 1691 1088 该途径中的所有SZGR 2.0基因
Zamora NOS2靶向DN 96 71 该途径中的所有SZGR 2.0基因
道格拉斯BMI1靶向 566 371 该途径中的所有SZGR 2.0基因
Durchdewald皮肤致癌DN 264 168 该途径中的所有SZGR 2.0基因
MONNIER POSTRADIATION TUMOR ESCAPE UP 393 244 该途径中的所有SZGR 2.0基因
HOWLIN CITED1 TARGETS 1 UP 35 25 该途径中的所有SZGR 2.0基因
FOSTER TOLERANT MACROPHAGE UP 156 92 该途径中的所有SZGR 2.0基因
GRESHOCK CANCER COPY NUMBER UP 323 240 该途径中的所有SZGR 2.0基因
YAO TEMPORAL RESPONSE TO PROGESTERONE CLUSTER 0 76 54 该途径中的所有SZGR 2.0基因
YAO TEMPORAL RESPONSE TO PROGESTERONE CLUSTER 1 68 50 该途径中的所有SZGR 2.0基因
BAUS TFF2 TARGETS DN 11 7 该途径中的所有SZGR 2.0基因
Pilon KLF1靶向DN 1972年 1213 该途径中的所有SZGR 2.0基因
棕熊UVC响应迟到 1137 655 该途径中的所有SZGR 2.0基因
pASINI SUZ12 TARGETS DN 315 215 该途径中的所有SZGR 2.0基因
双龙血清敏感基因 90 54 该途径中的所有SZGR 2.0基因
KOHOUTEK CCNT2 TARGETS 58 35 该途径中的所有SZGR 2.0基因
pLASARI TGFB1 SIGNALING VIA NFIC 1HR DN 106 77 该途径中的所有SZGR 2.0基因
Pedrioli mir31靶向DN 418 245 该途径中的所有SZGR 2.0基因

Section VI. microRNA annotation

米iRNA family Target position 米iRNA ID mirna seq
UTR开始 UTR结束 匹配方法
mir-124.1 456 462 米8 HSA-MIR-124a UUAAGGCACGCGGUGAAUGCCA
mir-124/506 455 462 1A,m8 hsa-miR-506 uaaggcacccuucugugaguaga
HSA-MIR-124brain UAAGGCACGCGGUGAAUGCC
mir-128 204 210 米8 hsa-miR-128a UCACAGUGAACCGGUCUCUUUU
hsa-miR-128b UCACAGUGAACCGGUCUCUUUC
米iR-129-5p 1912年 1919年 1A,m8 HSA-MIR-129brain CUUUUUGCGGUCUGGGCUUGC
HSA-MIR-129-5P CUUUUUGCGGUCUGGGCUUGCU
米iR-130/301 228 235 1A,m8 HSA-MIR-130Abrain CAGUGCAAUGUUAAAAGGGCAU
hsa-miR-301 cagugcaauaugucaaagc
HSA-MIR-130bbrain Cagugcaaugaagggauggau
HSA-MIR-454-3P UAGUGCAAUAUUGCUUAUAGGGUUU
HSA-MIR-130Abrain CAGUGCAAUGUUAAAAGGGCAU
hsa-miR-301 cagugcaauaugucaaagc
HSA-MIR-130bbrain Cagugcaaugaagggauggau
HSA-MIR-454-3P UAGUGCAAUAUUGCUUAUAGGGUUU
mir-148/152 202 208 米8 hsa-miR-148a ucagugcacuacaacuuugu
HSA-MIR-152brain UCAGUGCAUGACACUUGGG
hsa-miR-148b UCAGUGCAUCACAGAACUUUGU
mir-19 200 206 米8 HSA-MIR-19A ugugcaaauaugauaugaaaacuga
HSA-MIR-19B UGUGCAAAUCCAUGCAAAACUGA
mir-192/215 1873 1880 1A,m8 HSA-MIR-192 CUGACCUAUGAAUUGACAGCC
HSA-MIR-215 AUGACCUAUGAAUUGACAGAC
mir-203.1 386 392 1A HSA-MIR-203 UGAAAUGUUUAGGACCACUAG
米iR-205 1060 1066 米8 HSA-MIR-205 UCCUUCAUUCCACCGGAGUCUG
mir-22 1102 1108 1A HSA-MIR-22brain AAGCUGCCAGUUGAAGAACUGU
mir-221/222 2160 2166 1A HSA-MIR-221brain agcuacauugucugugggggguc
HSA-MIR-222brain agcuacaucuggcuacugggucuc
米iR-30-3p 164 170 1A HSA-MIR-30A-3P CUUUCAGUCGGAUGUUUGCAGC
HSA-MIR-30E-3P CUUUCAGUCGGAUGUUUACAGC
mir-376 105 111 1A HSA-MIR-376A AUCAUAGAGGAAAAUCCACGU
HSA-MIR-376B AUCAUAGAGGAAAAUCCAUGUU
mir-381 980 987 1A,m8 HSA-MIR-381 UAUACAAGGGCAAGCUCUCUGU
米iR-450 1912年 1918年 1A HSA-MIR-450 uuuuugcgauguuccuaaua