基因页:amer2
概括?
基因 | 219287 |
象征 | amer2 |
同义词 | FAM123A |
描述 | APC膜募集蛋白2 |
参考 | MIM:614659|HGNC:HGNC:26360|ENSEMBL:ENSG00000165566|HPRD:08067|Vega:Otthumg0000000016602 |
基因类型 | 蛋白质编码 |
地图位置 | 13Q12.13 |
Pascal P值 | 0.165 |
DEG P值 | DEG:ZHAO_2015:P = 5.38E-06:Q = 0.0257 |
数据源中的基因
基因集名称 | 基因组方法 | 描述 | 信息 |
---|---|---|---|
简历:PGCNP | 全基因组协会研究 | GWAS | |
DEG:Zhao_2015 | RNA测序分析 | 转录组测序和全基因组的关联分析揭示了精神分裂症和躁郁症中的溶酶体功能和肌动蛋白细胞骨架重塑。 |
第一节遗传学和表观遗传学注释
EQTL注释
SNP ID | 染色体 | 位置 | 主持人 | Gene Entrez ID | PVALUE | QVALUE | TSS距离 | EQTL类型 |
---|---|---|---|---|---|---|---|---|
RS17142759 | Chr10 | 7581464 | FAM123A | 219287 | 0.19 | 反式 | ||
RS11076856 | CHR16 | 4949814 | FAM123A | 219287 | 0.01 | 反式 | ||
RS6098023 | CHR20 | 53113740 | FAM123A | 219287 | 0.02 | 反式 |
第二节。转录组注释
一般基因表达(GTEX)
![无法使用](http://www.tjghsg.com/bioinfo/SZGR/GeneImg/AMER2_DE_GTEx.png)
时间变化的基因表达(brainspan)
脚注:
SC:亚皮质区域;SM:感觉运动区域;FC:额叶皮层;和TP:颞顶皮层
ST1:胎儿(13-26个概念后周),ST2:婴儿早期至童年(4个月至11年)和ST3:青春期至成年期(13-23年)
所示的栏表示表达分布的较低25%和上层25%。
大脑区域没有共表达基因
第三节。基因本体论注释
分子功能 | 去学期 | 证据 | 神经关键字 | PubMed ID |
---|---|---|---|---|
去:0005515 | 蛋白质结合 | IEA | - |
第六节。microRNA注释
mirna家族 | 目标位置 | mirna id | mirna seq | ||
---|---|---|---|---|---|
UTR开始 | UTR结束 | 匹配方法 | |||
mir-125/351 | 789 | 795 | 1a | HSA-MIR-125B脑 | ucccugagacccuaacuuguga |
HSA-MIR-125A脑 | ucccugagacccuuaaccugug | ||||
mir-128 | 527 | 533 | M8 | HSA-MIR-128A | ucacagugaaccggucuuuu |
HSA-MIR-128B | ucacagugaaccggucuuc | ||||
mir-140 | 57 | 63 | M8 | HSA-MIR-140脑 | agugguuuuacccuaugguag |
mir-153 | 631 | 637 | 1a | HSA-MIR-153 | Uugcauagucacaaaaguga |
mir-448 | 630 | 637 | 1A,M8 | HSA-MIR-448 | uugcauauguaggauguccccau |
mir-544 | 327 | 334 | 1A,M8 | HSA-MIR-544 | auucugcauuuuuuagcaagu |