Gene Page:F13A1

概括?
GeneID 2162
Symbol F13A1
同义词 F13A
描述 coagulation factor XIII A chain
参考 MIM:134570|HGNC：HGNC：3531|ENSEMBL：ENSG00000124491|HPRD：00604|Vega:OTTHUMG00000014186
Gene type protein-coding
Map location 6p25.3-p24.3
Pascal p-value 0.075
Fetal beta -1.171
DMG 1（＃研究）
eGene 迈尔斯的顺式和跨性别

数据源中的基因
Gene set name Method of gene set 描述 Info
CV:PGCnp Genome-wide Association Study GWAS
DMG:Jaffe_2016 Genome-wide DNA methylation analysis This dataset includes 2,104 probes/CpGs associated with SZ patients (n=108) compared to 136 controls at Bonferroni-adjusted P < 0.05. 1
PMID:cooccur 高通量文献搜索 系统搜索PubMed co-o基因ccurring with SCZ keywords. A total of 3027 genes were included.
GSMA_I 基因组扫描荟萃分析 Psr: 0.0159
文学 高通量文献搜索 与精神分裂症关键词共同存在：精神分裂症，精神分裂症 Click to show details

第一节遗传学和表观遗传学注释

@Differentially methylated gene

Probe Chromosome Position Nearest gene P (dis) beta（dis） FDR (dis) Study
CG27097018 6 6320614 F13A1 3.45E-8 -0.036 1.02E-5 DMG:Jaffe_2016

@eQTL annotation

SNP ID Chromosome Position eGene Gene Entrez ID pvalue qvalue TSS distance eQTL type
rs17046387 chr2 55052948 F13A1 2162 0.09 trans
RS726253 chr2 150754825 F13A1 2162 0.07 trans
rs1020088 chr2 150828832 F13A1 2162 0.06 trans
rs4514358 chr10 43861923 F13A1 2162 0.08 trans

Section II. Transcriptome annotation

General gene expression (GTEx)

Not available

Gene expression during devlopment (BrainCloud)

脚注：
A total of 269 time points ploted, with n=38 fetal samples (x=1:38). Each triangle represents one time point.

Gene expression of temporal and spatial changes (BrainSpan)

脚注：
SC: sub-cortical regions; SM: sensory-motor regions; FC: frontal cortex; and TP: temporal-parietal cortex
ST1: fetal (13 - 26 postconception weeks), ST2: early infancy to late childhood (4 months to 11 years), and ST3: adolescence to adulthood (13 - 23 years)
The bar shown representes the lower 25% and upper 25% of the expression distribution.

Top co-expressed genes in brain regions

Top 10 positively co-expressed genes
Gene Pearson's Correlation Spearman's Correlation
KNTC1 0.95 0.84
永恒 0.95 0.80
NCAPH 0.95 0.81
CDK2 0.95 0.58
SPAG5 0.95 0.77
EME1 0.95 0.71
CDC45L 0.95 0.72
IQGAP3 0.94 0.80
RAD51 0.94 0.74
TACC3 0.94 0.72
Top 10 negatively co-expressed genes
Gene Pearson's Correlation Spearman's Correlation
AF347015.27 -0.46 -0.81
AF347015.31 -0.45 -0.80
AIFM3 -0.45 -0.70
HLA-F -0.45 -0.66
PTH1R -0.45 -0.66
AF347015.33 -0.45 -0.79
MT-CO2 -0.45 -0.81
C5orf53 -0.44 -0.62
MT-CYB -0.44 -0.79
FBXO2 -0.44 -0.57

Section III. Gene Ontology annotation

Molecular function 去的术语 Evidence Neuro keywords PubMed ID
GO:0003810 蛋白质 - 谷氨酰胺γ-谷氨酰转移酶活性 IEA -
GO:0003810 蛋白质 - 谷氨酰胺γ-谷氨酰转移酶活性 塔斯 2877456
GO:0005509 钙离子结合 IEA -
GO:0016740 transferase activity IEA -
GO:0008415 acyltransferase activity IEA -
Biological process 去的术语 Evidence Neuro keywords PubMed ID
GO:0007596 blood coagulation IEA -
GO:0007596 blood coagulation 塔斯 10801785
GO:0018149 peptide cross-linking IEA -
细胞分量 去的术语 Evidence Neuro keywords PubMed ID
GO:0005576 extracellular region EXP 2866798
GO:0005576 extracellular region 塔斯 2877457
GO:0005737 细胞质 IEA -

V.途径注释

Pathway name Pathway size ＃szgr 2.0基因 Info
KEGG COMPLEMENT AND COAGULATION CASCADES 69 49 该途径中的所有SZGR 2.0基因
BIOCARTA FIBRINOLYSIS PATHWAY 12 8 该途径中的所有SZGR 2.0基因
PID INTEGRIN1 PATHWAY 66 44 该途径中的所有SZGR 2.0基因
PID INTEGRIN A9B1 PATHWAY 25 18 该途径中的所有SZGR 2.0基因
对血小板胞质CA2升高的反应组反应 89 56 该途径中的所有SZGR 2.0基因
REACTOME COMMON PATHWAY 14 10 该途径中的所有SZGR 2.0基因
纤维蛋白凝块凝结级联反应组的形成 32 22 该途径中的所有SZGR 2.0基因
REACTOME HEMOSTASIS 466 331 该途径中的所有SZGR 2.0基因
REACTOME PLATELET ACTIVATION SIGNALING AND AGGREGATION 208 138 该途径中的所有SZGR 2.0基因
通过CD40 DN的Hollmann凋亡 267 178 该途径中的所有SZGR 2.0基因
GAZDA DIAMOND BLACKFAN ANEMIA ERYTHROID DN 493 298 该途径中的所有SZGR 2.0基因
FULCHER INFLAMMATORY RESPONSE LECTIN VS LPS DN 463 290 该途径中的所有SZGR 2.0基因
THUM SYSTOLIC HEART FAILURE UP 423 283 该途径中的所有SZGR 2.0基因
DIAZ CHRONIC MEYLOGENOUS LEUKEMIA DN 116 79 该途径中的所有SZGR 2.0基因
vecchi胃癌早期DN 367 220 该途径中的所有SZGR 2.0基因
TAKEDA TARGETS OF NUP98 HOXA9 FUSION 10D DN 142 90 该途径中的所有SZGR 2.0基因
SABATES COLORECTAL ADENOMA DN 291 176 该途径中的所有SZGR 2.0基因
斋丁嫩造血干细胞DN 226 132 该途径中的所有SZGR 2.0基因
BIDUS METASTASIS DN 161 93 该途径中的所有SZGR 2.0基因
KONG E2F3 TARGETS 97 58 该途径中的所有SZGR 2.0基因
patil肝癌 747 453 该途径中的所有SZGR 2.0基因
Martoriati MDM4靶向神经上皮DN 164 111 该途径中的所有SZGR 2.0基因
GNATENKO PLATELET SIGNATURE 48 28 该途径中的所有SZGR 2.0基因
ALCALAY AML BY NPM1 LOCALIZATION UP 140 83 该途径中的所有SZGR 2.0基因
STOSSI RESPONSE TO ESTRADIOL 50 35 该途径中的所有SZGR 2.0基因
LENAOUR DENDRITIC CELL MATURATION UP 114 84 该途径中的所有SZGR 2.0基因
HADDAD T LYMPHOCYTE AND NK PROGENITOR DN 63 41 该途径中的所有SZGR 2.0基因
IVANOVA HEMATOPOIESIS LATE PROGENITOR 544 307 该途径中的所有SZGR 2.0基因
EHRLICH ICF SYNDROM UP 13 8 该途径中的所有SZGR 2.0基因
MCLACHLAN DENTAL CARIES DN 245 144 该途径中的所有SZGR 2.0基因
KAAB FAILED HEART VENTRICLE DN 41 28 该途径中的所有SZGR 2.0基因
麦克拉克兰牙科龋齿 253 147 该途径中的所有SZGR 2.0基因
lein脉络丛标记 103 61 该途径中的所有SZGR 2.0基因
Gavin Foxp3目标集群P3 160 103 该途径中的所有SZGR 2.0基因
GAVIN PDE3B TARGETS 22 15 该途径中的所有SZGR 2.0基因
ACEVEDO METHYLATED IN LIVER CANCER DN 940 425 该途径中的所有SZGR 2.0基因
Smid乳腺癌腔 84 52 该途径中的所有SZGR 2.0基因
SMID BREAST CANCER NORMAL LIKE UP 476 285 该途径中的所有SZGR 2.0基因
SMID BREAST CANCER BASAL DN 701 446 该途径中的所有SZGR 2.0基因
BOYLAN MULTIPLE MYELOMA C D DN 252 155 该途径中的所有SZGR 2.0基因
BOHN PRIMARY IMMUNODEFICIENCY SYNDROM DN 40 31 该途径中的所有SZGR 2.0基因
LINDSTEDT DENDRITIC CELL MATURATION D 68 44 该途径中的所有SZGR 2.0基因
YOSHIMURA MAPK8 TARGETS DN 366 257 该途径中的所有SZGR 2.0基因
VANASSE BCL2 TARGETS DN 74 50 该途径中的所有SZGR 2.0基因
陈代谢综合征网络 1210 725 该途径中的所有SZGR 2.0基因
JISON SICKLE CELL DISEASE UP 181 106 该途径中的所有SZGR 2.0基因
YOSHIOKA LIVER CANCER EARLY RECURRENCE UP 40 23 该途径中的所有SZGR 2.0基因
HOSHIDA LIVER CANCER SUBCLASS S1 237 159 该途径中的所有SZGR 2.0基因
Nakayama软组织肿瘤PCA1向上 76 46 该途径中的所有SZGR 2.0基因
RAGHAVACHARI PLATELET SPECIFIC GENES 70 46 该途径中的所有SZGR 2.0基因
CHYLA CBFA2T3 TARGETS UP 387 225 该途径中的所有SZGR 2.0基因
PILON KLF1 TARGETS DN 1972 1213 该途径中的所有SZGR 2.0基因
TORCHIA TARGETS OF EWSR1 FLI1 FUSION DN 321 200 该途径中的所有SZGR 2.0基因
BOSCO TH1 CYTOTOXIC MODULE 114 62 该途径中的所有SZGR 2.0基因
ALTEMEIER RESPONSE TO LPS WITH MECHANICAL VENTILATION 128 81 该途径中的所有SZGR 2.0基因
NABA ECM REGULATORS 238 125 该途径中的所有SZGR 2.0基因
NABA矩阵ASSOCIATED 753 411 该途径中的所有SZGR 2.0基因
NABA矩阵 1028 559 该途径中的所有SZGR 2.0基因

Section VI. microRNA annotation

miRNA family Target position mirna id miRNA seq
UTR start UTR end Match method
mir-128 723 729 m8 HSA-MIR-128A UCACAGUGAACCGGUCUCUUUU
HSA-MIR-128B UCACAGUGAACCGGUCUCUUUC
miR-182 565 571 1A hsa-miR-182 UUUGGCAAUGGUAGAACUCACA
miR-335 77 83 m8 HSA-MIR-335脑 UCAAGAGCAAUAACGAAAAAUGU
mir-383 732 738 1A hsa-miR-383脑 AGAUCAGAAGGUGAUUGUGGCU
mir-542-3p 718 724 1A hsa-miR-542-3p ugugacauugauaacugaaa
miR-96 565 571 1A hsa-miR-96脑 UUUGGCACUAGCACAUUUUUGC