基因页：clstn1
Summary？
| GeneID | 22883 |
| 象征 | clstn1 |
| 同义词 | alc-alpha | cdhr12 | cst-1 | cstn1 | pik3cd | xb31alpha | alcalpha1 | alcalpha2 |
| 描述 | Calsyntenin 1 |
| 参考 | MIM:611321|HGNC：HGNC：17447|ENSEMBL：ENSG00000171603|HPRD：10837|Vega：Otthumg00000001451 |
| 基因类型 | 蛋白质编码 |
| 地图位置 | 1p36.22 |
| Pascal P值 | 0.411 |
| Sherlock P值 | 0.002 |
| DMG | 1（＃研究） |
| 支持 | COMPOSITESET Darnell FMRP目标 Ascano FMRP目标 |
Gene in Data Sources
| 基因集名称 | 基因组方法 | 描述 | 信息 |
|---|---|---|---|
| 简历：PGCNP | 全基因组协会研究 | GWAS | |
| DMG：Vaneijk_2014 | 全基因组DNA甲基化分析 | 该数据集包括432个差异甲基化的CpG位点，对应于精神分裂症患者（n = 260）和未受影响的对照（n = 250）之间的391个独特的转录本。 | 1 |
| go_annotation | 将与神经相关的关键字映射到基因本体论注释 | Hits with neuro-related keywords: 2 |
第一节遗传学和表观遗传学注释
差异甲基化基因
差异甲基化基因| 探测 | 染色体 | 位置 | 最近的基因 | p（dis） | beta（dis） | fdr（dis） | 学习 |
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| CG20994801 | 1 | 9711398 | clstn1 | 0.003 | 4.82 | DMG：Vaneijk_2014 |
第二节。转录组注释
一般基因表达（GTEX）
时间变化的基因表达（brainspan）
Footnote:
SC：亚皮质区域；SM：感觉运动区域；FC：额叶皮层；和TP：颞顶皮层
ST1：胎儿（13-26个概念后周），ST2：婴儿早期至童年（4个月至11年）和ST3：青春期至成年期（13-23岁）
所示的栏表示表达分布的较低25％和上层25％。
大脑区域没有共表达基因
第三节。基因本体论注释
| 分子功能 | 去学期 | 证据 | 神经关键字 | PubMed ID |
|---|---|---|---|---|
| 去：0005509 | 钙离子结合 | IEA | - | |
| 去：0005515 | 蛋白质结合 | IEA | - | |
| Biological process | 去学期 | 证据 | 神经关键字 | PubMed ID |
| 去：0007155 | 细胞粘附 | IEA | - | |
| 去：0007156 | 同粒细胞粘附 | IEA | - | |
| 细胞分量 | 去学期 | 证据 | 神经关键字 | PubMed ID |
| GO：0042995 | 细胞投影 | IEA | Axon（GO术语级别：4） | - |
| GO：0045211 | 突触后膜 | IEA | 突触，神经递质（GO期限：5） | - |
| 去：0000139 | 高尔基膜 | IEA | - | |
| 去：0005794 | 高尔基体 | IEA | - | |
| 去：0005789 | 内质网膜 | IEA | - | |
| 去：0005783 | 内质网 | IEA | - | |
| GO:0016020 | 膜 | IEA | - | |
| GO:0016021 | 膜不可或缺 | IEA | - |
第四节。蛋白质蛋白相互作用注释
| 互动者 | 别名b | 官方全名b | 实验 | 资源 | PubMed ID |
|---|---|---|---|---|---|
| APBA2 | D15S1518E |HST16821 |lin-10 |MGC99508 |MGC：14091 |mint2 |x11l | 淀粉样β（A4）前体蛋白质结合，家族A，成员2 | - | HPRD，Biogrid | 12972431 |
| APBB1 | FE65 |MGC：9072 |里尔 | 淀粉样β（A4）前体蛋白结合，家庭B，成员1（FE65） | - | HPRD | 15037614 |
| 应用程序 | AAA |Abeta |abpp |AD1 |appi |ctfgamma |CVAP |PN2 | 淀粉样β（A4）前体蛋白 | - | HPRD，Biogrid | 15037614 |
| BAHCC1 | bahd2 |FLJ23058 |KIAA1447 | bah域和包含1个 | - | HPRD | 12421765 |
| MCM3AP | FLJ44336 |FLJ45306 |ganp |KIAA0572 |MAP80 | 微小颜色体维护复合部分3相关蛋白 | - | HPRD | 12421765 |
| prnp | ascr |CD230 |CJD |GSS |MGC26679 |prip |prp |PRP27-30 |PRP33-35C |PRPC | prion | prion蛋白 | - | HPRD | 15146195 |
| PSEN1 | ad3 |时尚|PS1 |S182 | Presenilin 1 | 亲和力捕获 - 韦斯特恩 | Biogrid | 15037614 |
| setDB1 | ESET | KG1T | KIAA0067 | KMT1E | 设定域，分叉1 | - | HPRD | 12421765 |
| SLK | KIAA0204 |洛斯克|MGC133067 |stk2 |BA16H23.1 |SE20-9 | Ste20样激酶（酵母） | - | HPRD | 12421765 |
| TOPBP1 | top2bp1 | 拓扑异构酶（DNA）II结合蛋白1 | - | HPRD | 12421765 |
| Trip12 | KIAA0045 | MGC138849 | MGC138850 | 甲状腺激素受体相互作用12 | - | HPRD | 12421765 |
V.途径注释
第六节。microRNA注释
| mirna家族 | 目标位置 | mirna id | mirna seq | ||
|---|---|---|---|---|---|
| UTR开始 | UTR结束 | 匹配方法 | |||
| mir-326 | 1075 | 1081 | M8 | HSA-MIR-326 | CCUCUGGGCCCUUCCUCCAG |
| mir-329 | 143 | 150 | 1A，M8 | HSA-MIR-329脑 | aacacaccugguaaccucuuu |
| miR-493-5p | 78 | 85 | 1A，M8 | HSA-MIR-493-5p | uuguacaugguaggcuuucauu |