基因页:F7
Summary?
基因ID | 2155 |
象征 | F7 |
同义词 | SPCA |
描述 | 凝结因子VII |
参考 | MIM:613878|HGNC:HGNC:3544|Ensembl:ENSG00000057593|HPRD: 01965|Vega:Otthumg0000000017373 |
基因类型 | 蛋白质编码 |
地图位置 | 13q34 |
Pascal P值 | 0.273 |
胎儿β | -1.135 |
DMG | 1(#研究) |
主持人 | 前扣带回皮层BA24 尾状基底神经节 弗伦联盟tal Cortex BA9 伏隔核基底神经节 迈尔斯的顺式和跨性别 元 |
基因in Data Sources
基因集名称 | 基因组方法 | 描述 | 信息 |
---|---|---|---|
简历:PGCNP | 全基因组协会研究 | GWAS | |
DMG:Wockner_2014 | 全基因组DNA甲基化分析 | 该数据集包括4641个差异甲基化探针,对应于精神分裂症患者(n = 24)和对照组(n = 24)之间的2929个独特基因。 | 1 |
PMID:cooccur | 高通量文献搜索 | PubMed中的系统搜索与SCZ关键字共发生的基因。总共包括3027个基因。 | |
文学 | 高通量文献搜索 | 与精神分裂症关键词共同存在:精神分裂症,精神分裂症,精神分裂症,精神分裂症 | 点击显示详细信息 |
go_annotation | 将与神经相关的关键字映射到基因本体论注释 | Hits with neuro-related keywords: 2 |
第一节遗传学和表观遗传学注释
差异甲基化基因
探测 | 染色体 | 位置 | 最近的基因 | p(dis) | beta(dis) | fdr(dis) | 学习 |
---|---|---|---|---|---|---|---|
CG03338754 | 13 | 113765397 | F7 | 2.574E-4 | 0.445 | 0.038 | DMG:Wockner_2014 |
EQTL注释
SNP ID | 染色体 | 位置 | 主持人 | Gene Entrez ID | PVALUE | QVALUE | TSS距离 | EQTL类型 |
---|---|---|---|---|---|---|---|---|
RS10994209 | Chr10 | 61877705 | F7 | 2155 | 0.16 | 反式 | ||
RS200301834 | 13 | 113759753 | F7 | ENSG00000057593.9 | 9.20784E-7 | 0.02 | -352 | gtex_brain_ba24 |
RS2774033 | 13 | 113765235 | F7 | ENSG00000057593.9 | 8.73488e-7 | 0.02 | 5130 | gtex_brain_ba24 |
RS491098 | 13 | 113769346 | F7 | ENSG00000057593.9 | 9.71241 e - | 0.02 | 9241 | gtex_brain_ba24 |
RS493833 | 13 | 113769639 | F7 | ENSG00000057593.9 | 9.41633e-7 | 0.02 | 9534 | gtex_brain_ba24 |
RS569557 | 13 | 113769917 | F7 | ENSG00000057593.9 | 8.96006E-7 | 0.02 | 9812 | gtex_brain_ba24 |
RS6042 | 13 | 113770068 | F7 | ENSG00000057593.9 | 9.08646e-7 | 0.02 | 9963 | gtex_brain_ba24 |
第二节。转录组注释
一般基因表达(GTEX)
![无法使用](http://www.tjghsg.com/bioinfo/SZGR/GeneImg/F7_DE_GTEx.png)
Devlopment期间的基因表达(BrainCloud)
Footnote:
总共绘制了269个时间点,n = 38个胎儿样品(x = 1:38)。每个三角形代表一个时间点。
时间变化的基因表达(brainspan)
Footnote:
SC:亚皮质区域;SM:感觉运动区域;FC:额叶皮层;和TP:颞顶皮层
ST1:胎儿(13-26个概念后周),ST2:婴儿早期至童年(4个月至11年)和ST3:青春期至成年期(13-23年)
所示的栏表示表达分布的较低25%和上层25%。
大脑区域的顶级共表达基因
前10个积极共表达的基因 | ||
基因 | 皮尔逊的相关性 | 斯皮尔曼的相关性 |
GNG3 | 0.78 | 0.83 |
STX1A | 0.77 | 0.85 |
CAMK1 | 0.75 | 0.82 |
NPM2 | 0.75 | 0.84 |
pnoc | 0.74 | 0.82 |
LEPREL2 | 0.74 | 0.85 |
TCEAL1 | 0.74 | 0.82 |
Prkcz | 0.73 | 0.81 |
STK32C | 0.73 | 0.83 |
SNCA | 0.72 | 0.78 |
前10个负共表达基因 | ||
基因 | 皮尔逊的相关性 | 斯皮尔曼的相关性 |
PLXNB1 | -0.42 | -0.42 |
PXN | -0.41 | -0.42 |
RAB13 | -0.40 | -0.49 |
GPR125 | -0.40 | -0.39 |
REST | -0.39 | -0.37 |
Caskin2 | -0.39 | -0.40 |
GRTP1 | -0.38 | -0.40 |
Epha2 | -0.38 | -0.41 |
Sorbs3 | -0.37 | -0.39 |
TP53BP2 | -0.37 | -0.33 |
第三节。基因本体论注释
分子功能 | 去学期 | 证据 | 神经关键字 | PubMed ID |
---|---|---|---|---|
去:0004252 | 丝氨酸型内肽酶活性 | IEA | 谷氨酸(GO期限:7) | - |
去:0004252 | 丝氨酸型内肽酶活性 | 塔斯 | 谷氨酸(GO期限:7) | 3037537 |
去:0003824 | 催化活性 | IEA | - | |
去:0005509 | 钙离子结合 | IEA | - | |
去:0005515 | 蛋白质结合 | IPI | 18267072 | |
去:0008233 | 肽酶活性 | IEA | - | |
Biological process | 去学期 | 证据 | 神经关键字 | PubMed ID |
去:0006508 | 蛋白水解 | IEA | - | |
去:0007598 | 血液凝血,外部途径 | EXP | 7598447 | |
去:0007596 | blood coagulation | IEA | - | |
细胞分量 | 去学期 | 证据 | 神经关键字 | PubMed ID |
去:0005576 | 细胞外区域 | EXP | 3527261|8598903|8639673 |
|
去:0005576 | 细胞外区域 | IEA | - | |
去:0005576 | 细胞外区域 | 塔斯 | 3037537 | |
去:0005886 | 质膜 | EXP | 2271516|3527261|8598903 |