基因页:PUF60
概括?
基因 | 22827 |
象征 | PUF60 |
同义词 | fir | robpi | siahbp1 | vrjs |
描述 | 聚(U)结合剪接因子60kDa |
参考 | MIM:604819|HGNC:HGNC:17042|Ensembl:ENSG00000179950|HPRD:18051|Vega:Otthumg00000165155 |
基因类型 | 蛋白质编码 |
地图位置 | 8Q24.3 |
Pascal P值 | 7.597E-5 |
Sherlock P值 | 0.208 |
TADA P值 | 0.012 |
胎儿β | 0.584 |
DMG | 1(#研究) |
支持 | COMPOSITESET |
数据源中的基因
基因集名称 | 基因组方法 | 描述 | 信息 |
---|---|---|---|
简历:PGCNP | 全基因组协会研究 | GWAS | |
DMG:Montano_2016 | 全基因组DNA甲基化分析 | 该数据集包括CPG与精神分裂症之间的172个复制关联。 | 1 |
DNM:Fromer_2014 | 整个外显子组测序分析 | 这项研究报道了WES对623个精神分裂症三重奏的研究,该研究使用基因组DNA报告了DNM。 |
第一节遗传学和表观遗传学注释
DNM表
基因 | 染色体 | 位置 | 参考 | alt | 成绩单 | AA更改 | 突变类型 | 筛 | CG46 | 特征 | 学习 |
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
PUF60 | CHR8 | 144898899 | C | t | NM_001136033 NM_001271096 NM_001271097 NM_001271098 NM_001271099 NM_001271100 NM_014281 NM_078480 |
p.448g> r p.473g> r p.445g> r p.490g> r p.462g> r p.431g> r p.474g> r p.491g> r |
错过 错过 错过 错过 错过 错过 错过 错过 |
精神分裂症 | DNM:Fromer_2014 |
差异甲基化基因
探测 | 染色体 | 位置 | 最近的基因 | p(dis) | beta(dis) | fdr(dis) | 学习 |
---|---|---|---|---|---|---|---|
CG18431951 | 8 | 144906507 | PUF60 | 1.39E-4 | 0.008 | 0.136 | DMG:Montano_2016 |
第二节。转录组注释
一般基因表达(GTEX)
![无法使用](http://www.tjghsg.com/bioinfo/SZGR/GeneImg/PUF60_DE_GTEx.png)
Devlopment期间的基因表达(BrainCloud)
脚注:
总共绘制了269个时间点,n = 38个胎儿样品(x = 1:38)。每个三角形代表一个时间点。
时间变化的基因表达(brainspan)
脚注:
SC:亚皮质区域;SM:感觉运动区域;FC:额叶皮层;和TP:颞顶皮层
ST1:胎儿(13-26个概念后周),ST2:婴儿早期至童年(4个月至11年)和ST3:青春期至成年期(13-23年)
所示的栏表示表达分布的较低25%和上层25%。
大脑区域的顶级共表达基因
前10个积极共表达的基因 | ||
基因 | 皮尔逊的相关性 | 斯皮尔曼的相关性 |
NMNAT2 | 0.91 | 0.93 |
clcn4 | 0.91 | 0.91 |
FOXO3 | 0.90 | 0.92 |
HERC1 | 0.89 | 0.92 |
atcay | 0.89 | 0.92 |
PRDM2 | 0.89 | 0.92 |
GSK3B | 0.88 | 0.93 |
Smurf1 | 0.88 | 0.91 |
RNF111 | 0.88 | 0.91 |
ube2o | 0.88 | 0.91 |
前10个负共表达基因 | ||
基因 | 皮尔逊的相关性 | 斯皮尔曼的相关性 |
FXYD1 | -0.71 | -0.78 |
serpinb6 | -0.69 | -0.73 |
AF347015.31 | -0.69 | -0.76 |
S100A16 | -0.69 | -0.75 |
higd1b | -0.69 | -0.78 |
MT-CO2 | -0.68 | -0.77 |
TLCD1 | -0.68 | -0.75 |
AC021016.1 | -0.67 | -0.74 |
COPZ2 | -0.66 | -0.71 |
AF347015.33 | -0.66 | -0.72 |
第四节。蛋白质蛋白相互作用注释
互动者 | 别名b | 官方全名b | 实验 | 资源 | PubMed ID |
---|---|---|---|---|---|
CD2BP2 | FWP010 |lin1 |SNU40 |U5-52K | CD2(细胞质尾巴)结合蛋白2 | 亲和力捕获ms | Biogrid | 17353931 |
CHD3 | Mi-2a |mi2-alpha |ZFH | 染色体群酶DNA结合蛋白3 | 两个杂交 | Biogrid | 16169070 |
ddx3x | DBX |ddx14 |ddx3 |HLP2 | 死亡(ASP-GLU-ALA-ASP)盒多肽3,X连接 | 亲和力捕获ms | Biogrid | 17353931 |
ELAC2 | ELC2 |FLJ10530 |FLJ36693 |FLJ42848 |HPC2 | ELAC同源2(大肠杆菌) | 亲和力捕获ms | Biogrid | 17353931 |
ewsr1 | ews | 尤因肉瘤断裂点区域1 | 亲和力捕获ms | Biogrid | 17353931 |
FUBP1 | FBP |fubp | 上游元素(保险丝)结合蛋白1 | - | HPRD | 10882074 |
G3BP1 | G3BP |HDH-VIII |MGC111040 | GTPase激活蛋白(SH3结构域)结合蛋白1 | 亲和力捕获ms | Biogrid | 17353931 |
HNRNPA3 | 2610510d13rik |D10S102 |fbrnp |HNRPA3 |MGC138232 |MGC142030 | 异质核核糖核蛋白A3 | 亲和力捕获ms | Biogrid | 17353931 |
hnrnpc | C1 |C2 |hnrnp |HNRPC |MGC104306 |MGC105117 |MGC117353 |MGC131677 |SNRPC | 异质性核核糖核蛋白C(C1/C2) | 亲和力捕获ms | Biogrid | 17353931 |
hnrnpl | FLJ35509 |hnrpl |p/okcl.14 |HNRNP-L | 异质核核糖核蛋白L | 亲和力捕获ms | Biogrid | 17353931 |
IGF2BP1 | CRD-BP |CRDBP |imp-1 |imp1 |Vickz1 |ZBP1 | 胰岛素样生长因子2 mRNA结合蛋白1 | 亲和力捕获ms | Biogrid | 17353931 |
IGF2BP2 | imp-2 |imp2 |Vickz2 |p62 | 胰岛素样生长因子2 mRNA结合蛋白2 | 亲和力捕获ms | Biogrid | 17353931 |
IGF2BP3 | DKFZP686F1078 |Imp-3 |imp3 |Koc1 |Vickz3 | 胰岛素样生长因子2 mRNA结合蛋白3 | 亲和力捕获ms | Biogrid | 17353931 |
伊尔克 | DKFZP686F1765 |P59 | 整联蛋白连接激酶 | 亲和力捕获ms | Biogrid | 17353931 |
KHSRP | FBP2 |fubp2 |KSRP |MGC99676 | KH型剪接调节蛋白 | 亲和力捕获ms | Biogrid | 17353931 |
LOH12CR1 | LOH1CR12 | 杂合性丧失,12,染色体区域1 | 两个杂交 | Biogrid | 16189514 |
mov10 | DKFZP667O1423 |FLJ32791 |KIAA1631 |FSAP113 |GB110 | MOV10,Moloney白血病病毒10,同源物(小鼠) | 亲和力捕获ms | Biogrid | 17353931 |
OLA1 | dkfzp313H1942 |GTPBP9 |PTD004 | obg样ATPase 1 | 亲和力捕获ms | Biogrid | 17353931 |
P4HB | DSI |ERBA2L |git |PDI |PDIA1 |PHDB |PO4DB |PO4HB |prohb | Procollagen-丙啉,2-氧基谷物4-二氧酶(脯氨酸4-羟化酶),β多肽 | 亲和力捕获ms | Biogrid | 17353931 |
PABPC1 | pab1 |PABP |PABP1 |PABPC2 |PABPL1 | 聚(A)结合蛋白,细胞质1 | 亲和力捕获ms | Biogrid | 17353931 |
PABPC4 | App-1 |App1 |FLJ43938 |PABP4 |ipabp | 聚(A)结合蛋白,细胞质4(诱导形式) | 亲和力捕获ms | Biogrid | 17353931 |
PPP1R16A | MGC14333 |mypt3 | 蛋白质磷酸酶1,调节(抑制剂)亚基16A | 两个杂交 | Biogrid | 16169070 |
PUF60 | fir |FLJ31379 |robpi |siahbp1 | poly-U结合剪接因子60kDa | 两个杂交 | Biogrid | 16189514 |
RNMTL1 | FLJ10581 |HC90 | RNA甲基转移酶像1 | 亲和力捕获ms | Biogrid | 17353931 |
RNPS1 | E5.1 |MGC117332 | RNA结合蛋白S1,富含丝氨酸的结构域 | 亲和力捕获ms | Biogrid | 17353931 |
SAP30BP | DKFZP586L2022 |hcngp |htrg |HTRP | SAP30结合蛋白 | 两个杂交 | Biogrid | 16189514 |
SARS2 | FLJ20450 |sars |SARSM |sers |系统|serrsmt |mtserrs | 塞基-TRNA合成酶2,线粒体 | 亲和力捕获ms | Biogrid | 17353931 |
SF3A2 | prp11 |PRPF11 |SAP62 |SF3A66 | 剪接因子3a,亚基2,66KDA | 亲和力捕获ms | Biogrid | 12234937 |
SF3A3 | prp9 |prpf9 |SAP61 |SF3A60 | 剪接因子3a,亚基3,60kDa | 亲和力捕获ms | Biogrid | 17353931 |
SF3B1 | prp10 |PRPF10 |SAP155 |SF3B155 | 剪接因子3B,亚基1,155KDA | 亲和力捕获ms | Biogrid | 17353931 |
SFRS11 | DKFZP686M13204 |DJ677H15.2 |p54 | 剪接因子,精氨酸/丝氨酸富含11 | 亲和力捕获ms | Biogrid | 17353931 |
SFRS11 | DKFZP686M13204 |DJ677H15.2 |p54 | 剪接因子,精氨酸/丝氨酸富含11 | - | HPRD | 10606266 |
SSB | larp3 |洛杉矶 | Sjogren综合征抗原B(自动抗原LA) | 亲和力捕获ms | Biogrid | 17353931 |
斯托姆 | BND7 |EPB7 |EPB72 | 墨水 | 亲和力捕获ms | Biogrid | 17353931 |
合并 | gry-rbp |HNRPQ1 |NSAP1 |RP1-3J17.2 |DJ3J17.2 |HNRNP-Q |pp68 | Synaptotagmin结合,细胞质RNA相互作用蛋白 | 亲和力捕获ms | Biogrid | 17353931 |
TROVE2 | RO60 |SSA2 | Trove Domain家族,会员2 | 亲和力捕获ms | Biogrid | 17353931 |
TTN | CMD1G |CMH9 |CMPD4 |connectin |DKFZP451N061 |EOMFC |FLJ26020 |FLJ26409 |FLJ32040 |FLJ34413 | FLJ39564 | FLJ43066 | HMERF | LGMD2J | TMD | 山雀 | 亲和力捕获ms | Biogrid | 17353931 |
U2AF2 | U2AF65 | U2小核RNA辅助因子2 | 亲和力捕获ms 两个杂交 |
Biogrid | 16189514|17353931 |
UGP2 | UDPG |UDPGP2 |UGPP2 |PHC379 | UDP-葡萄糖焦磷酸化酶2 | 亲和力捕获ms | Biogrid | 17353931 |
vim | FLJ36605 | 波形蛋白 | 两个杂交 | Biogrid | 16169070 |
V.途径注释
路径名 | 路径大小 | #szgr 2.0基因 | 信息 |
---|---|---|---|
kegg剪接体 | 128 | 72 | 该途径中的所有SZGR 2.0基因 |
中村肿瘤区周围与中央 | 285 | 181 | 该途径中的所有SZGR 2.0基因 |
deurig t细胞促进性白血病 | 368 | 234 | 该途径中的所有SZGR 2.0基因 |
Borczuk恶性间皮瘤 | 305 | 185 | 该途径中的所有SZGR 2.0基因 |
Gaussmann MLL AF4融合靶标C向上 | 170 | 114 | 该途径中的所有SZGR 2.0基因 |
patil肝癌 | 747 | 453 | 该途径中的所有SZGR 2.0基因 |
Gruetzmann胰腺癌 | 358 | 245 | 该途径中的所有SZGR 2.0基因 |
洛佩兹MBD目标 | 957 | 597 | 该途径中的所有SZGR 2.0基因 |
洛克伍德在肺癌中放大 | 214 | 139 | 该途径中的所有SZGR 2.0基因 |
Nikolsky乳腺癌8Q23 Q24 AMPLICON | 157 | 87 | 该途径中的所有SZGR 2.0基因 |
LEI MYB目标 | 318 | 215 | 该途径中的所有SZGR 2.0基因 |
Lenaour树突状细胞成熟DN | 128 | 90 | 该途径中的所有SZGR 2.0基因 |
克拉斯的iwanaga致癌作用 | 170 | 107 | 该途径中的所有SZGR 2.0基因 |
MILI假足趋化性DN | 457 | 302 | 该途径中的所有SZGR 2.0基因 |
米利假足型haptotaxis dn | 668 | 419 | 该途径中的所有SZGR 2.0基因 |
黑川肝癌早期复发 | 12 | 9 | 该途径中的所有SZGR 2.0基因 |
冈本肝癌多中心发生 | 25 | 15 | 该途径中的所有SZGR 2.0基因 |
开罗肝母细胞瘤上课 | 605 | 377 | 该途径中的所有SZGR 2.0基因 |
YAO对孕酮簇的时间反应17 | 181 | 101 | 该途径中的所有SZGR 2.0基因 |
Kim所有疾病少突胶质细胞编号corr up | 756 | 494 | 该途径中的所有SZGR 2.0基因 |
金双相情感障碍少突胶质细胞密度相关 | 682 | 440 | 该途径中的所有SZGR 2.0基因 |
Kim所有疾病持续时间corr dn | 146 | 90 | 该途径中的所有SZGR 2.0基因 |
Krieg KDM3A靶向缺氧 | 208 | 107 | 该途径中的所有SZGR 2.0基因 |