概括
基因 2063
象征 NR2F6
同义词 ear-2 | ear2 | erbal2
描述 核受体亚科2组成员6
参考 MIM:132880|HGNC:HGNC:7977|HPRD:00583|
基因类型 蛋白质编码
地图位置 19p13.1
Pascal P值 0.362
Sherlock P值 0.736
胎儿β -0.448
DMG 2(#研究)

数据源中的基因
基因集名称 基因组方法 描述 信息
CV:GWASDB 全基因组关联研究 精神分裂症的GWASDB记录
简历:PGCNP 全基因组协会研究 GWAS
DMG:Nishioka_2013 全基因组DNA甲基化分析 作者研究了来自18例第一期精神分裂症(FESZ)和15个正常对照的18例外周血细胞中DNA的甲基化谱。 2
DMG:Wockner_2014 全基因组DNA甲基化分析 该数据集包括4641个差异甲基化探针,对应于精神分裂症患者(n = 24)和对照组(n = 24)之间的2929个独特基因。 2
PMID:cooccur 高通量文献搜索 PubMed中的系统搜索与SCZ关键字共发生的基因。总共包括3027个基因。
文学 高通量文献搜索 与精神分裂症关键词共同存在:精神分裂症,精神分裂症 点击显示详细信息
go_annotation 将与神经相关的关键字映射到基因本体论注释 与神经相关的关键字的命中:1

第一节遗传学和表观遗传学注释

@差异甲基化基因

探测 染色体 位置 最近的基因 p(dis) beta(dis) fdr(dis) 学习
CG16749578 19 17357619 NR2F6 2.737E-4 -0.398 0.038 DMG:Wockner_2014
CG07242565 19 17356142 NR2F6 -0.021 0.49 DMG:Nishioka_2013


第二节。转录组注释

一般基因表达(GTEX)

无法使用

Devlopment期间的基因表达(BrainCloud)

脚注:
总共绘制了269个时间点,n = 38个胎儿样品(x = 1:38)。每个三角形代表一个时间点。

时间变化的基因表达(brainspan)

脚注:
SC:亚皮质区域;SM:感觉运动区域;FC:额叶皮层;和TP:颞顶皮层
ST1:胎儿(13-26个概念后周),ST2:婴儿早期至童年(4个月至11年)和ST3:青春期至成年期(13-23年)
所示的栏表示表达分布的较低25%和上层25%。

大脑区域的顶级共表达基因

前10个积极共表达的基因
基因 皮尔逊的相关性 斯皮尔曼的相关性
mmrn2 0.76 0.75
TGM2 0.73 0.75
卡6 0.71 0.68
ITIH5 0.71 0.73
ABCB1 0.71 0.72
TGFBR2 0.71 0.74
CDH5 0.71 0.70
ptprb 0.71 0.75
SLCO2B1 0.71 0.73
PGM5 0.70 0.71
前10个负共表达基因
基因 皮尔逊的相关性 斯皮尔曼的相关性
SNHG12 -0.49 -0.52
C12orf45 -0.49 -0.53
Znf32 -0.48 -0.55
Commd3 -0.48 -0.52
RPL31 -0.47 -0.54
exosc8 -0.46 -0.53
OXSM -0.46 -0.51
C18orf21 -0.46 -0.49
PFDN5 -0.46 -0.53
uxt -0.45 -0.54

第三节。基因本体论注释

分子功能 去学期 证据 神经关键字 PubMed ID
去:0004887 甲状腺激素受体活性 塔斯 2905047
去:0003700 转录因子活性 IEA -
去:0003707 类固醇激素受体活性 塔斯 2905047
去:0008270 锌离子结合 IEA -
GO:0046872 金属离子结合 IEA -
GO:0043565 序列特异性DNA结合 IEA -
生物过程 去学期 证据 神经关键字 PubMed ID
GO:0048666 神经元发展 IEA 神经元(GO期限:9) -
去:0006355 调节转录,DNA依赖性的调节 IEA -
去:0006350 转录 IEA -
去:0007165 信号转导 塔斯 2905047
去:0050965 检测参与疼痛感知感知的温度刺激 IEA -
GO:0043153 光周期夹带昼夜节律时钟 IEA -
细胞分量 去学期 证据 神经关键字 PubMed ID
去:0005634 IEA -

V.途径注释

路径名 路径大小 #szgr 2.0基因 信息
Reactome通用转录途径 352 181 该途径中的所有SZGR 2.0基因
Reactome核受体转录途径 49 36 该途径中的所有SZGR 2.0基因
周炎性反应活DN 384 220 该途径中的所有SZGR 2.0基因
Pramoonjago Sox4靶向DN 51 35 该途径中的所有SZGR 2.0基因
乳腺癌腔与间充质 450 256 该途径中的所有SZGR 2.0基因
Gargalovic对氧化磷脂绿松石DN的反应 53 25 该途径中的所有SZGR 2.0基因
runx1 runx1t1融合单核细胞的TONKS目标 204 140 该途径中的所有SZGR 2.0基因
周的炎症反应FIMA DN 284 156 该途径中的所有SZGR 2.0基因
Elvidge缺氧DN 146 94 该途径中的所有SZGR 2.0基因
Schlosser血清反应 134 93 该途径中的所有SZGR 2.0基因
洛佩兹MBD目标 957 597 该途径中的所有SZGR 2.0基因
BYSTRYKH造血干细胞QTL Trans 882 572 该途径中的所有SZGR 2.0基因
Weigel氧化应激反应 35 28 该途径中的所有SZGR 2.0基因
阿尔茨海默氏症疾病 1691年 1088 该途径中的所有SZGR 2.0基因
YIH对砷C4的反应 18 12 该途径中的所有SZGR 2.0基因
外邦紫外线高剂量DN 312 203 该途径中的所有SZGR 2.0基因
外邦响应集群D3 61 39 该途径中的所有SZGR 2.0基因
Creighton内分泌疗法抗性3 720 440 该途径中的所有SZGR 2.0基因
公园APL发病机理DN 50 35 该途径中的所有SZGR 2.0基因
Yoshimura MAPK8目标DN 366 257 该途径中的所有SZGR 2.0基因
Shedden肺癌良好生存A5 70 32 该途径中的所有SZGR 2.0基因
开罗肝母细胞瘤上课 605 377 该途径中的所有SZGR 2.0基因
YAO对孕酮簇的时间反应17 181 101 该途径中的所有SZGR 2.0基因
Verhaak胶质母细胞瘤经典 162 122 该途径中的所有SZGR 2.0基因

第六节。microRNA注释

mirna家族 目标位置 mirna id mirna seq
UTR开始 UTR结束 匹配方法
mir-128 132 138 1a HSA-MIR-128A ucacagugaaccggucuuuu
HSA-MIR-128B ucacagugaaccggucuuc
mir-27 132 139 1A,M8 HSA-MIR-27A uucacaguggcuaaguuccgc
HSA-MIR-27B uucacaguggcuaaguucugc