SZGR2 - Beplay体育中心

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基因	2176
象征	联邦
Synonyms	FA3 \| FAC \| FACC
Description	Fanconi贫血补充组C
Reference	MIM：613899\|HGNC:HGNC:3584\|Ensembl：ENSG00000158169\|HPRD:01967\|Vega：Otthumg00000020279
基因类型	蛋白质编码
Map location	9Q22.3
Pascal p-value	0.406
Sherlock p-value	0.344
胎儿β	1.794
DMG	2（＃研究）
主持人	Myers' cis & trans
Support	Ascano FMRP目标

Gene in Data Sources

基因集名称	Method of gene set	Description	信息
CV:PGCnp	全基因组协会研究	GWAS
DMG：JAFFE_2016	全基因组DNA甲基化分析	该数据集包括与SZ患者相关的2,104个探针/CPG（n = 108），而在Bonferroni调整后的P <0.05时，其中136个对照。	3
DMG：Wockner_2014	全基因组DNA甲基化分析	该数据集包括4641个差异甲基化探针，对应于精神分裂症患者（n = 24）和对照组（n = 24）之间的2929个独特基因。	3

Section I. Genetics and epigenetics annotation

差异甲基化基因

Probe	染色体	位置	最近的基因	p（dis）	Beta (dis)	fdr（dis）	学习
CG14115740	9	98054883	联邦	4.734E-4	0.618	0.046	DMG：Wockner_2014
CG02466749	9	98054877	联邦	5.575E-4	0.336	0.049	DMG：Wockner_2014
CG06202984	9	98079903	联邦	1.76E-8	-0.03	6.36E-6	DMG：JAFFE_2016

EQTL注释

SNP ID	染色体	位置	主持人	Gene Entrez ID	QVALUE	EQTL类型
rs12405921	CHR1	206695730	联邦	2176	0.15	反式
RS17572651	CHR1	218943612	联邦	2176	0.17	反式
RS16829545	CHR2	151977407	联邦	2176	2.939E-10	反式
rs3845734	CHR2	171125572	联邦	2176	0.04	反式
RS7584986	CHR2	184111432	联邦	2176	7.543E-8	反式
RS7664496	CHR4	56252823	联邦	2176	0.07	反式
RS504836	CHR4	56285304	联邦	2176	0.07	反式
rs534654	CHR4	56290219	联邦	2176	0.11	反式
SNP_A-2078569		0	联邦	2176	0.13	反式
RS10491487	CHR5	80323367	联邦	2176	0.19	反式
rs16890367	CHR6	38078448	联邦	2176	0.07	反式
rs7787830	CHR7	98797019	联邦	2176	0.13	反式
rs11139334	Chr9	84209393	联邦	2176	0.03	反式
rs16955618	CHR15	29937543	联邦	2176	3.081E-18	反式
RS1041786	CHR21	22617710	联邦	2176	0.09	反式

第二节。转录组注释

一般基因表达（GTEX）

Devlopment期间的基因表达（BrainCloud）

Footnote:
A total of 269 time points ploted, with n=38 fetal samples (x=1:38). Each triangle represents one time point.

时间变化的基因表达（brainspan）

Footnote:
SC：亚皮质区域；SM：感觉运动区域；FC：额叶皮层；和TP：颞顶皮层
ST1：胎儿（13-26个概念后周），ST2：婴儿早期至童年（4个月至11年）和ST3：青春期至成年期（13-23年）
所示的栏表示表达分布的较低25％和上层25％。

大脑区域的顶级共表达基因

前10个积极共表达的基因
Gene	皮尔森的Correlation	斯皮尔曼的相关性
LUM	0.75	0.54
islr	0.70	0.60
ALDH1A2	0.70	0.63
C7	0.68	0.54
CTSK	0.68	0.58
COL3A1	0.67	0.20
OLFML3	0.66	0.44
BMP5	0.65	0.34
serpind1	0.64	0.45
OGN	0.64	0.56

Top 10 negatively co-expressed genes
Gene	皮尔森的Correlation	斯皮尔曼的相关性
AF347015.26	-0.31	-0.22
AF347015.18	-0.31	-0.26
MTSS1L	-0.29	-0.34
Smox	-0.29	-0.33
AF347015.2	-0.28	-0.18
AF347015.15	-0.27	-0.18
AF347015.8	-0.27	-0.18
AC010300.1	-0.27	-0.29
MMD2	-0.26	-0.23
AF347015.33	-0.26	-0.17

Section IV. Protein-protein interaction annotation

互动者	别名b	官方全名b	实验	Source	PubMed ID
ATP6	MTATP6	ATP合酶6;ATPase亚基6	Two-hybrid	Biogrid	14499622
AZIN1	MGC3832 \|MGC691 \|oazi \|Oazin \|ODC1L	抗酶抑制剂1	Two-hybrid	Biogrid	14499622
CDC2	cdc28a \|CDK1 \|DKFZP686L20222 \|MGC111195	细胞分裂周期2，G1至S和G2至M	-	HPRD,BioGRID	9242535
EIF2AK2	EIF2AK1 \|MGC126524 \|PKR \|prkr	真核翻译起始因子2-α激酶2	亲和力捕获 - 韦斯特恩	Biogrid	12397061
Fanca	fa \|FA-H \|FA1 \|FAA \|FACA \|法\|Fanch \|MGC75158	Fanconi贫血，互补小组A	Affinity Capture-MS 亲和力捕获 - 韦斯特恩重构的复合物 Two-hybrid	Biogrid	10373536\|10551855 \|10627486\|10961856 \|11063725\|12210728 \|12239156\|12973351 \|15082718
Fanca	fa \|FA-H \|FA1 \|FAA \|FACA \|法\|Fanch \|MGC75158	Fanconi贫血，互补小组A	-	HPRD	9742112
FANCD2	DKFZP762A223 \|FA-D2 \|FA4 \|FACD \|时尚\|Fad2 \|fancd \|FLJ23826	Fanconi贫血，互补组D2	-	HPRD	11751423
狂欢	脸\|fae	Fanconi贫血，互补小组E	-	HPRD,BioGRID	11157805
旗	faf \|MGC126856	Fanconi贫血，互补小组F	-	HPRD,BioGRID	11063725
粉丝	FAG \| XRCC9	Fanconi贫血，互补小组G	-	HPRD,BioGRID	10373536
FLJ10213	-	hypothetical protein FLJ10213	Affinity Capture-MS	Biogrid	17353931
GSTP1	DFN7 \| FAEES3 \| GST3 \| PI	谷胱甘肽S-转移酶Pi 1	亲和力捕获 - 韦斯特恩 Two-hybrid	Biogrid	11433346\|14499622
HSP90AA1	FLJ31884 \|HSP86 \|HSP89A \|HSP90A \|HSP90N \|HSPC1 \|HSPCA \|HSPCAL1 \|HSPCAL4 \|HSPN \| Hsp89 \| Hsp90 \| LAP2	heat shock protein 90kDa alpha (cytosolic), class A member 1	Two-hybrid	Biogrid	14499622
HSP90B1	ECGP \| GP96 \| GRP94 \| TRA1	热休克蛋白90KDAβ（GRP94），成员1	Two-hybrid	Biogrid	14499622
HSPA1A	FLJ54303 \|FLJ54370 \|FLJ54392 \|FLJ54408 \|FLJ75127 \|HSP70-1 \|HSP70-1A \|HSP70I \|HSP72 \|HSPA1 \| HSPA1B	热休克70KDA蛋白1A	亲和力捕获 - 韦斯特恩 Two-hybrid	Biogrid	12397061\|14499622
HSPA1A	FLJ54303 \|FLJ54370 \|FLJ54392 \|FLJ54408 \|FLJ75127 \|HSP70-1 \|HSP70-1A \|HSP70I \|HSP72 \|HSPA1 \| HSPA1B	热休克70KDA蛋白1A	-	HPRD	11500375\|12397061
HSPA8	HSC54 \|HSC70 \|HSC71 \|HSP71 \|HSP73 \|HSPA10 \|lap1 \|MGC131511 \|MGC29929 \|NIP71	热休克70KDA蛋白8	Two-hybrid	Biogrid	14499622
我知道	CSA2 \|MGC59741 \|红色的	IK Cytokine，HLA II的下调剂	Two-hybrid	Biogrid	14499622
KRT1	CK1 \|EHK1 \|K1 \|KRT1A	角蛋白1	Two-hybrid	Biogrid	14499622
RPL18	-	核糖体蛋白L18	Two-hybrid	Biogrid	14499622
RPS3A	FTE1 \| MFTL \| MGC23240	ribosomal protein S3A	Two-hybrid	Biogrid	14499622
SPTA1	EL2 \|SPTA	spectrin, alpha, erythrocytic 1 (elliptocytosis 2)	-	HPRD	10551855
SPTAN1	（alpha）ii-spectrin \|FLJ44613 \|Neas	spectrin, alpha, non-erythrocytic 1 (alpha-fodrin)	亲和力捕获 - 韦斯特恩共纯化	Biogrid	10551855\|11401546
Stat1	DKFZP686B04100 \|ISGF-3 \|Stat91	转录1，91KDA的信号换能器和激活剂	-	HPRD,BioGRID	10848598
tcerg1	CA150 \|MGC133200 \|taf2s	转录伸长调节器1	Two-hybrid	Biogrid	14499622
USP14	TGT	泛素特异性肽酶14（tRNA-曲霉糖基糖基酶）	Two-hybrid	Biogrid	14499622
ZBTB32	faxf \|fazf \|罗格\|TZFP \|ZNF538	zinc finger and BTB domain containing 32	亲和力捕获 - 韦斯特恩 Two-hybrid	Biogrid	10572087\|14499622
ZBTB32	faxf \|fazf \|罗格\|TZFP \|ZNF538	zinc finger and BTB domain containing 32	-	HPRD	10572087\|11986317
ZBTB32	faxf \|fazf \|罗格\|TZFP \|ZNF538	zinc finger and BTB domain containing 32	-	HPRD	11986317

Section V. Pathway annotation

路径名	路径大小	# SZGR 2.0 genes in pathway	信息
Biocarta Atrbrca途径	21	12	All SZGR 2.0 genes in this pathway
PID FANCONI PATHWAY	47	28	All SZGR 2.0 genes in this pathway
PID BARD1 PATHWAY	29	19	All SZGR 2.0 genes in this pathway
Reactome Fanconi贫血途径	25	11	All SZGR 2.0 genes in this pathway
Reactome DNA修复	112	59	All SZGR 2.0 genes in this pathway
阿霉素DN的Graessmann凋亡	1781	1082	All SZGR 2.0 genes in this pathway
Mathew Fanconi贫血基因	11	7	All SZGR 2.0 genes in this pathway
myllykangas放大热点8	18	7	All SZGR 2.0 genes in this pathway
SCHLOSSER SERUM RESPONSE DN	712	443	All SZGR 2.0 genes in this pathway
Mohankumar TLX1靶向	414	287	All SZGR 2.0 genes in this pathway
KIM MYCN AMPLIFICATION TARGETS UP	92	64	All SZGR 2.0 genes in this pathway
PUJANA BRCA1 PCC网络	1652	1023	All SZGR 2.0 genes in this pathway
洛佩兹MBD目标	957	597	All SZGR 2.0 genes in this pathway
带有E盒的WEI MYCN目标	795	478	All SZGR 2.0 genes in this pathway
Benporath SOX2目标	734	436	All SZGR 2.0 genes in this pathway
Mori大型BII淋巴细胞向上	86	49	All SZGR 2.0 genes in this pathway
Kauffmann DNA修复基因	230	137	All SZGR 2.0 genes in this pathway
伊万诺娃造血细胞和祖细胞	681	420	All SZGR 2.0 genes in this pathway
FOSTER TOLERANT MACROPHAGE DN	409	268	All SZGR 2.0 genes in this pathway
MATZUK MEIOTIC AND DNA REPAIR	39	26	All SZGR 2.0 genes in this pathway
格雷希克癌症复制号码	323	240	All SZGR 2.0 genes in this pathway
YOSHIMURA MAPK8 TARGETS UP	1305	895	All SZGR 2.0 genes in this pathway
甜肺癌Kras DN	435	289	All SZGR 2.0 genes in this pathway
Dutertre雌二醇反应24小时	324	193	All SZGR 2.0 genes in this pathway
wakabayashi脂肪形成PPARG绑定8D	658	397	All SZGR 2.0 genes in this pathway
Roessler肝癌转移	107	72	All SZGR 2.0 genes in this pathway

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