Gene Page:AK4

概括?
GeneID 205
Symbol AK4
同义词 AK 4|AK3|AK3L1|AK3L2
描述 腺苷酸激酶4
参考 MIM：103030|HGNC:HGNC:363|Ensembl:ENSG00000162433|HPRD:00048|Vega:OTTHUMG00000009033
Gene type protein-coding
Map location 1p31.3
Pascal p-value 0.027
Sherlock P值 0.82
Fetal beta -0.228
DMG 1（＃研究）
eGene Cerebellum
迈尔斯的顺式和跨性别
Meta

数据源中的基因
Gene set name Method of gene set 描述 Info
CV:PGCnp Genome-wide Association Study GWAS
DMG:Jaffe_2016 Genome-wide DNA methylation analysis This dataset includes 2,104 probes/CpGs associated with SZ patients (n=108) compared to 136 controls at Bonferroni-adjusted P < 0.05. 1

第一节遗传学和表观遗传学注释

@Differentially methylated gene

Probe Chromosome Position Nearest gene P (dis) beta（dis） FDR (dis) Study
cg13297881 1 65614322 AK4 9.96E-9 -0.01 4.35E-6 DMG:Jaffe_2016

@eQTL annotation

SNP ID Chromosome Position eGene Gene Entrez ID pvalue qvalue TSS distance eQTL type
rs4916031 chr1 65681542 AK4 205 0.18 cis
rs10488918 chr4 58210939 AK4 205 0.09 trans
rs551714 chr13 21538463 AK4 205 0.17 trans

Section II. Transcriptome annotation

General gene expression (GTEx)

Not available

Gene expression during devlopment (BrainCloud)

脚注：
总共绘制了269个时间点，n = 38个胎儿样品（x = 1：38）。每个三角形代表一个时间点。

Gene expression of temporal and spatial changes (BrainSpan)

脚注：
SC: sub-cortical regions; SM: sensory-motor regions; FC: frontal cortex; and TP: temporal-parietal cortex
ST1: fetal (13 - 26 postconception weeks), ST2: early infancy to late childhood (4 months to 11 years), and ST3: adolescence to adulthood (13 - 23 years)
The bar shown representes the lower 25% and upper 25% of the expression distribution.

Top co-expressed genes in brain regions

Top 10 positively co-expressed genes
Gene Pearson's Correlation Spearman's Correlation
KIF7 0.88 0.83
PLCG1 0.86 0.81
BMP1 0.85 0.81
ABCD4 0.85 0.80
TTC31 0.85 0.82
SCRIB 0.85 0.81
HAUS5 0.85 0.78
TTLL4 0.84 0.79
DVL2 0.84 0.80
CDAN1 0.84 0.82
Top 10 negatively co-expressed genes
Gene Pearson's Correlation Spearman's Correlation
AF347015.27 -0.55 -0.60
C5orf53 -0.53 -0.53
AF347015.31 -0.53 -0.58
AF347015.21 -0.52 -0.63
MT-CO2 -0.51 -0.57
AF347015.33 -0.48 -0.52
AF347015.8 -0.48 -0.55
MT-CYB -0.48 -0.53
ACOT13 -0.47 -0.46
RERGL -0.46 -0.60

Section III. Gene Ontology annotation

Molecular function 去的术语 Evidence Neuro keywords PubMed ID
GO:0000166 核苷酸结合 IEA -
GO:0004017 adenylate kinase activity IEA -
GO:0005524 ATP binding IEA -
GO:0005525 GTP binding IEA -
GO:0016740 transferase activity IEA -
Biological process 去的术语 Evidence Neuro keywords PubMed ID
GO:0006139 核苷酶，核苷，核苷酸和核酸代谢过程 IEA -
细胞分量 去的术语 Evidence Neuro keywords PubMed ID
GO:0005739 mitochondrion IEA -
GO:0005759 mitochondrial matrix IEA -

V.途径注释

Pathway name Pathway size ＃szgr 2.0基因 Info
Kegg Purine代谢 159 96 该途径中的所有SZGR 2.0基因
WINTER HYPOXIA UP 92 57 该途径中的所有SZGR 2.0基因
korkola胚胎癌 41 27 该途径中的所有SZGR 2.0基因
KORKOLA SEMINOMA UP 44 27 该途径中的所有SZGR 2.0基因
ONKEN UVEAL MELANOMA UP 783 507 该途径中的所有SZGR 2.0基因
CHANDRAN METASTASIS TOP50 UP 38 27 该途径中的所有SZGR 2.0基因
Fulcher炎症反应凝集素与LPS 579 346 该途径中的所有SZGR 2.0基因
GARY CD5 TARGETS DN 431 263 该途径中的所有SZGR 2.0基因
pramoonjago sox4靶向 52 38 该途径中的所有SZGR 2.0基因
LIU CMYB TARGETS UP 165 106 该途径中的所有SZGR 2.0基因
GRABARCZYK BCL11B TARGETS UP 81 40 该途径中的所有SZGR 2.0基因
BASAKI YBX1 TARGETS DN 384 230 该途径中的所有SZGR 2.0基因
埃尔维奇缺氧 171 112 该途径中的所有SZGR 2.0基因
ELVIDGE HYPOXIA BY DMOG UP 130 85 该途径中的所有SZGR 2.0基因
ELVIDGE HIF1A TARGETS DN 91 58 该途径中的所有SZGR 2.0基因
ELVIDGE HIF1A AND HIF2A TARGETS DN 104 72 该途径中的所有SZGR 2.0基因
罗德里格甲状腺癌的分化不佳 633 376 该途径中的所有SZGR 2.0基因
RODRIGUES THYROID CARCINOMA ANAPLASTIC UP 722 443 该途径中的所有SZGR 2.0基因
GOZGIT ESR1 TARGETS DN 781 465 该途径中的所有SZGR 2.0基因
Provenzani转移DN 136 94 该途径中的所有SZGR 2.0基因
KOKKINAKIS METHIONINE DEPRIVATION 48HR UP 128 95 该途径中的所有SZGR 2.0基因
KOKKINAKIS METHIONINE DEPRIVATION 96HR DN 75 50 该途径中的所有SZGR 2.0基因
CONCANNON APOPTOSIS BY EPOXOMICIN DN 172 112 该途径中的所有SZGR 2.0基因
由DOXORU GRAESSMANN细胞凋亡BICIN UP 1142 669 该途径中的所有SZGR 2.0基因
Graessmann对MC和阿霉素的反应 612 367 该途径中的所有SZGR 2.0基因
KAN对砷三氧化物的反应 123 80 该途径中的所有SZGR 2.0基因
FARMER BREAST CANCER APOCRINE VS LUMINAL 326 213 该途径中的所有SZGR 2.0基因
FARMER BREAST CANCER APOCRINE VS BASAL 330 217 该途径中的所有SZGR 2.0基因
SPIELMAN LYMPHOBLAST EUROPEAN VS ASIAN DN 584 395 该途径中的所有SZGR 2.0基因
Benporath Nanog目标 988 594 该途径中的所有SZGR 2.0基因
SHEPARD CRUSH AND BURN MUTANT UP 197 110 该途径中的所有SZGR 2.0基因
SCHUHMACHER MYC TARGETS UP 80 57 该途径中的所有SZGR 2.0基因
COLLER MYC TARGETS UP 25 19 该途径中的所有SZGR 2.0基因
MANALO HYPOXIA UP 207 145 该途径中的所有SZGR 2.0基因
FLECHNER BIOPSY KIDNEY TRANSPLANT REJECTED VS OK DN 546 351 该途径中的所有SZGR 2.0基因
FLECHNER BIOPSY KIDNEY TRANSPLANT OK VS DONOR UP 555 346 该途径中的所有SZGR 2.0基因
EWSR1 FLI1融合的Zhang目标 88 68 该途径中的所有SZGR 2.0基因
VERHAAK AML WITH NPM1 MUTATED DN 246 180 该途径中的所有SZGR 2.0基因
BRACHAT RESPONSE TO METHOTREXATE DN 27 19 该途径中的所有SZGR 2.0基因
LEONARD HYPOXIA 47 35 该途径中的所有SZGR 2.0基因
KAAB HEART ATRIUM VS VENTRICLE DN 261 183 该途径中的所有SZGR 2.0基因
Brachat对Camptothecin DN的反应 46 31 该途径中的所有SZGR 2.0基因
JIANG HYPOXIA NORMAL 311 205 该途径中的所有SZGR 2.0基因
SARTIPY BLUNTED BY INSULIN RESISTANCE UP 19 17 该途径中的所有SZGR 2.0基因
BROWNE HCMV INFECTION 24HR UP 148 96 该途径中的所有SZGR 2.0基因
BILD E2F3 ONCOGENIC SIGNATURE 246 153 该途径中的所有SZGR 2.0基因
KRIGE RESPONSE TO TOSEDOSTAT 6HR DN 911 527 该途径中的所有SZGR 2.0基因
KRIGE RESPONSE TO TOSEDOSTAT 24HR DN 1011 592 该途径中的所有SZGR 2.0基因
Creighton内分泌疗法抗性4 307 185 该途径中的所有SZGR 2.0基因
中村转移模型DN 43 28 该途径中的所有SZGR 2.0基因
ALONSO METASTASIS UP 198 128 该途径中的所有SZGR 2.0基因
Mootha Human Mitodb 6 2002 429 260 该途径中的所有SZGR 2.0基因
MOOTHA MITOCHONDRIA 447 277 该途径中的所有SZGR 2.0基因
SHEDDEN LUNG CANCER POOR SURVIVAL A6 456 285 该途径中的所有SZGR 2.0基因
ZHANG TLX TARGETS 60HR DN 277 166 该途径中的所有SZGR 2.0基因
Han Satb1靶向 395 249 该途径中的所有SZGR 2.0基因
HAN SATB1 TARGETS DN 442 275 该途径中的所有SZGR 2.0基因
YAGI AML WITH T 8 21 TRANSLOCATION 368 247 该途径中的所有SZGR 2.0基因
Yagi AML与11q23重新排列 351 238 该途径中的所有SZGR 2.0基因
开罗肝母细胞瘤上课 605 377 该途径中的所有SZGR 2.0基因
黄胚胎干细胞核心 335 193 该途径中的所有SZGR 2.0基因
钱德兰转移 221 135 该途径中的所有SZGR 2.0基因
WIERENGA STAT5A TARGETS UP 217 131 该途径中的所有SZGR 2.0基因
MIYAGAWA TARGETS OF EWSR1 ETS FUSIONS DN 229 135 该途径中的所有SZGR 2.0基因
FARDIN HYPOXIA 9 7 6 该途径中的所有SZGR 2.0基因
FARDIN HYPOXIA 11 32 29 该途径中的所有SZGR 2.0基因
KRIEG HYPOXIA NOT VIA KDM3A 770 480 该途径中的所有SZGR 2.0基因
ALFANO MYC TARGETS 239 156 该途径中的所有SZGR 2.0基因

Section VI. microRNA annotation

miRNA family Target position mirna id miRNA seq
UTR start UTR end Match method
mir-140 383 389 1A hsa - mir - 140脑 agugguuuuacccuaugguag
miR-141/200a 1063 1069 m8 hsa-miR-141 UAACACUGUCUGGUAAAGAUGG
HSA-MIR-200A UAACACUGUCUGGUAACGAUGU
mir-15/16/195/424/497 1041 1048 1A,m8 hsa-miR-15a脑 UAGCAGCACAUAAUGGUUUGUG
HSA-MIR-16脑 uagcagcacguaaauauuggcg
hsa-miR-15b脑 UAGCAGCACAUCAUGGUUUACA
hsa-miR-195SZ UAGCAGCACAGAAAUAUUGGC
HSA-MIR-424 CAGCAGCAAUUCAUGUUUUGAA
hsa-miR-497 CAGCAGCACACUGUGGUUUGU
miR-503 1042 1048 1A hsa-miR-503 uagcagcgggaacaguucugcag
miR-9 1223 1229 1A hsa-miR-9SZ UCUUUGGUUAUCUAGCUGUAUGA