基因页面:FAT2
总结吗?
| GeneID | 2196年 |
| 象征 | FAT2 |
| 同义词 | CDHF8 | CDHR9 | HFAT2 | MEGF1 |
| 描述 | 脂肪非典型钙粘着蛋白2 |
| 参考 | MIM: 604269|HGNC: HGNC: 3596|运用:ENSG00000086570|HPRD: 05041|织女:OTTHUMG00000130126 |
| 基因型 | 蛋白质编码 |
| 地图上的位置 | 5 q33.1 |
| 帕斯卡假定值 | 0.402 |
| 胎儿β | 0.117 |
| eGene | 伏隔核基底神经节 迈尔斯的顺式和反式 |
| 支持 | CompositeSet 达内尔FMRP目标 |
基因数据来源
| 基因集名称 | 基因的方法设置 | 描述 | 信息 |
|---|---|---|---|
| 简历:GWASdb | 全基因组关联研究 | 精神分裂症GWASdb记录 | |
| 简历:PGCnp | 全基因组关联研究 | GWAS | |
| GSMA_I | 基因组扫描分析 | Psr: 0.0032 | |
| GSMA_IIE | 基因组扫描荟萃分析(欧洲血统的样品) | Psr: 0.01718 | |
| GSMA_IIA | 基因组扫描荟萃分析(所有样品) | Psr: 0.00459 |
部分即遗传学和表观遗传学注释
eQTL注释
eQTL注释| SNP ID | 染色体 | 位置 | eGene | 基因Entrez ID | pvalue | qvalue | TSS距离 | eQTL类型 |
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| rs17392743 | chr1 | 54764240 | FAT2 | 2196年 | 0.19 | 反式 | ||
| rs4661202 | chr1 | 156572983 | FAT2 | 2196年 | 0.14 | 反式 | ||
| rs6687849 | chr1 | 175904808 | FAT2 | 2196年 | 0.12 | 反式 | ||
| rs2481653 | chr1 | 176044120 | FAT2 | 2196年 | 0.08 | 反式 | ||
| rs2502827 | chr1 | 176044216 | FAT2 | 2196年 | 0.01 | 反式 | ||
| rs12405921 | chr1 | 206695730 | FAT2 | 2196年 | 0.01 | 反式 | ||
| rs17572651 | chr1 | 218943612 | FAT2 | 2196年 | 0.01 | 反式 | ||
| rs16829545 | chr2 | 151977407 | FAT2 | 2196年 | 1.667 e-19 | 反式 | ||
| rs16841750 | chr2 | 158288461 | FAT2 | 2196年 | 0.01 | 反式 | ||
| rs3747518 | chr2 | 163128724 | FAT2 | 2196年 | 0.03 | 反式 | ||
| rs3845734 | chr2 | 171125572 | FAT2 | 2196年 | 1.247 e-5 | 反式 | ||
| rs7584986 | chr2 | 184111432 | FAT2 | 2196年 | 1.751 e-11 | 反式 | ||
| rs16878852 | chr4 | 27115684 | FAT2 | 2196年 | 0.19 | 反式 | ||
| rs2183142 | chr4 | 159232695 | FAT2 | 2196年 | 0 | 反式 | ||
| rs1396222 | chr4 | 173279496 | FAT2 | 2196年 | 0.13 | 反式 | ||
| rs335980 | chr4 | 173329784 | FAT2 | 2196年 | 0.07 | 反式 | ||
| rs337984 | chr4 | 173411662 | FAT2 | 2196年 | 0.07 | 反式 | ||
| rs6821203 | chr4 | 189475342 | FAT2 | 2196年 | 0.16 | 反式 | ||
| rs3111196 | chr5 | 54402889 | FAT2 | 2196年 | 0 | 反式 | ||
| rs17762315 | chr5 | 76807576 | FAT2 | 2196年 | 4.387 e-6 | 反式 | ||
| rs1380396 | chr5 | 100737044 | FAT2 | 2196年 | 0.05 | 反式 | ||
| rs6887062 | chr5 | 123850762 | FAT2 | 2196年 | 0.04 | 反式 | ||
| rs9461864 | chr6 | 33481468 | FAT2 | 2196年 | 0.04 | 反式 | ||
| rs2530313 | chr7 | 148112233 | FAT2 | 2196年 | 0.17 | 反式 | ||
| rs4263735 | chr8 | 77931285 | FAT2 | 2196年 | 0.08 | 反式 | ||
| rs3118341 | chr9 | 25185518 | FAT2 | 2196年 | 0.04 | 反式 | ||
| rs17158735 | chr10 | 2681063 | FAT2 | 2196年 | 0.13 | 反式 | ||
| rs2393316 | chr10 | 59333070 | FAT2 | 2196年 | 0.05 | 反式 | ||
| rs4980232 | chr10 | 124577756 | FAT2 | 2196年 | 0.09 | 反式 | ||
| rs12289208 | chr11 | 125224267 | FAT2 | 2196年 | 0.11 | 反式 | ||
| rs1526959 | chr12 | 79753789 | FAT2 | 2196年 | 0.17 | 反式 | ||
| rs16955618 | chr15 | 29937543 | FAT2 | 2196年 | 9.358 e-33 | 反式 | ||
| rs2414599 | chr15 | 58851618 | FAT2 | 2196年 | 0.17 | 反式 | ||
| rs154554 | chr16 | 22689068 | FAT2 | 2196年 | 0.09 | 反式 | ||
| rs7210845 | chr17 | 54122025 | FAT2 | 2196年 | 0.06 | 反式 | ||
| rs11873184 | chr18 | 1584081 | FAT2 | 2196年 | 0.09 | 反式 | ||
| rs1041786 | chr21 | 22617710 | FAT2 | 2196年 | 5.045 e-5 | 反式 |
第二部分。转录组注释
通用基因表达(GTEx)
基因表达在发展脉络(BrainCloud)
补充说明:
共有269个时间点秘密策划,n = 38胎儿样本(x = 1) 38分到来。每个三角形代表一个时间点。
基因表达的时空变化(BrainSpan)
补充说明:
SC:分皮质区域;SM:感觉运动区域;FC:额叶皮层;和TP:颞顶部皮层
某胎儿(13 - 26 postconception周),ST2:婴儿早期到晚期的童年(4个月到11年),和ST3:青春期到成年(13 - 23年)
代表低25%,显示的栏上25%的表达分布。
没有大脑中的基因区域
第三部分。基因本体论注释
| 分子功能 | 去的术语 | 证据 | 神经的关键词 | PubMed ID |
|---|---|---|---|---|
| 去:0005509 | 钙离子结合 | 国际能源机构 | - - - - - - | |
| 去:0005509 | 钙离子结合 | NAS | - - - - - - | |
| 去:0005515 | 蛋白结合 | 国际能源机构 | - - - - - - | |
| 生物过程 | 去的术语 | 证据 | 神经的关键词 | PubMed ID |
| 去:0007155 | 细胞粘附 | 国际能源机构 | - - - - - - | |
| 去:0007156 | 亲同种抗原的细胞粘附 | 国际能源机构 | - - - - - - | |
| 去:0008150 | biological_process | ND | - - - - - - | |
| 蜂窝组件 | 去的术语 | 证据 | 神经的关键词 | PubMed ID |
| 去:0005575 | cellular_component | ND | - - - - - - | |
| 去:0016020 | 膜 | 国际能源机构 | - - - - - - | |
| 去:0016021 | 不可或缺的膜 | 国际能源机构 | - - - - - - | |
| 去:0005886 | 等离子体膜 | 国际能源机构 | - - - - - - |
部分诉通路注释
| 路径名称 | 通道尺寸 | # SZGR 2.0基因通路 | 信息 |
|---|---|---|---|
| 中村肿瘤区周边与中央DN | 634年 | 384年 | 所有SZGR 2.0基因通路 |
| JAEGER转移DN | 258年 | 141年 | 所有SZGR 2.0基因通路 |
| 角化细胞DN ENK紫外线反应 | 485年 | 334年 | 所有SZGR 2.0基因通路 |
| SIMBULAN紫外线反应正常的DN | 33 | 27 | 所有SZGR 2.0基因通路 |
| 里克曼肿瘤分化和管理不善的DN | 382年 | 224年 | 所有SZGR 2.0基因通路 |
| 不知道背景目标2 DN | 464年 | 276年 | 所有SZGR 2.0基因通路 |
| DAZARD应对紫外线这些DN | 318年 | 220年 | 所有SZGR 2.0基因通路 |
| 集群G6 DAZARD紫外线反应 | 153年 | 112年 | 所有SZGR 2.0基因通路 |
| 阿塞维多甲基化在肝癌DN | 940年 | 425年 | 所有SZGR 2.0基因通路 |
| 萧述三乳腺癌基底 | 648年 | 398年 | 所有SZGR 2.0基因通路 |
| YOSHIMURA MAPK8目标了 | 1305年 | 895年 | 所有SZGR 2.0基因通路 |
| 通过TP53 CDKN1A吴细胞凋亡 | 55 | 31日 | 所有SZGR 2.0基因通路 |
| KOINUMA SMAD2或SMAD3的目标 | 824年 | 528年 | 所有SZGR 2.0基因通路 |
| DN PEDRIOLI MIR31目标 | 418年 | 245年 | 所有SZGR 2.0基因通路 |
| 由1日EGF ZWANG瞬变脉冲 | 1839年 | 928年 | 所有SZGR 2.0基因通路 |
部分VI. microRNA注释
| microrna的家庭 | 目标位置 | microrna的ID | microrna的seq | ||
|---|---|---|---|---|---|
| UTR开始 | UTR结束 | 匹配方法 | |||
| miR-17-5p / 20/93.mr / 106/519.d | 885年 | 891年 | m8 | hsa-miR-17-5p | CAAAGUGCUUACAGUGCAGGUAGU |
| hsa-miR-20a大脑 | UAAAGUGCUUAUAGUGCAGGUAG | ||||
| hsa - mir - 106 a | AAAAGUGCUUACAGUGCAGGUAGC | ||||
| hsa - mir - 106 b深圳 | UAAAGUGCUGACAGUGCAGAU | ||||
| hsa-miR-20b深圳 | CAAAGUGCUCAUAGUGCAGGUAG | ||||
| hsa - mir - 519 d | CAAAGUGCCUCCCUUUAGAGUGU | ||||
| hsa-miR-17-5p | CAAAGUGCUUACAGUGCAGGUAGU | ||||
| hsa-miR-20a大脑 | UAAAGUGCUUAUAGUGCAGGUAG | ||||
| hsa - mir - 106 a | AAAAGUGCUUACAGUGCAGGUAGC | ||||
| hsa - mir - 106 b深圳 | UAAAGUGCUGACAGUGCAGAU | ||||
| hsa-miR-20b深圳 | CAAAGUGCUCAUAGUGCAGGUAG | ||||
| hsa - mir - 519 d | CAAAGUGCCUCCCUUUAGAGUGU | ||||
| miR-221/222 | 1164年 | 1170年 | m8 | hsa - mir - 221大脑 | AGCUACAUUGUCUGCUGGGUUUC |
| hsa - mir - 222大脑 | AGCUACAUCUGGCUACUGGGUCUC | ||||
| mir - 377 | 1390年 | 1396年 | m8 | hsa - mir - 377 | AUCACACAAAGGCAACUUUUGU |