基因页:NR2F6
概括?
基因 | 2063 |
象征 | NR2F6 |
同义词 | ear-2 | ear2 | erbal2 |
描述 | 核受体亚科2组成员6 |
参考 | MIM:132880|HGNC:HGNC:7977|HPRD:00583| |
基因类型 | 蛋白质编码 |
地图位置 | 19p13.1 |
Pascal P值 | 0.362 |
Sherlock P值 | 0.736 |
胎儿β | -0.448 |
DMG | 2(#研究) |
数据源中的基因
基因集名称 | 基因组方法 | 描述 | 信息 |
---|---|---|---|
CV:GWASDB | 全基因组关联研究 | 精神分裂症的GWASDB记录 | |
简历:PGCNP | 全基因组协会研究 | GWAS | |
DMG:Nishioka_2013 | 全基因组DNA甲基化分析 | 作者研究了来自18例第一期精神分裂症(FESZ)和15个正常对照的18例外周血细胞中DNA的甲基化谱。 | 2 |
DMG:Wockner_2014 | 全基因组DNA甲基化分析 | 该数据集包括4641个差异甲基化探针,对应于精神分裂症患者(n = 24)和对照组(n = 24)之间的2929个独特基因。 | 2 |
PMID:cooccur | 高通量文献搜索 | PubMed中的系统搜索与SCZ关键字共发生的基因。总共包括3027个基因。 | |
文学 | 高通量文献搜索 | 与精神分裂症关键词共同存在:精神分裂症,精神分裂症 | 点击显示详细信息 |
go_annotation | 将与神经相关的关键字映射到基因本体论注释 | 与神经相关的关键字的命中:1 |
第一节遗传学和表观遗传学注释
差异甲基化基因
探测 | 染色体 | 位置 | 最近的基因 | p(dis) | beta(dis) | fdr(dis) | 学习 |
---|---|---|---|---|---|---|---|
CG16749578 | 19 | 17357619 | NR2F6 | 2.737E-4 | -0.398 | 0.038 | DMG:Wockner_2014 |
CG07242565 | 19 | 17356142 | NR2F6 | -0.021 | 0.49 | DMG:Nishioka_2013 |
第二节。转录组注释
一般基因表达(GTEX)
![无法使用](http://www.tjghsg.com/bioinfo/SZGR/GeneImg/NR2F6_DE_GTEx.png)
Devlopment期间的基因表达(BrainCloud)
脚注:
总共绘制了269个时间点,n = 38个胎儿样品(x = 1:38)。每个三角形代表一个时间点。
时间变化的基因表达(brainspan)
脚注:
SC:亚皮质区域;SM:感觉运动区域;FC:额叶皮层;和TP:颞顶皮层
ST1:胎儿(13-26个概念后周),ST2:婴儿早期至童年(4个月至11年)和ST3:青春期至成年期(13-23年)
所示的栏表示表达分布的较低25%和上层25%。
大脑区域的顶级共表达基因
前10个积极共表达的基因 | ||
基因 | 皮尔逊的相关性 | 斯皮尔曼的相关性 |
mmrn2 | 0.76 | 0.75 |
TGM2 | 0.73 | 0.75 |
卡6 | 0.71 | 0.68 |
ITIH5 | 0.71 | 0.73 |
ABCB1 | 0.71 | 0.72 |
TGFBR2 | 0.71 | 0.74 |
CDH5 | 0.71 | 0.70 |
ptprb | 0.71 | 0.75 |
SLCO2B1 | 0.71 | 0.73 |
PGM5 | 0.70 | 0.71 |
前10个负共表达基因 | ||
基因 | 皮尔逊的相关性 | 斯皮尔曼的相关性 |
SNHG12 | -0.49 | -0.52 |
C12orf45 | -0.49 | -0.53 |
Znf32 | -0.48 | -0.55 |
Commd3 | -0.48 | -0.52 |
RPL31 | -0.47 | -0.54 |
exosc8 | -0.46 | -0.53 |
OXSM | -0.46 | -0.51 |
C18orf21 | -0.46 | -0.49 |
PFDN5 | -0.46 | -0.53 |
uxt | -0.45 | -0.54 |
第三节。基因本体论注释
分子功能 | 去学期 | 证据 | 神经关键字 | PubMed ID |
---|---|---|---|---|
去:0004887 | 甲状腺激素受体活性 | 塔斯 | 2905047 | |
去:0003700 | 转录因子活性 | IEA | - | |
去:0003707 | 类固醇激素受体活性 | 塔斯 | 2905047 | |
去:0008270 | 锌离子结合 | IEA | - | |
GO:0046872 | 金属离子结合 | IEA | - | |
GO:0043565 | 序列特异性DNA结合 | IEA | - | |
生物过程 | 去学期 | 证据 | 神经关键字 | PubMed ID |
GO:0048666 | 神经元发展 | IEA | 神经元(GO期限:9) | - |
去:0006355 | 调节转录,DNA依赖性的调节 | IEA | - | |
去:0006350 | 转录 | IEA | - | |
去:0007165 | 信号转导 | 塔斯 | 2905047 | |
去:0050965 | 检测参与疼痛感知感知的温度刺激 | IEA | - | |
GO:0043153 | 光周期夹带昼夜节律时钟 | IEA | - | |
细胞分量 | 去学期 | 证据 | 神经关键字 | PubMed ID |
去:0005634 | 核 | IEA | - |
V.途径注释
路径名 | 路径大小 | #szgr 2.0基因 | 信息 |
---|---|---|---|
Reactome通用转录途径 | 352 | 181 | 该途径中的所有SZGR 2.0基因 |
Reactome核受体转录途径 | 49 | 36 | 该途径中的所有SZGR 2.0基因 |
周炎性反应活DN | 384 | 220 | 该途径中的所有SZGR 2.0基因 |
Pramoonjago Sox4靶向DN | 51 | 35 | 该途径中的所有SZGR 2.0基因 |
乳腺癌腔与间充质 | 450 | 256 | 该途径中的所有SZGR 2.0基因 |
Gargalovic对氧化磷脂绿松石DN的反应 | 53 | 25 | 该途径中的所有SZGR 2.0基因 |
runx1 runx1t1融合单核细胞的TONKS目标 | 204 | 140 | 该途径中的所有SZGR 2.0基因 |
周的炎症反应FIMA DN | 284 | 156 | 该途径中的所有SZGR 2.0基因 |
Elvidge缺氧DN | 146 | 94 | 该途径中的所有SZGR 2.0基因 |
Schlosser血清反应 | 134 | 93 | 该途径中的所有SZGR 2.0基因 |
洛佩兹MBD目标 | 957 | 597 | 该途径中的所有SZGR 2.0基因 |
BYSTRYKH造血干细胞QTL Trans | 882 | 572 | 该途径中的所有SZGR 2.0基因 |
Weigel氧化应激反应 | 35 | 28 | 该途径中的所有SZGR 2.0基因 |
阿尔茨海默氏症疾病 | 1691年 | 1088 | 该途径中的所有SZGR 2.0基因 |
YIH对砷C4的反应 | 18 | 12 | 该途径中的所有SZGR 2.0基因 |
外邦紫外线高剂量DN | 312 | 203 | 该途径中的所有SZGR 2.0基因 |
外邦响应集群D3 | 61 | 39 | 该途径中的所有SZGR 2.0基因 |
Creighton内分泌疗法抗性3 | 720 | 440 | 该途径中的所有SZGR 2.0基因 |
公园APL发病机理DN | 50 | 35 | 该途径中的所有SZGR 2.0基因 |
Yoshimura MAPK8目标DN | 366 | 257 | 该途径中的所有SZGR 2.0基因 |
Shedden肺癌良好生存A5 | 70 | 32 | 该途径中的所有SZGR 2.0基因 |
开罗肝母细胞瘤上课 | 605 | 377 | 该途径中的所有SZGR 2.0基因 |
YAO对孕酮簇的时间反应17 | 181 | 101 | 该途径中的所有SZGR 2.0基因 |
Verhaak胶质母细胞瘤经典 | 162 | 122 | 该途径中的所有SZGR 2.0基因 |
第六节。microRNA注释
mirna家族 | 目标位置 | mirna id | mirna seq | ||
---|---|---|---|---|---|
UTR开始 | UTR结束 | 匹配方法 | |||
mir-128 | 132 | 138 | 1a | HSA-MIR-128A | ucacagugaaccggucuuuu |
HSA-MIR-128B | ucacagugaaccggucuuc | ||||
mir-27 | 132 | 139 | 1A,M8 | HSA-MIR-27A脑 | uucacaguggcuaaguuccgc |
HSA-MIR-27B脑 | uucacaguggcuaaguucugc |