基因页：PHACTR1
概括？
| 基因 | 221692 |
| 象征 | PHACTR1 |
| 同义词 | rpel | rpel1 | dj257a7.2 |
| 描述 | 磷酸酶和肌动蛋白调节剂1 |
| 参考 | MIM：608723|HGNC：HGNC：20990|ENSEMBL：ENSG00000112137|HPRD：12283|Vega：Otthumg0000000014270 |
| 基因类型 | 蛋白质编码 |
| 地图位置 | 6p24.1 |
| Pascal P值 | 0.339 |
| Sherlock P值 | 0.718 |
| 胎儿β | -1.314 |
| DMG | 1（＃研究） |
| 主持人 | 迈尔斯的顺式和跨性别 |
| 支持 | G2CDB.HUMAN_BAYES-COLLINS-HUMAN-PSD-FULL G2CDB.HUMAN_BAYES-COLLINS-MOUSE-PSD-CONSUS COMPOSITESET Darnell FMRP目标 |
数据源中的基因
| 基因集名称 | 基因组方法 | 描述 | 信息 |
|---|---|---|---|
| 简历：PGCNP | 全基因组协会研究 | GWAS | |
| DMG：Wockner_2014 | 全基因组DNA甲基化分析 | 该数据集包括4641个差异甲基化探针，对应于精神分裂症患者（n = 24）和对照组（n = 24）之间的2929个独特基因。 | 1 |
| GSMA_I | 基因组扫描荟萃分析 | PSR：0.0159 |
第一节遗传学和表观遗传学注释
差异甲基化基因
差异甲基化基因| 探测 | 染色体 | 位置 | 最近的基因 | p（dis） | beta（dis） | fdr（dis） | 学习 |
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| CG21538684 | 6 | 13274180 | PHACTR1 | 2.225E-4 | 0.295 | 0.036 | DMG：Wockner_2014 |
EQTL注释
| SNP ID | 染色体 | 位置 | 主持人 | Gene Entrez ID | PVALUE | QVALUE | TSS距离 | EQTL类型 |
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| RS4715861 | CHR6 | 14009618 | PHACTR1 | 221692 | 0.08 | 顺式 | ||
| RS4951059 | CHR1 | 204258018 | PHACTR1 | 221692 | 0.07 | 反式 | ||
| RS17014160 | CHR1 | 206855799 | PHACTR1 | 221692 | 0.01 | 反式 | ||
| SNP_A-2090942 | 0 | PHACTR1 | 221692 | 0.08 | 反式 | |||
| RS17014165 | CHR1 | 206856485 | PHACTR1 | 221692 | 0.08 | 反式 | ||
| RS6733654 | CHR2 | 1963270 | PHACTR1 | 221692 | 0.02 | 反式 | ||
| RS2712089 | CHR2 | 24080273 | PHACTR1 | 221692 | 0.04 | 反式 | ||
| RS6544404 | CHR2 | 41502544 | PHACTR1 | 221692 | 0.19 | 反式 | ||
| RS17029291 | CHR3 | 32402138 | PHACTR1 | 221692 | 6.006e-5 | 反式 | ||
| RS1553189 | CHR3 | 112939422 | PHACTR1 | 221692 | 0.19 | 反式 | ||
| RS1807299 | CHR3 | 134470799 | PHACTR1 | 221692 | 0.03 | 反式 | ||
| RS830202 | CHR3 | 165654796 | PHACTR1 | 221692 | 0.04 | 反式 | ||
| RS2339917 | CHR3 | 179669447 | PHACTR1 | 221692 | 0.04 | 反式 | ||
| RS6813178 | CHR4 | 71575238 | PHACTR1 | 221692 | 0.01 | 反式 | ||
| RS6843749 | CHR4 | 84847249 | PHACTR1 | 221692 | 0.07 | 反式 | ||
| RS16901958 | CHR5 | 44776555 | PHACTR1 | 221692 | 0.15 | 反式 | ||
| RS750544 | CHR5 | 51749054 | PHACTR1 | 221692 | 0.02 | 反式 | ||
| RS17146240 | CHR5 | 119522933 | PHACTR1 | 221692 | 0.01 | 反式 | ||
| RS17146261 | CHR5 | 119534252 | PHACTR1 | 221692 | 0.01 | 反式 | ||
| RS2807510 | CHR6 | 73090536 | PHACTR1 | 221692 | 0.08 | 反式 | ||
| RS542717 | CHR6 | 75934072 | PHACTR1 | 221692 | 0.13 | 反式 | ||
| RS4617108 | CHR7 | 49423831 | PHACTR1 | 221692 | 0.11 | 反式 | ||
| RS3779536 | CHR7 | 127233976 | PHACTR1 | 221692 | 0.07 | 反式 | ||
| RS3105341 | Chr10 | 58849852 | PHACTR1 | 221692 | 0.18 | 反式 | ||
| RS1717532 | Chr10 | 59017025 | PHACTR1 | 221692 | 0.13 | 反式 | ||
| RS12569493 | Chr10 | 74886042 | PHACTR1 | 221692 | 0.12 | 反式 | ||
| RS16930362 | Chr10 | 74890320 | PHACTR1 | 221692 | 0.04 | 反式 | ||
| RS7092445 | Chr10 | 74921991 | PHACTR1 | 221692 | 0.09 | 反式 | ||
| RS11000607 | Chr10 | 75089777 | PHACTR1 | 221692 | 0.13 | 反式 | ||
| RS12571454 | Chr10 | 75208954 | PHACTR1 | 221692 | 0.08 | 反式 | ||
| RS1700369 | CHR12 | 127842232 | PHACTR1 | 221692 | 0.02 | 反式 | ||
| RS1324669 | CHR13 | 107872446 | PHACTR1 | 221692 | 9.699E-4 | 反式 | ||
| RS3742829 | CHR14 | 73489267 | PHACTR1 | 221692 | 0.15 | 反式 | ||
| RS8055506 | CHR16 | 13661723 | PHACTR1 | 221692 | 0.18 | 反式 | ||
| RS16962446 | CHR16 | 13694936 | PHACTR1 | 221692 | 0.04 | 反式 | ||
| RS2239335 | CHR16 | 22897794 | PHACTR1 | 221692 | 0.06 | 反式 | ||
| RS9937567 | CHR16 | 66364752 | PHACTR1 | 221692 | 0.08 | 反式 | ||
| RS6098023 | CHR20 | 53113740 | PHACTR1 | 221692 | 0 | 反式 | ||
| RS6015314 | CHR20 | 57167224 | PHACTR1 | 221692 | 0.01 | 反式 | ||
| RS12157904 | CHR22 | 37982011 | PHACTR1 | 221692 | 0.13 | 反式 | ||
| RS17145698 | Chrx | 40218345 | PHACTR1 | 221692 | 0.01 | 反式 |
第二节。转录组注释
一般基因表达（GTEX）
Devlopment期间的基因表达（BrainCloud）
脚注：
总共绘制了269个时间点，n = 38个胎儿样品（x = 1：38）。每个三角形代表一个时间点。
时间变化的基因表达（brainspan）
脚注：
SC：亚皮质区域；SM：感觉运动区域；FC：额叶皮层；和TP：颞顶皮层
ST1：胎儿（13-26个概念后周），ST2：婴儿早期至童年（4个月至11年）和ST3：青春期至成年期（13-23年）
所示的栏表示表达分布的较低25％和上层25％。
大脑区域没有共表达基因
第三节。基因本体论注释
| 分子功能 | 去学期 | 证据 | 神经关键字 | PubMed ID |
|---|---|---|---|---|
| 去：0003779 | 肌动蛋白结合 | IEA | - | |
| 去：0004864 | 蛋白质磷酸酶抑制剂活性 | IEA | - | |
| 细胞分量 | 去学期 | 证据 | 神经关键字 | PubMed ID |
| GO：0045202 | 突触 | IEA | 神经元，突触，神经递质，神经胶质（GO期限：2） | - |
| 去：0005737 | 细胞质 | IEA | - | |
| GO：0030054 | 细胞连接 | IEA | - |
V.途径注释
| 路径名 | 路径大小 | ＃szgr 2.0基因 | 信息 |
|---|---|---|---|
| Onken Uveal黑色素瘤 | 783 | 507 | 该途径中的所有SZGR 2.0基因 |
| Jaatinen造血干细胞向上 | 316 | 190 | 该途径中的所有SZGR 2.0基因 |
| 多德鼻咽癌 | 1821年 | 933 | 该途径中的所有SZGR 2.0基因 |
| Pujana ATM PCC网络 | 1442 | 892 | 该途径中的所有SZGR 2.0基因 |
| Schaeffer前列腺开发48小时DN | 428 | 306 | 该途径中的所有SZGR 2.0基因 |
| Nikolsky乳腺癌6p24 P22 Amplicon | 21 | 17 | 该途径中的所有SZGR 2.0基因 |
| Basso CD40信号向上 | 101 | 76 | 该途径中的所有SZGR 2.0基因 |
| dazard对紫外线nhek的反应 | 244 | 151 | 该途径中的所有SZGR 2.0基因 |
| dazard UV响应集群G1 | 67 | 41 | 该途径中的所有SZGR 2.0基因 |
| Krige对Tosedostat 6小时DN的响应 | 911 | 527 | 该途径中的所有SZGR 2.0基因 |
| Krige对Tosedostat 24小时DN的反应 | 1011 | 592 | 该途径中的所有SZGR 2.0基因 |
| H3K27me3 | 196 | 93 | 该途径中的所有SZGR 2.0基因 |
| Zhang GATA6靶向DN | 64 | 46 | 该途径中的所有SZGR 2.0基因 |
| ERBB2 CDC25A DN的射线肿瘤发生 | 159 | 105 | 该途径中的所有SZGR 2.0基因 |
| Rutella对CSF2RB和IL4 DN的响应 | 315 | 201 | 该途径中的所有SZGR 2.0基因 |
| Rutella对HGF DN的响应 | 235 | 144 | 该途径中的所有SZGR 2.0基因 |
| Rutella对HGF与CSF2RB和IL4的反应 | 408 | 276 | 该途径中的所有SZGR 2.0基因 |
| Mikkelsen MEF ICP与H3K27Me3 | 206 | 108 | 该途径中的所有SZGR 2.0基因 |
| Mikkelsen MEF HCP带有H3K27ME3 | 590 | 403 | 该途径中的所有SZGR 2.0基因 |
| Wierenga Stat5A靶向 | 217 | 131 | 该途径中的所有SZGR 2.0基因 |
| Wierenga Stat5a Targets Group1 | 136 | 76 | 该途径中的所有SZGR 2.0基因 |
| Bruins通过TP53组D的UVC响应 | 280 | 158 | 该途径中的所有SZGR 2.0基因 |
第六节。microRNA注释
| mirna家族 | 目标位置 | mirna id | mirna seq | ||
|---|---|---|---|---|---|
| UTR开始 | UTR结束 | 匹配方法 | |||
| mir-335 | 12 | 18 | 1a | HSA-MIR-335脑 | UCAAGAGCAAUAACGAAAAAUAUGU |
| mir-34b | 106 | 112 | M8 | HSA-MIR-34B | uaggcagugucauagcugauug |
| mir-496 | 91 | 97 | 1a | HSA-MIR-496 | Auuacauggccaaucuc |