概括
基因 22827
象征 PUF60
同义词 fir | robpi | siahbp1 | vrjs
描述 聚(U)结合剪接因子60kDa
参考 MIM:604819|HGNC:HGNC:17042|Ensembl:ENSG00000179950|HPRD:18051|Vega:Otthumg00000165155
基因类型 蛋白质编码
地图位置 8Q24.3
Pascal P值 7.597E-5
Sherlock P值 0.208
TADA P值 0.012
胎儿β 0.584
DMG 1(#研究)
支持 COMPOSITESET

数据源中的基因
基因集名称 基因组方法 描述 信息
简历:PGCNP 全基因组协会研究 GWAS
DMG:Montano_2016 全基因组DNA甲基化分析 该数据集包括CPG与精神分裂症之间的172个复制关联。 1
DNM:Fromer_2014 整个外显子组测序分析 这项研究报道了WES对623个精神分裂症三重奏的研究,该研究使用基因组DNA报告了DNM。

第一节遗传学和表观遗传学注释

@DNM表

基因 染色体 位置 参考 alt 成绩单 AA更改 突变类型 CG46 特征 学习
PUF60 CHR8 144898899 C t NM_001136033
NM_001271096
NM_001271097
NM_001271098
NM_001271099
NM_001271100
NM_014281
NM_078480
p.448g> r
p.473g> r
p.445g> r
p.490g> r
p.462g> r
p.431g> r
p.474g> r
p.491g> r
错过
错过
错过
错过
错过
错过
错过
错过
精神分裂症 DNM:Fromer_2014

@差异甲基化基因

探测 染色体 位置 最近的基因 p(dis) beta(dis) fdr(dis) 学习
CG18431951 8 144906507 PUF60 1.39E-4 0.008 0.136 DMG:Montano_2016


第二节。转录组注释

一般基因表达(GTEX)

无法使用

Devlopment期间的基因表达(BrainCloud)

脚注:
总共绘制了269个时间点,n = 38个胎儿样品(x = 1:38)。每个三角形代表一个时间点。

时间变化的基因表达(brainspan)

脚注:
SC:亚皮质区域;SM:感觉运动区域;FC:额叶皮层;和TP:颞顶皮层
ST1:胎儿(13-26个概念后周),ST2:婴儿早期至童年(4个月至11年)和ST3:青春期至成年期(13-23年)
所示的栏表示表达分布的较低25%和上层25%。

大脑区域的顶级共表达基因

前10个积极共表达的基因
基因 皮尔逊的相关性 斯皮尔曼的相关性
NMNAT2 0.91 0.93
clcn4 0.91 0.91
FOXO3 0.90 0.92
HERC1 0.89 0.92
atcay 0.89 0.92
PRDM2 0.89 0.92
GSK3B 0.88 0.93
Smurf1 0.88 0.91
RNF111 0.88 0.91
ube2o 0.88 0.91
前10个负共表达基因
基因 皮尔逊的相关性 斯皮尔曼的相关性
FXYD1 -0.71 -0.78
serpinb6 -0.69 -0.73
AF347015.31 -0.69 -0.76
S100A16 -0.69 -0.75
higd1b -0.69 -0.78
MT-CO2 -0.68 -0.77
TLCD1 -0.68 -0.75
AC021016.1 -0.67 -0.74
COPZ2 -0.66 -0.71
AF347015.33 -0.66 -0.72

第四节。蛋白质蛋白相互作用注释

互动者 别名b 官方全名b 实验 资源 PubMed ID
CD2BP2 FWP010 |lin1 |SNU40 |U5-52K CD2(细胞质尾巴)结合蛋白2 亲和力捕获ms Biogrid 17353931
CHD3 Mi-2a |mi2-alpha |ZFH 染色体群酶DNA结合蛋白3 两个杂交 Biogrid 16169070
ddx3x DBX |ddx14 |ddx3 |HLP2 死亡(ASP-GLU-ALA-ASP)盒多肽3,X连接 亲和力捕获ms Biogrid 17353931
ELAC2 ELC2 |FLJ10530 |FLJ36693 |FLJ42848 |HPC2 ELAC同源2(大肠杆菌) 亲和力捕获ms Biogrid 17353931
ewsr1 ews 尤因肉瘤断裂点区域1 亲和力捕获ms Biogrid 17353931
FUBP1 FBP |fubp 上游元素(保险丝)结合蛋白1 - HPRD 10882074
G3BP1 G3BP |HDH-VIII |MGC111040 GTPase激活蛋白(SH3结构域)结合蛋白1 亲和力捕获ms Biogrid 17353931
HNRNPA3 2610510d13rik |D10S102 |fbrnp |HNRPA3 |MGC138232 |MGC142030 异质核核糖核蛋白A3 亲和力捕获ms Biogrid 17353931
hnrnpc C1 |C2 |hnrnp |HNRPC |MGC104306 |MGC105117 |MGC117353 |MGC131677 |SNRPC 异质性核核糖核蛋白C(C1/C2) 亲和力捕获ms Biogrid 17353931
hnrnpl FLJ35509 |hnrpl |p/okcl.14 |HNRNP-L 异质核核糖核蛋白L 亲和力捕获ms Biogrid 17353931
IGF2BP1 CRD-BP |CRDBP |imp-1 |imp1 |Vickz1 |ZBP1 胰岛素样生长因子2 mRNA结合蛋白1 亲和力捕获ms Biogrid 17353931
IGF2BP2 imp-2 |imp2 |Vickz2 |p62 胰岛素样生长因子2 mRNA结合蛋白2 亲和力捕获ms Biogrid 17353931
IGF2BP3 DKFZP686F1078 |Imp-3 |imp3 |Koc1 |Vickz3 胰岛素样生长因子2 mRNA结合蛋白3 亲和力捕获ms Biogrid 17353931
伊尔克 DKFZP686F1765 |P59 整联蛋白连接激酶 亲和力捕获ms Biogrid 17353931
KHSRP FBP2 |fubp2 |KSRP |MGC99676 KH型剪接调节蛋白 亲和力捕获ms Biogrid 17353931
LOH12CR1 LOH1CR12 杂合性丧失,12,染色体区域1 两个杂交 Biogrid 16189514
mov10 DKFZP667O1423 |FLJ32791 |KIAA1631 |FSAP113 |GB110 MOV10,Moloney白血病病毒10,同源物(小鼠) 亲和力捕获ms Biogrid 17353931
OLA1 dkfzp313H1942 |GTPBP9 |PTD004 obg样ATPase 1 亲和力捕获ms Biogrid 17353931
P4HB DSI |ERBA2L |git |PDI |PDIA1 |PHDB |PO4DB |PO4HB |prohb Procollagen-丙啉,2-氧基谷物4-二氧酶(脯氨酸4-羟化酶),β多肽 亲和力捕获ms Biogrid 17353931
PABPC1 pab1 |PABP |PABP1 |PABPC2 |PABPL1 聚(A)结合蛋白,细胞质1 亲和力捕获ms Biogrid 17353931
PABPC4 App-1 |App1 |FLJ43938 |PABP4 |ipabp 聚(A)结合蛋白,细胞质4(诱导形式) 亲和力捕获ms Biogrid 17353931
PPP1R16A MGC14333 |mypt3 蛋白质磷酸酶1,调节(抑制剂)亚基16A 两个杂交 Biogrid 16169070
PUF60 fir |FLJ31379 |robpi |siahbp1 poly-U结合剪接因子60kDa 两个杂交 Biogrid 16189514
RNMTL1 FLJ10581 |HC90 RNA甲基转移酶像1 亲和力捕获ms Biogrid 17353931
RNPS1 E5.1 |MGC117332 RNA结合蛋白S1,富含丝氨酸的结构域 亲和力捕获ms Biogrid 17353931
SAP30BP DKFZP586L2022 |hcngp |htrg |HTRP SAP30结合蛋白 两个杂交 Biogrid 16189514
SARS2 FLJ20450 |sars |SARSM |sers |系统|serrsmt |mtserrs 塞基-TRNA合成酶2,线粒体 亲和力捕获ms Biogrid 17353931
SF3A2 prp11 |PRPF11 |SAP62 |SF3A66 剪接因子3a,亚基2,66KDA 亲和力捕获ms Biogrid 12234937
SF3A3 prp9 |prpf9 |SAP61 |SF3A60 剪接因子3a,亚基3,60kDa 亲和力捕获ms Biogrid 17353931
SF3B1 prp10 |PRPF10 |SAP155 |SF3B155 剪接因子3B,亚基1,155KDA 亲和力捕获ms Biogrid 17353931
SFRS11 DKFZP686M13204 |DJ677H15.2 |p54 剪接因子,精氨酸/丝氨酸富含11 亲和力捕获ms Biogrid 17353931
SFRS11 DKFZP686M13204 |DJ677H15.2 |p54 剪接因子,精氨酸/丝氨酸富含11 - HPRD 10606266
SSB larp3 |洛杉矶 Sjogren综合征抗原B(自动抗原LA) 亲和力捕获ms Biogrid 17353931
斯托姆 BND7 |EPB7 |EPB72 墨水 亲和力捕获ms Biogrid 17353931
合并 gry-rbp |HNRPQ1 |NSAP1 |RP1-3J17.2 |DJ3J17.2 |HNRNP-Q |pp68 Synaptotagmin结合,细胞质RNA相互作用蛋白 亲和力捕获ms Biogrid 17353931
TROVE2 RO60 |SSA2 Trove Domain家族,会员2 亲和力捕获ms Biogrid 17353931
TTN CMD1G |CMH9 |CMPD4 |connectin |DKFZP451N061 |EOMFC |FLJ26020 |FLJ26409 |FLJ32040 |FLJ34413 | FLJ39564 | FLJ43066 | HMERF | LGMD2J | TMD 山雀 亲和力捕获ms Biogrid 17353931
U2AF2 U2AF65 U2小核RNA辅助因子2 亲和力捕获ms
两个杂交
Biogrid 16189514|17353931
UGP2 UDPG |UDPGP2 |UGPP2 |PHC379 UDP-葡萄糖焦磷酸化酶2 亲和力捕获ms Biogrid 17353931
vim FLJ36605 波形蛋白 两个杂交 Biogrid 16169070


V.途径注释

路径名 路径大小 #szgr 2.0基因 信息
kegg剪接体 128 72 该途径中的所有SZGR 2.0基因
中村肿瘤区周围与中央 285 181 该途径中的所有SZGR 2.0基因
deurig t细胞促进性白血病 368 234 该途径中的所有SZGR 2.0基因
Borczuk恶性间皮瘤 305 185 该途径中的所有SZGR 2.0基因
Gaussmann MLL AF4融合靶标C向上 170 114 该途径中的所有SZGR 2.0基因
patil肝癌 747 453 该途径中的所有SZGR 2.0基因
Gruetzmann胰腺癌 358 245 该途径中的所有SZGR 2.0基因
洛佩兹MBD目标 957 597 该途径中的所有SZGR 2.0基因
洛克伍德在肺癌中放大 214 139 该途径中的所有SZGR 2.0基因
Nikolsky乳腺癌8Q23 Q24 AMPLICON 157 87 该途径中的所有SZGR 2.0基因
LEI MYB目标 318 215 该途径中的所有SZGR 2.0基因
Lenaour树突状细胞成熟DN 128 90 该途径中的所有SZGR 2.0基因
克拉斯的iwanaga致癌作用 170 107 该途径中的所有SZGR 2.0基因
MILI假足趋化性DN 457 302 该途径中的所有SZGR 2.0基因
米利假足型haptotaxis dn 668 419 该途径中的所有SZGR 2.0基因
黑川肝癌早期复发 12 9 该途径中的所有SZGR 2.0基因
冈本肝癌多中心发生 25 15 该途径中的所有SZGR 2.0基因
开罗肝母细胞瘤上课 605 377 该途径中的所有SZGR 2.0基因
YAO对孕酮簇的时间反应17 181 101 该途径中的所有SZGR 2.0基因
Kim所有疾病少突胶质细胞编号corr up 756 494 该途径中的所有SZGR 2.0基因
金双相情感障碍少突胶质细胞密度相关 682 440 该途径中的所有SZGR 2.0基因
Kim所有疾病持续时间corr dn 146 90 该途径中的所有SZGR 2.0基因
Krieg KDM3A靶向缺氧 208 107 该途径中的所有SZGR 2.0基因